src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import javax.swing.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationColourChooser\r
  31     extends JPanel\r
  32 {\r
  33   JInternalFrame frame;\r
  34   AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36   ColourSchemeI oldcs;\r
  37   Hashtable oldgroupColours;\r
  38   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  39   boolean adjusting = false;\r
  40 \r
  41   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  44     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  45     {\r
  46       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  47       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  48       SequenceGroup sg;\r
  49       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  50       {\r
  51         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
  52         if(sg.cs!=null)\r
  53           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  54       }\r
  55     }\r
  56     this.av = av;\r
  57     this.ap = ap;\r
  58     frame = new JInternalFrame();\r
  59     frame.setContentPane(this);\r
  60     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  61     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
  62 \r
  63     try\r
  64     {\r
  65       jbInit();\r
  66     }\r
  67     catch (Exception ex)\r
  68     {}\r
  69 \r
  70     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  71     {\r
  72       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  73       {\r
  74         if(!adjusting)\r
  75         {\r
  76           thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
  77           valueChanged();\r
  78         }\r
  79       }\r
  80     });\r
  81 \r
  82     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  83       return;\r
  84 \r
  85     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  86     {\r
  87       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  88       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  89       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  90     }\r
  91     else\r
  92     {\r
  93       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  94       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  95     }\r
  96 \r
  97     adjusting = true;\r
  98     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  99     {\r
 100       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)\r
 101         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
 102     }\r
 103 \r
 104     threshold.addItem("No Threshold");\r
 105     threshold.addItem("Above Threshold");\r
 106     threshold.addItem("Below Threshold");\r
 107 \r
 108     adjusting = false;\r
 109 \r
 110     changeColour();\r
 111 \r
 112   }\r
 113 \r
 114   public AnnotationColourChooser()\r
 115   {\r
 116     try\r
 117     {\r
 118       jbInit();\r
 119     }\r
 120     catch (Exception ex)\r
 121     {\r
 122       ex.printStackTrace();\r
 123     }\r
 124   }\r
 125 \r
 126   private void jbInit()\r
 127       throws Exception\r
 128   {\r
 129     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 130     minColour.setToolTipText("");\r
 131     minColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
 132     minColour.setText("Min Colour");\r
 133     minColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 134     {\r
 135       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 136       {\r
 137         minColour_actionPerformed(e);\r
 138       }\r
 139     });\r
 140     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 141     maxColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
 142     maxColour.setText("Max Colour");\r
 143     maxColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 144     {\r
 145       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 146       {\r
 147         maxColour_actionPerformed(e);\r
 148       }\r
 149     });\r
 150     ok.setOpaque(false);\r
 151     ok.setText("OK");\r
 152     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 153     {\r
 154       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 155       {\r
 156         ok_actionPerformed(e);\r
 157       }\r
 158     });\r
 159     cancel.setOpaque(false);\r
 160     cancel.setText("Cancel");\r
 161     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 162     {\r
 163       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 164       {\r
 165         cancel_actionPerformed(e);\r
 166       }\r
 167     });\r
 168     this.setLayout(borderLayout1);\r
 169     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 170     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 171     {\r
 172       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 173       {\r
 174         annotations_actionPerformed(e);\r
 175       }\r
 176     });\r
 177     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 178     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 179     threshold.addActionListener(new ActionListener()\r
 180     {\r
 181       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 182       {\r
 183         threshold_actionPerformed(e);\r
 184       }\r
 185     });\r
 186     jPanel3.setLayout(flowLayout2);\r
 187     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()\r
 188     {\r
 189       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 190       {\r
 191         thresholdValue_actionPerformed(e);\r
 192       }\r
 193     });\r
 194     slider.setPaintLabels(false);\r
 195     slider.setPaintTicks(true);\r
 196     slider.setBackground(Color.white);\r
 197     slider.setEnabled(false);\r
 198     slider.setOpaque(false);\r
 199     slider.setPreferredSize(new Dimension(150, 32));\r
 200     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 201     thresholdValue.setColumns(10);\r
 202     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 203     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 204     currentColours.setOpaque(false);\r
 205     currentColours.setText("Use Original Colours");\r
 206     currentColours.addActionListener(new ActionListener()\r
 207     {\r
 208       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 209       {\r
 210         currentColours_actionPerformed(e);\r
 211       }\r
 212     });\r
 213     jPanel1.add(ok);\r
 214     jPanel1.add(cancel);\r
 215     jPanel2.add(annotations);\r
 216     jPanel2.add(currentColours);\r
 217     jPanel2.add(minColour);\r
 218     jPanel2.add(maxColour);\r
 219     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 220     jPanel3.add(threshold);\r
 221     jPanel3.add(slider);\r
 222     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 223     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 224     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 225   }\r
 226 \r
 227   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 228   JButton minColour = new JButton();\r
 229   JButton maxColour = new JButton();\r
 230   JButton ok = new JButton();\r
 231   JButton cancel = new JButton();\r
 232   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 233   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 234   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 235   JComboBox threshold = new JComboBox();\r
 236   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 237   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 238   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
 239   JSlider slider = new JSlider();\r
 240   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);\r
 241   JCheckBox currentColours = new JCheckBox();\r
 242 \r
 243   public void minColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 244   {\r
 245     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 246                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 247                                          minColour.getBackground());\r
 248     if (col != null)\r
 249       minColour.setBackground(col);\r
 250     minColour.repaint();\r
 251     changeColour();\r
 252   }\r
 253 \r
 254   public void maxColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 255   {\r
 256     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 257                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 258                                          maxColour.getBackground());\r
 259     if (col != null)\r
 260       maxColour.setBackground(col);\r
 261     maxColour.repaint();\r
 262     changeColour();\r
 263   }\r
 264 \r
 265   void changeColour()\r
 266   {\r
 267     // Check if combobox is still adjusting\r
 268     if (adjusting)\r
 269       return;\r
 270 \r
 271     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 272     // so allow for them again here\r
 273     int nograph = 0, graph = -1;\r
 274     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 275     {\r
 276       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 277         nograph++;\r
 278       else\r
 279         graph++;\r
 280 \r
 281       if (graph == annotations.getSelectedIndex())\r
 282         break;\r
 283     }\r
 284 \r
 285     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];\r
 286 \r
 287     int aboveThreshold = -1;\r
 288     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 289       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 290     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 291       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 292 \r
 293     slider.setEnabled(true);\r
 294     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 295 \r
 296     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 297     {\r
 298       slider.setEnabled(false);\r
 299       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 300       thresholdValue.setText("");\r
 301     }\r
 302     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 303              currentAnnotation.threshold == null)\r
 304     {\r
 305       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 306                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 307                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 308                                       "Threshold",\r
 309                                       Color.black));\r
 310     }\r
 311 \r
 312     if(aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 313     {\r
 314       adjusting = true;\r
 315       float range = currentAnnotation.graphMax * 1000 -\r
 316           currentAnnotation.graphMin * 1000;\r
 317 \r
 318       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 319       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 320       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 321       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 322       slider.setMajorTickSpacing( (int) (range / 10f));\r
 323       slider.setEnabled(true);\r
 324       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 325       adjusting = false;\r
 326     }\r
 327 \r
 328     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 329     if (currentColours.isSelected())\r
 330       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 331           currentAnnotation,\r
 332           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 333     else\r
 334       acg =\r
 335           new AnnotationColourGradient(\r
 336               currentAnnotation,\r
 337               minColour.getBackground(),\r
 338               maxColour.getBackground(),\r
 339               aboveThreshold);\r
 340 \r
 341     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 342 \r
 343     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 344     {\r
 345       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 346       SequenceGroup sg;\r
 347       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 348       {\r
 349         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 350 \r
 351         if (sg.cs == null)\r
 352         {\r
 353           continue;\r
 354         }\r
 355 \r
 356         if (currentColours.isSelected())\r
 357           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 358               currentAnnotation,\r
 359               sg.cs, aboveThreshold);\r
 360         else\r
 361           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 362               currentAnnotation,\r
 363               minColour.getBackground(),\r
 364               maxColour.getBackground(),\r
 365               aboveThreshold);\r
 366 \r
 367       }\r
 368     }\r
 369 \r
 370     ap.repaint();\r
 371   }\r
 372 \r
 373   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 374   {\r
 375     changeColour();\r
 376     try\r
 377     {\r
 378       frame.setClosed(true);\r
 379     }\r
 380     catch (Exception ex)\r
 381     {}\r
 382   }\r
 383 \r
 384   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 385   {\r
 386     reset();\r
 387     try\r
 388     {\r
 389       frame.setClosed(true);\r
 390     }\r
 391     catch (Exception ex)\r
 392     {}\r
 393   }\r
 394 \r
 395 \r
 396   void reset()\r
 397   {\r
 398     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 399     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 400     {\r
 401       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 402       SequenceGroup sg;\r
 403       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 404       {\r
 405         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 406         sg.cs = (ColourSchemeI)oldgroupColours.get(sg);\r
 407       }\r
 408     }\r
 409   }\r
 410 \r
 411   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 412   {\r
 413     changeColour();\r
 414   }\r
 415 \r
 416   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 417   {\r
 418     changeColour();\r
 419   }\r
 420 \r
 421   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 422   {\r
 423     changeColour();\r
 424   }\r
 425 \r
 426   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 427   {\r
 428     try\r
 429     {\r
 430       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());\r
 431       slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 432     }\r
 433     catch (NumberFormatException ex)\r
 434     {}\r
 435   }\r
 436 \r
 437   public void valueChanged()\r
 438   {\r
 439     if (currentColours.isSelected()\r
 440         && !(av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 441     {\r
 442       changeColour();\r
 443     }\r
 444 \r
 445     currentAnnotation.threshold.value = (float)slider.getValue()/1000f;\r
 446     ap.repaint();\r
 447   }\r
 448 \r
 449   public void currentColours_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 450   {\r
 451     if(currentColours.isSelected())\r
 452     {\r
 453       reset();\r
 454     }\r
 455 \r
 456     maxColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 457     minColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 458 \r
 459     changeColour();\r
 460   }\r
 461 \r
 462 }\r