src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  30 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;
  33 import jalview.math.AlignmentDimension;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Color;
  40 import java.awt.Container;
  41 import java.awt.Dimension;
  42 import java.awt.Font;
  43 import java.awt.FontMetrics;
  44 import java.awt.Graphics;
  45 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  46 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  47 import java.awt.print.PageFormat;
  48 import java.awt.print.Printable;
  49 import java.awt.print.PrinterException;
  50 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  51 import java.beans.PropertyChangeListener;
  52 import java.io.File;
  53 import java.io.FileWriter;
  54 import java.io.PrintWriter;
  55
  56 import javax.swing.SwingUtilities;
  57
  58 /**
  59  * DOCUMENT ME!
  60  *
  61  * @author $author$
  62  * @version $Revision: 1.161 $
  63  */
  64 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements
  65         AdjustmentListener, Printable, AlignmentViewPanel
  66 {
  67   public AlignViewport av;
  68
  69   OverviewPanel overviewPanel;
  70
  71   private SeqPanel seqPanel;
  72
  73   private IdPanel idPanel;
  74
  75   private boolean headless;
  76   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  77
  78   /** DOCUMENT ME!! */
  79   public AlignFrame alignFrame;
  80
  81   private ScalePanel scalePanel;
  82
  83   private AnnotationPanel annotationPanel;
  84
  85   private AnnotationLabels alabels;
  86
  87   // this value is set false when selection area being dragged
  88   boolean fastPaint = true;
  89
  90   int hextent = 0;
  91
  92   int vextent = 0;
  93
  94   /**
  95    * Creates a new AlignmentPanel object.
  96    *
  97    * @param af
  98    * @param av
  99    */
 100   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
 101   {
 102     alignFrame = af;
 103     this.av = av;
 104     setSeqPanel(new SeqPanel(av, this));
 105     setIdPanel(new IdPanel(av, this));
 106
 107     setScalePanel(new ScalePanel(av, this));
 108
 109     idPanelHolder.add(getIdPanel(), BorderLayout.CENTER);
 110     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
 111     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
 112
 113     setAnnotationPanel(new AnnotationPanel(this));
 114     setAlabels(new AnnotationLabels(this));
 115
 116     annotationScroller.setViewportView(getAnnotationPanel());
 117     annotationSpaceFillerHolder.add(getAlabels(), BorderLayout.CENTER);
 118
 119     scalePanelHolder.add(getScalePanel(), BorderLayout.CENTER);
 120     seqPanelHolder.add(getSeqPanel(), BorderLayout.CENTER);
 121
 122     setScrollValues(0, 0);
 123
 124     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 125     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 126
 127     final AlignmentPanel ap = this;
 128     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()
 129     {
 130       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 131       {
 132         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 133         {
 134           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 135           alignmentChanged();
 136         }
 137       }
 138     });
 139     fontChanged();
 140     adjustAnnotationHeight();
 141     updateLayout();
 142   }
 143
 144   @Override
 145   public AlignViewportI getAlignViewport()
 146   {
 147     return av;
 148   }
 149   public void alignmentChanged()
 150   {
 151     av.alignmentChanged(this);
 152
 153     alignFrame.updateEditMenuBar();
 154
 155     paintAlignment(true);
 156
 157   }
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    */
 162   public void fontChanged()
 163   {
 164     // set idCanvas bufferedImage to null
 165     // to prevent drawing old image
 166     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 167
 168     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, av.getCharHeight()
 169             + fm.getDescent()));
 170     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, av
 171             .getCharHeight()
 172             + fm.getDescent()));
 173
 174     getIdPanel().getIdCanvas().gg = null;
 175     getSeqPanel().seqCanvas.img = null;
 176     getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 177
 178     Dimension d = calculateIdWidth();
 179
 180     d.setSize(d.width + 4, d.height);
 181     getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(d);
 182     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);
 183
 184     if (overviewPanel != null)
 185     {
 186       overviewPanel.setBoxPosition();
 187     }
 188
 189     repaint();
 190   }
 191
 192   /**
 193    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 194    * and any bounds on label width set in preferences.
 195    *
 196    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 197    *         that should be used.
 198    */
 199   public Dimension calculateIdWidth()
 200   {
 201     // calculate sensible default width when no preference is available
 202     Dimension r = null;
 203     if (av.getIdWidth() < 0)
 204     {
 205       int afwidth = (alignFrame != null ? alignFrame.getWidth() : 300);
 206       int maxwidth = Math.max(20, Math.min(afwidth - 200, 2 * afwidth / 3));
 207       r = calculateIdWidth(maxwidth);
 208       av.setIdWidth(r.width);
 209     }
 210     else
 211     {
 212       r = new Dimension();
 213       r.width = av.getIdWidth();
 214       r.height = 0;
 215     }
 216     return r;
 217   }
 218
 219   /**
 220    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 221    * and any bounds on label width set in preferences.
 222    *
 223    * @param maxwidth
 224    *          -1 or maximum width allowed for IdWidth
 225    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 226    *         that should be used.
 227    */
 228   public Dimension calculateIdWidth(int maxwidth)
 229   {
 230     Container c = new Container();
 231
 232     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(new Font(av.font.getName(),
 233             Font.ITALIC, av.font.getSize()));
 234
 235     AlignmentI al = av.getAlignment();
 236     int i = 0;
 237     int idWidth = 0;
 238     String id;
 239
 240     while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))
 241     {
 242       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 243
 244       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 245
 246       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)
 247       {
 248         idWidth = fm.stringWidth(id);
 249       }
 250
 251       i++;
 252     }
 253
 254     // Also check annotation label widths
 255     i = 0;
 256
 257     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 258     {
 259       fm = c.getFontMetrics(getAlabels().getFont());
 260
 261       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 262       {
 263         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 264
 265         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)
 266         {
 267           idWidth = fm.stringWidth(label);
 268         }
 269
 270         i++;
 271       }
 272     }
 273
 274     return new Dimension(maxwidth < 0 ? idWidth : Math.min(maxwidth,
 275             idWidth), 12);
 276   }
 277
 278   /**
 279    * Highlight the given results on the alignment.
 280    *
 281    */
 282   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 283   {
 284     scrollToPosition(results);
 285     getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 286   }
 287
 288   /**
 289    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 290    * (if any) and redraw the overview
 291    *
 292    * @param results
 293    */
 294   public boolean scrollToPosition(SearchResults results)
 295   {
 296     return scrollToPosition(results, true);
 297   }
 298
 299   /**
 300    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 301    * (if any)
 302    *
 303    * @param results
 304    * @param redrawOverview
 305    *          - when set, the overview will be recalculated (takes longer)
 306    * @return false if results were not found
 307    */
 308   public boolean scrollToPosition(SearchResults results,
 309           boolean redrawOverview)
 310   {
 311     int startv, endv, starts, ends, width;
 312     // TODO: properly locate search results in view when large numbers of hidden
 313     // columns exist before highlighted region
 314     // do we need to scroll the panel?
 315     // TODO: tons of nullpointereexceptions raised here.
 316     if (results != null && results.getSize() > 0 && av != null
 317             && av.getAlignment() != null)
 318     {
 319       int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(results);
 320       if (seqIndex == -1)
 321       {
 322         return false;
 323       }
 324       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);
 325
 326       int[] r = results.getResults(seq, 0, av.getAlignment().getWidth());
 327       if (r == null)
 328       {
 329         return false;
 330       }
 331       int start = r[0];
 332       int end = r[1];
 333       // System.err.println("Seq : "+seqIndex+" Scroll to "+start+","+end); //
 334       // DEBUG
 335       if (start < 0)
 336       {
 337         return false;
 338       }
 339       if (end == seq.getEnd())
 340       {
 341         return false;
 342       }
 343       if (av.hasHiddenColumns())
 344       {
 345         start = av.getColumnSelection().findColumnPosition(start);
 346         end = av.getColumnSelection().findColumnPosition(end);
 347         if (start == end)
 348         {
 349           if (!av.getColumnSelection().isVisible(r[0]))
 350           {
 351             // don't scroll - position isn't visible
 352             return false;
 353           }
 354         }
 355       }
 356       if (!av.getWrapAlignment())
 357       {
 358         if ((startv = av.getStartRes()) >= start)
 359         {
 360           setScrollValues(start - 1, seqIndex);
 361         }
 362         else if ((endv = av.getEndRes()) <= end)
 363         {
 364           setScrollValues(startv + 1 + end - endv, seqIndex);
 365         }
 366         else if ((starts = av.getStartSeq()) > seqIndex)
 367         {
 368           setScrollValues(av.getStartRes(), seqIndex);
 369         }
 370         else if ((ends = av.getEndSeq()) <= seqIndex)
 371         {
 372           setScrollValues(av.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1);
 373         }
 374       }
 375       else
 376       {
 377         scrollToWrappedVisible(start);
 378       }
 379     }
 380     if (redrawOverview && overviewPanel != null)
 381     {
 382       overviewPanel.setBoxPosition();
 383     }
 384     paintAlignment(redrawOverview);
 385     return true;
 386   }
 387
 388   void scrollToWrappedVisible(int res)
 389   {
 390     int cwidth = getSeqPanel().seqCanvas
 391             .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 392     if (res < av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))
 393     {
 394       vscroll.setValue((res / cwidth));
 395       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;
 396     }
 397
 398   }
 399
 400   /**
 401    * DOCUMENT ME!
 402    *
 403    * @return DOCUMENT ME!
 404    */
 405   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 406   {
 407     return overviewPanel;
 408   }
 409
 410   /**
 411    * DOCUMENT ME!
 412    *
 413    * @param op
 414    *          DOCUMENT ME!
 415    */
 416   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 417   {
 418     overviewPanel = op;
 419   }
 420
 421   /**
 422    *
 423    * @param b
 424    *          Hide or show annotation panel
 425    *
 426    */
 427   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 428   {
 429     if (!av.getWrapAlignment())
 430     {
 431       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 432       annotationScroller.setVisible(b);
 433     }
 434     repaint();
 435   }
 436
 437   /**
 438    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 439    * ensuring the alignment is still visible.
 440    */
 441   public void adjustAnnotationHeight()
 442   {
 443     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 444     // this is called after loading new annotation onto alignment
 445     if (alignFrame.getHeight() == 0)
 446     {
 447       System.out.println("NEEDS FIXING");
 448     }
 449     validateAnnotationDimensions(true);
 450     addNotify();
 451     paintAlignment(true);
 452   }
 453
 454   /**
 455    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 456    * need to do repaints/notifys afterwards.
 457    */
 458   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight)
 459   {
 460     int height = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 461
 462     int theight = av.getCharHeight()
 463             * (av.getAlignment().getHeight() + (!av.hasHiddenRows() ? 0
 464                     : av.getAlignment().getHiddenSequences().getSize()));
 465     float sscaling = (float) (theight / (1.0 * theight + height));
 466     float ascaling = (float) (height * 1.0 / alignFrame.getHeight());
 467     int rheight = alignFrame.getHeight() - height - av.getCharHeight();
 468     if (adjustPanelHeight)
 469     {
 470       // NOTE: this logic is different in the applet. Need a better algorithm to
 471       // define behaviour
 472       // try and set height according to alignment
 473       if (ascaling > 0 && sscaling < 0.5)
 474       {
 475         // if the alignment is too big then
 476         // default is 0.5 split
 477         height = alignFrame.getHeight() / 2;
 478       }
 479       else
 480       {
 481         // if space for more than one sequence row left when annotation is fully
 482         // displayed then set height to annotation height
 483         // otherwise, leave at least two lines of sequence shown.
 484         height = (rheight > av.getCharHeight()) ? height
 485                 : (-av.getCharHeight() * 3 + (int) (alignFrame.getHeight() * (1 - sscaling)));
 486       }
 487     }
 488     else
 489     {
 490       // maintain same window layout whilst updating sliders
 491       height = annotationScroller.getSize().height;
 492     }
 493     hscroll.addNotify();
 494
 495     annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(annotationScroller
 496             .getWidth(), height));
 497
 498     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 499             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), height));
 500     annotationScroller.validate();// repaint();
 501     annotationScroller.addNotify();
 502   }
 503
 504   /**
 505    * update alignment layout for viewport settings
 506    *
 507    * @param wrap
 508    *          DOCUMENT ME!
 509    */
 510   public void updateLayout()
 511   {
 512     fontChanged();
 513     setAnnotationVisible(av.isShowAnnotation());
 514     boolean wrap = av.getWrapAlignment();
 515     av.startSeq = 0;
 516     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 517     hscroll.setVisible(!wrap);
 518     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 519
 520     if (wrap)
 521     {
 522       annotationScroller.setVisible(false);
 523       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 524     }
 525     else if (av.isShowAnnotation())
 526     {
 527       annotationScroller.setVisible(true);
 528       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 529     }
 530
 531     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 532
 533     repaint();
 534   }
 535
 536   // return value is true if the scroll is valid
 537   public boolean scrollUp(boolean up)
 538   {
 539     if (up)
 540     {
 541       if (vscroll.getValue() < 1)
 542       {
 543         return false;
 544       }
 545
 546       fastPaint = false;
 547       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);
 548     }
 549     else
 550     {
 551       if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())
 552       {
 553         return false;
 554       }
 555
 556       fastPaint = false;
 557       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);
 558     }
 559
 560     fastPaint = true;
 561
 562     return true;
 563   }
 564
 565   /**
 566    * DOCUMENT ME!
 567    *
 568    * @param right
 569    *          DOCUMENT ME!
 570    *
 571    * @return DOCUMENT ME!
 572    */
 573   public boolean scrollRight(boolean right)
 574   {
 575     if (!right)
 576     {
 577       if (hscroll.getValue() < 1)
 578       {
 579         return false;
 580       }
 581
 582       fastPaint = false;
 583       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);
 584     }
 585     else
 586     {
 587       if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())
 588       {
 589         return false;
 590       }
 591
 592       fastPaint = false;
 593       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);
 594     }
 595
 596     fastPaint = true;
 597
 598     return true;
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Adjust row/column scrollers to show a visible position in the alignment.
 603    *
 604    * @param x
 605    *          visible column to scroll to DOCUMENT ME!
 606    * @param y
 607    *          visible row to scroll to
 608    *
 609    */
 610   public void setScrollValues(int x, int y)
 611   {
 612     // System.err.println("Scroll to "+x+","+y);
 613     if (av == null || av.getAlignment() == null)
 614     {
 615       return;
 616     }
 617     int width = av.getAlignment().getWidth();
 618     int height = av.getAlignment().getHeight();
 619
 620     if (av.hasHiddenColumns())
 621     {
 622       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);
 623     }
 624
 625     av.setEndRes((x + (getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av
 626             .getCharWidth())) - 1);
 627
 628     hextent = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 629     vextent = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 630
 631     if (hextent > width)
 632     {
 633       hextent = width;
 634     }
 635
 636     if (vextent > height)
 637     {
 638       vextent = height;
 639     }
 640
 641     if ((hextent + x) > width)
 642     {
 643       x = width - hextent;
 644     }
 645
 646     if ((vextent + y) > height)
 647     {
 648       y = height - vextent;
 649     }
 650
 651     if (y < 0)
 652     {
 653       y = 0;
 654     }
 655
 656     if (x < 0)
 657     {
 658       x = 0;
 659     }
 660
 661     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 662     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 663   }
 664
 665   /**
 666    * DOCUMENT ME!
 667    *
 668    * @param evt
 669    *          DOCUMENT ME!
 670    */
 671   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 672   {
 673     int oldX = av.getStartRes();
 674     int oldY = av.getStartSeq();
 675
 676     if (evt.getSource() == hscroll)
 677     {
 678       int x = hscroll.getValue();
 679       av.setStartRes(x);
 680       av.setEndRes((x + (getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);
 681     }
 682
 683     if (evt.getSource() == vscroll)
 684     {
 685       int offy = vscroll.getValue();
 686
 687       if (av.getWrapAlignment())
 688       {
 689         if (offy > -1)
 690         {
 691           int rowSize = getSeqPanel().seqCanvas
 692                   .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 693           av.setStartRes(offy * rowSize);
 694           av.setEndRes((offy + 1) * rowSize);
 695         }
 696         else
 697         {
 698           // This is only called if file loaded is a jar file that
 699           // was wrapped when saved and user has wrap alignment true
 700           // as preference setting
 701           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 702           {
 703             public void run()
 704             {
 705               setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 706             }
 707           });
 708         }
 709       }
 710       else
 711       {
 712         av.setStartSeq(offy);
 713         av.setEndSeq(offy
 714                 + (getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));
 715       }
 716     }
 717
 718     if (overviewPanel != null)
 719     {
 720       overviewPanel.setBoxPosition();
 721     }
 722
 723     int scrollX = av.startRes - oldX;
 724     int scrollY = av.startSeq - oldY;
 725
 726     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)
 727     {
 728       repaint();
 729     }
 730     else
 731     {
 732       // Make sure we're not trying to draw a panel
 733       // larger than the visible window
 734       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)
 735       {
 736         scrollX = av.endRes - av.startRes;
 737       }
 738       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)
 739       {
 740         scrollX = av.startRes - av.endRes;
 741       }
 742
 743       if (scrollX != 0 || scrollY != 0)
 744       {
 745         getIdPanel().getIdCanvas().fastPaint(scrollY);
 746         getSeqPanel().seqCanvas.fastPaint(scrollX, scrollY);
 747         getScalePanel().repaint();
 748
 749         if (av.isShowAnnotation() && scrollX != 0)
 750         {
 751           getAnnotationPanel().fastPaint(scrollX);
 752         }
 753       }
 754     }
 755   }
 756
 757   /**
 758    * Repaint the alignment including the annotations and overview panels (if
 759    * shown).
 760    */
 761   public void paintAlignment(boolean updateOverview)
 762   {
 763     final AnnotationSorter sorter = new AnnotationSorter(getAlignment(),
 764             av.isShowAutocalculatedAbove());
 765     sorter.sort(getAlignment()
 766             .getAlignmentAnnotation(),
 767             av.getSortAnnotationsBy());
 768     repaint();
 769
 770     if (updateOverview)
 771     {
 772       av.getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(this);
 773
 774       if (overviewPanel != null)
 775       {
 776         overviewPanel.updateOverviewImage();
 777       }
 778     }
 779   }
 780
 781   /**
 782    * DOCUMENT ME!
 783    *
 784    * @param g
 785    *          DOCUMENT ME!
 786    */
 787   public void paintComponent(Graphics g)
 788   {
 789     invalidate();
 790
 791     Dimension d = getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 792     idPanelHolder.setPreferredSize(d);
 793     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));
 794     validate();
 795
 796     if (av.getWrapAlignment())
 797     {
 798       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 799
 800       if (av.hasHiddenColumns())
 801       {
 802         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 803       }
 804
 805       int canvasWidth = getSeqPanel().seqCanvas
 806               .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 807       if (canvasWidth > 0)
 808       {
 809         int max = maxwidth
 810                 / getSeqPanel().seqCanvas
 811                         .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas
 812                                 .getWidth()) + 1;
 813         vscroll.setMaximum(max);
 814         vscroll.setUnitIncrement(1);
 815         vscroll.setVisibleAmount(1);
 816       }
 817     }
 818     else
 819     {
 820       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 821     }
 822   }
 823
 824   /**
 825    * DOCUMENT ME!
 826    *
 827    * @param pg
 828    *          DOCUMENT ME!
 829    * @param pf
 830    *          DOCUMENT ME!
 831    * @param pi
 832    *          DOCUMENT ME!
 833    *
 834    * @return DOCUMENT ME!
 835    *
 836    * @throws PrinterException
 837    *           DOCUMENT ME!
 838    */
 839   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 840           throws PrinterException
 841   {
 842     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 843
 844     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 845     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 846
 847     if (av.getWrapAlignment())
 848     {
 849       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);
 850     }
 851     else
 852     {
 853       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);
 854     }
 855   }
 856
 857   /**
 858    * DOCUMENT ME!
 859    *
 860    * @param pg
 861    *          DOCUMENT ME!
 862    * @param pwidth
 863    *          DOCUMENT ME!
 864    * @param pheight
 865    *          DOCUMENT ME!
 866    * @param pi
 867    *          DOCUMENT ME!
 868    *
 869    * @return DOCUMENT ME!
 870    *
 871    * @throws PrinterException
 872    *           DOCUMENT ME!
 873    */
 874   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)
 875           throws PrinterException
 876   {
 877     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
 878     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 879     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
 880
 881     pg.setColor(Color.white);
 882     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);
 883     pg.setFont(av.getFont());
 884
 885     // //////////////////////////////////
 886     // / How many sequences and residues can we fit on a printable page?
 887     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();
 888
 889     int totalSeq = (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight() - 1;
 890
 891     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;
 892
 893     // ///////////////////////////
 894     // / Only print these sequences and residues on this page
 895     int startRes;
 896
 897     // ///////////////////////////
 898     // / Only print these sequences and residues on this page
 899     int endRes;
 900
 901     // ///////////////////////////
 902     // / Only print these sequences and residues on this page
 903     int startSeq;
 904
 905     // ///////////////////////////
 906     // / Only print these sequences and residues on this page
 907     int endSeq;
 908     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;
 909     endRes = (startRes + totalRes) - 1;
 910
 911     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))
 912     {
 913       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 914     }
 915
 916     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;
 917     endSeq = startSeq + totalSeq;
 918
 919     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())
 920     {
 921       endSeq = av.getAlignment().getHeight();
 922     }
 923
 924     int pagesHigh = ((av.getAlignment().getHeight() / totalSeq) + 1)
 925             * pheight;
 926
 927     if (av.isShowAnnotation())
 928     {
 929       pagesHigh += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
 930     }
 931
 932     pagesHigh /= pheight;
 933
 934     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))
 935     {
 936       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 937     }
 938
 939     // draw Scale
 940     pg.translate(idWidth, 0);
 941     getScalePanel().drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth,
 942             scaleHeight);
 943     pg.translate(-idWidth, scaleHeight);
 944
 945     // //////////////
 946     // Draw the ids
 947     Color currentColor = null;
 948     Color currentTextColor = null;
 949
 950     pg.setFont(getIdPanel().getIdCanvas().getIdfont());
 951
 952     SequenceI seq;
 953     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 954     {
 955       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 956       if ((av.getSelectionGroup() != null)
 957               && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 958       {
 959         currentColor = Color.gray;
 960         currentTextColor = Color.black;
 961       }
 962       else
 963       {
 964         currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 965         currentTextColor = Color.black;
 966       }
 967
 968       pg.setColor(currentColor);
 969       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.getCharHeight(), idWidth,
 970               av.getCharHeight());
 971
 972       pg.setColor(currentTextColor);
 973
 974       int xPos = 0;
 975       if (av.isRightAlignIds())
 976       {
 977         fm = pg.getFontMetrics();
 978         xPos = idWidth
 979                 - fm.stringWidth(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()))
 980                 - 4;
 981       }
 982
 983       pg.drawString(
 984               seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),
 985               xPos,
 986               (((i - startSeq) * av.getCharHeight()) + av.getCharHeight())
 987                       - (av.getCharHeight() / 5));
 988     }
 989
 990     pg.setFont(av.getFont());
 991
 992     // draw main sequence panel
 993     pg.translate(idWidth, 0);
 994     getSeqPanel().seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 995
 996     if (av.isShowAnnotation() && (endSeq == av.getAlignment().getHeight()))
 997     {
 998       // draw annotation - need to offset for current scroll position
 999       int offset = -getAlabels().getScrollOffset();
1000       pg.translate(0, offset);
1001       pg.translate(-idWidth - 3, (endSeq - startSeq) * av.getCharHeight()
1002               + 3);
1003       getAlabels().drawComponent(pg, idWidth);
1004       pg.translate(idWidth + 3, 0);
1005       getAnnotationPanel().renderer.drawComponent(getAnnotationPanel(), av,
1006               pg, -1, startRes, endRes + 1);
1007       pg.translate(0, -offset);
1008     }
1009
1010     return Printable.PAGE_EXISTS;
1011   }
1012
1013   /**
1014    * DOCUMENT ME!
1015    *
1016    * @param pg
1017    *          DOCUMENT ME!
1018    * @param pwidth
1019    *          DOCUMENT ME!
1020    * @param pheight
1021    *          DOCUMENT ME!
1022    * @param pi
1023    *          DOCUMENT ME!
1024    *
1025    * @return DOCUMENT ME!
1026    *
1027    * @throws PrinterException
1028    *           DOCUMENT ME!
1029    */
1030   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,
1031           int pi) throws PrinterException
1032   {
1033     int annotationHeight = 0;
1034     AnnotationLabels labels = null;
1035     if (av.isShowAnnotation())
1036     {
1037       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1038       labels = new AnnotationLabels(av);
1039     }
1040
1041     int hgap = av.getCharHeight();
1042     if (av.getScaleAboveWrapped())
1043     {
1044       hgap += av.getCharHeight();
1045     }
1046
1047     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1048             + annotationHeight;
1049
1050     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1051
1052     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1053     if (av.hasHiddenColumns())
1054     {
1055       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
1056     }
1057
1058     int resWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth
1059             - idWidth);
1060
1061     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);
1062
1063     pg.setColor(Color.white);
1064     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);
1065     pg.setFont(av.getFont());
1066
1067     // //////////////
1068     // Draw the ids
1069     pg.setColor(Color.black);
1070
1071     pg.translate(0, -pi * pheight);
1072
1073     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);
1074
1075     int ypos = hgap;
1076
1077     do
1078     {
1079       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
1080       {
1081         pg.setFont(getIdPanel().getIdCanvas().getIdfont());
1082         SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
1083         String string = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
1084         int xPos = 0;
1085         if (av.isRightAlignIds())
1086         {
1087           FontMetrics fm = pg.getFontMetrics();
1088           xPos = idWidth - fm.stringWidth(string) - 4;
1089         }
1090         pg.drawString(string, xPos,
1091                 ((i * av.getCharHeight()) + ypos + av.getCharHeight())
1092                         - (av.getCharHeight() / 5));
1093       }
1094       if (labels != null)
1095       {
1096         pg.translate(-3, ypos
1097  + (av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()));
1098
1099         pg.setFont(av.getFont());
1100         labels.drawComponent(pg, idWidth);
1101         pg.translate(+3, -ypos
1102                         - (av.getAlignment().getHeight() * av
1103                                 .getCharHeight()));
1104       }
1105
1106       ypos += cHeight;
1107     } while (ypos < totalHeight);
1108
1109     pg.translate(idWidth, 0);
1110
1111     getSeqPanel().seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight,
1112             0);
1113
1114     if ((pi * pheight) < totalHeight)
1115     {
1116       return Printable.PAGE_EXISTS;
1117
1118     }
1119     else
1120     {
1121       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1122     }
1123   }
1124
1125   /**
1126    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1127    * displayed using default settings
1128    *
1129    * @return
1130    */
1131   public int getVisibleIdWidth()
1132   {
1133     return getVisibleIdWidth(true);
1134   }
1135
1136   /**
1137    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1138    * displayed using default settings
1139    *
1140    * @param onscreen
1141    *          indicate if the Id width for onscreen or offscreen display should
1142    *          be returned
1143    * @return
1144    */
1145   public int getVisibleIdWidth(boolean onscreen)
1146   {
1147     // see if rendering offscreen - check preferences and calc width accordingly
1148     if (!onscreen && Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false))
1149     {
1150       return calculateIdWidth(-1).width + 4;
1151     }
1152     Integer idwidth = null;
1153     if (onscreen
1154             || (idwidth = Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH")) == null)
1155     {
1156       return (getIdPanel().getWidth() > 0 ? getIdPanel().getWidth()
1157               : calculateIdWidth().width + 4);
1158     }
1159     return idwidth.intValue() + 4;
1160   }
1161
1162   void makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type, File file)
1163   {
1164     long progress = System.currentTimeMillis();
1165     headless = (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
1166             .getProperty("java.awt.headless").equals("true"));
1167     if (alignFrame != null && !headless)
1168     {
1169       alignFrame.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1170               "status.saving_file", new Object[]
1171               { type.getLabel() }), progress);
1172     }
1173     try
1174     {
1175       AlignmentDimension aDimension = getAlignmentDimension();
1176       try
1177       {
1178         jalview.util.ImageMaker im;
1179         final String imageAction, imageTitle;
1180         if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
1181         {
1182           imageAction = "Create PNG image from alignment";
1183           imageTitle = null;
1184         }
1185         else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
1186         {
1187           imageAction = "Create EPS file from alignment";
1188           imageTitle = alignFrame.getTitle();
1189         }
1190         else
1191         {
1192           imageAction = "Create SVG file from alignment";
1193           imageTitle = alignFrame.getTitle();
1194         }
1195
1196         im = new jalview.util.ImageMaker(this, type, imageAction,
1197                 aDimension.getWidth(), aDimension.getHeight(), file,
1198                 imageTitle);
1199         if (av.getWrapAlignment())
1200         {
1201           if (im.getGraphics() != null)
1202           {
1203             printWrappedAlignment(im.getGraphics(), aDimension.getWidth(),
1204                     aDimension.getHeight(), 0);
1205             im.writeImage();
1206           }
1207         }
1208         else
1209         {
1210           if (im.getGraphics() != null)
1211           {
1212             printUnwrapped(im.getGraphics(), aDimension.getWidth(),
1213                     aDimension.getHeight(), 0);
1214             im.writeImage();
1215           }
1216         }
1217       } catch (OutOfMemoryError err)
1218       {
1219         // Be noisy here.
1220         System.out.println("########################\n" + "OUT OF MEMORY "
1221                 + file + "\n" + "########################");
1222         new OOMWarning("Creating Image for " + file, err);
1223         // System.out.println("Create IMAGE: " + err);
1224       } catch (Exception ex)
1225       {
1226         ex.printStackTrace();
1227       }
1228     } finally
1229     {
1230       if (alignFrame != null && !headless)
1231       {
1232         alignFrame.setProgressBar(MessageManager.getString("status.export_complete"), progress);
1233       }
1234     }
1235   }
1236
1237   public AlignmentDimension getAlignmentDimension()
1238   {
1239     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1240     if (av.hasHiddenColumns())
1241     {
1242       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);
1243     }
1244
1245     int height = ((av.getAlignment().getHeight() + 1) * av.getCharHeight())
1246             + getScalePanel().getHeight();
1247     int width = getVisibleIdWidth(false) + (maxwidth * av.getCharWidth());
1248
1249     if (av.getWrapAlignment())
1250     {
1251       height = getWrappedHeight();
1252       if (headless)
1253       {
1254         // need to obtain default alignment width and then add in any
1255         // additional allowance for id margin
1256         // this duplicates the calculation in getWrappedHeight but adjusts for
1257         // offscreen idWith
1258         width = alignFrame.getWidth() - vscroll.getPreferredSize().width
1259                 - alignFrame.getInsets().left
1260                 - alignFrame.getInsets().right - getVisibleIdWidth()
1261                 + getVisibleIdWidth(false);
1262       }
1263       else
1264       {
1265         width = getSeqPanel().getWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1266       }
1267
1268     }
1269     else if (av.isShowAnnotation())
1270     {
1271       height += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
1272     }
1273     return new AlignmentDimension(width, height);
1274
1275   }
1276
1277   /**
1278    * DOCUMENT ME!
1279    */
1280   public void makeEPS(File epsFile)
1281   {
1282     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, epsFile);
1283   }
1284
1285   /**
1286    * DOCUMENT ME!
1287    */
1288   public void makePNG(File pngFile)
1289   {
1290     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, pngFile);
1291   }
1292
1293   public void makeSVG(File svgFile)
1294   {
1295     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, svgFile);
1296   }
1297   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)
1298   {
1299     // /////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS
1300     // ////////////////////////////////////////////
1301     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1302     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1303     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
1304
1305     // Gen image map
1306     // ////////////////////////////////
1307     if (imgMapFile != null)
1308     {
1309       try
1310       {
1311         int s, sSize = av.getAlignment().getHeight(), res, alwidth = av
1312                 .getAlignment().getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;
1313         StringBuffer text = new StringBuffer();
1314         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));
1315         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());
1316         out.println("<img src=\"" + imageName
1317                 + "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"
1318                 + "<map name=\"Map\">");
1319
1320         for (s = 0; s < sSize; s++)
1321         {
1322           sy = s * av.getCharHeight() + scaleHeight;
1323
1324           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(s);
1325           SequenceFeature[] features = seq.getDatasetSequence()
1326                   .getSequenceFeatures();
1327           SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
1328           for (res = 0; res < alwidth; res++)
1329           {
1330             text = new StringBuffer();
1331             Object obj = null;
1332             if (av.getAlignment().isNucleotide())
1333             {
1334               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)
1335                       + "");
1336             }
1337             else
1338             {
1339               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(seq.getCharAt(res)
1340                       + "");
1341             }
1342
1343             if (obj == null)
1344             {
1345               continue;
1346             }
1347
1348             String triplet = obj.toString();
1349             int alIndex = seq.findPosition(res);
1350             gSize = groups.length;
1351             for (g = 0; g < gSize; g++)
1352             {
1353               if (text.length() < 1)
1354               {
1355                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""
1356                         + (idWidth + res * av.getCharWidth()) + "," + sy
1357                         + "," + (idWidth + (res + 1) * av.getCharWidth())
1358                         + ","
1359                         + (av.getCharHeight() + sy) + "\""
1360                         + " onMouseOver=\"toolTip('" + alIndex + " "
1361                         + triplet);
1362               }
1363
1364               if (groups[g].getStartRes() < res
1365                       && groups[g].getEndRes() > res)
1366               {
1367                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");
1368               }
1369             }
1370
1371             if (features != null)
1372             {
1373               if (text.length() < 1)
1374               {
1375                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""
1376                         + (idWidth + res * av.getCharWidth()) + "," + sy
1377                         + "," + (idWidth + (res + 1) * av.getCharWidth())
1378                         + ","
1379                         + (av.getCharHeight() + sy) + "\""
1380                         + " onMouseOver=\"toolTip('" + alIndex + " "
1381                         + triplet);
1382               }
1383               fSize = features.length;
1384               for (f = 0; f < fSize; f++)
1385               {
1386
1387                 if ((features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res))
1388                         && (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))
1389                 {
1390                   if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))
1391                   {
1392                     if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)
1393                             || features[f].getEnd() == seq
1394                                     .findPosition(res))
1395                     {
1396                       text.append("<br>disulfide bond "
1397                               + features[f].getBegin() + ":"
1398                               + features[f].getEnd());
1399                     }
1400                   }
1401                   else
1402                   {
1403                     text.append("<br>");
1404                     text.append(features[f].getType());
1405                     if (features[f].getDescription() != null
1406                             && !features[f].getType().equals(
1407                                     features[f].getDescription()))
1408                     {
1409                       text.append(" " + features[f].getDescription());
1410                     }
1411
1412                     if (features[f].getValue("status") != null)
1413                     {
1414                       text.append(" (" + features[f].getValue("status")
1415                               + ")");
1416                     }
1417                   }
1418                 }
1419
1420               }
1421             }
1422             if (text.length() > 1)
1423             {
1424               text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");
1425               out.println(text.toString());
1426             }
1427           }
1428         }
1429         out.println("</map></body></html>");
1430         out.close();
1431
1432       } catch (Exception ex)
1433       {
1434         ex.printStackTrace();
1435       }
1436     } // /////////END OF IMAGE MAP
1437
1438   }
1439
1440   int getWrappedHeight()
1441   {
1442     int seqPanelWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
1443
1444     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
1445             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
1446     {
1447       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth()
1448               - vscroll.getPreferredSize().width
1449               - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right;
1450     }
1451
1452     int chunkWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1453             .getWrappedCanvasWidth(seqPanelWidth);
1454
1455     int hgap = av.getCharHeight();
1456     if (av.getScaleAboveWrapped())
1457     {
1458       hgap += av.getCharHeight();
1459     }
1460
1461     int annotationHeight = 0;
1462     if (av.isShowAnnotation())
1463     {
1464       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1465     }
1466
1467     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1468             + annotationHeight;
1469
1470     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1471     if (av.hasHiddenColumns())
1472     {
1473       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
1474     }
1475
1476     int height = ((maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;
1477
1478     return height;
1479   }
1480
1481   /**
1482    * close the panel - deregisters all listeners and nulls any references to
1483    * alignment data.
1484    */
1485   public void closePanel()
1486   {
1487     PaintRefresher.RemoveComponent(getSeqPanel().seqCanvas);
1488     PaintRefresher.RemoveComponent(getIdPanel().getIdCanvas());
1489     PaintRefresher.RemoveComponent(this);
1490     if (av != null)
1491     {
1492       jalview.structure.StructureSelectionManager ssm = av
1493               .getStructureSelectionManager();
1494       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1495       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1496       ssm.removeEditListener(av);
1497       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1498       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1499       av.setAlignment(null);
1500       av = null;
1501     }
1502     else
1503     {
1504       if (Cache.log.isDebugEnabled())
1505       {
1506         Cache.log.warn("Closing alignment panel which is already closed.");
1507       }
1508     }
1509   }
1510
1511   /**
1512    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
1513    */
1514   public void updateAnnotation()
1515   {
1516     updateAnnotation(false, false);
1517   }
1518
1519   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
1520   {
1521     updateAnnotation(applyGlobalSettings, false);
1522   }
1523
1524   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings,
1525           boolean preserveNewGroupSettings)
1526   {
1527     av.updateGroupAnnotationSettings(applyGlobalSettings,
1528             preserveNewGroupSettings);
1529     adjustAnnotationHeight();
1530   }
1531
1532   @Override
1533   public AlignmentI getAlignment()
1534   {
1535     return av.getAlignment();
1536   }
1537
1538
1539   @Override
1540   public String getViewName()
1541   {
1542     return av.viewName;
1543   }
1544
1545   /**
1546    * Make/Unmake this alignment panel the current input focus
1547    *
1548    * @param b
1549    */
1550   public void setSelected(boolean b)
1551   {
1552     try
1553     {
1554       alignFrame.setSelected(b);
1555     } catch (Exception ex)
1556     {
1557     }
1558     ;
1559
1560     if (b)
1561     {
1562       alignFrame.setDisplayedView(this);
1563     }
1564   }
1565
1566   @Override
1567   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
1568   {
1569     return av.getStructureSelectionManager();
1570   }
1571
1572   @Override
1573   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
1574   {
1575     new OOMWarning(string, error, this);
1576   }
1577
1578   @Override
1579   public jalview.api.FeatureRenderer cloneFeatureRenderer()
1580   {
1581
1582     return new FeatureRenderer(this);
1583   }
1584   @Override
1585   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
1586   {
1587     return seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
1588   }
1589   public void updateFeatureRenderer(jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr)
1590   {
1591     fr.transferSettings(getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
1592   }
1593
1594   public void updateFeatureRendererFrom(jalview.api.FeatureRenderer fr)
1595   {
1596     if (getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer() != null)
1597     {
1598       getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().transferSettings(fr);
1599     }
1600   }
1601
1602   public ScalePanel getScalePanel()
1603   {
1604     return scalePanel;
1605   }
1606
1607   public void setScalePanel(ScalePanel scalePanel)
1608   {
1609     this.scalePanel = scalePanel;
1610   }
1611
1612   public SeqPanel getSeqPanel()
1613   {
1614     return seqPanel;
1615   }
1616
1617   public void setSeqPanel(SeqPanel seqPanel)
1618   {
1619     this.seqPanel = seqPanel;
1620   }
1621
1622   public AnnotationPanel getAnnotationPanel()
1623   {
1624     return annotationPanel;
1625   }
1626
1627   public void setAnnotationPanel(AnnotationPanel annotationPanel)
1628   {
1629     this.annotationPanel = annotationPanel;
1630   }
1631
1632   public AnnotationLabels getAlabels()
1633   {
1634     return alabels;
1635   }
1636
1637   public void setAlabels(AnnotationLabels alabels)
1638   {
1639     this.alabels = alabels;
1640   }
1641
1642   public IdPanel getIdPanel()
1643   {
1644     return idPanel;
1645   }
1646
1647   public void setIdPanel(IdPanel idPanel)
1648   {
1649     this.idPanel = idPanel;
1650   }
1651 }