src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 /**
  31  *
  32  * GUI dialog for exporting features or alignment annotations depending upon
  33  * which method is called.
  34  *
  35  * @author AMW
  36  *
  37  */
  38 public class AnnotationExporter extends JPanel
  39 {
  40   JInternalFrame frame;
  41
  42   AlignmentPanel ap;
  43
  44   boolean features = true;
  45
  46   AlignmentAnnotation[] annotations;
  47
  48   List<SequenceGroup> sequenceGroups;
  49
  50   Hashtable alignmentProperties;
  51
  52   public AnnotationExporter()
  53   {
  54     try
  55     {
  56       jbInit();
  57     } catch (Exception ex)
  58     {
  59       ex.printStackTrace();
  60     }
  61
  62     frame = new JInternalFrame();
  63     frame.setContentPane(this);
  64     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
  65     Desktop.addInternalFrame(frame, "", frame.getPreferredSize().width,
  66             frame.getPreferredSize().height);
  67   }
  68
  69   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)
  70   {
  71     this.ap = ap;
  72     features = true;
  73     CSVFormat.setVisible(false);
  74     frame.setTitle("Export Features");
  75   }
  76
  77   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,
  78           AlignmentAnnotation[] annotations, List<SequenceGroup> list,
  79           Hashtable alProperties)
  80   {
  81     this.ap = ap;
  82     features = false;
  83     GFFFormat.setVisible(false);
  84     CSVFormat.setVisible(true);
  85     this.annotations = annotations;
  86     this.sequenceGroups = list;
  87     this.alignmentProperties = alProperties;
  88     frame.setTitle("Export Annotations");
  89   }
  90
  91   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)
  92   {
  93     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
  94             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
  95
  96     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
  97     chooser.setDialogTitle(features ? "Save Features to File"
  98             : "Save Annotation to File");
  99     chooser.setToolTipText("Save");
 100
 101     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 102
 103     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 104     {
 105       String text = "No features found on alignment";
 106       if (features)
 107       {
 108         if (GFFFormat.isSelected())
 109         {
 110           text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.getAlignment()
 111                   .getDataset().getSequencesArray(),
 112                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());// ap.av.featuresDisplayed//);
 113         }
 114         else
 115         {
 116           text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.getAlignment()
 117                   .getDataset().getSequencesArray(),
 118                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats()); // ap.av.featuresDisplayed);
 119         }
 120       }
 121       else
 122       {
 123         if (CSVFormat.isSelected())
 124         {
 125           text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);
 126         }
 127         else
 128         {
 129           text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,
 130                   sequenceGroups, alignmentProperties);
 131         }
 132       }
 133
 134       try
 135       {
 136         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 137                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 138
 139         out.print(text);
 140         out.close();
 141       } catch (Exception ex)
 142       {
 143         ex.printStackTrace();
 144       }
 145     }
 146
 147     close_actionPerformed(null);
 148   }
 149
 150   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 151   {
 152     String text = "No features found on alignment";
 153     if (features)
 154     {
 155       if (GFFFormat.isSelected())
 156       {
 157         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.getAlignment()
 158                 .getDataset().getSequencesArray(),
 159                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());
 160       }
 161       else
 162       {
 163         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.getAlignment()
 164                 .getDataset().getSequencesArray(),
 165                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());
 166       }
 167     }
 168     else if (!features)
 169     {
 170       if (CSVFormat.isSelected())
 171       {
 172         text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);
 173       }
 174       else
 175       {
 176         text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,
 177                 sequenceGroups, alignmentProperties);
 178       }
 179     }
 180
 181     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 182     try
 183     {
 184       cap.setText(text);
 185       Desktop.addInternalFrame(cap, (features ? "Features for - "
 186               : "Annotations for - ") + ap.alignFrame.getTitle(), 600, 500);
 187     } catch (OutOfMemoryError oom)
 188     {
 189       new OOMWarning("generating "
 190               + (features ? "Features for - " : "Annotations for - ")
 191               + ap.alignFrame.getTitle(), oom);
 192       cap.dispose();
 193     }
 194
 195     close_actionPerformed(null);
 196   }
 197
 198   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()
 199   {
 200     Hashtable fcols = new Hashtable();
 201     if (ap.av.featuresDisplayed == null)
 202     {
 203       return fcols;
 204     }
 205     Enumeration en = ap.av.featuresDisplayed.keys();
 206     FeatureRenderer fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer(); // consider
 207                                                                      // higher
 208                                                                      // level
 209                                                                      // method ?
 210     while (en.hasMoreElements())
 211     {
 212       Object col = en.nextElement();
 213       fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));
 214     }
 215     return fcols;
 216   }
 217
 218   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 219   {
 220     try
 221     {
 222       frame.setClosed(true);
 223     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 224     {
 225     }
 226   }
 227
 228   private void jbInit() throws Exception
 229   {
 230     this.setLayout(new BorderLayout());
 231
 232     toFile.setText("to File");
 233     toFile.addActionListener(new ActionListener()
 234     {
 235       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 236       {
 237         toFile_actionPerformed(e);
 238       }
 239     });
 240     toTextbox.setText("to Textbox");
 241     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()
 242     {
 243       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 244       {
 245         toTextbox_actionPerformed(e);
 246       }
 247     });
 248     close.setText("Close");
 249     close.addActionListener(new ActionListener()
 250     {
 251       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 252       {
 253         close_actionPerformed(e);
 254       }
 255     });
 256     jalviewFormat.setOpaque(false);
 257     jalviewFormat.setSelected(true);
 258     jalviewFormat.setText("Jalview");
 259     GFFFormat.setOpaque(false);
 260     GFFFormat.setText("GFF");
 261     CSVFormat.setOpaque(false);
 262     CSVFormat.setText("CSV(Spreadsheet)");
 263     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 264     jLabel1.setText("Format: ");
 265     this.setBackground(Color.white);
 266     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
 267     jPanel3.setOpaque(false);
 268     jPanel1.setOpaque(false);
 269     jPanel1.add(toFile);
 270     jPanel1.add(toTextbox);
 271     jPanel1.add(close);
 272     jPanel3.add(jLabel1);
 273     jPanel3.add(jalviewFormat);
 274     jPanel3.add(GFFFormat);
 275     jPanel3.add(CSVFormat);
 276     buttonGroup.add(jalviewFormat);
 277     buttonGroup.add(GFFFormat);
 278     buttonGroup.add(CSVFormat);
 279     this.add(jPanel3, BorderLayout.CENTER);
 280     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 281   }
 282
 283   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 284
 285   JButton toFile = new JButton();
 286
 287   JButton toTextbox = new JButton();
 288
 289   JButton close = new JButton();
 290
 291   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 292
 293   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();
 294
 295   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();
 296
 297   JRadioButton CSVFormat = new JRadioButton();
 298
 299   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 300
 301   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 302
 303   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 304
 305 }