src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22 import java.util.List;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import javax.swing.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.io.*;
  30
  31 /**
  32  *
  33  * GUI dialog for exporting features or alignment annotations depending upon
  34  * which method is called.
  35  *
  36  * @author AMW
  37  *
  38  */
  39 public class AnnotationExporter extends JPanel
  40 {
  41   JInternalFrame frame;
  42
  43   AlignmentPanel ap;
  44
  45   boolean features = true;
  46
  47   AlignmentAnnotation[] annotations;
  48
  49   List<SequenceGroup> sequenceGroups;
  50
  51   Hashtable alignmentProperties;
  52
  53   public AnnotationExporter()
  54   {
  55     try
  56     {
  57       jbInit();
  58     } catch (Exception ex)
  59     {
  60       ex.printStackTrace();
  61     }
  62
  63     frame = new JInternalFrame();
  64     frame.setContentPane(this);
  65     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
  66     Desktop.addInternalFrame(frame, "", frame.getPreferredSize().width,
  67             frame.getPreferredSize().height);
  68   }
  69
  70   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)
  71   {
  72     this.ap = ap;
  73     features = true;
  74     CSVFormat.setVisible(false);
  75     frame.setTitle("Export Features");
  76   }
  77
  78   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,
  79           AlignmentAnnotation[] annotations, List<SequenceGroup> list,
  80           Hashtable alProperties)
  81   {
  82     this.ap = ap;
  83     features = false;
  84     GFFFormat.setVisible(false);
  85     CSVFormat.setVisible(true);
  86     this.annotations = annotations;
  87     this.sequenceGroups = list;
  88     this.alignmentProperties = alProperties;
  89     frame.setTitle("Export Annotations");
  90   }
  91
  92   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)
  93   {
  94     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
  95             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
  96
  97     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
  98     chooser.setDialogTitle(features ? "Save Features to File"
  99             : "Save Annotation to File");
 100     chooser.setToolTipText("Save");
 101
 102     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 103
 104     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 105     {
 106       String text = "No features found on alignment";
 107       if (features)
 108       {
 109         if (GFFFormat.isSelected())
 110         {
 111           text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.getAlignment()
 112                   .getDataset().getSequencesArray(),
 113                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());// ap.av.featuresDisplayed//);
 114         }
 115         else
 116         {
 117           text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.getAlignment()
 118                   .getDataset().getSequencesArray(),
 119                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats()); // ap.av.featuresDisplayed);
 120         }
 121       }
 122       else
 123       {
 124         if (CSVFormat.isSelected())
 125         {
 126           text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);
 127         }
 128         else
 129         {
 130           text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,
 131                   sequenceGroups, alignmentProperties);
 132         }
 133       }
 134
 135       try
 136       {
 137         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 138                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 139
 140         out.print(text);
 141         out.close();
 142       } catch (Exception ex)
 143       {
 144         ex.printStackTrace();
 145       }
 146     }
 147
 148     close_actionPerformed(null);
 149   }
 150
 151   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 152   {
 153     String text = "No features found on alignment";
 154     if (features)
 155     {
 156       if (GFFFormat.isSelected())
 157       {
 158         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.getAlignment()
 159                 .getDataset().getSequencesArray(),
 160                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());
 161       }
 162       else
 163       {
 164         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.getAlignment()
 165                 .getDataset().getSequencesArray(),
 166                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());
 167       }
 168     }
 169     else if (!features)
 170     {
 171       if (CSVFormat.isSelected())
 172       {
 173         text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);
 174       }
 175       else
 176       {
 177         text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,
 178                 sequenceGroups, alignmentProperties);
 179       }
 180     }
 181
 182     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 183     try
 184     {
 185       cap.setText(text);
 186       Desktop.addInternalFrame(cap, (features ? "Features for - "
 187               : "Annotations for - ") + ap.alignFrame.getTitle(), 600, 500);
 188     } catch (OutOfMemoryError oom)
 189     {
 190       new OOMWarning("generating "
 191               + (features ? "Features for - " : "Annotations for - ")
 192               + ap.alignFrame.getTitle(), oom);
 193       cap.dispose();
 194     }
 195
 196     close_actionPerformed(null);
 197   }
 198
 199   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()
 200   {
 201     Hashtable fcols = new Hashtable();
 202     if (ap.av.featuresDisplayed == null)
 203     {
 204       return fcols;
 205     }
 206     Enumeration en = ap.av.featuresDisplayed.keys();
 207     FeatureRenderer fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer(); // consider
 208                                                                      // higher
 209                                                                      // level
 210                                                                      // method ?
 211     while (en.hasMoreElements())
 212     {
 213       Object col = en.nextElement();
 214       fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));
 215     }
 216     return fcols;
 217   }
 218
 219   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 220   {
 221     try
 222     {
 223       frame.setClosed(true);
 224     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 225     {
 226     }
 227   }
 228
 229   private void jbInit() throws Exception
 230   {
 231     this.setLayout(new BorderLayout());
 232
 233     toFile.setText("to File");
 234     toFile.addActionListener(new ActionListener()
 235     {
 236       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 237       {
 238         toFile_actionPerformed(e);
 239       }
 240     });
 241     toTextbox.setText("to Textbox");
 242     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()
 243     {
 244       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 245       {
 246         toTextbox_actionPerformed(e);
 247       }
 248     });
 249     close.setText("Close");
 250     close.addActionListener(new ActionListener()
 251     {
 252       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 253       {
 254         close_actionPerformed(e);
 255       }
 256     });
 257     jalviewFormat.setOpaque(false);
 258     jalviewFormat.setSelected(true);
 259     jalviewFormat.setText("Jalview");
 260     GFFFormat.setOpaque(false);
 261     GFFFormat.setText("GFF");
 262     CSVFormat.setOpaque(false);
 263     CSVFormat.setText("CSV(Spreadsheet)");
 264     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 265     jLabel1.setText("Format: ");
 266     this.setBackground(Color.white);
 267     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
 268     jPanel3.setOpaque(false);
 269     jPanel1.setOpaque(false);
 270     jPanel1.add(toFile);
 271     jPanel1.add(toTextbox);
 272     jPanel1.add(close);
 273     jPanel3.add(jLabel1);
 274     jPanel3.add(jalviewFormat);
 275     jPanel3.add(GFFFormat);
 276     jPanel3.add(CSVFormat);
 277     buttonGroup.add(jalviewFormat);
 278     buttonGroup.add(GFFFormat);
 279     buttonGroup.add(CSVFormat);
 280     this.add(jPanel3, BorderLayout.CENTER);
 281     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 282   }
 283
 284   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 285
 286   JButton toFile = new JButton();
 287
 288   JButton toTextbox = new JButton();
 289
 290   JButton close = new JButton();
 291
 292   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 293
 294   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();
 295
 296   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();
 297
 298   JRadioButton CSVFormat = new JRadioButton();
 299
 300   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 301
 302   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 303
 304   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 305
 306 }