src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener, ActionListener\r
  38 {\r
  39     static String ADDNEW = "Add New Row";\r
  40     static String HIDE = "Hide This Row";\r
  41     static String DELETE = "Delete This Row";\r
  42     static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";\r
  43     static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  44     boolean active = false;\r
  45     Image image;\r
  46     AlignmentPanel ap;\r
  47     AlignViewport av;\r
  48     boolean resizing = false;\r
  49     int oldY;\r
  50     int mouseX;\r
  51     int selectedRow = 0;\r
  52     int scrollOffset = 0;\r
  53 \r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * Creates a new AnnotationLabels object.\r
  57      *\r
  58      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  59      */\r
  60     public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  61     {\r
  62         this.ap = ap;\r
  63         av = ap.av;\r
  64 \r
  65         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");\r
  66         Image temp = null;\r
  67 \r
  68         if (url != null)\r
  69         {\r
  70             temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  71         }\r
  72 \r
  73         try\r
  74         {\r
  75             MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  76             mt.addImage(temp, 0);\r
  77             mt.waitForID(0);\r
  78         }\r
  79         catch (Exception ex)\r
  80         {\r
  81         }\r
  82 \r
  83         BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),\r
  84                 temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
  85         Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
  86         g.rotate(Math.toRadians(90));\r
  87         g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);\r
  88         image = (Image) bi;\r
  89 \r
  90         addMouseListener(this);\r
  91         addMouseMotionListener(this);\r
  92     }\r
  93 \r
  94     public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
  95     {\r
  96       this.av = av;\r
  97     }\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * DOCUMENT ME!\r
 101      *\r
 102      * @param y DOCUMENT ME!\r
 103      */\r
 104     public void setScrollOffset(int y)\r
 105     {\r
 106         scrollOffset = y;\r
 107         repaint();\r
 108     }\r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * DOCUMENT ME!\r
 112      *\r
 113      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 114      */\r
 115     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 116     {\r
 117         int dif = 0;\r
 118         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 119 \r
 120         if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))\r
 121         {\r
 122             String label = JOptionPane.showInputDialog(this,\r
 123                     "Label for annotation");\r
 124 \r
 125             if (label == null)\r
 126             {\r
 127                 label = "";\r
 128             }\r
 129 \r
 130             ap.av.alignment.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(label,\r
 131                     "New description",\r
 132                     new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]));\r
 133 \r
 134             dif = aa[aa.length - 1].height;\r
 135         }\r
 136         else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 137         {\r
 138             aa[selectedRow].visible = false;\r
 139 \r
 140             if (aa[selectedRow].label.equals("Conservation"))\r
 141             {\r
 142                 ap.av.showConservation = false;\r
 143             }\r
 144 \r
 145             if (aa[selectedRow].label.equals("Quality"))\r
 146             {\r
 147                 ap.av.showQuality = false;\r
 148             }\r
 149 \r
 150             if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 151             {\r
 152                 ap.av.showIdentity = false;\r
 153             }\r
 154 \r
 155             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 156         }\r
 157         else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))\r
 158         {\r
 159             ap.av.alignment.deleteAnnotation(aa[selectedRow]);\r
 160             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 161         }\r
 162         else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 163         {\r
 164             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 165             {\r
 166                 if (!aa[i].visible)\r
 167                 {\r
 168                     dif += aa[i].height;\r
 169                     aa[i].visible = true;\r
 170                 }\r
 171             }\r
 172         }\r
 173         else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 174         {\r
 175             CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 176             Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 177                 ap.alignFrame.getTitle() + " - " + aa[selectedRow].label, 500,\r
 178                 100);\r
 179             cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 180         }\r
 181 \r
 182 \r
 183         ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 184 \r
 185         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 186         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 187                 d.height + dif));\r
 188         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 189         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 190                 d.height + dif));\r
 191 \r
 192         ap.addNotify();\r
 193     }\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      * DOCUMENT ME!\r
 197      *\r
 198      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 199      */\r
 200     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 201     {\r
 202         oldY = evt.getY();\r
 203     }\r
 204 \r
 205     /**\r
 206      * DOCUMENT ME!\r
 207      *\r
 208      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 209      */\r
 210     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 211     {\r
 212         active = false;\r
 213         repaint();\r
 214     }\r
 215 \r
 216     /**\r
 217      * DOCUMENT ME!\r
 218      *\r
 219      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 220      */\r
 221     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 222     {\r
 223         active = true;\r
 224         repaint();\r
 225     }\r
 226 \r
 227     /**\r
 228      * DOCUMENT ME!\r
 229      *\r
 230      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 231      */\r
 232     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 233     {\r
 234         active = false;\r
 235         repaint();\r
 236     }\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * DOCUMENT ME!\r
 240      *\r
 241      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 242      */\r
 243     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 244     {\r
 245         active = true;\r
 246 \r
 247         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 248         int dif = evt.getY() - oldY;\r
 249 \r
 250         dif /= ap.av.charHeight;\r
 251         dif *= ap.av.charHeight;\r
 252 \r
 253         if ((d.height - dif) > 20)\r
 254         {\r
 255             ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 256                     d.height - dif));\r
 257             d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 258             ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 259                     d.width, d.height - dif));\r
 260             ap.repaint();\r
 261         }\r
 262 \r
 263         ap.addNotify();\r
 264     }\r
 265 \r
 266     /**\r
 267      * DOCUMENT ME!\r
 268      *\r
 269      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 270      */\r
 271     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 272     {\r
 273     }\r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * DOCUMENT ME!\r
 277      *\r
 278      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 279      */\r
 280     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 281     {\r
 282         int y = evt.getY() - scrollOffset;\r
 283         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 284 \r
 285         if ((aa == null) || (aa.length == 0))\r
 286         {\r
 287             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 288             JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 289             item.addActionListener(this);\r
 290             pop.add(item);\r
 291             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 292 \r
 293             return;\r
 294         }\r
 295 \r
 296         int height = 0;\r
 297 \r
 298         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 299         {\r
 300             if (!aa[i].visible)\r
 301             {\r
 302                 continue;\r
 303             }\r
 304 \r
 305             height += aa[i].height;\r
 306 \r
 307             if (y < height)\r
 308             {\r
 309                 selectedRow = i;\r
 310 \r
 311                 break;\r
 312             }\r
 313         }\r
 314 \r
 315         JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 316         JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 317         item.addActionListener(this);\r
 318         pop.add(item);\r
 319         item = new JMenuItem(HIDE);\r
 320         item.addActionListener(this);\r
 321         pop.add(item);\r
 322         item = new JMenuItem(DELETE);\r
 323         item.addActionListener(this);\r
 324         pop.add(item);\r
 325         item = new JMenuItem(SHOWALL);\r
 326         item.addActionListener(this);\r
 327         pop.add(item);\r
 328         item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 329         item.addActionListener(this);\r
 330         pop.add(item);\r
 331 \r
 332         if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 333         {\r
 334           pop.addSeparator();\r
 335           final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(\r
 336               "Ignore Gaps In Consensus",\r
 337               ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 338           cbmi.addActionListener(new ActionListener()\r
 339               {public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 340                {\r
 341                  ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 342                  ap.repaint();\r
 343                }\r
 344               });\r
 345           pop.add(cbmi);\r
 346 \r
 347         }\r
 348 \r
 349         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 350     }\r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * DOCUMENT ME!\r
 354      *\r
 355      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 356      */\r
 357     public void paintComponent(Graphics g)\r
 358     {\r
 359 \r
 360         int width = getWidth();\r
 361         if(width==0)\r
 362          width = ap.calculateIdWidth().width + 4;\r
 363 \r
 364        Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;\r
 365         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 366             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 367 \r
 368        drawComponent(g2, width);\r
 369 \r
 370     }\r
 371 \r
 372     /**\r
 373      * DOCUMENT ME!\r
 374      *\r
 375      * @param g DOCUMENT ME!\r
 376      */\r
 377     public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 378     {\r
 379         g.setFont(new Font("Arial", Font.PLAIN, av.getFont().getSize()-2));\r
 380         FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());\r
 381         g.setColor(Color.white);\r
 382         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 383 \r
 384         g.translate(0, scrollOffset);\r
 385         g.setColor(Color.black);\r
 386 \r
 387         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 388         int y = g.getFont().getSize();\r
 389         int x = 0;\r
 390 \r
 391 \r
 392         if (aa != null)\r
 393         {\r
 394             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 395             {\r
 396                 if (!aa[i].visible)\r
 397                 {\r
 398                     continue;\r
 399                 }\r
 400 \r
 401                 x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 402 \r
 403                 if (aa[i].isGraph)\r
 404                 {\r
 405                     y += (aa[i].height / 3);\r
 406                 }\r
 407 \r
 408                 g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 409 \r
 410                 if (aa[i].isGraph)\r
 411                 {\r
 412                     y += ((2 * aa[i].height) / 3);\r
 413                 }\r
 414                 else\r
 415                 {\r
 416                     y += aa[i].height;\r
 417                 }\r
 418             }\r
 419         }\r
 420 \r
 421         if (active)\r
 422         {\r
 423             if (image != null)\r
 424             {\r
 425                 g.drawImage(image, 2, 0, this);\r
 426             }\r
 427         }\r
 428 \r
 429         if ((aa == null) || (aa.length < 1))\r
 430         {\r
 431             g.drawString("Right click", 2, 8);\r
 432             g.drawString("to add annotation", 2, 18);\r
 433         }\r
 434     }\r
 435 }\r