src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import jalview.api.FeatureRenderer;
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.AnnotationFile;
  30 import jalview.io.FeaturesFile;
  31 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  32 import jalview.io.JalviewFileView;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.io.FileWriter;
  40 import java.io.PrintWriter;
  41
  42 import javax.swing.BoxLayout;
  43 import javax.swing.ButtonGroup;
  44 import javax.swing.JButton;
  45 import javax.swing.JCheckBox;
  46 import javax.swing.JInternalFrame;
  47 import javax.swing.JLabel;
  48 import javax.swing.JLayeredPane;
  49 import javax.swing.JPanel;
  50 import javax.swing.JRadioButton;
  51 import javax.swing.SwingConstants;
  52
  53 /**
  54  *
  55  * GUI dialog for exporting features or alignment annotations depending upon
  56  * which method is called.
  57  *
  58  * @author AMW
  59  *
  60  */
  61 public class AnnotationExporter extends JPanel
  62 {
  63   private JInternalFrame frame;
  64
  65   private AlignmentPanel ap;
  66
  67   /*
  68    * true if exporting features, false if exporting annotations
  69    */
  70   private boolean exportFeatures = true;
  71
  72   private AlignmentAnnotation[] annotations;
  73
  74   private boolean wholeView;
  75
  76   /*
  77    * option to export linked (CDS/peptide) features when shown
  78    * on the alignment, converted to this alignment's coordinates
  79    */
  80   private JCheckBox includeLinkedFeatures;
  81
  82   /*
  83    * output format option shown for feature export
  84    */
  85   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();
  86
  87   /*
  88    * output format option shown for annotation export
  89    */
  90   JRadioButton CSVFormat = new JRadioButton();
  91
  92   private JPanel linkedFeaturesPanel;
  93
  94   /**
  95    * Constructor
  96    *
  97    * @param panel
  98    */
  99   public AnnotationExporter(AlignmentPanel panel)
 100   {
 101     this.ap = panel;
 102     try
 103     {
 104       jbInit();
 105     } catch (Exception ex)
 106     {
 107       ex.printStackTrace();
 108     }
 109
 110     frame = new JInternalFrame();
 111     frame.setContentPane(this);
 112     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 113     Dimension preferredSize = frame.getPreferredSize();
 114     Desktop.addInternalFrame(frame, "", true, preferredSize.width,
 115             preferredSize.height, true, true);
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Configures the dialog for options to export visible features. If from a split
 120    * frame panel showing linked features, make the option to include these in the
 121    * export visible.
 122    */
 123   public void exportFeatures()
 124   {
 125     exportFeatures = true;
 126     CSVFormat.setVisible(false);
 127     if (ap.av.isShowComplementFeatures())
 128     {
 129       linkedFeaturesPanel.setVisible(true);
 130       frame.pack();
 131     }
 132     frame.setTitle(MessageManager.getString("label.export_features"));
 133   }
 134
 135   /**
 136    * Configures the dialog for options to export all visible annotations
 137    */
 138   public void exportAnnotations()
 139   {
 140     boolean showAnnotation = ap.av.isShowAnnotation();
 141     exportAnnotation(showAnnotation ? null
 142             : ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation(), true);
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Configures the dialog for options to export the given annotation row
 147    *
 148    * @param toExport
 149    */
 150   public void exportAnnotation(AlignmentAnnotation toExport)
 151   {
 152     exportAnnotation(new AlignmentAnnotation[] { toExport }, false);
 153   }
 154
 155   private void exportAnnotation(AlignmentAnnotation[] toExport,
 156           boolean forWholeView)
 157   {
 158     wholeView = forWholeView;
 159     annotations = toExport;
 160     exportFeatures = false;
 161     GFFFormat.setVisible(false);
 162     CSVFormat.setVisible(true);
 163     frame.setTitle(MessageManager.getString("label.export_annotations"));
 164   }
 165
 166   private void toFile_actionPerformed()
 167   {
 168     // TODO: JAL-3048 JalviewFileChooser - Save option
 169     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 170             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 171
 172     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 173     chooser.setDialogTitle(exportFeatures
 174             ? MessageManager.getString("label.save_features_to_file")
 175             : MessageManager.getString("label.save_annotation_to_file"));
 176     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 177
 178     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 179
 180     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 181     {
 182       String text = getText();
 183
 184       try
 185       {
 186         PrintWriter out = new PrintWriter(
 187                 new FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 188         out.print(text);
 189         out.close();
 190       } catch (Exception ex)
 191       {
 192         ex.printStackTrace();
 193       }
 194     }
 195
 196     close_actionPerformed();
 197   }
 198
 199   /**
 200    * Answers the text to output for either Features (in GFF or Jalview format) or
 201    * Annotations (in CSV or Jalview format)
 202    *
 203    * @return
 204    */
 205   private String getText()
 206   {
 207     return exportFeatures ? getFeaturesText() : getAnnotationsText();
 208   }
 209
 210   /**
 211    * Returns the text contents for output of annotations in either CSV or Jalview
 212    * format
 213    *
 214    * @return
 215    */
 216   private String getAnnotationsText()
 217   {
 218     String text;
 219     if (CSVFormat.isSelected())
 220     {
 221       text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);
 222     }
 223     else
 224     {
 225       if (wholeView)
 226       {
 227         text = new AnnotationFile().printAnnotationsForView(ap.av);
 228       }
 229       else
 230       {
 231         text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations, null,
 232                 null);
 233       }
 234     }
 235     return text;
 236   }
 237
 238   /**
 239    * Returns the text contents for output of features in either GFF or Jalview
 240    * format
 241    *
 242    * @return
 243    */
 244   private String getFeaturesText()
 245   {
 246     String text;
 247     SequenceI[] sequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 248     boolean includeNonPositional = ap.av.isShowNPFeats();
 249
 250     FeaturesFile formatter = new FeaturesFile();
 251     final FeatureRenderer fr = ap.getFeatureRenderer();
 252     boolean includeComplement = includeLinkedFeatures.isSelected();
 253
 254     if (GFFFormat.isSelected())
 255     {
 256       text = formatter.printGffFormat(sequences, fr, includeNonPositional,
 257               includeComplement);
 258     }
 259     else
 260     {
 261       text = formatter.printJalviewFormat(sequences, fr,
 262               includeNonPositional, includeComplement);
 263     }
 264     return text;
 265   }
 266
 267   private void toTextbox_actionPerformed()
 268   {
 269     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 270
 271     try
 272     {
 273       String text = getText();
 274       cap.setText(text);
 275       Desktop.addInternalFrame(cap, (exportFeatures ? MessageManager
 276               .formatMessage("label.features_for_params", new String[]
 277               { ap.alignFrame.getTitle() })
 278               : MessageManager.formatMessage("label.annotations_for_params",
 279                       new String[]
 280                       { ap.alignFrame.getTitle() })),
 281               600, 500);
 282     } catch (OutOfMemoryError oom)
 283     {
 284       new OOMWarning((exportFeatures ? MessageManager.formatMessage(
 285               "label.generating_features_for_params", new String[]
 286               { ap.alignFrame.getTitle() })
 287               : MessageManager.formatMessage(
 288                       "label.generating_annotations_for_params",
 289                       new String[]
 290                       { ap.alignFrame.getTitle() })),
 291               oom);
 292       cap.dispose();
 293     }
 294
 295     close_actionPerformed();
 296   }
 297
 298   private void close_actionPerformed()
 299   {
 300     try
 301     {
 302       frame.setClosed(true);
 303     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 304     {
 305     }
 306   }
 307
 308   /**
 309    * Adds widgets to the panel
 310    *
 311    * @throws Exception
 312    */
 313   private void jbInit() throws Exception
 314   {
 315     this.setLayout(new BoxLayout(this, BoxLayout.Y_AXIS));
 316     this.setBackground(Color.white);
 317
 318     JPanel formatPanel = buildFormatOptionsPanel();
 319     JPanel linkedFeatures = buildLinkedFeaturesPanel();
 320     JPanel actionsPanel = buildActionsPanel();
 321
 322     this.add(formatPanel);
 323     this.add(linkedFeatures);
 324     this.add(actionsPanel);
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Builds a panel with a checkbox for the option to export linked (CDS/peptide)
 329    * features. This is hidden by default, and only made visible if exporting
 330    * features from a split frame panel which is configured to show linked
 331    * features.
 332    *
 333    * @return
 334    */
 335   private JPanel buildLinkedFeaturesPanel()
 336   {
 337     linkedFeaturesPanel = new JPanel();
 338     linkedFeaturesPanel.setOpaque(false);
 339
 340     boolean nucleotide = ap.av.isNucleotide();
 341     String complement = nucleotide
 342             ? MessageManager.getString("label.protein").toLowerCase(Locale.ROOT)
 343             : "CDS";
 344     JLabel label = new JLabel(
 345             MessageManager.formatMessage("label.include_linked_features",
 346                     complement));
 347     label.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 348     String tooltip = MessageManager
 349             .formatMessage("label.include_linked_tooltip", complement);
 350     label.setToolTipText(
 351             JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tooltip));
 352
 353     includeLinkedFeatures = new JCheckBox();
 354     linkedFeaturesPanel.add(label);
 355     linkedFeaturesPanel.add(includeLinkedFeatures);
 356     linkedFeaturesPanel.setVisible(false);
 357
 358     return linkedFeaturesPanel;
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Builds the panel with to File or Textbox or Close actions
 363    *
 364    * @return
 365    */
 366   JPanel buildActionsPanel()
 367   {
 368     JPanel actionsPanel = new JPanel();
 369     actionsPanel.setOpaque(false);
 370
 371     JButton toFile = new JButton(MessageManager.getString("label.to_file"));
 372     toFile.addActionListener(new ActionListener()
 373     {
 374       @Override
 375       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 376       {
 377         toFile_actionPerformed();
 378       }
 379     });
 380     JButton toTextbox = new JButton(
 381             MessageManager.getString("label.to_textbox"));
 382     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()
 383     {
 384       @Override
 385       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 386       {
 387         toTextbox_actionPerformed();
 388       }
 389     });
 390     JButton close = new JButton(MessageManager.getString("action.close"));
 391     close.addActionListener(new ActionListener()
 392     {
 393       @Override
 394       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 395       {
 396         close_actionPerformed();
 397       }
 398     });
 399
 400     actionsPanel.add(toFile);
 401     actionsPanel.add(toTextbox);
 402     actionsPanel.add(close);
 403
 404     return actionsPanel;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Builds the panel with options to output in Jalview, GFF or CSV format. GFF is
 409    * only made visible when exporting features, CSV only when exporting
 410    * annotation.
 411    *
 412    * @return
 413    */
 414   JPanel buildFormatOptionsPanel()
 415   {
 416     JPanel formatPanel = new JPanel();
 417     // formatPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
 418     formatPanel.setOpaque(false);
 419
 420     JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton("Jalview");
 421     jalviewFormat.setOpaque(false);
 422     jalviewFormat.setSelected(true);
 423     GFFFormat.setOpaque(false);
 424     GFFFormat.setText("GFF");
 425     CSVFormat.setOpaque(false);
 426     CSVFormat.setText(MessageManager.getString("label.csv_spreadsheet"));
 427
 428     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 429     buttonGroup.add(jalviewFormat);
 430     buttonGroup.add(GFFFormat);
 431     buttonGroup.add(CSVFormat);
 432
 433     JLabel format = new JLabel(
 434             MessageManager.getString("action.format") + " ");
 435     format.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 436
 437     formatPanel.add(format);
 438     formatPanel.add(jalviewFormat);
 439     formatPanel.add(GFFFormat);
 440     formatPanel.add(CSVFormat);
 441
 442     return formatPanel;
 443   }
 444 }