src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.*;
  24 import java.util.regex.Pattern;
  25
  26 import java.awt.*;
  27 import java.awt.datatransfer.*;
  28 import java.awt.event.*;
  29 import java.awt.geom.AffineTransform;
  30 import java.awt.image.*;
  31 import javax.swing.*;
  32
  33 import jalview.datamodel.*;
  34 import jalview.io.*;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 /**
  38  * DOCUMENT ME!
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision$
  42  */
  43 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,
  44         MouseMotionListener, ActionListener
  45 {
  46   static String TOGGLE_LABELSCALE = "Scale Label to Column";
  47
  48   static String ADDNEW = "Add New Row";
  49
  50   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  51
  52   static String HIDE = "Hide This Row";
  53
  54   static String DELETE = "Delete This Row";
  55
  56   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  57
  58   static String OUTPUT_TEXT = "Export Annotation";
  59
  60   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  61
  62   boolean resizePanel = false;
  63
  64   Image image;
  65
  66   AlignmentPanel ap;
  67
  68   AlignViewport av;
  69
  70   boolean resizing = false;
  71
  72   MouseEvent dragEvent;
  73
  74   int oldY;
  75
  76   int selectedRow;
  77
  78   int scrollOffset = 0;
  79
  80   Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
  81
  82   private boolean hasHiddenRows;
  83
  84   /**
  85    * Creates a new AnnotationLabels object.
  86    *
  87    * @param ap
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    */
  90   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  91   {
  92     this.ap = ap;
  93     av = ap.av;
  94     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  95
  96     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");
  97     Image temp = null;
  98
  99     if (url != null)
 100     {
 101       temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
 102     }
 103
 104     try
 105     {
 106       MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 107       mt.addImage(temp, 0);
 108       mt.waitForID(0);
 109     } catch (Exception ex)
 110     {
 111     }
 112
 113     BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 114             temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 115     Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();
 116     g.rotate(Math.toRadians(90));
 117     g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);
 118     image = (Image) bi;
 119
 120     addMouseListener(this);
 121     addMouseMotionListener(this);
 122     addMouseWheelListener(ap.annotationPanel);
 123   }
 124
 125   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 126   {
 127     this.av = av;
 128   }
 129
 130   /**
 131    * DOCUMENT ME!
 132    *
 133    * @param y
 134    *          DOCUMENT ME!
 135    */
 136   public void setScrollOffset(int y)
 137   {
 138     scrollOffset = y;
 139     repaint();
 140   }
 141
 142   /**
 143    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 144    * y
 145    *
 146    * @param y
 147    *          coordinate position to search for a row
 148    */
 149   void getSelectedRow(int y)
 150   {
 151     int height = 0;
 152     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 153             .getAlignmentAnnotation();
 154     selectedRow = -2;
 155     if (aa != null)
 156     {
 157       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 158       {
 159         selectedRow = -1;
 160         if (!aa[i].visible)
 161         {
 162           continue;
 163         }
 164
 165         height += aa[i].height;
 166
 167         if (y < height)
 168         {
 169           selectedRow = i;
 170
 171           break;
 172         }
 173       }
 174     }
 175   }
 176
 177   /**
 178    * DOCUMENT ME!
 179    *
 180    * @param evt
 181    *          DOCUMENT ME!
 182    */
 183   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 184   {
 185     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 186             .getAlignmentAnnotation();
 187
 188     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 189     {
 190       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 191               null, new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 192
 193       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 194       {
 195         return;
 196       }
 197
 198       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 199       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 200     }
 201     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 202     {
 203       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 204       repaint();
 205     }
 206     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 207     {
 208       aa[selectedRow].visible = false;
 209     }
 210     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 211     {
 212       ap.av.getAlignment().deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 213     }
 214     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 215     {
 216       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 217       {
 218         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 219         {
 220           aa[i].visible = true;
 221         }
 222       }
 223     }
 224     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 225     {
 226       new AnnotationExporter().exportAnnotations(ap,
 227               new AlignmentAnnotation[]
 228               { aa[selectedRow] }, null, null);
 229     }
 230     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 231     {
 232       SequenceI cons = null;
 233       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 234       {
 235         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 236       }
 237       else
 238       {
 239         cons = av.getConsensusSeq();
 240       }
 241       if (cons != null)
 242       {
 243         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 244       }
 245
 246     }
 247     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 248     {
 249       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 250     }
 251
 252     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 253     ap.addNotify();
 254     ap.repaint();
 255     // validate();
 256     // ap.paintAlignment(true);
 257   }
 258
 259   /**
 260    * DOCUMENT ME!
 261    *
 262    * @param e
 263    *          DOCUMENT ME!
 264    */
 265   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 266   {
 267     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 268             annotation.description, "       Annotation Name ",
 269             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 270             ap.alignFrame);
 271
 272     if (!dialog.accept)
 273     {
 274       return false;
 275     }
 276
 277     annotation.label = dialog.getName();
 278
 279     String text = dialog.getDescription();
 280     if (text != null && text.length() == 0)
 281     {
 282       text = null;
 283     }
 284     annotation.description = text;
 285
 286     return true;
 287   }
 288
 289   /**
 290    * DOCUMENT ME!
 291    *
 292    * @param evt
 293    *          DOCUMENT ME!
 294    */
 295   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 296   {
 297     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 298     oldY = evt.getY();
 299   }
 300
 301   /**
 302    * DOCUMENT ME!
 303    *
 304    * @param evt
 305    *          DOCUMENT ME!
 306    */
 307   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 308   {
 309     int start = selectedRow;
 310     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 311     int end = selectedRow;
 312
 313     if (start != end)
 314     {
 315       // Swap these annotations
 316       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 317               .getAlignmentAnnotation()[start];
 318       if (end == -1)
 319       {
 320         end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 321       }
 322       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 323               .getAlignmentAnnotation()[end];
 324
 325       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 326       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 327     }
 328
 329     resizePanel = false;
 330     dragEvent = null;
 331     repaint();
 332     ap.annotationPanel.repaint();
 333   }
 334
 335   /**
 336    * DOCUMENT ME!
 337    *
 338    * @param evt
 339    *          DOCUMENT ME!
 340    */
 341   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 342   {
 343     if (evt.getY() < 10)
 344     {
 345       resizePanel = true;
 346       repaint();
 347     }
 348   }
 349
 350   /**
 351    * DOCUMENT ME!
 352    *
 353    * @param evt
 354    *          DOCUMENT ME!
 355    */
 356   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 357   {
 358     if (dragEvent == null)
 359     {
 360       resizePanel = false;
 361       repaint();
 362     }
 363   }
 364
 365   /**
 366    * DOCUMENT ME!
 367    *
 368    * @param evt
 369    *          DOCUMENT ME!
 370    */
 371   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 372   {
 373     dragEvent = evt;
 374
 375     if (resizePanel)
 376     {
 377       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 378       int dif = evt.getY() - oldY;
 379
 380       dif /= ap.av.charHeight;
 381       dif *= ap.av.charHeight;
 382
 383       if ((d.height - dif) > 20)
 384       {
 385         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,
 386                 d.height - dif));
 387         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 388         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 389                 d.width, d.height - dif));
 390         ap.paintAlignment(true);
 391       }
 392
 393       ap.addNotify();
 394     }
 395     else
 396     {
 397       repaint();
 398     }
 399   }
 400
 401   /**
 402    * DOCUMENT ME!
 403    *
 404    * @param evt
 405    *          DOCUMENT ME!
 406    */
 407   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 408   {
 409     resizePanel = evt.getY() < 10;
 410
 411     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 412
 413     if (selectedRow > -1
 414             && ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 415     {
 416       AlignmentAnnotation aa = ap.av.getAlignment()
 417               .getAlignmentAnnotation()[selectedRow];
 418
 419       StringBuffer desc = new StringBuffer();
 420       if (aa.description != null
 421               && !aa.description.equals("New description"))
 422       {
 423         // TODO: we could refactor and merge this code with the code in
 424         // jalview.gui.SeqPanel.mouseMoved(..) that formats sequence feature
 425         // tooltips
 426         desc.append(aa.getDescription(true).trim());
 427         // check to see if the description is an html fragment.
 428         if (desc.length() < 6
 429                 || (desc.substring(0, 6).toLowerCase().indexOf("<html>") < 0))
 430         {
 431           // clean the description ready for embedding in html
 432           desc = new StringBuffer(Pattern.compile("<").matcher(desc)
 433                   .replaceAll("&lt;"));
 434           desc.insert(0, "<html>");
 435         }
 436         else
 437         {
 438           // remove terminating html if any
 439           int i = desc.substring(desc.length() - 7).toLowerCase()
 440                   .lastIndexOf("</html>");
 441           if (i > -1)
 442           {
 443             desc.setLength(desc.length() - 7 + i);
 444           }
 445         }
 446         if (aa.hasScore())
 447         {
 448           desc.append("<br/>");
 449         }
 450
 451       }
 452       else
 453       {
 454         // begin the tooltip's html fragment
 455         desc.append("<html>");
 456       }
 457       if (aa.hasScore())
 458       {
 459         // TODO: limit precision of score to avoid noise from imprecise doubles
 460         // (64.7 becomes 64.7+/some tiny value).
 461         desc.append(" Score: " + aa.score);
 462       }
 463
 464       if (desc.length() > 6)
 465       {
 466         desc.append("</html>");
 467         this.setToolTipText(desc.toString());
 468       }
 469       else
 470         this.setToolTipText(null);
 471     }
 472
 473   }
 474
 475   /**
 476    * DOCUMENT ME!
 477    *
 478    * @param evt
 479    *          DOCUMENT ME!
 480    */
 481   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 482   {
 483     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 484             .getAlignmentAnnotation();
 485     if (SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 486     {
 487       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 488       {
 489         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 490         {
 491           if (evt.getClickCount() >= 2)
 492           {
 493             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 494             // click highlights/scrolls, second selects
 495             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 496             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 497             aa[selectedRow].groupRef); // );
 498             ap.paintAlignment(false);
 499             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 500             ap.av.sendSelection();
 501           }
 502           else
 503           {
 504             ap.seqPanel.ap.idPanel
 505                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 506                             .getSequences(null));
 507           }
 508           return;
 509         }
 510         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 511         {
 512           Vector sr = new Vector();
 513           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 514           if (evt.getClickCount() == 1)
 515           {
 516             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 517           }
 518           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 519           {
 520             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 521             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 522             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 523             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 524             ap.av.sendSelection();
 525             ap.paintAlignment(false);
 526             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 527           }
 528
 529         }
 530       }
 531     }
 532     if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 533     {
 534       return;
 535     }
 536
 537     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(MessageManager.getString("label.annotations"));
 538     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 539     item.addActionListener(this);
 540     pop.add(item);
 541     if (selectedRow < 0)
 542     {
 543       if (hasHiddenRows)
 544       { // let the user make everything visible again
 545         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 546         item.addActionListener(this);
 547         pop.add(item);
 548       }
 549       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 550       return;
 551     }
 552     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 553     item.addActionListener(this);
 554     pop.add(item);
 555     item = new JMenuItem(HIDE);
 556     item.addActionListener(this);
 557     pop.add(item);
 558     item = new JMenuItem(DELETE);
 559     item.addActionListener(this);
 560     pop.add(item);
 561     if (hasHiddenRows)
 562     {
 563       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 564       item.addActionListener(this);
 565       pop.add(item);
 566     }
 567     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 568     item.addActionListener(this);
 569     pop.add(item);
 570     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 571     // property methods
 572     if (selectedRow < aa.length)
 573     {
 574       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 575       {
 576         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 577         {
 578           // display formatting settings for this row.
 579           pop.addSeparator();
 580           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 581           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 582                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 583           item.addActionListener(this);
 584           pop.add(item);
 585         }
 586       }
 587       else if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 588       {
 589         pop.addSeparator();
 590         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 591         final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 592                 "Ignore Gaps In Consensus",
 593                 (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 594                         .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 595                         .getIgnoreGapsConsensus());
 596         final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 597         cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 598         {
 599           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 600           {
 601             if (aaa.groupRef != null)
 602             {
 603               // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 604               aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 605               ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 606             }
 607             else
 608             {
 609               ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 610             }
 611           }
 612         });
 613         pop.add(cbmi);
 614         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 615         if (aaa.groupRef != null)
 616         {
 617           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 618                   "Show Group Histogram",
 619                   aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 620           chist.addActionListener(new ActionListener()
 621           {
 622             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 623             {
 624               // TODO: pass on reference
 625               // to ap
 626               // so the
 627               // view
 628               // can be
 629               // updated.
 630               aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 631               ap.repaint();
 632               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 633             }
 634           });
 635           pop.add(chist);
 636           final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 637                   "Show Group Logo",
 638                   aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 639           cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 640           {
 641             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 642             {
 643               // TODO: pass on reference
 644               // to ap
 645               // so the
 646               // view
 647               // can be
 648               // updated.
 649               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 650               ap.repaint();
 651               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 652             }
 653           });
 654           pop.add(cprofl);
 655           final JCheckBoxMenuItem cproflnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 656                   "Normalise Group Logo",
 657                   aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 658           cproflnorm.addActionListener(new ActionListener()
 659           {
 660             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 661             {
 662
 663               // TODO: pass on reference
 664               // to ap
 665               // so the
 666               // view
 667               // can be
 668               // updated.
 669               aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cproflnorm.getState());
 670               // automatically enable logo display if we're clicked
 671               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 672               ap.repaint();
 673               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 674             }
 675           });
 676           pop.add(cproflnorm);
 677         }
 678         else
 679         {
 680           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 681                   "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 682           chist.addActionListener(new ActionListener()
 683           {
 684             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 685             {
 686               // TODO: pass on reference
 687               // to ap
 688               // so the
 689               // view
 690               // can be
 691               // updated.
 692               av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 693               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 694               ap.repaint();
 695               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 696             }
 697           });
 698           pop.add(chist);
 699           final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 700                   "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 701           cprof.addActionListener(new ActionListener()
 702           {
 703             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 704             {
 705               // TODO: pass on reference
 706               // to ap
 707               // so the
 708               // view
 709               // can be
 710               // updated.
 711               av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 712               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 713               ap.repaint();
 714               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 715             }
 716           });
 717           pop.add(cprof);
 718           final JCheckBoxMenuItem cprofnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 719                   "Normalise Logo", av.isNormaliseSequenceLogo());
 720           cprofnorm.addActionListener(new ActionListener()
 721           {
 722             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 723             {
 724               // TODO: pass on reference
 725               // to ap
 726               // so the
 727               // view
 728               // can be
 729               // updated.
 730               av.setShowSequenceLogo(true);
 731               av.setNormaliseSequenceLogo(cprofnorm.getState());
 732               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 733               ap.repaint();
 734               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 735             }
 736           });
 737           pop.add(cprofnorm);
 738         }
 739         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 740         consclipbrd.addActionListener(this);
 741         pop.add(consclipbrd);
 742       }
 743     }
 744     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 745   }
 746
 747   /**
 748    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 749    *
 750    * @param sq
 751    *          sequence to be copied to clipboard
 752    */
 753   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 754   {
 755     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 756     { sq };
 757     String[] omitHidden = null;
 758     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[]
 759     { sq.getDatasetSequence() };
 760     if (dseqs[0] == null)
 761     {
 762       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 763       dseqs[0].setSequence(jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 764               jalview.util.Comparison.GapChars, sq.getSequenceAsString()));
 765
 766       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 767     }
 768     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 769     if (av.hasHiddenColumns())
 770     {
 771       omitHidden = av.getColumnSelection().getVisibleSequenceStrings(0,
 772               sq.getLength(), seqs);
 773     }
 774
 775     String output = new FormatAdapter().formatSequences("Fasta", seqs,
 776             omitHidden);
 777
 778     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 779             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 780
 781     Vector hiddenColumns = null;
 782     if (av.hasHiddenColumns())
 783     {
 784       hiddenColumns = new Vector();
 785       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 786       {
 787         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 788                 .elementAt(i);
 789
 790         hiddenColumns.addElement(new int[]
 791         { region[0], region[1] });
 792       }
 793     }
 794
 795     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]
 796     { seqs, ds, // what is the dataset of a consensus sequence ? need to flag
 797         // sequence as special.
 798         hiddenColumns };
 799   }
 800
 801   /**
 802    * DOCUMENT ME!
 803    *
 804    * @param g1
 805    *          DOCUMENT ME!
 806    */
 807   public void paintComponent(Graphics g)
 808   {
 809
 810     int width = getWidth();
 811     if (width == 0)
 812     {
 813       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
 814     }
 815
 816     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 817     if (av.antiAlias)
 818     {
 819       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 820               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 821     }
 822
 823     drawComponent(g2, true, width);
 824
 825   }
 826
 827   /**
 828    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given cursor
 829    *
 830    * @param g Graphics2D instance (needed for font scaling)
 831    * @param width Width for scaling labels
 832    *
 833    */
 834   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 835   {
 836     drawComponent(g, false, width);
 837   }
 838
 839   private final boolean debugRedraw = false;
 840   /**
 841    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given cursor
 842    *
 843    * @param g Graphics2D instance (needed for font scaling)
 844    * @param clip - true indicates that only current visible area needs to be rendered
 845    * @param width Width for scaling labels
 846    */
 847   public void drawComponent(Graphics g, boolean clip, int width)
 848   {
 849     if (av.getFont().getSize() < 10)
 850     {
 851       g.setFont(font);
 852     }
 853     else
 854     {
 855       g.setFont(av.getFont());
 856     }
 857
 858     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
 859     g.setColor(Color.white);
 860     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 861
 862     g.translate(0, scrollOffset);
 863     g.setColor(Color.black);
 864
 865     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 866     int fontHeight = g.getFont().getSize();
 867     int y = 0;
 868     int x = 0;
 869     int graphExtras = 0;
 870     int offset = 0;
 871     Font baseFont = g.getFont();
 872     FontMetrics baseMetrics = fm;
 873     int ofontH = fontHeight;
 874     int sOffset=0;
 875     int visHeight = 0;
 876     int[] visr = (ap!=null && ap.annotationPanel!=null) ? ap.annotationPanel.getVisibleVRange() : null;
 877     if (clip && visr!=null){
 878       sOffset = visr[0];
 879       visHeight = visr[1];
 880     }
 881     boolean visible = true,before=false,after=false;
 882     if (aa != null)
 883     {
 884       hasHiddenRows = false;
 885       int olY=0;
 886       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 887       {
 888         visible = true;
 889         if (!aa[i].visible)
 890         {
 891           hasHiddenRows = true;
 892           continue;
 893         }
 894         olY=y;
 895         y += aa[i].height;
 896         if (clip) {if (y<sOffset)
 897         {
 898           if (!before)
 899           {
 900             if (debugRedraw) {
 901               System.out.println("before vis: "+i);
 902             }
 903           before=true;
 904           }
 905           // don't draw what isn't visible
 906           continue;
 907         }
 908         if (olY>visHeight)
 909         {
 910
 911           if (!after)
 912           {
 913             if (debugRedraw) {
 914               System.out.println("Scroll offset: "+sOffset+" after vis: "+i);
 915             }
 916           after=true;
 917           }
 918           // don't draw what isn't visible
 919           continue;
 920         }}
 921         g.setColor(Color.black);
 922
 923         offset = -aa[i].height / 2;
 924
 925         if (aa[i].hasText)
 926         {
 927           offset += fm.getHeight() / 2;
 928           offset -= fm.getDescent();
 929         }
 930         else
 931           offset += fm.getDescent();
 932
 933         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 934
 935         if (aa[i].graphGroup > -1)
 936         {
 937           int groupSize = 0;
 938           // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is computed efficiently for all visible labels
 939           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 940           {
 941             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 942             {
 943               groupSize++;
 944             }
 945           }
 946           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
 947           {
 948             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
 949           }
 950           else
 951           {
 952             // scale font to fit
 953             float h = aa[i].height / (float) groupSize, s;
 954             if (h < 9)
 955             {
 956               visible = false;
 957             }
 958             else
 959             {
 960               fontHeight = -8 + (int) h;
 961               s = ((float) fontHeight) / (float) ofontH;
 962               Font f = baseFont.deriveFont(AffineTransform
 963                       .getScaleInstance(s, s));
 964               g.setFont(f);
 965               fm = g.getFontMetrics();
 966               graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
 967             }
 968           }
 969           if (visible)
 970           {
 971             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 972             {
 973               if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 974               {
 975                 x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
 976                 g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
 977
 978                 if (aa[gg]._linecolour != null)
 979                 {
 980
 981                   g.setColor(aa[gg]._linecolour);
 982                   g.drawLine(x, y - graphExtras + 3,
 983                           x + fm.stringWidth(aa[gg].label), y - graphExtras
 984                                   + 3);
 985                 }
 986
 987                 g.setColor(Color.black);
 988                 graphExtras += fontHeight + 8;
 989               }
 990             }
 991           }
 992           g.setFont(baseFont);
 993           fm = baseMetrics;
 994           fontHeight = ofontH;
 995         }
 996         else
 997         {
 998           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 999         }
1000       }
1001     }
1002
1003     if (resizePanel)
1004     {
1005       g.drawImage(image, 2, 0 - scrollOffset, this);
1006     }
1007     else if (dragEvent != null && aa != null)
1008     {
1009       g.setColor(Color.lightGray);
1010       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
1011               dragEvent.getY() - scrollOffset);
1012     }
1013
1014     if (!av.wrapAlignment && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
1015     {
1016       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
1017       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2, 18);
1018     }
1019   }
1020 }