src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import java.util.*;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.io.*;\r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * \r
  31  * GUI dialog for exporting features or alignment annotations depending upon\r
  32  * which method is called.\r
  33  * \r
  34  * @author AMW\r
  35  * \r
  36  */\r
  37 public class AnnotationExporter extends JPanel\r
  38 {\r
  39   JInternalFrame frame;\r
  40 \r
  41   AlignmentPanel ap;\r
  42 \r
  43   boolean features = true;\r
  44 \r
  45   AlignmentAnnotation[] annotations;\r
  46 \r
  47   Vector sequenceGroups;\r
  48 \r
  49   Hashtable alignmentProperties;\r
  50 \r
  51   public AnnotationExporter()\r
  52   {\r
  53     try\r
  54     {\r
  55       jbInit();\r
  56     } catch (Exception ex)\r
  57     {\r
  58       ex.printStackTrace();\r
  59     }\r
  60 \r
  61     frame = new JInternalFrame();\r
  62     frame.setContentPane(this);\r
  63     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  64     Desktop.addInternalFrame(frame, "", frame.getPreferredSize().width, frame.getPreferredSize().height);\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)\r
  68   {\r
  69     this.ap = ap;\r
  70     features = true;\r
  71     CSVFormat.setVisible(false);\r
  72     frame.setTitle("Export Features");\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,\r
  76           AlignmentAnnotation[] annotations, Vector sequenceGroups,\r
  77           Hashtable alProperties)\r
  78   {\r
  79     this.ap = ap;\r
  80     features = false;\r
  81     GFFFormat.setVisible(false);\r
  82     CSVFormat.setVisible(true);\r
  83     this.annotations = annotations;\r
  84     this.sequenceGroups = sequenceGroups;\r
  85     this.alignmentProperties = alProperties;\r
  86     frame.setTitle("Export Annotations");\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  90   {\r
  91     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
  92             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
  93 \r
  94     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  95     chooser.setDialogTitle(features ? "Save Features to File"\r
  96             : "Save Annotation to File");\r
  97     chooser.setToolTipText("Save");\r
  98 \r
  99     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 100 \r
 101     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 102     {\r
 103       String text = "No features found on alignment";\r
 104       if (features)\r
 105       {\r
 106         if (GFFFormat.isSelected())\r
 107         {\r
 108           text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.alignment\r
 109                   .getDataset().getSequencesArray(),\r
 110                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());// ap.av.featuresDisplayed//);\r
 111         }\r
 112         else\r
 113         {\r
 114           text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.alignment\r
 115                   .getDataset().getSequencesArray(),\r
 116                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats()); // ap.av.featuresDisplayed);\r
 117         }\r
 118       }\r
 119       else\r
 120       {\r
 121         if (CSVFormat.isSelected())\r
 122         {\r
 123           text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 124         }\r
 125         else\r
 126         {\r
 127           text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,\r
 128                   sequenceGroups, alignmentProperties);\r
 129         }\r
 130       }\r
 131 \r
 132       try\r
 133       {\r
 134         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 135                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
 136 \r
 137         out.print(text);\r
 138         out.close();\r
 139       } catch (Exception ex)\r
 140       {\r
 141         ex.printStackTrace();\r
 142       }\r
 143     }\r
 144 \r
 145     close_actionPerformed(null);\r
 146   }\r
 147 \r
 148   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 149   {\r
 150     String text = "No features found on alignment";\r
 151     if (features)\r
 152     {\r
 153       if (GFFFormat.isSelected())\r
 154       {\r
 155         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.alignment\r
 156                 .getDataset().getSequencesArray(),\r
 157                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());\r
 158       }\r
 159       else\r
 160       {\r
 161         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.alignment\r
 162                 .getDataset().getSequencesArray(),\r
 163                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());\r
 164       }\r
 165     }\r
 166     else if (!features)\r
 167     {\r
 168       if (CSVFormat.isSelected())\r
 169       {\r
 170         text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 171       }\r
 172       else\r
 173       {\r
 174         text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,\r
 175                 sequenceGroups, alignmentProperties);\r
 176       }\r
 177     }\r
 178 \r
 179     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 180     try\r
 181     {\r
 182       cap.setText(text);\r
 183       Desktop.addInternalFrame(cap, (features ? "Features for - "\r
 184               : "Annotations for - ") + ap.alignFrame.getTitle(), 600, 500);\r
 185     } catch (OutOfMemoryError oom)\r
 186     {\r
 187       new OOMWarning("generating "\r
 188               + (features ? "Features for - " : "Annotations for - ")\r
 189               + ap.alignFrame.getTitle(), oom);\r
 190       cap.dispose();\r
 191     }\r
 192 \r
 193     close_actionPerformed(null);\r
 194   }\r
 195 \r
 196   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
 197   {\r
 198     Hashtable fcols = new Hashtable();\r
 199     if (ap.av.featuresDisplayed == null)\r
 200     {\r
 201       return fcols;\r
 202     }\r
 203     Enumeration en = ap.av.featuresDisplayed.keys();\r
 204     FeatureRenderer fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer(); // consider\r
 205                                                                      // higher\r
 206                                                                      // level\r
 207                                                                      // method ?\r
 208     while (en.hasMoreElements())\r
 209     {\r
 210       Object col = en.nextElement();\r
 211       fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
 212     }\r
 213     return fcols;\r
 214   }\r
 215 \r
 216   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 217   {\r
 218     try\r
 219     {\r
 220       frame.setClosed(true);\r
 221     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 222     {\r
 223     }\r
 224   }\r
 225 \r
 226   private void jbInit() throws Exception\r
 227   {\r
 228     this.setLayout(new BorderLayout());\r
 229     \r
 230     toFile.setText("to File");\r
 231     toFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 232     {\r
 233       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 234       {\r
 235         toFile_actionPerformed(e);\r
 236       }\r
 237     });\r
 238     toTextbox.setText("to Textbox");\r
 239     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()\r
 240     {\r
 241       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 242       {\r
 243         toTextbox_actionPerformed(e);\r
 244       }\r
 245     });\r
 246     close.setText("Close");\r
 247     close.addActionListener(new ActionListener()\r
 248     {\r
 249       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 250       {\r
 251         close_actionPerformed(e);\r
 252       }\r
 253     });\r
 254     jalviewFormat.setOpaque(false);\r
 255     jalviewFormat.setSelected(true);\r
 256     jalviewFormat.setText("Jalview");\r
 257     GFFFormat.setOpaque(false);\r
 258     GFFFormat.setText("GFF");\r
 259     CSVFormat.setOpaque(false);\r
 260     CSVFormat.setText("CSV(Spreadsheet)");\r
 261     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);\r
 262     jLabel1.setText("Format: ");\r
 263     this.setBackground(Color.white);\r
 264     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 265     jPanel3.setOpaque(false);\r
 266     jPanel1.setOpaque(false);\r
 267     jPanel1.add(toFile);\r
 268     jPanel1.add(toTextbox);\r
 269     jPanel1.add(close);\r
 270     jPanel3.add(jLabel1);\r
 271     jPanel3.add(jalviewFormat);\r
 272     jPanel3.add(GFFFormat);\r
 273     jPanel3.add(CSVFormat);\r
 274     buttonGroup.add(jalviewFormat);\r
 275     buttonGroup.add(GFFFormat);\r
 276     buttonGroup.add(CSVFormat);\r
 277     this.add(jPanel3, BorderLayout.CENTER);\r
 278     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);\r
 279   }\r
 280 \r
 281   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 282 \r
 283   JButton toFile = new JButton();\r
 284 \r
 285   JButton toTextbox = new JButton();\r
 286 \r
 287   JButton close = new JButton();\r
 288 \r
 289   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();\r
 290 \r
 291   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();\r
 292 \r
 293   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();\r
 294 \r
 295   JRadioButton CSVFormat = new JRadioButton();\r
 296 \r
 297   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 298 \r
 299   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 300 \r
 301   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 302 \r
 303 }\r