src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import javax.swing.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationColourChooser\r
  31     extends JPanel\r
  32 {\r
  33   JInternalFrame frame;\r
  34   AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36   ColourSchemeI oldcs;\r
  37   Hashtable oldgroupColours;\r
  38   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  39   boolean adjusting = false;\r
  40 \r
  41   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  44     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  45     {\r
  46       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  47       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  48       SequenceGroup sg;\r
  49       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  50       {\r
  51         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
  52         oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  53       }\r
  54     }\r
  55     this.av = av;\r
  56     this.ap = ap;\r
  57     frame = new JInternalFrame();\r
  58     frame.setContentPane(this);\r
  59     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  60     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
  61 \r
  62     try\r
  63     {\r
  64       jbInit();\r
  65     }\r
  66     catch (Exception ex)\r
  67     {}\r
  68 \r
  69     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  70     {\r
  71       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  72       {\r
  73         if(!adjusting)\r
  74         {\r
  75           thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
  76           valueChanged();\r
  77         }\r
  78       }\r
  79     });\r
  80 \r
  81     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  82       return;\r
  83 \r
  84     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  85     {\r
  86       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  87       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  88       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  89     }\r
  90     else\r
  91     {\r
  92       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  93       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  94     }\r
  95 \r
  96     adjusting = true;\r
  97     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  98     {\r
  99       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)\r
 100         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
 101     }\r
 102 \r
 103     threshold.addItem("No Threshold");\r
 104     threshold.addItem("Above Threshold");\r
 105     threshold.addItem("Below Threshold");\r
 106 \r
 107     adjusting = false;\r
 108 \r
 109     changeColour();\r
 110 \r
 111   }\r
 112 \r
 113   public AnnotationColourChooser()\r
 114   {\r
 115     try\r
 116     {\r
 117       jbInit();\r
 118     }\r
 119     catch (Exception ex)\r
 120     {\r
 121       ex.printStackTrace();\r
 122     }\r
 123   }\r
 124 \r
 125   private void jbInit()\r
 126       throws Exception\r
 127   {\r
 128     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 129     minColour.setToolTipText("");\r
 130     minColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
 131     minColour.setText("Min Colour");\r
 132     minColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 133     {\r
 134       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 135       {\r
 136         minColour_actionPerformed(e);\r
 137       }\r
 138     });\r
 139     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 140     maxColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
 141     maxColour.setText("Max Colour");\r
 142     maxColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 143     {\r
 144       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 145       {\r
 146         maxColour_actionPerformed(e);\r
 147       }\r
 148     });\r
 149     ok.setOpaque(false);\r
 150     ok.setText("OK");\r
 151     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 152     {\r
 153       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 154       {\r
 155         ok_actionPerformed(e);\r
 156       }\r
 157     });\r
 158     cancel.setOpaque(false);\r
 159     cancel.setText("Cancel");\r
 160     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 161     {\r
 162       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 163       {\r
 164         cancel_actionPerformed(e);\r
 165       }\r
 166     });\r
 167     this.setLayout(borderLayout1);\r
 168     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 169     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 170     {\r
 171       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 172       {\r
 173         annotations_actionPerformed(e);\r
 174       }\r
 175     });\r
 176     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 177     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 178     threshold.addActionListener(new ActionListener()\r
 179     {\r
 180       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 181       {\r
 182         threshold_actionPerformed(e);\r
 183       }\r
 184     });\r
 185     jPanel3.setLayout(flowLayout2);\r
 186     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()\r
 187     {\r
 188       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 189       {\r
 190         thresholdValue_actionPerformed(e);\r
 191       }\r
 192     });\r
 193     slider.setPaintLabels(false);\r
 194     slider.setPaintTicks(true);\r
 195     slider.setBackground(Color.white);\r
 196     slider.setEnabled(false);\r
 197     slider.setOpaque(false);\r
 198     slider.setPreferredSize(new Dimension(150, 32));\r
 199     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 200     thresholdValue.setColumns(10);\r
 201     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 202     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 203     currentColours.setOpaque(false);\r
 204     currentColours.setText("Use Original Colours");\r
 205     currentColours.addActionListener(new ActionListener()\r
 206     {\r
 207       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 208       {\r
 209         currentColours_actionPerformed(e);\r
 210       }\r
 211     });\r
 212     jPanel1.add(ok);\r
 213     jPanel1.add(cancel);\r
 214     jPanel2.add(annotations);\r
 215     jPanel2.add(currentColours);\r
 216     jPanel2.add(minColour);\r
 217     jPanel2.add(maxColour);\r
 218     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 219     jPanel3.add(threshold);\r
 220     jPanel3.add(slider);\r
 221     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 222     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 223     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 224   }\r
 225 \r
 226   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 227   JButton minColour = new JButton();\r
 228   JButton maxColour = new JButton();\r
 229   JButton ok = new JButton();\r
 230   JButton cancel = new JButton();\r
 231   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 232   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 233   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 234   JComboBox threshold = new JComboBox();\r
 235   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 236   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 237   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
 238   JSlider slider = new JSlider();\r
 239   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);\r
 240   JCheckBox currentColours = new JCheckBox();\r
 241 \r
 242   public void minColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 243   {\r
 244     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 245                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 246                                          minColour.getBackground());\r
 247     if (col != null)\r
 248       minColour.setBackground(col);\r
 249     minColour.repaint();\r
 250     changeColour();\r
 251   }\r
 252 \r
 253   public void maxColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 254   {\r
 255     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 256                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 257                                          maxColour.getBackground());\r
 258     if (col != null)\r
 259       maxColour.setBackground(col);\r
 260     maxColour.repaint();\r
 261     changeColour();\r
 262   }\r
 263 \r
 264   void changeColour()\r
 265   {\r
 266     // Check if combobox is still adjusting\r
 267     if (adjusting)\r
 268       return;\r
 269 \r
 270     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 271     // so allow for them again here\r
 272     int nograph = 0, graph = -1;\r
 273     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 274     {\r
 275       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 276         nograph++;\r
 277       else\r
 278         graph++;\r
 279 \r
 280       if (graph == annotations.getSelectedIndex())\r
 281         break;\r
 282     }\r
 283 \r
 284     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];\r
 285 \r
 286     int aboveThreshold = -1;\r
 287     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 288       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 289     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 290       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 291 \r
 292     slider.setEnabled(true);\r
 293     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 294 \r
 295     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 296     {\r
 297       slider.setEnabled(false);\r
 298       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 299       thresholdValue.setText("");\r
 300     }\r
 301     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 302              currentAnnotation.threshold == null)\r
 303     {\r
 304       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 305                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 306                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 307                                       "Threshold",\r
 308                                       Color.black));\r
 309     }\r
 310 \r
 311     if(aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 312     {\r
 313       adjusting = true;\r
 314       float range = currentAnnotation.graphMax * 1000 -\r
 315           currentAnnotation.graphMin * 1000;\r
 316 \r
 317       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 318       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 319       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 320       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 321       slider.setMajorTickSpacing( (int) (range / 10f));\r
 322       slider.setEnabled(true);\r
 323       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 324       adjusting = false;\r
 325     }\r
 326 \r
 327     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 328     if (currentColours.isSelected())\r
 329       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 330           currentAnnotation,\r
 331           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 332     else\r
 333       acg =\r
 334           new AnnotationColourGradient(\r
 335               currentAnnotation,\r
 336               minColour.getBackground(),\r
 337               maxColour.getBackground(),\r
 338               aboveThreshold);\r
 339 \r
 340     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 341 \r
 342     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 343     {\r
 344       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 345       SequenceGroup sg;\r
 346       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 347       {\r
 348         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 349 \r
 350         if (sg.cs == null)\r
 351         {\r
 352           continue;\r
 353         }\r
 354 \r
 355         if (currentColours.isSelected())\r
 356           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 357               currentAnnotation,\r
 358               sg.cs, aboveThreshold);\r
 359         else\r
 360           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 361               currentAnnotation,\r
 362               minColour.getBackground(),\r
 363               maxColour.getBackground(),\r
 364               aboveThreshold);\r
 365 \r
 366       }\r
 367     }\r
 368 \r
 369     ap.repaint();\r
 370   }\r
 371 \r
 372   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 373   {\r
 374     changeColour();\r
 375     try\r
 376     {\r
 377       frame.setClosed(true);\r
 378     }\r
 379     catch (Exception ex)\r
 380     {}\r
 381   }\r
 382 \r
 383   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 384   {\r
 385     reset();\r
 386     try\r
 387     {\r
 388       frame.setClosed(true);\r
 389     }\r
 390     catch (Exception ex)\r
 391     {}\r
 392   }\r
 393 \r
 394 \r
 395   void reset()\r
 396   {\r
 397     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 398     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 399     {\r
 400       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 401       SequenceGroup sg;\r
 402       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 403       {\r
 404         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 405         sg.cs = (ColourSchemeI)oldgroupColours.get(sg);\r
 406       }\r
 407     }\r
 408   }\r
 409 \r
 410   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 411   {\r
 412     changeColour();\r
 413   }\r
 414 \r
 415   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 416   {\r
 417     changeColour();\r
 418   }\r
 419 \r
 420   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 421   {\r
 422     changeColour();\r
 423   }\r
 424 \r
 425   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 426   {\r
 427     try\r
 428     {\r
 429       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());\r
 430       slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 431     }\r
 432     catch (NumberFormatException ex)\r
 433     {}\r
 434   }\r
 435 \r
 436   public void valueChanged()\r
 437   {\r
 438     if (currentColours.isSelected()\r
 439         && !(av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 440     {\r
 441       changeColour();\r
 442     }\r
 443 \r
 444     currentAnnotation.threshold.value = (float)slider.getValue()/1000f;\r
 445     ap.repaint();\r
 446   }\r
 447 \r
 448   public void currentColours_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 449   {\r
 450     if(currentColours.isSelected())\r
 451     {\r
 452       reset();\r
 453     }\r
 454 \r
 455     maxColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 456     minColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 457 \r
 458     changeColour();\r
 459   }\r
 460 \r
 461 }\r