src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  85     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  86 \r
  87     fontChanged();\r
  88 \r
  89     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  90    seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91 \r
  92     setScrollValues(0, 0);\r
  93 \r
  94     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  95 \r
  96     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  97     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  98 \r
  99 \r
 100     adjustAnnotationHeight();\r
 101 \r
 102   }\r
 103 \r
 104 \r
 105   /**\r
 106    * DOCUMENT ME!\r
 107    */\r
 108   public void fontChanged()\r
 109   {\r
 110     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 111     // to prevent drawing old image\r
 112     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 113 \r
 114     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 115         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 116     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 117         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 118 \r
 119     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 120     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 121     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 122 \r
 123     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 124     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 125     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 126     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 127 \r
 128     if (overviewPanel != null)\r
 129       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 130 \r
 131     repaint();\r
 132   }\r
 133 \r
 134   /**\r
 135    * DOCUMENT ME!\r
 136    *\r
 137    * @return DOCUMENT ME!\r
 138    */\r
 139   public Dimension calculateIdWidth()\r
 140   {\r
 141     Container c = new Container();\r
 142 \r
 143     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
 144       new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
 145 \r
 146     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 147 \r
 148     int i = 0;\r
 149     int idWidth = 0;\r
 150     String id;\r
 151 \r
 152     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 153     {\r
 154       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 155 \r
 156       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 157 \r
 158       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 159       {\r
 160         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 161       }\r
 162 \r
 163       i++;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     // Also check annotation label widths\r
 167     i = 0;\r
 168 \r
 169     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 170     {\r
 171       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 172 \r
 173       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 174       {\r
 175         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 176 \r
 177         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 178         {\r
 179           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 180         }\r
 181 \r
 182         i++;\r
 183       }\r
 184     }\r
 185 \r
 186     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 187   }\r
 188 \r
 189   /**\r
 190    * DOCUMENT ME!\r
 191    *\r
 192    * @param results DOCUMENT ME!\r
 193    */\r
 194   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 195   {\r
 196     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 197 \r
 198     // do we need to scroll the panel?\r
 199     if (results != null)\r
 200     {\r
 201       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 202       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 203       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 204       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 205 \r
 206       if(!av.wrapAlignment)\r
 207       {\r
 208         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 209            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 210         {\r
 211           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 212         }\r
 213       }\r
 214       else\r
 215       {\r
 216         scrollToWrappedVisible(start);\r
 217       }\r
 218     }\r
 219   }\r
 220 \r
 221   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 222   {\r
 223     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 224     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 225     {\r
 226       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 227       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 228     }\r
 229   }\r
 230 \r
 231   /**\r
 232    * DOCUMENT ME!\r
 233    *\r
 234    * @return DOCUMENT ME!\r
 235    */\r
 236   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 237   {\r
 238     return overviewPanel;\r
 239   }\r
 240 \r
 241   /**\r
 242    * DOCUMENT ME!\r
 243    *\r
 244    * @param op DOCUMENT ME!\r
 245    */\r
 246   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 247   {\r
 248     overviewPanel = op;\r
 249   }\r
 250 \r
 251   /**\r
 252    * DOCUMENT ME!\r
 253    *\r
 254    * @param b DOCUMENT ME!\r
 255    */\r
 256   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 257   {\r
 258     if (!av.wrapAlignment)\r
 259     {\r
 260       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 261       annotationScroller.setVisible(b);\r
 262     }\r
 263     repaint();\r
 264   }\r
 265 \r
 266   public void adjustAnnotationHeight()\r
 267   {\r
 268     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
 269     {\r
 270       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
 271     }\r
 272 \r
 273     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 274 \r
 275     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 276     {\r
 277       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     annotationScroller.setPreferredSize(\r
 281         new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 282                       height));\r
 283 \r
 284     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 285         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 286         height));\r
 287 \r
 288     annotationPanel.repaint();\r
 289     repaint();\r
 290   }\r
 291 \r
 292   /**\r
 293    * DOCUMENT ME!\r
 294    *\r
 295    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 296    */\r
 297   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 298   {\r
 299     av.startSeq = 0;\r
 300     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 301     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 302     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 303 \r
 304     if (wrap)\r
 305     {\r
 306       annotationScroller.setVisible(false);\r
 307       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 308     }\r
 309     else if (av.showAnnotation)\r
 310     {\r
 311       annotationScroller.setVisible(true);\r
 312       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 313     }\r
 314 \r
 315     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 316 \r
 317     repaint();\r
 318   }\r
 319 \r
 320   // return value is true if the scroll is valid\r
 321   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 322   {\r
 323     if (up)\r
 324     {\r
 325       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 326       {\r
 327         return false;\r
 328       }\r
 329 \r
 330       fastPaint = false;\r
 331       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 332     }\r
 333     else\r
 334     {\r
 335       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 336       {\r
 337         return false;\r
 338       }\r
 339 \r
 340       fastPaint = false;\r
 341       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 342     }\r
 343 \r
 344     fastPaint = true;\r
 345 \r
 346     return true;\r
 347   }\r
 348 \r
 349   /**\r
 350    * DOCUMENT ME!\r
 351    *\r
 352    * @param right DOCUMENT ME!\r
 353    *\r
 354    * @return DOCUMENT ME!\r
 355    */\r
 356   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 357   {\r
 358     if (!right)\r
 359     {\r
 360       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 361       {\r
 362         return false;\r
 363       }\r
 364 \r
 365       fastPaint = false;\r
 366       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 367     }\r
 368     else\r
 369     {\r
 370       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 371       {\r
 372         return false;\r
 373       }\r
 374 \r
 375       fastPaint = false;\r
 376       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 377     }\r
 378 \r
 379     fastPaint = true;\r
 380 \r
 381     return true;\r
 382   }\r
 383 \r
 384   /**\r
 385    * DOCUMENT ME!\r
 386    *\r
 387    * @param x DOCUMENT ME!\r
 388    * @param y DOCUMENT ME!\r
 389    */\r
 390   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 391   {\r
 392 \r
 393     int width = av.alignment.getWidth();\r
 394     int height = av.alignment.getHeight();\r
 395 \r
 396     if(av.hasHiddenColumns)\r
 397      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 398 \r
 399     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 400 \r
 401     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 402     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 403 \r
 404     if (hextent > width)\r
 405     {\r
 406       hextent = width;\r
 407     }\r
 408 \r
 409     if (vextent > height)\r
 410     {\r
 411       vextent = height;\r
 412     }\r
 413 \r
 414     if ( (hextent + x) > width)\r
 415     {\r
 416       x = width - hextent;\r
 417     }\r
 418 \r
 419     if ( (vextent + y) > height)\r
 420     {\r
 421       y = height - vextent;\r
 422     }\r
 423 \r
 424     if (y < 0)\r
 425     {\r
 426       y = 0;\r
 427     }\r
 428 \r
 429     if (x < 0)\r
 430     {\r
 431       x = 0;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 435     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 436   }\r
 437 \r
 438   /**\r
 439    * DOCUMENT ME!\r
 440    *\r
 441    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 442    */\r
 443   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 444   {\r
 445 \r
 446     int oldX = av.getStartRes();\r
 447     int oldY = av.getStartSeq();\r
 448 \r
 449     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 450     {\r
 451       int x = hscroll.getValue();\r
 452       av.setStartRes(x);\r
 453       av.setEndRes( (x +\r
 454                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 455     }\r
 456 \r
 457     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 458     {\r
 459       int offy = vscroll.getValue();\r
 460 \r
 461       if (av.getWrapAlignment())\r
 462       {\r
 463         if(offy>-1)\r
 464         {\r
 465           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 466               seqCanvas.getWidth());\r
 467           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 468           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 469         }\r
 470         else\r
 471         {\r
 472           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 473           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 474           //as preference setting\r
 475           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 476               {\r
 477                 public void run()\r
 478                 {\r
 479                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 480                 }\r
 481               });\r
 482         }\r
 483       }\r
 484       else\r
 485       {\r
 486         av.setStartSeq(offy);\r
 487         av.setEndSeq(offy +\r
 488                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 489       }\r
 490     }\r
 491 \r
 492     if (overviewPanel != null)\r
 493     {\r
 494       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 495     }\r
 496 \r
 497     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 498     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 499 \r
 500     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 501     {\r
 502       repaint();\r
 503     }\r
 504     else\r
 505     {\r
 506       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 507       // larger than the visible window\r
 508       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 509         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 510       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 511         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 512 \r
 513       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 514       {\r
 515         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 516         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 517                                      scrollY);\r
 518         scalePanel.repaint();\r
 519 \r
 520         if (av.getShowAnnotation())\r
 521         {\r
 522           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 523         }\r
 524       }\r
 525     }\r
 526   }\r
 527 \r
 528   /**\r
 529    * DOCUMENT ME!\r
 530    *\r
 531    * @param g DOCUMENT ME!\r
 532    */\r
 533   public void paintComponent(Graphics g)\r
 534   {\r
 535     invalidate();\r
 536 \r
 537     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 538     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 539     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 540     validate();\r
 541 \r
 542     if (av.getWrapAlignment())\r
 543     {\r
 544       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 545 \r
 546       if (av.hasHiddenColumns)\r
 547         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 548 \r
 549       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 550             if(canvasWidth>0)\r
 551       {\r
 552         int max = maxwidth /\r
 553             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 554             getWidth()) +\r
 555             1;\r
 556         vscroll.setMaximum(max);\r
 557         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 558         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 559       }\r
 560     }\r
 561     else\r
 562     {\r
 563       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 564     }\r
 565 \r
 566     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 567         && overviewPanel != null)\r
 568         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 569   }\r
 570 \r
 571   /**\r
 572    * DOCUMENT ME!\r
 573    *\r
 574    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 575    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 576    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 577    *\r
 578    * @return DOCUMENT ME!\r
 579    *\r
 580    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 581    */\r
 582   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 583       throws PrinterException\r
 584   {\r
 585     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 586 \r
 587     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 588     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 589 \r
 590     if (av.getWrapAlignment())\r
 591     {\r
 592       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 593     }\r
 594     else\r
 595     {\r
 596       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 597     }\r
 598   }\r
 599 \r
 600   /**\r
 601    * DOCUMENT ME!\r
 602    *\r
 603    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 604    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 605    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 606    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 607    *\r
 608    * @return DOCUMENT ME!\r
 609    *\r
 610    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 611    */\r
 612   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 613       throws PrinterException\r
 614   {\r
 615     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 616     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 617     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 618 \r
 619     pg.setColor(Color.white);\r
 620     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 621     pg.setFont(av.getFont());\r
 622 \r
 623     ////////////////////////////////////\r
 624     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 625     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 626 \r
 627     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 628         1;\r
 629 \r
 630     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 631 \r
 632     /////////////////////////////\r
 633     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 634     int startRes;\r
 635 \r
 636     /////////////////////////////\r
 637     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 638     int endRes;\r
 639 \r
 640     /////////////////////////////\r
 641     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 642     int startSeq;\r
 643 \r
 644     /////////////////////////////\r
 645     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 646     int endSeq;\r
 647     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 648     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 649 \r
 650     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 651     {\r
 652       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 653     }\r
 654 \r
 655     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 656     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 657 \r
 658     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 659     {\r
 660       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 661     }\r
 662 \r
 663     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 664 \r
 665     if (av.showAnnotation)\r
 666     {\r
 667       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 668     }\r
 669 \r
 670     pagesHigh /= pheight;\r
 671 \r
 672     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 673     {\r
 674       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 675     }\r
 676 \r
 677     //draw Scale\r
 678     pg.translate(idWidth, 0);\r
 679     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 680     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 681 \r
 682     ////////////////\r
 683     // Draw the ids\r
 684     Color currentColor = null;\r
 685     Color currentTextColor = null;\r
 686 \r
 687     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 688                         Font.ITALIC,\r
 689                         av.getFont().getSize()));\r
 690     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 691     {\r
 692       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 693           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 694               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 695       {\r
 696         currentColor = Color.gray;\r
 697         currentTextColor = Color.black;\r
 698       }\r
 699       else\r
 700       {\r
 701         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 702         currentTextColor = Color.black;\r
 703       }\r
 704 \r
 705       pg.setColor(currentColor);\r
 706       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 707                   av.getCharHeight());\r
 708 \r
 709       pg.setColor(currentTextColor);\r
 710 \r
 711       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 712           ( av.getShowJVSuffix());\r
 713 \r
 714       pg.drawString(string, 0,\r
 715                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 716                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 717     }\r
 718 \r
 719     pg.setFont(av.getFont());\r
 720 \r
 721     // draw main sequence panel\r
 722     pg.translate(idWidth, 0);\r
 723     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 724 \r
 725     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 726     {\r
 727       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 728       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 729       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 730       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 731                                     1);\r
 732     }\r
 733 \r
 734     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 735   }\r
 736 \r
 737   /**\r
 738    * DOCUMENT ME!\r
 739    *\r
 740    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 741    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 742    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 743    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 744    *\r
 745    * @return DOCUMENT ME!\r
 746    *\r
 747    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 748    */\r
 749   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 750                                    int pi)\r
 751       throws PrinterException\r
 752   {\r
 753 \r
 754     int annotationHeight = 0;\r
 755     AnnotationLabels labels = null;\r
 756     if (av.showAnnotation)\r
 757     {\r
 758       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 759       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 760     }\r
 761 \r
 762     int hgap = av.charHeight;\r
 763     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 764       hgap += av.charHeight;\r
 765 \r
 766     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 767         + hgap\r
 768         + annotationHeight;\r
 769 \r
 770     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 771 \r
 772     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 773     if (av.hasHiddenColumns)\r
 774       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 775 \r
 776 \r
 777     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 778         idWidth);\r
 779 \r
 780     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 781 \r
 782     pg.setColor(Color.white);\r
 783     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 784     pg.setFont(av.getFont());\r
 785 \r
 786     ////////////////\r
 787     // Draw the ids\r
 788     pg.setColor(Color.black);\r
 789 \r
 790     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 791 \r
 792     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 793 \r
 794     int ypos = hgap;\r
 795     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 796                            av.getFont().getSize());\r
 797     pg.setFont(italic);\r
 798 \r
 799     do\r
 800     {\r
 801       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 802       {\r
 803         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 804         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 805 \r
 806         pg.drawString(string, 0,\r
 807                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 808                       (av.charHeight / 5));\r
 809       }\r
 810       if (labels != null)\r
 811       {\r
 812         pg.translate(-3,\r
 813                      ypos +\r
 814                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 815 \r
 816         pg.setFont(av.getFont());\r
 817         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 818         pg.setFont(italic);\r
 819         pg.translate(+3,\r
 820                      -ypos -\r
 821                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 822       }\r
 823 \r
 824       ypos += cHeight;\r
 825     }\r
 826     while (ypos < totalHeight);\r
 827 \r
 828     pg.translate(idWidth, 0);\r
 829 \r
 830     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 831 \r
 832     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 833     {\r
 834       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 835 \r
 836     }\r
 837     else\r
 838     {\r
 839       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 840     }\r
 841   }\r
 842 \r
 843   int getVisibleIdWidth()\r
 844   {\r
 845     return\r
 846         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
 847         calculateIdWidth().width + 4;\r
 848   }\r
 849 \r
 850   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 851   {\r
 852     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 853     if (av.hasHiddenColumns)\r
 854       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
 855 \r
 856     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 857     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
 858 \r
 859     if (av.getWrapAlignment())\r
 860     {\r
 861       height = getWrappedHeight();\r
 862       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 863           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 864       {\r
 865         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
 866       }\r
 867       else\r
 868         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
 869 \r
 870     }\r
 871     else if (av.getShowAnnotation())\r
 872     {\r
 873       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 874     }\r
 875 \r
 876     jalview.util.ImageMaker im;\r
 877     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 878       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 879                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 880                                         "Create PNG image from alignment",\r
 881                                         width, height, file, null);\r
 882     else\r
 883       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 884                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 885                                        "Create EPS file from alignment",\r
 886                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
 887 \r
 888     try\r
 889     {\r
 890       if (av.getWrapAlignment())\r
 891       {\r
 892         if(im.getGraphics()!=null)\r
 893         {\r
 894           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 895           im.writeImage();\r
 896         }\r
 897       }\r
 898       else\r
 899       {\r
 900         if(im.getGraphics()!=null)\r
 901         {\r
 902           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 903           im.writeImage();\r
 904         }\r
 905       }\r
 906     }\r
 907     catch (OutOfMemoryError err)\r
 908     {\r
 909       System.out.println("########################\n"\r
 910                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 911                          + "########################");\r
 912 \r
 913       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 914                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 915                                             +\r
 916                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 917                                             , "Out of memory",\r
 918                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 919       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 920       System.gc();\r
 921 \r
 922     }\r
 923     catch (Exception ex)\r
 924     {\r
 925       ex.printStackTrace();\r
 926     }\r
 927   }\r
 928   /**\r
 929    * DOCUMENT ME!\r
 930    */\r
 931   public void makeEPS(File epsFile)\r
 932   {\r
 933     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
 934   }\r
 935 \r
 936   /**\r
 937    * DOCUMENT ME!\r
 938    */\r
 939   public void makePNG(File pngFile)\r
 940   {\r
 941     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
 942   }\r
 943 \r
 944   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 945   {\r
 946     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 947     //////////////////////////////////////////////\r
 948     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 949     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 950     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 951 \r
 952     // Gen image map\r
 953     //////////////////////////////////\r
 954     if (imgMapFile != null)\r
 955     {\r
 956       try\r
 957       {\r
 958         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
 959             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
 960         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
 961         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 962         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 963         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 964                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 965                     + "<map name=\"Map\">");\r
 966 \r
 967         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 968         {\r
 969           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 970 \r
 971           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 972           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 973           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 974           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
 975           {\r
 976             text = new StringBuffer();\r
 977             Object obj = null;\r
 978             if(av.alignment.isNucleotide())\r
 979               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
 980             else\r
 981               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 982                     seq.getCharAt(res) + "");\r
 983 \r
 984               if (obj == null)\r
 985                   continue;\r
 986 \r
 987             String triplet = obj.toString();\r
 988             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 989             gSize = groups.length;\r
 990             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 991             {\r
 992               if(text.length()<1)\r
 993               {\r
 994                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 995                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 996                   + sy + ","\r
 997                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 998                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 999                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1000                   + alIndex + " " + triplet );\r
1001               }\r
1002 \r
1003               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1004                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1005             }\r
1006 \r
1007             if (features != null)\r
1008             {\r
1009               if(text.length()<1)\r
1010               {\r
1011                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1012                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1013                   + sy + ","\r
1014                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1015                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1016                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1017                   + alIndex + " " + triplet );\r
1018               }\r
1019                 fSize = features.length;\r
1020                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1021                 {\r
1022 \r
1023                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1024                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1025                   {\r
1026                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1027                     {\r
1028                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1029                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1030                       {\r
1031                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1032                                        features[f].getEnd());\r
1033                       }\r
1034                     }\r
1035                     else\r
1036                     {\r
1037                       text.append("<br>");\r
1038                       text.append(features[f].getType());\r
1039                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1040                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1041 \r
1042                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1043                       {\r
1044                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1045                       }\r
1046                     }\r
1047                   }\r
1048 \r
1049                 }\r
1050               }\r
1051               if(text.length()>1)\r
1052               {\r
1053                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1054                 out.println(text.toString());\r
1055               }\r
1056             }\r
1057           }\r
1058         out.println("</map></body></html>");\r
1059         out.close();\r
1060 \r
1061       }\r
1062       catch (Exception ex)\r
1063       {\r
1064         ex.printStackTrace();\r
1065       }\r
1066     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1067 \r
1068   }\r
1069 \r
1070   int getWrappedHeight()\r
1071   {\r
1072     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1073 \r
1074     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1075     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1076               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1077     {\r
1078       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth();\r
1079     }\r
1080 \r
1081     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1082         seqPanelWidth\r
1083           );\r
1084 \r
1085     int hgap = av.charHeight;\r
1086     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1087       hgap += av.charHeight;\r
1088 \r
1089     int annotationHeight = 0;\r
1090     if (av.showAnnotation)\r
1091     {\r
1092       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1093     }\r
1094 \r
1095     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1096         + hgap\r
1097         + annotationHeight;\r
1098 \r
1099     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1100     if (av.hasHiddenColumns)\r
1101       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1102 \r
1103 \r
1104     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1105 \r
1106     return height;\r
1107   }\r
1108 \r
1109   /**\r
1110    * DOCUMENT ME!\r
1111    *\r
1112    * @author $author$\r
1113    * @version $Revision$\r
1114    */\r
1115   class Preview\r
1116       extends JFrame\r
1117   {\r
1118     /**\r
1119      * Creates a new Preview object.\r
1120      *\r
1121      * @param image DOCUMENT ME!\r
1122      */\r
1123     public Preview(Image image)\r
1124     {\r
1125       setResizable(true);\r
1126       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1127       setVisible(true);\r
1128       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1129       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1130       validate();\r
1131       repaint();\r
1132     }\r
1133   }\r
1134 \r
1135   /**\r
1136    * DOCUMENT ME!\r
1137    *\r
1138    * @author $author$\r
1139    * @version $Revision$\r
1140    */\r
1141   class PreviewPanel\r
1142       extends JPanel\r
1143   {\r
1144     Image image;\r
1145 \r
1146     /**\r
1147      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1148      *\r
1149      * @param image DOCUMENT ME!\r
1150      */\r
1151     public PreviewPanel(Image image)\r
1152     {\r
1153       this.image = image;\r
1154     }\r
1155 \r
1156     /**\r
1157      * DOCUMENT ME!\r
1158      *\r
1159      * @param g DOCUMENT ME!\r
1160      */\r
1161     public void paintComponent(Graphics g)\r
1162     {\r
1163       if (image != null)\r
1164       {\r
1165         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1166       }\r
1167       else\r
1168       {\r
1169         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1170       }\r
1171     }\r
1172   }\r
1173 }\r