src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.Annotation;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.io.FormatAdapter;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.Dimension;
  35 import java.awt.Font;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.Image;
  40 import java.awt.MediaTracker;
  41 import java.awt.RenderingHints;
  42 import java.awt.Toolkit;
  43 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.event.MouseEvent;
  47 import java.awt.event.MouseListener;
  48 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  49 import java.awt.geom.AffineTransform;
  50 import java.awt.image.BufferedImage;
  51 import java.util.ArrayList;
  52 import java.util.Arrays;
  53 import java.util.Collections;
  54 import java.util.List;
  55 import java.util.regex.Pattern;
  56
  57 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  58 import javax.swing.JMenuItem;
  59 import javax.swing.JPanel;
  60 import javax.swing.JPopupMenu;
  61 import javax.swing.SwingUtilities;
  62 import javax.swing.ToolTipManager;
  63
  64 /**
  65  * DOCUMENT ME!
  66  *
  67  * @author $author$
  68  * @version $Revision$
  69  */
  70 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,
  71         MouseMotionListener, ActionListener
  72 {
  73   private static final Pattern LEFT_ANGLE_BRACKET_PATTERN = Pattern
  74           .compile("<");
  75
  76   String TOGGLE_LABELSCALE = MessageManager
  77           .getString("label.scale_label_to_column");
  78
  79   String ADDNEW = MessageManager.getString("label.add_new_row");
  80
  81   String EDITNAME = MessageManager
  82           .getString("label.edit_label_description");
  83
  84   String HIDE = MessageManager.getString("label.hide_row");
  85
  86   String DELETE = MessageManager.getString("label.delete_row");
  87
  88   String SHOWALL = MessageManager.getString("label.show_all_hidden_rows");
  89
  90   String OUTPUT_TEXT = MessageManager.getString("label.export_annotation");
  91
  92   String COPYCONS_SEQ = MessageManager
  93           .getString("label.copy_consensus_sequence");
  94
  95   boolean resizePanel = false;
  96
  97   Image image;
  98
  99   AlignmentPanel ap;
 100
 101   AlignViewport av;
 102
 103   boolean resizing = false;
 104
 105   MouseEvent dragEvent;
 106
 107   int oldY;
 108
 109   int selectedRow;
 110
 111   private int scrollOffset = 0;
 112
 113   Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
 114
 115   private boolean hasHiddenRows;
 116
 117   /**
 118    * Creates a new AnnotationLabels object.
 119    *
 120    * @param ap
 121    *          DOCUMENT ME!
 122    */
 123   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
 124   {
 125     this.ap = ap;
 126     av = ap.av;
 127     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 128
 129     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");
 130     Image temp = null;
 131
 132     if (url != null)
 133     {
 134       temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
 135     }
 136
 137     try
 138     {
 139       MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 140       mt.addImage(temp, 0);
 141       mt.waitForID(0);
 142     } catch (Exception ex)
 143     {
 144     }
 145
 146     BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 147             temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 148     Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();
 149     g.rotate(Math.toRadians(90));
 150     g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);
 151     image = bi;
 152
 153     addMouseListener(this);
 154     addMouseMotionListener(this);
 155     addMouseWheelListener(ap.getAnnotationPanel());
 156   }
 157
 158   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 159   {
 160     this.av = av;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * DOCUMENT ME!
 165    *
 166    * @param y
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    */
 169   public void setScrollOffset(int y)
 170   {
 171     scrollOffset = y;
 172     repaint();
 173   }
 174
 175   /**
 176    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 177    * y
 178    *
 179    * @param y
 180    *          coordinate position to search for a row
 181    */
 182   void getSelectedRow(int y)
 183   {
 184     int height = 0;
 185     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 186             .getAlignmentAnnotation();
 187     selectedRow = -2;
 188     if (aa != null)
 189     {
 190       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 191       {
 192         selectedRow = -1;
 193         if (!aa[i].visible)
 194         {
 195           continue;
 196         }
 197
 198         height += aa[i].height;
 199
 200         if (y < height)
 201         {
 202           selectedRow = i;
 203
 204           break;
 205         }
 206       }
 207     }
 208   }
 209
 210   /**
 211    * DOCUMENT ME!
 212    *
 213    * @param evt
 214    *          DOCUMENT ME!
 215    */
 216   @Override
 217   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 218   {
 219     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 220             .getAlignmentAnnotation();
 221
 222     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 223     {
 224       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 225               null, new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 226
 227       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 228       {
 229         return;
 230       }
 231
 232       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 233       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 234     }
 235     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 236     {
 237       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 238       repaint();
 239     }
 240     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 241     {
 242       aa[selectedRow].visible = false;
 243     }
 244     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 245     {
 246       ap.av.getAlignment().deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 247     }
 248     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 249     {
 250       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 251       {
 252         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 253         {
 254           aa[i].visible = true;
 255         }
 256       }
 257     }
 258     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 259     {
 260       new AnnotationExporter().exportAnnotations(ap,
 261               new AlignmentAnnotation[] { aa[selectedRow] });
 262     }
 263     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 264     {
 265       SequenceI cons = null;
 266       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 267       {
 268         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 269       }
 270       else
 271       {
 272         cons = av.getConsensusSeq();
 273       }
 274       if (cons != null)
 275       {
 276         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 277       }
 278
 279     }
 280     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 281     {
 282       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 283     }
 284
 285     refresh();
 286
 287   }
 288
 289   /**
 290    * Redraw sensibly.
 291    */
 292   protected void refresh()
 293   {
 294     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 295     ap.addNotify();
 296     ap.repaint();
 297   }
 298
 299   /**
 300    * DOCUMENT ME!
 301    *
 302    * @param e
 303    *          DOCUMENT ME!
 304    */
 305   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 306   {
 307     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 308             annotation.description, "       Annotation Name ",
 309             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 310             ap.alignFrame);
 311
 312     if (!dialog.accept)
 313     {
 314       return false;
 315     }
 316
 317     annotation.label = dialog.getName();
 318
 319     String text = dialog.getDescription();
 320     if (text != null && text.length() == 0)
 321     {
 322       text = null;
 323     }
 324     annotation.description = text;
 325
 326     return true;
 327   }
 328
 329   @Override
 330   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 331   {
 332     getSelectedRow(evt.getY() - getScrollOffset());
 333     oldY = evt.getY();
 334     if (!evt.isPopupTrigger())
 335     {
 336       return;
 337     }
 338     evt.consume();
 339     // handle popup menu event
 340     final AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 341             .getAlignmentAnnotation();
 342
 343     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(
 344             MessageManager.getString("label.annotations"));
 345     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 346     item.addActionListener(this);
 347     pop.add(item);
 348     if (selectedRow < 0)
 349     {
 350       if (hasHiddenRows)
 351       { // let the user make everything visible again
 352         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 353         item.addActionListener(this);
 354         pop.add(item);
 355       }
 356       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 357       return;
 358     }
 359     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 360     item.addActionListener(this);
 361     pop.add(item);
 362     item = new JMenuItem(HIDE);
 363     item.addActionListener(this);
 364     pop.add(item);
 365     // JAL-1264 hide all sequence-specific annotations of this type
 366     if (selectedRow < aa.length)
 367     {
 368       if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 369       {
 370         final String label = aa[selectedRow].label;
 371         JMenuItem hideType = new JMenuItem();
 372         String text = MessageManager.getString("label.hide_all") + " "
 373                 + label;
 374         hideType.setText(text);
 375         hideType.addActionListener(new ActionListener()
 376         {
 377           @Override
 378           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 379           {
 380             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 381                     ap.av.getAlignment(), Collections.singleton(label),
 382                     null, false, false);
 383             // for (AlignmentAnnotation ann : ap.av.getAlignment()
 384             // .getAlignmentAnnotation())
 385             // {
 386             // if (ann.sequenceRef != null && ann.label != null
 387             // && ann.label.equals(label))
 388             // {
 389             // ann.visible = false;
 390             // }
 391             // }
 392             refresh();
 393           }
 394         });
 395         pop.add(hideType);
 396       }
 397     }
 398     item = new JMenuItem(DELETE);
 399     item.addActionListener(this);
 400     pop.add(item);
 401     if (hasHiddenRows)
 402     {
 403       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 404       item.addActionListener(this);
 405       pop.add(item);
 406     }
 407     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 408     item.addActionListener(this);
 409     pop.add(item);
 410     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 411     // property methods
 412     if (selectedRow < aa.length)
 413     {
 414       final String label = aa[selectedRow].label;
 415       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 416       {
 417         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 418         {
 419           // display formatting settings for this row.
 420           pop.addSeparator();
 421           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 422           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 423                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 424           item.addActionListener(this);
 425           pop.add(item);
 426         }
 427       }
 428       else if (label.indexOf("Consensus") > -1)
 429       {
 430         pop.addSeparator();
 431         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 432         final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 433                 MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 434                 (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 435                         .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 436                         .isIgnoreGapsConsensus());
 437         final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 438         cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 439         {
 440           @Override
 441           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 442           {
 443             if (aaa.groupRef != null)
 444             {
 445               // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 446               aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 447               ap.getAnnotationPanel().paint(
 448                       ap.getAnnotationPanel().getGraphics());
 449             }
 450             else
 451             {
 452               ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 453             }
 454           }
 455         });
 456         pop.add(cbmi);
 457         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 458         if (aaa.groupRef != null)
 459         {
 460           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 461                   MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),
 462                   aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 463           chist.addActionListener(new ActionListener()
 464           {
 465             @Override
 466             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 467             {
 468               // TODO: pass on reference
 469               // to ap
 470               // so the
 471               // view
 472               // can be
 473               // updated.
 474               aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 475               ap.repaint();
 476               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 477             }
 478           });
 479           pop.add(chist);
 480           final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 481                   MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 482                   aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 483           cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 484           {
 485             @Override
 486             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 487             {
 488               // TODO: pass on reference
 489               // to ap
 490               // so the
 491               // view
 492               // can be
 493               // updated.
 494               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 495               ap.repaint();
 496               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 497             }
 498           });
 499           pop.add(cprofl);
 500           final JCheckBoxMenuItem cproflnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 501                   MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),
 502                   aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 503           cproflnorm.addActionListener(new ActionListener()
 504           {
 505             @Override
 506             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 507             {
 508
 509               // TODO: pass on reference
 510               // to ap
 511               // so the
 512               // view
 513               // can be
 514               // updated.
 515               aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cproflnorm.getState());
 516               // automatically enable logo display if we're clicked
 517               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 518               ap.repaint();
 519               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 520             }
 521           });
 522           pop.add(cproflnorm);
 523         }
 524         else
 525         {
 526           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 527                   MessageManager.getString("label.show_histogram"),
 528                   av.isShowConsensusHistogram());
 529           chist.addActionListener(new ActionListener()
 530           {
 531             @Override
 532             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 533             {
 534               // TODO: pass on reference
 535               // to ap
 536               // so the
 537               // view
 538               // can be
 539               // updated.
 540               av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 541               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 542               ap.repaint();
 543               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 544             }
 545           });
 546           pop.add(chist);
 547           final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 548                   MessageManager.getString("label.show_logo"),
 549                   av.isShowSequenceLogo());
 550           cprof.addActionListener(new ActionListener()
 551           {
 552             @Override
 553             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 554             {
 555               // TODO: pass on reference
 556               // to ap
 557               // so the
 558               // view
 559               // can be
 560               // updated.
 561               av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 562               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 563               ap.repaint();
 564               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 565             }
 566           });
 567           pop.add(cprof);
 568           final JCheckBoxMenuItem cprofnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 569                   MessageManager.getString("label.normalise_logo"),
 570                   av.isNormaliseSequenceLogo());
 571           cprofnorm.addActionListener(new ActionListener()
 572           {
 573             @Override
 574             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 575             {
 576               // TODO: pass on reference
 577               // to ap
 578               // so the
 579               // view
 580               // can be
 581               // updated.
 582               av.setShowSequenceLogo(true);
 583               av.setNormaliseSequenceLogo(cprofnorm.getState());
 584               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 585               ap.repaint();
 586               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 587             }
 588           });
 589           pop.add(cprofnorm);
 590         }
 591         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 592         consclipbrd.addActionListener(this);
 593         pop.add(consclipbrd);
 594       }
 595     }
 596     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 597
 598   }
 599
 600   /**
 601    * DOCUMENT ME!
 602    *
 603    * @param evt
 604    *          DOCUMENT ME!
 605    */
 606   @Override
 607   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 608   {
 609     int start = selectedRow;
 610     getSelectedRow(evt.getY() - getScrollOffset());
 611     int end = selectedRow;
 612
 613     if (start != end)
 614     {
 615       // Swap these annotations
 616       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 617               .getAlignmentAnnotation()[start];
 618       if (end == -1)
 619       {
 620         end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 621       }
 622       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 623               .getAlignmentAnnotation()[end];
 624
 625       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 626       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 627     }
 628
 629     resizePanel = false;
 630     dragEvent = null;
 631     repaint();
 632     ap.getAnnotationPanel().repaint();
 633   }
 634
 635   /**
 636    * DOCUMENT ME!
 637    *
 638    * @param evt
 639    *          DOCUMENT ME!
 640    */
 641   @Override
 642   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 643   {
 644     if (evt.getY() < 10)
 645     {
 646       resizePanel = true;
 647       repaint();
 648     }
 649   }
 650
 651   /**
 652    * DOCUMENT ME!
 653    *
 654    * @param evt
 655    *          DOCUMENT ME!
 656    */
 657   @Override
 658   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 659   {
 660     if (dragEvent == null)
 661     {
 662       resizePanel = false;
 663       repaint();
 664     }
 665   }
 666
 667   /**
 668    * DOCUMENT ME!
 669    *
 670    * @param evt
 671    *          DOCUMENT ME!
 672    */
 673   @Override
 674   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 675   {
 676     dragEvent = evt;
 677
 678     if (resizePanel)
 679     {
 680       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 681       int dif = evt.getY() - oldY;
 682
 683       dif /= ap.av.getCharHeight();
 684       dif *= ap.av.getCharHeight();
 685
 686       if ((d.height - dif) > 20)
 687       {
 688         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,
 689                 d.height - dif));
 690         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 691         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 692                 d.width, d.height - dif));
 693         ap.paintAlignment(true);
 694       }
 695
 696       ap.addNotify();
 697     }
 698     else
 699     {
 700       repaint();
 701     }
 702   }
 703
 704   /**
 705    * DOCUMENT ME!
 706    *
 707    * @param evt
 708    *          DOCUMENT ME!
 709    */
 710   @Override
 711   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 712   {
 713     resizePanel = evt.getY() < 10;
 714
 715     getSelectedRow(evt.getY() - getScrollOffset());
 716
 717     if (selectedRow > -1
 718             && ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 719     {
 720       AlignmentAnnotation aa = ap.av.getAlignment()
 721               .getAlignmentAnnotation()[selectedRow];
 722
 723       StringBuffer desc = new StringBuffer();
 724       if (aa.description != null
 725               && !aa.description.equals("New description"))
 726       {
 727         // TODO: we could refactor and merge this code with the code in
 728         // jalview.gui.SeqPanel.mouseMoved(..) that formats sequence feature
 729         // tooltips
 730         desc.append(aa.getDescription(true).trim());
 731         // check to see if the description is an html fragment.
 732         if (desc.length() < 6
 733                 || (desc.substring(0, 6).toLowerCase().indexOf("<html>") < 0))
 734         {
 735           // clean the description ready for embedding in html
 736           desc = new StringBuffer(LEFT_ANGLE_BRACKET_PATTERN.matcher(desc)
 737                   .replaceAll("&lt;"));
 738           desc.insert(0, "<html>");
 739         }
 740         else
 741         {
 742           // remove terminating html if any
 743           int i = desc.substring(desc.length() - 7).toLowerCase()
 744                   .lastIndexOf("</html>");
 745           if (i > -1)
 746           {
 747             desc.setLength(desc.length() - 7 + i);
 748           }
 749         }
 750         if (aa.hasScore())
 751         {
 752           desc.append("<br/>");
 753         }
 754         // if (aa.hasProperties())
 755         // {
 756         // desc.append("<table>");
 757         // for (String prop : aa.getProperties())
 758         // {
 759         // desc.append("<tr><td>" + prop + "</td><td>"
 760         // + aa.getProperty(prop) + "</td><tr>");
 761         // }
 762         // desc.append("</table>");
 763         // }
 764       }
 765       else
 766       {
 767         // begin the tooltip's html fragment
 768         desc.append("<html>");
 769         if (aa.hasScore())
 770         {
 771           // TODO: limit precision of score to avoid noise from imprecise
 772           // doubles
 773           // (64.7 becomes 64.7+/some tiny value).
 774           desc.append(" Score: " + aa.score);
 775         }
 776       }
 777       if (desc.length() > 6)
 778       {
 779         desc.append("</html>");
 780         this.setToolTipText(desc.toString());
 781       }
 782       else
 783       {
 784         this.setToolTipText(null);
 785       }
 786     }
 787   }
 788
 789   @Override
 790   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 791   {
 792     final AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 793             .getAlignmentAnnotation();
 794     if (!evt.isPopupTrigger() && SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 795     {
 796       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 797       {
 798         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 799         {
 800           if (evt.getClickCount() >= 2)
 801           {
 802             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 803             // click highlights/scrolls, second selects
 804             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 805             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 806             aa[selectedRow].groupRef); // );
 807             ap.paintAlignment(false);
 808             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 809             ap.av.sendSelection();
 810           }
 811           else
 812           {
 813             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel().highlightSearchResults(
 814                     aa[selectedRow].groupRef.getSequences(null));
 815           }
 816           return;
 817         }
 818         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 819         {
 820           if (evt.getClickCount() == 1)
 821           {
 822             ap.getSeqPanel().ap
 823                     .getIdPanel()
 824                     .highlightSearchResults(
 825                             Arrays.asList(new SequenceI[] { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 826           }
 827           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 828           {
 829             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 830             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 831             if (sg != null)
 832             {
 833               // we make a copy rather than edit the current selection if no
 834               // modifiers pressed
 835               // see Enhancement JAL-1557
 836               if (!(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown()))
 837               {
 838                 sg = new SequenceGroup(sg);
 839                 sg.clear();
 840                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 841               }
 842               else
 843               {
 844                 if (evt.isControlDown())
 845                 {
 846                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 847                 }
 848                 else
 849                 {
 850                   // notionally, we should also add intermediate sequences from
 851                   // last added sequence ?
 852                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 853                 }
 854               }
 855             }
 856             else
 857             {
 858               sg = new SequenceGroup();
 859               sg.setStartRes(0);
 860               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth() - 1);
 861               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 862             }
 863             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 864             ap.av.sendSelection();
 865             ap.paintAlignment(false);
 866             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 867           }
 868
 869         }
 870       }
 871       return;
 872     }
 873   }
 874
 875   /**
 876    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 877    *
 878    * @param sq
 879    *          sequence to be copied to clipboard
 880    */
 881   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 882   {
 883     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { sq };
 884     String[] omitHidden = null;
 885     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[] { sq.getDatasetSequence() };
 886     if (dseqs[0] == null)
 887     {
 888       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 889       dseqs[0].setSequence(jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 890               jalview.util.Comparison.GapChars, sq.getSequenceAsString()));
 891
 892       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 893     }
 894     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 895     if (av.hasHiddenColumns())
 896     {
 897       omitHidden = av.getColumnSelection().getVisibleSequenceStrings(0,
 898               sq.getLength(), seqs);
 899     }
 900
 901     int[] alignmentStartEnd = new int[] { 0, ds.getWidth() - 1 };
 902     List<int[]> hiddenCols = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 903     if (hiddenCols != null)
 904     {
 905       alignmentStartEnd = av.getAlignment().getVisibleStartAndEndIndex(
 906               hiddenCols);
 907     }
 908     String output = new FormatAdapter().formatSequences("Fasta", seqs,
 909             omitHidden, alignmentStartEnd);
 910
 911     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 912             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 913
 914     ArrayList<int[]> hiddenColumns = null;
 915     if (av.hasHiddenColumns())
 916     {
 917       hiddenColumns = new ArrayList<int[]>();
 918       for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 919       {
 920         hiddenColumns.add(new int[] { region[0], region[1] });
 921       }
 922     }
 923
 924     Desktop.jalviewClipboard = new Object[] { seqs, ds, // what is the dataset
 925                                                         // of a consensus
 926                                                         // sequence ? need to
 927                                                         // flag
 928         // sequence as special.
 929         hiddenColumns };
 930   }
 931
 932   /**
 933    * DOCUMENT ME!
 934    *
 935    * @param g1
 936    *          DOCUMENT ME!
 937    */
 938   @Override
 939   public void paintComponent(Graphics g)
 940   {
 941
 942     int width = getWidth();
 943     if (width == 0)
 944     {
 945       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
 946     }
 947
 948     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 949     if (av.antiAlias)
 950     {
 951       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 952               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 953     }
 954
 955     drawComponent(g2, true, width);
 956
 957   }
 958
 959   /**
 960    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given
 961    * cursor
 962    *
 963    * @param g
 964    *          Graphics2D instance (needed for font scaling)
 965    * @param width
 966    *          Width for scaling labels
 967    *
 968    */
 969   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 970   {
 971     drawComponent(g, false, width);
 972   }
 973
 974   private final boolean debugRedraw = false;
 975
 976   /**
 977    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given
 978    * cursor
 979    *
 980    * @param g
 981    *          Graphics2D instance (needed for font scaling)
 982    * @param clip
 983    *          - true indicates that only current visible area needs to be
 984    *          rendered
 985    * @param width
 986    *          Width for scaling labels
 987    */
 988   public void drawComponent(Graphics g, boolean clip, int width)
 989   {
 990     if (av.getFont().getSize() < 10)
 991     {
 992       g.setFont(font);
 993     }
 994     else
 995     {
 996       g.setFont(av.getFont());
 997     }
 998
 999     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
1000     g.setColor(Color.white);
1001     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
1002
1003     g.translate(0, getScrollOffset());
1004     g.setColor(Color.black);
1005
1006     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
1007     int fontHeight = g.getFont().getSize();
1008     int y = 0;
1009     int x = 0;
1010     int graphExtras = 0;
1011     int offset = 0;
1012     Font baseFont = g.getFont();
1013     FontMetrics baseMetrics = fm;
1014     int ofontH = fontHeight;
1015     int sOffset = 0;
1016     int visHeight = 0;
1017     int[] visr = (ap != null && ap.getAnnotationPanel() != null) ? ap
1018             .getAnnotationPanel().getVisibleVRange() : null;
1019     if (clip && visr != null)
1020     {
1021       sOffset = visr[0];
1022       visHeight = visr[1];
1023     }
1024     boolean visible = true, before = false, after = false;
1025     if (aa != null)
1026     {
1027       hasHiddenRows = false;
1028       int olY = 0;
1029       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
1030       {
1031         visible = true;
1032         if (!aa[i].visible)
1033         {
1034           hasHiddenRows = true;
1035           continue;
1036         }
1037         olY = y;
1038         y += aa[i].height;
1039         if (clip)
1040         {
1041           if (y < sOffset)
1042           {
1043             if (!before)
1044             {
1045               if (debugRedraw)
1046               {
1047                 System.out.println("before vis: " + i);
1048               }
1049               before = true;
1050             }
1051             // don't draw what isn't visible
1052             continue;
1053           }
1054           if (olY > visHeight)
1055           {
1056
1057             if (!after)
1058             {
1059               if (debugRedraw)
1060               {
1061                 System.out.println("Scroll offset: " + sOffset
1062                         + " after vis: " + i);
1063               }
1064               after = true;
1065             }
1066             // don't draw what isn't visible
1067             continue;
1068           }
1069         }
1070         g.setColor(Color.black);
1071
1072         offset = -aa[i].height / 2;
1073
1074         if (aa[i].hasText)
1075         {
1076           offset += fm.getHeight() / 2;
1077           offset -= fm.getDescent();
1078         }
1079         else
1080         {
1081           offset += fm.getDescent();
1082         }
1083
1084         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
1085
1086         if (aa[i].graphGroup > -1)
1087         {
1088           int groupSize = 0;
1089           // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1090           // computed efficiently for all visible labels
1091           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1092           {
1093             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
1094             {
1095               groupSize++;
1096             }
1097           }
1098           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
1099           {
1100             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
1101           }
1102           else
1103           {
1104             // scale font to fit
1105             float h = aa[i].height / (float) groupSize, s;
1106             if (h < 9)
1107             {
1108               visible = false;
1109             }
1110             else
1111             {
1112               fontHeight = -8 + (int) h;
1113               s = ((float) fontHeight) / (float) ofontH;
1114               Font f = baseFont.deriveFont(AffineTransform
1115                       .getScaleInstance(s, s));
1116               g.setFont(f);
1117               fm = g.getFontMetrics();
1118               graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
1119             }
1120           }
1121           if (visible)
1122           {
1123             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1124             {
1125               if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
1126               {
1127                 x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
1128                 g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
1129
1130                 if (aa[gg]._linecolour != null)
1131                 {
1132
1133                   g.setColor(aa[gg]._linecolour);
1134                   g.drawLine(x, y - graphExtras + 3,
1135                           x + fm.stringWidth(aa[gg].label), y - graphExtras
1136                                   + 3);
1137                 }
1138
1139                 g.setColor(Color.black);
1140                 graphExtras += fontHeight + 8;
1141               }
1142             }
1143           }
1144           g.setFont(baseFont);
1145           fm = baseMetrics;
1146           fontHeight = ofontH;
1147         }
1148         else
1149         {
1150           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
1151         }
1152       }
1153     }
1154
1155     if (resizePanel)
1156     {
1157       g.drawImage(image, 2, 0 - getScrollOffset(), this);
1158     }
1159     else if (dragEvent != null && aa != null)
1160     {
1161       g.setColor(Color.lightGray);
1162       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
1163               dragEvent.getY() - getScrollOffset());
1164     }
1165
1166     if (!av.getWrapAlignment() && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
1167     {
1168       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
1169       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
1170               18);
1171     }
1172   }
1173
1174   public int getScrollOffset()
1175   {
1176     return scrollOffset;
1177   }
1178 }