src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  25 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.io.FileFormat;
  34 import jalview.io.FormatAdapter;
  35 import jalview.util.Comparison;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.util.Platform;
  38
  39 import java.awt.Color;
  40 import java.awt.Cursor;
  41 import java.awt.Dimension;
  42 import java.awt.Font;
  43 import java.awt.FontMetrics;
  44 import java.awt.Graphics;
  45 import java.awt.Graphics2D;
  46 import java.awt.RenderingHints;
  47 import java.awt.Toolkit;
  48 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  49 import java.awt.event.ActionEvent;
  50 import java.awt.event.ActionListener;
  51 import java.awt.event.MouseEvent;
  52 import java.awt.event.MouseListener;
  53 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  54 import java.awt.geom.AffineTransform;
  55 import java.util.Arrays;
  56 import java.util.Collections;
  57 import java.util.Iterator;
  58
  59 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  60 import javax.swing.JMenuItem;
  61 import javax.swing.JPanel;
  62 import javax.swing.JPopupMenu;
  63 import javax.swing.SwingUtilities;
  64 import javax.swing.ToolTipManager;
  65
  66 /**
  67  * The panel that holds the labels for alignment annotations, providing
  68  * tooltips, context menus, drag to reorder rows, and drag to adjust panel
  69  * height
  70  */
  71 public class AnnotationLabels extends JPanel
  72         implements MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener
  73 {
  74   private static final String HTML_END_TAG = "</html>";
  75
  76   private static final String HTML_START_TAG = "<html>";
  77
  78   /**
  79    * width in pixels within which height adjuster arrows are shown and active
  80    */
  81   private static final int HEIGHT_ADJUSTER_WIDTH = 50;
  82
  83   /**
  84    * height in pixels for allowing height adjuster to be active
  85    */
  86   private static int HEIGHT_ADJUSTER_HEIGHT = 10;
  87
  88   private static final Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
  89
  90   private static final String TOGGLE_LABELSCALE = MessageManager
  91           .getString("label.scale_label_to_column");
  92
  93   private static final String ADDNEW = MessageManager
  94           .getString("label.add_new_row");
  95
  96   private static final String EDITNAME = MessageManager
  97           .getString("label.edit_label_description");
  98
  99   private static final String HIDE = MessageManager
 100           .getString("label.hide_row");
 101
 102   private static final String DELETE = MessageManager
 103           .getString("label.delete_row");
 104
 105   private static final String SHOWALL = MessageManager
 106           .getString("label.show_all_hidden_rows");
 107
 108   private static final String OUTPUT_TEXT = MessageManager
 109           .getString("label.export_annotation");
 110
 111   private static final String COPYCONS_SEQ = MessageManager
 112           .getString("label.copy_consensus_sequence");
 113
 114   private final boolean debugRedraw = false;
 115
 116   private AlignmentPanel ap;
 117
 118   AlignViewport av;
 119
 120   private MouseEvent dragEvent;
 121
 122   private int oldY;
 123
 124   private int selectedRow;
 125
 126   private int scrollOffset = 0;
 127
 128   private boolean hasHiddenRows;
 129
 130   private boolean resizePanel = false;
 131
 132   /**
 133    * Creates a new AnnotationLabels object
 134    *
 135    * @param ap
 136    */
 137   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
 138   {
 139     this.ap = ap;
 140     av = ap.av;
 141     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 142
 143     addMouseListener(this);
 144     addMouseMotionListener(this);
 145     addMouseWheelListener(ap.getAnnotationPanel());
 146   }
 147
 148   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 149   {
 150     this.av = av;
 151   }
 152
 153   /**
 154    * DOCUMENT ME!
 155    *
 156    * @param y
 157    *          DOCUMENT ME!
 158    */
 159   public void setScrollOffset(int y)
 160   {
 161     scrollOffset = y;
 162     repaint();
 163   }
 164
 165   /**
 166    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 167    * y
 168    *
 169    * @param y
 170    *          coordinate position to search for a row
 171    */
 172   void getSelectedRow(int y)
 173   {
 174     int height = 0;
 175     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 176             .getAlignmentAnnotation();
 177     selectedRow = -2;
 178     if (aa != null)
 179     {
 180       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 181       {
 182         selectedRow = -1;
 183         if (!aa[i].visible)
 184         {
 185           continue;
 186         }
 187
 188         height += aa[i].height;
 189
 190         if (y < height)
 191         {
 192           selectedRow = i;
 193
 194           break;
 195         }
 196       }
 197     }
 198   }
 199
 200   /**
 201    * DOCUMENT ME!
 202    *
 203    * @param evt
 204    *          DOCUMENT ME!
 205    */
 206   @Override
 207   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 208   {
 209     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 210             .getAlignmentAnnotation();
 211
 212     boolean fullRepaint = false;
 213     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 214     {
 215       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 216               null, new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 217
 218       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 219       {
 220         return;
 221       }
 222
 223       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 224       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 225       fullRepaint = true;
 226     }
 227     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 228     {
 229       String name = aa[selectedRow].label;
 230       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 231       if (!name.equalsIgnoreCase(aa[selectedRow].label))
 232       {
 233         fullRepaint = true;
 234       }
 235     }
 236     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 237     {
 238       aa[selectedRow].visible = false;
 239     }
 240     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 241     {
 242       ap.av.getAlignment().deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 243       ap.av.getCalcManager().removeWorkerForAnnotation(aa[selectedRow]);
 244       fullRepaint = true;
 245     }
 246     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 247     {
 248       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 249       {
 250         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 251         {
 252           aa[i].visible = true;
 253         }
 254       }
 255       fullRepaint = true;
 256     }
 257     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 258     {
 259       new AnnotationExporter(ap).exportAnnotation(aa[selectedRow]);
 260     }
 261     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 262     {
 263       SequenceI cons = null;
 264       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 265       {
 266         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 267       }
 268       else
 269       {
 270         cons = av.getConsensusSeq();
 271       }
 272       if (cons != null)
 273       {
 274         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 275       }
 276
 277     }
 278     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 279     {
 280       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 281     }
 282
 283     ap.refresh(fullRepaint);
 284
 285   }
 286
 287   /**
 288    * DOCUMENT ME!
 289    *
 290    * @param e
 291    *          DOCUMENT ME!
 292    */
 293   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 294   {
 295     // TODO i18n
 296     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 297             annotation.description, "       Annotation Name ",
 298             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 299             ap.alignFrame);
 300
 301     if (!dialog.accept)
 302     {
 303       return false;
 304     }
 305
 306     annotation.label = dialog.getName();
 307
 308     String text = dialog.getDescription();
 309     if (text != null && text.length() == 0)
 310     {
 311       text = null;
 312     }
 313     annotation.description = text;
 314
 315     return true;
 316   }
 317
 318   @Override
 319   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 320   {
 321     getSelectedRow(evt.getY() - getScrollOffset());
 322     oldY = evt.getY();
 323     if (evt.isPopupTrigger())
 324     {
 325       showPopupMenu(evt);
 326     }
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Build and show the Pop-up menu at the right-click mouse position
 331    *
 332    * @param evt
 333    */
 334   void showPopupMenu(MouseEvent evt)
 335   {
 336     evt.consume();
 337     final AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 338             .getAlignmentAnnotation();
 339
 340     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(
 341             MessageManager.getString("label.annotations"));
 342     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 343     item.addActionListener(this);
 344     pop.add(item);
 345     if (selectedRow < 0)
 346     {
 347       if (hasHiddenRows)
 348       { // let the user make everything visible again
 349         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 350         item.addActionListener(this);
 351         pop.add(item);
 352       }
 353       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 354       return;
 355     }
 356     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 357     item.addActionListener(this);
 358     pop.add(item);
 359     item = new JMenuItem(HIDE);
 360     item.addActionListener(this);
 361     pop.add(item);
 362     // JAL-1264 hide all sequence-specific annotations of this type
 363     if (selectedRow < aa.length)
 364     {
 365       if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 366       {
 367         final String label = aa[selectedRow].label;
 368         JMenuItem hideType = new JMenuItem();
 369         String text = MessageManager.getString("label.hide_all") + " "
 370                 + label;
 371         hideType.setText(text);
 372         hideType.addActionListener(new ActionListener()
 373         {
 374           @Override
 375           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 376           {
 377             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 378                     ap.av.getAlignment(), Collections.singleton(label),
 379                     null, false, false);
 380             ap.refresh(true);
 381           }
 382         });
 383         pop.add(hideType);
 384       }
 385     }
 386     item = new JMenuItem(DELETE);
 387     item.addActionListener(this);
 388     pop.add(item);
 389     if (hasHiddenRows)
 390     {
 391       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 392       item.addActionListener(this);
 393       pop.add(item);
 394     }
 395     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 396     item.addActionListener(this);
 397     pop.add(item);
 398     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 399     // property methods
 400     if (selectedRow < aa.length)
 401     {
 402       final String label = aa[selectedRow].label;
 403       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 404       {
 405         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 406         {
 407           // display formatting settings for this row.
 408           pop.addSeparator();
 409           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 410           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 411                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 412           item.addActionListener(this);
 413           pop.add(item);
 414         }
 415       }
 416       else if (label.indexOf("Consensus") > -1)
 417       {
 418         addConsensusMenuOptions(ap, aa[selectedRow], pop);
 419
 420         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 421         consclipbrd.addActionListener(this);
 422         pop.add(consclipbrd);
 423       }
 424     }
 425     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 426   }
 427
 428   /**
 429    * A helper method that adds menu options for calculation and visualisation of
 430    * group and/or alignment consensus annotation to a popup menu. This is
 431    * designed to be reusable for either unwrapped mode (popup menu is shown on
 432    * component AnnotationLabels), or wrapped mode (popup menu is shown on
 433    * IdPanel when the mouse is over an annotation label).
 434    *
 435    * @param ap
 436    * @param ann
 437    * @param pop
 438    */
 439   static void addConsensusMenuOptions(AlignmentPanel ap,
 440           AlignmentAnnotation ann,
 441           JPopupMenu pop)
 442   {
 443     pop.addSeparator();
 444
 445     final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 446             MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 447             (ann.groupRef != null) ? ann.groupRef.getIgnoreGapsConsensus()
 448                     : ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 449     final AlignmentAnnotation aaa = ann;
 450     cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 451     {
 452       @Override
 453       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 454       {
 455         if (aaa.groupRef != null)
 456         {
 457           aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 458           ap.getAnnotationPanel()
 459                   .paint(ap.getAnnotationPanel().getGraphics());
 460         }
 461         else
 462         {
 463           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 464         }
 465         ap.alignmentChanged();
 466       }
 467     });
 468     pop.add(cbmi);
 469
 470     if (aaa.groupRef != null)
 471     {
 472       /*
 473        * group consensus options
 474        */
 475       final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 476               MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),
 477               ann.groupRef.isShowConsensusHistogram());
 478       chist.addActionListener(new ActionListener()
 479       {
 480         @Override
 481         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 482         {
 483           aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 484           ap.repaint();
 485         }
 486       });
 487       pop.add(chist);
 488       final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 489               MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 490               ann.groupRef.isShowSequenceLogo());
 491       cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 492       {
 493         @Override
 494         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 495         {
 496           aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 497           ap.repaint();
 498         }
 499       });
 500       pop.add(cprofl);
 501       final JCheckBoxMenuItem cproflnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 502               MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),
 503               ann.groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 504       cproflnorm.addActionListener(new ActionListener()
 505       {
 506         @Override
 507         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 508         {
 509           aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cproflnorm.getState());
 510           // automatically enable logo display if we're clicked
 511           aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 512           ap.repaint();
 513         }
 514       });
 515       pop.add(cproflnorm);
 516     }
 517     else
 518     {
 519       /*
 520        * alignment consensus options
 521        */
 522       final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 523               MessageManager.getString("label.show_histogram"),
 524               ap.av.isShowConsensusHistogram());
 525       chist.addActionListener(new ActionListener()
 526       {
 527         @Override
 528         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 529         {
 530           ap.av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 531           ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 532           ap.repaint();
 533         }
 534       });
 535       pop.add(chist);
 536       final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 537               MessageManager.getString("label.show_logo"),
 538               ap.av.isShowSequenceLogo());
 539       cprof.addActionListener(new ActionListener()
 540       {
 541         @Override
 542         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 543         {
 544           ap.av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 545           ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 546           ap.repaint();
 547         }
 548       });
 549       pop.add(cprof);
 550       final JCheckBoxMenuItem cprofnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 551               MessageManager.getString("label.normalise_logo"),
 552               ap.av.isNormaliseSequenceLogo());
 553       cprofnorm.addActionListener(new ActionListener()
 554       {
 555         @Override
 556         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 557         {
 558           ap.av.setShowSequenceLogo(true);
 559           ap.av.setNormaliseSequenceLogo(cprofnorm.getState());
 560           ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 561           ap.repaint();
 562         }
 563       });
 564       pop.add(cprofnorm);
 565     }
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Reorders annotation rows after a drag of a label
 570    *
 571    * @param evt
 572    */
 573   @Override
 574   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 575   {
 576     if (evt.isPopupTrigger())
 577     {
 578       showPopupMenu(evt);
 579       return;
 580     }
 581
 582     int start = selectedRow;
 583     getSelectedRow(evt.getY() - getScrollOffset());
 584     int end = selectedRow;
 585
 586     /*
 587      * if dragging to resize instead, start == end
 588      */
 589     if (start != end)
 590     {
 591       // Swap these annotations
 592       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 593               .getAlignmentAnnotation()[start];
 594       if (end == -1)
 595       {
 596         end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 597       }
 598       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 599               .getAlignmentAnnotation()[end];
 600
 601       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 602       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 603       av.setSortAnnotationsBy(SequenceAnnotationOrder.CUSTOM);
 604     }
 605
 606     resizePanel = false;
 607     dragEvent = null;
 608     repaint();
 609     ap.getAnnotationPanel().repaint();
 610   }
 611
 612   /**
 613    * Removes the height adjuster image on leaving the panel, unless currently
 614    * dragging it
 615    */
 616   @Override
 617   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 618   {
 619     if (resizePanel && dragEvent == null)
 620     {
 621       resizePanel = false;
 622       repaint();
 623     }
 624   }
 625
 626   /**
 627    * A mouse drag may be either an adjustment of the panel height (if flag
 628    * resizePanel is set on), or a reordering of the annotation rows. The former
 629    * is dealt with by this method, the latter in mouseReleased.
 630    *
 631    * @param evt
 632    */
 633   @Override
 634   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 635   {
 636     dragEvent = evt;
 637
 638     if (resizePanel)
 639     {
 640       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 641       int dif = evt.getY() - oldY;
 642
 643       dif /= ap.av.getCharHeight();
 644       dif *= ap.av.getCharHeight();
 645
 646       if ((d.height - dif) > 20)
 647       {
 648         ap.annotationScroller
 649                 .setPreferredSize(new Dimension(d.width, d.height - dif));
 650         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 651         ap.annotationSpaceFillerHolder
 652                 .setPreferredSize(new Dimension(d.width, d.height - dif));
 653         ap.paintAlignment(true, false);
 654       }
 655
 656       ap.addNotify();
 657     }
 658     else
 659     {
 660       repaint();
 661     }
 662   }
 663
 664   /**
 665    * Updates the tooltip as the mouse moves over the labels
 666    *
 667    * @param evt
 668    */
 669   @Override
 670   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 671   {
 672     showOrHideAdjuster(evt);
 673
 674     getSelectedRow(evt.getY() - getScrollOffset());
 675
 676     if (selectedRow > -1 && ap.av.getAlignment()
 677             .getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 678     {
 679       AlignmentAnnotation[] anns = ap.av.getAlignment()
 680               .getAlignmentAnnotation();
 681       AlignmentAnnotation aa = anns[selectedRow];
 682
 683       String desc = getTooltip(aa);
 684       this.setToolTipText(desc);
 685       String msg = getStatusMessage(aa, anns);
 686       ap.alignFrame.setStatus(msg);
 687     }
 688   }
 689
 690   /**
 691    * Constructs suitable text to show in the status bar when over an annotation
 692    * label, containing the associated sequence name (if any), and the annotation
 693    * labels (or all labels for a graph group annotation)
 694    *
 695    * @param aa
 696    * @param anns
 697    * @return
 698    */
 699   static String getStatusMessage(AlignmentAnnotation aa,
 700           AlignmentAnnotation[] anns)
 701   {
 702     if (aa == null)
 703     {
 704       return null;
 705     }
 706
 707     StringBuilder msg = new StringBuilder(32);
 708     if (aa.sequenceRef != null)
 709     {
 710       msg.append(aa.sequenceRef.getName()).append(" : ");
 711     }
 712
 713     if (aa.graphGroup == -1)
 714     {
 715       msg.append(aa.label);
 716     }
 717     else if (anns != null)
 718     {
 719       boolean first = true;
 720       for (int i = anns.length - 1; i >= 0; i--)
 721       {
 722         if (anns[i].graphGroup == aa.graphGroup)
 723         {
 724           if (!first)
 725           {
 726             msg.append(", ");
 727           }
 728           msg.append(anns[i].label);
 729           first = false;
 730         }
 731       }
 732     }
 733
 734     return msg.toString();
 735   }
 736
 737   /**
 738    * Answers a tooltip, formatted as html, containing the annotation description
 739    * (prefixed by associated sequence id if applicable), and the annotation
 740    * (non-positional) score if it has one. Answers null if neither description
 741    * nor score is found.
 742    *
 743    * @param aa
 744    * @return
 745    */
 746   static String getTooltip(AlignmentAnnotation aa)
 747   {
 748     if (aa == null)
 749     {
 750       return null;
 751     }
 752     StringBuilder tooltip = new StringBuilder();
 753     if (aa.description != null && !aa.description.equals("New description"))
 754     {
 755       // TODO: we could refactor and merge this code with the code in
 756       // jalview.gui.SeqPanel.mouseMoved(..) that formats sequence feature
 757       // tooltips
 758       String desc = aa.getDescription(true).trim();
 759       if (!desc.toLowerCase().startsWith(HTML_START_TAG))
 760       {
 761         tooltip.append(HTML_START_TAG);
 762         desc = desc.replace("<", "&lt;");
 763       }
 764       else if (desc.toLowerCase().endsWith(HTML_END_TAG))
 765       {
 766         desc = desc.substring(0, desc.length() - HTML_END_TAG.length());
 767       }
 768       tooltip.append(desc);
 769     }
 770     else
 771     {
 772       // begin the tooltip's html fragment
 773       tooltip.append(HTML_START_TAG);
 774     }
 775     if (aa.hasScore())
 776     {
 777       if (tooltip.length() > HTML_START_TAG.length())
 778       {
 779         tooltip.append("<br/>");
 780       }
 781       // TODO: limit precision of score to avoid noise from imprecise
 782       // doubles
 783       // (64.7 becomes 64.7+/some tiny value).
 784       tooltip.append(" Score: ").append(String.valueOf(aa.score));
 785     }
 786
 787     if (tooltip.length() > HTML_START_TAG.length())
 788     {
 789       return tooltip.append(HTML_END_TAG).toString();
 790     }
 791
 792     /*
 793      * nothing in the tooltip (except "<html>")
 794      */
 795     return null;
 796   }
 797
 798   /**
 799    * Shows the height adjuster image if the mouse moves into the top left
 800    * region, or hides it if the mouse leaves the regio
 801    *
 802    * @param evt
 803    */
 804   protected void showOrHideAdjuster(MouseEvent evt)
 805   {
 806     boolean was = resizePanel;
 807     resizePanel = evt.getY() < HEIGHT_ADJUSTER_HEIGHT && evt.getX() < HEIGHT_ADJUSTER_WIDTH;
 808
 809     if (resizePanel != was)
 810     {
 811       setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(
 812               resizePanel ? Cursor.S_RESIZE_CURSOR
 813                       : Cursor.DEFAULT_CURSOR));
 814       repaint();
 815     }
 816   }
 817
 818   @Override
 819   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 820   {
 821     final AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 822             .getAlignmentAnnotation();
 823     if (!evt.isPopupTrigger() && SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 824     {
 825       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 826       {
 827         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 828         {
 829           if (evt.getClickCount() >= 2)
 830           {
 831             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 832             // click highlights/scrolls, second selects
 833             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 834             // process modifiers
 835             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 836             if (sg == null || sg == aa[selectedRow].groupRef
 837                     || !(Platform.isControlDown(evt) || evt.isShiftDown()))
 838             {
 839               if (Platform.isControlDown(evt) || evt.isShiftDown())
 840               {
 841                 // clone a new selection group from the associated group
 842                 ap.av.setSelectionGroup(
 843                         new SequenceGroup(aa[selectedRow].groupRef));
 844               }
 845               else
 846               {
 847                 // set selection to the associated group so it can be edited
 848                 ap.av.setSelectionGroup(aa[selectedRow].groupRef);
 849               }
 850             }
 851             else
 852             {
 853               // modify current selection with associated group
 854               int remainToAdd = aa[selectedRow].groupRef.getSize();
 855               for (SequenceI sgs : aa[selectedRow].groupRef.getSequences())
 856               {
 857                 if (jalview.util.Platform.isControlDown(evt))
 858                 {
 859                   sg.addOrRemove(sgs, --remainToAdd == 0);
 860                 }
 861                 else
 862                 {
 863                   // notionally, we should also add intermediate sequences from
 864                   // last added sequence ?
 865                   sg.addSequence(sgs, --remainToAdd == 0);
 866                 }
 867               }
 868             }
 869
 870             ap.paintAlignment(false, false);
 871             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 872             ap.av.sendSelection();
 873           }
 874           else
 875           {
 876             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel().highlightSearchResults(
 877                     aa[selectedRow].groupRef.getSequences(null));
 878           }
 879           return;
 880         }
 881         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 882         {
 883           if (evt.getClickCount() == 1)
 884           {
 885             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel()
 886                     .highlightSearchResults(Arrays.asList(new SequenceI[]
 887                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 888           }
 889           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 890           {
 891             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 892             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 893             if (sg != null)
 894             {
 895               // we make a copy rather than edit the current selection if no
 896               // modifiers pressed
 897               // see Enhancement JAL-1557
 898               if (!(Platform.isControlDown(evt) || evt.isShiftDown()))
 899               {
 900                 sg = new SequenceGroup(sg);
 901                 sg.clear();
 902                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 903               }
 904               else
 905               {
 906                 if (Platform.isControlDown(evt))
 907                 {
 908                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 909                 }
 910                 else
 911                 {
 912                   // notionally, we should also add intermediate sequences from
 913                   // last added sequence ?
 914                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 915                 }
 916               }
 917             }
 918             else
 919             {
 920               sg = new SequenceGroup();
 921               sg.setStartRes(0);
 922               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth() - 1);
 923               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 924             }
 925             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 926             ap.paintAlignment(false, false);
 927             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 928             ap.av.sendSelection();
 929           }
 930
 931         }
 932       }
 933       return;
 934     }
 935   }
 936
 937   /**
 938    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 939    *
 940    * @param sq
 941    *          sequence to be copied to clipboard
 942    */
 943   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 944   {
 945     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { sq };
 946     String[] omitHidden = null;
 947     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[] { sq.getDatasetSequence() };
 948     if (dseqs[0] == null)
 949     {
 950       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 951       dseqs[0].setSequence(AlignSeq.extractGaps(Comparison.GapChars,
 952               sq.getSequenceAsString()));
 953
 954       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 955     }
 956     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 957     if (av.hasHiddenColumns())
 958     {
 959       Iterator<int[]> it = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 960               .getVisContigsIterator(0, sq.getLength(), false);
 961       omitHidden = new String[] { sq.getSequenceStringFromIterator(it) };
 962     }
 963
 964     int[] alignmentStartEnd = new int[] { 0, ds.getWidth() - 1 };
 965     if (av.hasHiddenColumns())
 966     {
 967       alignmentStartEnd = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 968               .getVisibleStartAndEndIndex(av.getAlignment().getWidth());
 969     }
 970
 971     String output = new FormatAdapter().formatSequences(FileFormat.Fasta,
 972             seqs, omitHidden, alignmentStartEnd);
 973
 974     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 975             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 976
 977     HiddenColumns hiddenColumns = null;
 978
 979     if (av.hasHiddenColumns())
 980     {
 981       hiddenColumns = new HiddenColumns(
 982               av.getAlignment().getHiddenColumns());
 983     }
 984
 985     Desktop.jalviewClipboard = new Object[] { seqs, ds, // what is the dataset
 986                                                         // of a consensus
 987                                                         // sequence ? need to
 988                                                         // flag
 989         // sequence as special.
 990         hiddenColumns };
 991   }
 992
 993   /**
 994    * DOCUMENT ME!
 995    *
 996    * @param g1
 997    *          DOCUMENT ME!
 998    */
 999   @Override
1000   public void paintComponent(Graphics g)
1001   {
1002
1003     int width = getWidth();
1004     if (width == 0)
1005     {
1006       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
1007     }
1008
1009     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1010     if (av.antiAlias)
1011     {
1012       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
1013               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
1014     }
1015
1016     drawComponent(g2, true, width);
1017
1018   }
1019
1020   /**
1021    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given
1022    * cursor
1023    *
1024    * @param g
1025    *          Graphics2D instance (needed for font scaling)
1026    * @param width
1027    *          Width for scaling labels
1028    *
1029    */
1030   public void drawComponent(Graphics g, int width)
1031   {
1032     drawComponent(g, false, width);
1033   }
1034
1035   /**
1036    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given
1037    * cursor
1038    *
1039    * @param g
1040    *          Graphics2D instance (needed for font scaling)
1041    * @param clip
1042    *          - true indicates that only current visible area needs to be
1043    *          rendered
1044    * @param width
1045    *          Width for scaling labels
1046    */
1047   public void drawComponent(Graphics g, boolean clip, int width)
1048   {
1049     if (av.getFont().getSize() < 10)
1050     {
1051       g.setFont(font);
1052     }
1053     else
1054     {
1055       g.setFont(av.getFont());
1056     }
1057
1058     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
1059     g.setColor(Color.white);
1060     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
1061
1062     g.translate(0, getScrollOffset());
1063     g.setColor(Color.black);
1064
1065     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
1066     int fontHeight = g.getFont().getSize();
1067     int y = 0;
1068     int x = 0;
1069     int graphExtras = 0;
1070     int offset = 0;
1071     Font baseFont = g.getFont();
1072     FontMetrics baseMetrics = fm;
1073     int ofontH = fontHeight;
1074     int sOffset = 0;
1075     int visHeight = 0;
1076     int[] visr = (ap != null && ap.getAnnotationPanel() != null)
1077             ? ap.getAnnotationPanel().getVisibleVRange()
1078             : null;
1079     if (clip && visr != null)
1080     {
1081       sOffset = visr[0];
1082       visHeight = visr[1];
1083     }
1084     boolean visible = true, before = false, after = false;
1085     if (aa != null)
1086     {
1087       hasHiddenRows = false;
1088       int olY = 0;
1089       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
1090       {
1091         visible = true;
1092         if (!aa[i].visible)
1093         {
1094           hasHiddenRows = true;
1095           continue;
1096         }
1097         olY = y;
1098         y += aa[i].height;
1099         if (clip)
1100         {
1101           if (y < sOffset)
1102           {
1103             if (!before)
1104             {
1105               if (debugRedraw)
1106               {
1107                 System.out.println("before vis: " + i);
1108               }
1109               before = true;
1110             }
1111             // don't draw what isn't visible
1112             continue;
1113           }
1114           if (olY > visHeight)
1115           {
1116
1117             if (!after)
1118             {
1119               if (debugRedraw)
1120               {
1121                 System.out.println(
1122                         "Scroll offset: " + sOffset + " after vis: " + i);
1123               }
1124               after = true;
1125             }
1126             // don't draw what isn't visible
1127             continue;
1128           }
1129         }
1130         g.setColor(Color.black);
1131
1132         offset = -aa[i].height / 2;
1133
1134         if (aa[i].hasText)
1135         {
1136           offset += fm.getHeight() / 2;
1137           offset -= fm.getDescent();
1138         }
1139         else
1140         {
1141           offset += fm.getDescent();
1142         }
1143
1144         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
1145
1146         if (aa[i].graphGroup > -1)
1147         {
1148           int groupSize = 0;
1149           // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1150           // computed efficiently for all visible labels
1151           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1152           {
1153             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
1154             {
1155               groupSize++;
1156             }
1157           }
1158           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
1159           {
1160             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8)))
1161                     / 2;
1162           }
1163           else
1164           {
1165             // scale font to fit
1166             float h = aa[i].height / (float) groupSize, s;
1167             if (h < 9)
1168             {
1169               visible = false;
1170             }
1171             else
1172             {
1173               fontHeight = -8 + (int) h;
1174               s = ((float) fontHeight) / (float) ofontH;
1175               Font f = baseFont
1176                       .deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(s, s));
1177               g.setFont(f);
1178               fm = g.getFontMetrics();
1179               graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8)))
1180                       / 2;
1181             }
1182           }
1183           if (visible)
1184           {
1185             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1186             {
1187               if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
1188               {
1189                 x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
1190                 g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
1191
1192                 if (aa[gg]._linecolour != null)
1193                 {
1194
1195                   g.setColor(aa[gg]._linecolour);
1196                   g.drawLine(x, y - graphExtras + 3,
1197                           x + fm.stringWidth(aa[gg].label),
1198                           y - graphExtras + 3);
1199                 }
1200
1201                 g.setColor(Color.black);
1202                 graphExtras += fontHeight + 8;
1203               }
1204             }
1205           }
1206           g.setFont(baseFont);
1207           fm = baseMetrics;
1208           fontHeight = ofontH;
1209         }
1210         else
1211         {
1212           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
1213         }
1214       }
1215     }
1216
1217     if (!resizePanel && dragEvent != null && aa != null)
1218     {
1219       g.setColor(Color.lightGray);
1220       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
1221               dragEvent.getY() - getScrollOffset());
1222     }
1223
1224     if (!av.getWrapAlignment() && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
1225     {
1226       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
1227       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
1228               18);
1229     }
1230   }
1231
1232   public int getScrollOffset()
1233   {
1234     return scrollOffset;
1235   }
1236
1237   @Override
1238   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1239   {
1240   }
1241 }