src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.io.*;\r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * \r
  33  * GUI dialog for exporting features or alignment annotations depending upon which method is called.\r
  34  * \r
  35  * @author AMW\r
  36  *\r
  37  */\r
  38 public class AnnotationExporter\r
  39     extends JPanel\r
  40 {\r
  41   JInternalFrame frame;\r
  42   AlignmentPanel ap;\r
  43   boolean features = true;\r
  44   AlignmentAnnotation[] annotations;\r
  45   Vector sequenceGroups;\r
  46   Hashtable alignmentProperties;\r
  47 \r
  48   public AnnotationExporter()\r
  49   {\r
  50     try\r
  51     {\r
  52       jbInit();\r
  53     }\r
  54     catch (Exception ex)\r
  55     {\r
  56       ex.printStackTrace();\r
  57     }\r
  58 \r
  59     frame = new JInternalFrame();\r
  60     frame.setContentPane(this);\r
  61     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  62     Desktop.addInternalFrame(frame,\r
  63                              "",\r
  64                              260, 125);\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)\r
  68   {\r
  69     this.ap = ap;\r
  70     features = true;\r
  71     CSVFormat.setVisible(false);\r
  72     frame.setTitle("Export Features");\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,\r
  76                                 AlignmentAnnotation[] annotations,\r
  77                                 Vector sequenceGroups,\r
  78                                 Hashtable alProperties)\r
  79   {\r
  80     this.ap = ap;\r
  81     features = false;\r
  82     GFFFormat.setVisible(false);\r
  83     CSVFormat.setVisible(true);\r
  84     this.annotations = annotations;\r
  85     this.sequenceGroups = sequenceGroups;\r
  86     this.alignmentProperties = alProperties;\r
  87     frame.setTitle("Export Annotations");\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  91   {\r
  92     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
  93         jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
  94 \r
  95     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  96     chooser.setDialogTitle(\r
  97         features ? "Save Features to File" : "Save Annotation to File");\r
  98     chooser.setToolTipText("Save");\r
  99 \r
 100     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 101 \r
 102     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 103     {\r
 104       String text = "No features found on alignment";\r
 105       if (features)\r
 106       {\r
 107         if (GFFFormat.isSelected())\r
 108         {\r
 109           text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
 110               ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 111               ap.av.featuresDisplayed);\r
 112         }\r
 113         else\r
 114         {\r
 115           text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 116               ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 117               ap.av.featuresDisplayed);\r
 118         }\r
 119       }\r
 120       else\r
 121       {\r
 122         if (CSVFormat.isSelected())\r
 123         {\r
 124           text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 125         } else {\r
 126           text = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
 127             annotations,\r
 128             sequenceGroups,\r
 129             alignmentProperties);\r
 130         }\r
 131       }\r
 132 \r
 133       try\r
 134       {\r
 135         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 136             new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
 137 \r
 138         out.print(text);\r
 139         out.close();\r
 140       }\r
 141       catch (Exception ex)\r
 142       {\r
 143         ex.printStackTrace();\r
 144       }\r
 145     }\r
 146 \r
 147     close_actionPerformed(null);\r
 148   }\r
 149 \r
 150   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 151   {\r
 152     String text = "No features found on alignment";\r
 153     if (features)\r
 154     {\r
 155       if (GFFFormat.isSelected())\r
 156       {\r
 157         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
 158             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 159             ap.av.featuresDisplayed);\r
 160       }\r
 161       else\r
 162       {\r
 163         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 164             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 165             ap.av.featuresDisplayed);\r
 166       }\r
 167     }\r
 168     else if (!features)\r
 169     {\r
 170       if (CSVFormat.isSelected())\r
 171       {\r
 172         text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 173       } else {\r
 174         text = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
 175           annotations,\r
 176           sequenceGroups,\r
 177           alignmentProperties);\r
 178       }\r
 179     }\r
 180 \r
 181     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 182     cap.setText(text);\r
 183     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 184                              (features ? "Features for - " :\r
 185                               "Annotations for - ")\r
 186                              + ap.alignFrame.getTitle(),\r
 187                              600,\r
 188                              500);\r
 189 \r
 190     close_actionPerformed(null);\r
 191   }\r
 192 \r
 193   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 194   {\r
 195     try\r
 196     {\r
 197       frame.setClosed(true);\r
 198     }\r
 199     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 200     {}\r
 201   }\r
 202 \r
 203   private void jbInit()\r
 204       throws Exception\r
 205   {\r
 206     this.setLayout(flowLayout1);\r
 207     toFile.setText("to File");\r
 208     toFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 209     {\r
 210       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 211       {\r
 212         toFile_actionPerformed(e);\r
 213       }\r
 214     });\r
 215     toTextbox.setText("to Textbox");\r
 216     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()\r
 217     {\r
 218       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 219       {\r
 220         toTextbox_actionPerformed(e);\r
 221       }\r
 222     });\r
 223     close.setText("Close");\r
 224     close.addActionListener(new ActionListener()\r
 225     {\r
 226       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 227       {\r
 228         close_actionPerformed(e);\r
 229       }\r
 230     });\r
 231     jalviewFormat.setOpaque(false);\r
 232     jalviewFormat.setSelected(true);\r
 233     jalviewFormat.setText("Jalview");\r
 234     GFFFormat.setOpaque(false);\r
 235     GFFFormat.setText("GFF");\r
 236     CSVFormat.setOpaque(false);\r
 237     CSVFormat.setText("CSV(Spreadsheet)");\r
 238     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);\r
 239     jLabel1.setText("Format: ");\r
 240     this.setBackground(Color.white);\r
 241     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 242     jPanel3.setOpaque(false);\r
 243     jPanel1.setOpaque(false);\r
 244     jPanel1.add(toFile);\r
 245     jPanel1.add(toTextbox);\r
 246     jPanel1.add(close);\r
 247     jPanel3.add(jLabel1);\r
 248     jPanel3.add(jalviewFormat);\r
 249     jPanel3.add(GFFFormat);\r
 250     jPanel3.add(CSVFormat);\r
 251     buttonGroup.add(jalviewFormat);\r
 252     buttonGroup.add(GFFFormat);\r
 253     buttonGroup.add(CSVFormat);\r
 254     this.add(jPanel3, null);\r
 255     this.add(jPanel1, null);\r
 256   }\r
 257 \r
 258   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 259   JButton toFile = new JButton();\r
 260   JButton toTextbox = new JButton();\r
 261   JButton close = new JButton();\r
 262   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();\r
 263   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();\r
 264   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();\r
 265   JRadioButton CSVFormat = new JRadioButton();\r
 266   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 267   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 268   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 269 \r
 270 }\r