src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener, ActionListener\r
  38 {\r
  39     static String ADDNEW = "Add New Row";\r
  40     static String HIDE = "Hide This Row";\r
  41     static String DELETE = "Delete This Row";\r
  42     static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";\r
  43     static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  44     boolean active = false;\r
  45     Image image;\r
  46     AlignmentPanel ap;\r
  47     boolean resizing = false;\r
  48     int oldY;\r
  49     int mouseX;\r
  50     int selectedRow = 0;\r
  51     int scrollOffset = 0;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Creates a new AnnotationLabels object.\r
  55      *\r
  56      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  57      */\r
  58     public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  59     {\r
  60         this.ap = ap;\r
  61 \r
  62         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");\r
  63         Image temp = null;\r
  64 \r
  65         if (url != null)\r
  66         {\r
  67             temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  68         }\r
  69 \r
  70         try\r
  71         {\r
  72             MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  73             mt.addImage(temp, 0);\r
  74             mt.waitForID(0);\r
  75         }\r
  76         catch (Exception ex)\r
  77         {\r
  78         }\r
  79 \r
  80         BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),\r
  81                 temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
  82         Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
  83         g.rotate(Math.toRadians(90));\r
  84         g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);\r
  85         image = (Image) bi;\r
  86 \r
  87         addMouseListener(this);\r
  88         addMouseMotionListener(this);\r
  89     }\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param y DOCUMENT ME!\r
  95      */\r
  96     public void setScrollOffset(int y)\r
  97     {\r
  98         scrollOffset = y;\r
  99         repaint();\r
 100     }\r
 101 \r
 102     /**\r
 103      * DOCUMENT ME!\r
 104      *\r
 105      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 106      */\r
 107     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 108     {\r
 109         int dif = 0;\r
 110         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 111 \r
 112         if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))\r
 113         {\r
 114             String label = JOptionPane.showInputDialog(this,\r
 115                     "Label for annotation");\r
 116 \r
 117             if (label == null)\r
 118             {\r
 119                 label = "";\r
 120             }\r
 121 \r
 122             ap.av.alignment.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(label,\r
 123                     "New description",\r
 124                     new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]));\r
 125 \r
 126             dif = aa[aa.length - 1].height;\r
 127         }\r
 128         else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 129         {\r
 130             aa[selectedRow].visible = false;\r
 131 \r
 132             if (aa[selectedRow].label.equals("Conservation"))\r
 133             {\r
 134                 ap.av.showConservation = false;\r
 135             }\r
 136 \r
 137             if (aa[selectedRow].label.equals("Quality"))\r
 138             {\r
 139                 ap.av.showQuality = false;\r
 140             }\r
 141 \r
 142             if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 143             {\r
 144                 ap.av.showIdentity = false;\r
 145             }\r
 146 \r
 147             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 148         }\r
 149         else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))\r
 150         {\r
 151             ap.av.alignment.deleteAnnotation(aa[selectedRow]);\r
 152             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 153         }\r
 154         else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 155         {\r
 156             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 157             {\r
 158                 if (!aa[i].visible)\r
 159                 {\r
 160                     dif += aa[i].height;\r
 161                     aa[i].visible = true;\r
 162                 }\r
 163             }\r
 164         }\r
 165         else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 166         {\r
 167             CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 168             Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 169                 ap.alignFrame.getTitle() + " - " + aa[selectedRow].label, 500,\r
 170                 100);\r
 171             cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 172         }\r
 173 \r
 174 \r
 175         ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 176 \r
 177         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 178         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 179                 d.height + dif));\r
 180         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 181         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 182                 d.height + dif));\r
 183 \r
 184         ap.addNotify();\r
 185     }\r
 186 \r
 187     /**\r
 188      * DOCUMENT ME!\r
 189      *\r
 190      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 191      */\r
 192     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 193     {\r
 194         oldY = evt.getY();\r
 195     }\r
 196 \r
 197     /**\r
 198      * DOCUMENT ME!\r
 199      *\r
 200      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 201      */\r
 202     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 203     {\r
 204         active = false;\r
 205         repaint();\r
 206     }\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * DOCUMENT ME!\r
 210      *\r
 211      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 212      */\r
 213     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 214     {\r
 215         active = true;\r
 216         repaint();\r
 217     }\r
 218 \r
 219     /**\r
 220      * DOCUMENT ME!\r
 221      *\r
 222      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 223      */\r
 224     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 225     {\r
 226         active = false;\r
 227         repaint();\r
 228     }\r
 229 \r
 230     /**\r
 231      * DOCUMENT ME!\r
 232      *\r
 233      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 234      */\r
 235     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 236     {\r
 237         active = true;\r
 238 \r
 239         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 240         int dif = evt.getY() - oldY;\r
 241 \r
 242         dif /= ap.av.charHeight;\r
 243         dif *= ap.av.charHeight;\r
 244 \r
 245         if ((d.height - dif) > 20)\r
 246         {\r
 247             ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 248                     d.height - dif));\r
 249             d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 250             ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 251                     d.width, d.height - dif));\r
 252             ap.repaint();\r
 253         }\r
 254 \r
 255         ap.addNotify();\r
 256     }\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * DOCUMENT ME!\r
 260      *\r
 261      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 262      */\r
 263     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 264     {\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      * DOCUMENT ME!\r
 269      *\r
 270      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 271      */\r
 272     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 273     {\r
 274         int y = evt.getY() - scrollOffset;\r
 275         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 276 \r
 277         if ((aa == null) || (aa.length == 0))\r
 278         {\r
 279             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 280             JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 281             item.addActionListener(this);\r
 282             pop.add(item);\r
 283             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 284 \r
 285             return;\r
 286         }\r
 287 \r
 288         int height = 0;\r
 289 \r
 290         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 291         {\r
 292             if (!aa[i].visible)\r
 293             {\r
 294                 continue;\r
 295             }\r
 296 \r
 297             height += aa[i].height;\r
 298 \r
 299             if (y < height)\r
 300             {\r
 301                 selectedRow = i;\r
 302 \r
 303                 break;\r
 304             }\r
 305         }\r
 306 \r
 307         JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 308         JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 309         item.addActionListener(this);\r
 310         pop.add(item);\r
 311         item = new JMenuItem(HIDE);\r
 312         item.addActionListener(this);\r
 313         pop.add(item);\r
 314         item = new JMenuItem(DELETE);\r
 315         item.addActionListener(this);\r
 316         pop.add(item);\r
 317         item = new JMenuItem(SHOWALL);\r
 318         item.addActionListener(this);\r
 319         pop.add(item);\r
 320         item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 321         item.addActionListener(this);\r
 322         pop.add(item);\r
 323 \r
 324         if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 325         {\r
 326           pop.addSeparator();\r
 327           final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(\r
 328               "Ignore Gaps In Consensus",\r
 329               ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 330           cbmi.addActionListener(new ActionListener()\r
 331               {public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 332                {\r
 333                  ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 334                  ap.repaint();\r
 335                }\r
 336               });\r
 337           pop.add(cbmi);\r
 338 \r
 339         }\r
 340 \r
 341         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 342     }\r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * DOCUMENT ME!\r
 346      *\r
 347      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 348      */\r
 349     public void paintComponent(Graphics g1)\r
 350     {\r
 351         Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 352         g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 353             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 354 \r
 355         drawComponent(g);\r
 356     }\r
 357 \r
 358     /**\r
 359      * DOCUMENT ME!\r
 360      *\r
 361      * @param g DOCUMENT ME!\r
 362      */\r
 363     public void drawComponent(Graphics2D g)\r
 364     {\r
 365         FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());\r
 366         g.setColor(Color.white);\r
 367         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 368 \r
 369         g.translate(0, scrollOffset);\r
 370         g.setColor(Color.black);\r
 371 \r
 372         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 373         int y = g.getFont().getSize();\r
 374         int x = 0;\r
 375         int width = getWidth();\r
 376         if(width==0)\r
 377          width = ap.calculateIdWidth().width + 4;\r
 378 \r
 379         if (aa != null)\r
 380         {\r
 381             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 382             {\r
 383                 if (!aa[i].visible)\r
 384                 {\r
 385                     continue;\r
 386                 }\r
 387 \r
 388                 x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 389 \r
 390                 if (aa[i].isGraph)\r
 391                 {\r
 392                     y += (aa[i].height / 3);\r
 393                 }\r
 394 \r
 395                 g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 396 \r
 397                 if (aa[i].isGraph)\r
 398                 {\r
 399                     y += ((2 * aa[i].height) / 3);\r
 400                 }\r
 401                 else\r
 402                 {\r
 403                     y += aa[i].height;\r
 404                 }\r
 405             }\r
 406         }\r
 407 \r
 408         if (active)\r
 409         {\r
 410             if (image != null)\r
 411             {\r
 412                 g.drawImage(image, 2, 0, this);\r
 413             }\r
 414         }\r
 415 \r
 416         if ((aa == null) || (aa.length < 1))\r
 417         {\r
 418             g.drawString("Right click", 2, 8);\r
 419             g.drawString("to add annotation", 2, 18);\r
 420         }\r
 421     }\r
 422 }\r