src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  38 {\r
  39     final String HELIX = "Helix";\r
  40     final String SHEET = "Sheet";\r
  41     final String LABEL = "Label";\r
  42     final String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  43     final String COLOUR = "Colour";\r
  44     final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  45     final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  46 \r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     AlignViewport av;\r
  49     AlignmentPanel ap;\r
  50     int activeRow = -1;\r
  51     BufferedImage image;\r
  52     Graphics2D gg;\r
  53     FontMetrics fm;\r
  54     int imgWidth = 0;\r
  55     boolean fastPaint = false;\r
  56 \r
  57     //Used For mouse Dragging and resizing graphs\r
  58     int graphStretch = -1;\r
  59     int graphStretchY = -1;\r
  60     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  61     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  62     boolean mouseDragging = false;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * Creates a new AnnotationPanel object.\r
  66      *\r
  67      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  68      */\r
  69     public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  70     {\r
  71         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  72         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  73         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  74         this.ap = ap;\r
  75         av = ap.av;\r
  76         this.setLayout(null);\r
  77         addMouseListener(this);\r
  78         addMouseMotionListener(this);\r
  79         ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  80     }\r
  81 \r
  82     public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  83     {\r
  84       this.av = av;\r
  85     }\r
  86 \r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * DOCUMENT ME!\r
  90      *\r
  91      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  92      */\r
  93     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  94     {\r
  95         ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());\r
  96     }\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * DOCUMENT ME!\r
 100      */\r
 101     public int adjustPanelHeight()\r
 102     {\r
 103         // setHeight of panels\r
 104         image = null;\r
 105         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 106         int height = 0;\r
 107 \r
 108         if (aa != null)\r
 109         {\r
 110             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 111             {\r
 112                 if (!aa[i].visible)\r
 113                 {\r
 114                     continue;\r
 115                 }\r
 116 \r
 117                 aa[i].height = 0;\r
 118 \r
 119                 if (aa[i].hasText)\r
 120                 {\r
 121                     aa[i].height += av.charHeight;\r
 122                 }\r
 123 \r
 124                 if (aa[i].hasIcons)\r
 125                 {\r
 126                     aa[i].height += 16;\r
 127                 }\r
 128 \r
 129                 if (aa[i].graph>0)\r
 130                 {\r
 131                     aa[i].height += aa[i].graphHeight;\r
 132                 }\r
 133 \r
 134                 if (aa[i].height == 0)\r
 135                 {\r
 136                     aa[i].height = 20;\r
 137                 }\r
 138 \r
 139                 height += aa[i].height;\r
 140             }\r
 141         }\r
 142         else\r
 143         {\r
 144             height = 20;\r
 145         }\r
 146 \r
 147         this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 148 \r
 149         return height;\r
 150     }\r
 151 \r
 152 \r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * DOCUMENT ME!\r
 156      *\r
 157      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 158      */\r
 159     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 160     {\r
 161         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 162         Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 163 \r
 164         if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 165         {\r
 166             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 167             {\r
 168                 anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;\r
 169             }\r
 170         }\r
 171         else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 172         {\r
 173             String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 174                     "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 175 \r
 176             if (label == null)\r
 177             {\r
 178                 return;\r
 179             }\r
 180 \r
 181             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 182             {\r
 183                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 184             }\r
 185 \r
 186             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 187             {\r
 188                 int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 189 \r
 190                 if (anot[index] == null)\r
 191                 {\r
 192                     anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 193                 }\r
 194 \r
 195                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 196             }\r
 197         }\r
 198         else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 199         {\r
 200             Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 201                     "Choose foreground colour", Color.black);\r
 202 \r
 203             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 204             {\r
 205                 int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 206 \r
 207                 if (anot[index] == null)\r
 208                 {\r
 209                     anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 210                 }\r
 211 \r
 212                 anot[index].colour = col;\r
 213             }\r
 214         }\r
 215         else // HELIX OR SHEET\r
 216         {\r
 217             char type = 0;\r
 218             String symbol = "\u03B1";\r
 219 \r
 220             if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 221             {\r
 222                 type = 'H';\r
 223             }\r
 224             else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 225             {\r
 226                 type = 'E';\r
 227                 symbol = "\u03B2";\r
 228             }\r
 229 \r
 230             if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 231             {\r
 232                 aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 233             }\r
 234 \r
 235             String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?",\r
 236                     symbol);\r
 237 \r
 238             if (label == null)\r
 239             {\r
 240                 return;\r
 241             }\r
 242 \r
 243             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 244             {\r
 245                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 246             }\r
 247 \r
 248             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 249             {\r
 250                 int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 251 \r
 252                 if (anot[index] == null)\r
 253                 {\r
 254                     anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 255                 }\r
 256 \r
 257                 anot[index].secondaryStructure = type;\r
 258                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 259             }\r
 260         }\r
 261 \r
 262         adjustPanelHeight();\r
 263         repaint();\r
 264 \r
 265         return;\r
 266     }\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * DOCUMENT ME!\r
 270      *\r
 271      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 272      */\r
 273     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 274     {\r
 275         int height = 0;\r
 276         activeRow = -1;\r
 277 \r
 278         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 279         if(aa==null)\r
 280           return;\r
 281 \r
 282         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 283         {\r
 284             if (aa[i].visible)\r
 285             {\r
 286               height += aa[i].height;\r
 287             }\r
 288 \r
 289             if (evt.getY() < height)\r
 290             {\r
 291                 if (aa[i].editable)\r
 292                 {\r
 293                     activeRow = i;\r
 294                 }\r
 295                 else if(aa[i].graph>0)\r
 296                 {\r
 297                     //Stretch Graph\r
 298                     graphStretch = i;\r
 299                     graphStretchY = evt.getY();\r
 300                 }\r
 301 \r
 302                 break;\r
 303             }\r
 304         }\r
 305 \r
 306         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 307         {\r
 308             if (av.getColumnSelection() == null)\r
 309             {\r
 310                 return;\r
 311             }\r
 312 \r
 313             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 314             JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 315             item.addActionListener(this);\r
 316             pop.add(item);\r
 317             item = new JMenuItem(SHEET);\r
 318             item.addActionListener(this);\r
 319             pop.add(item);\r
 320             item = new JMenuItem(LABEL);\r
 321             item.addActionListener(this);\r
 322             pop.add(item);\r
 323             item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 324             item.addActionListener(this);\r
 325             pop.add(item);\r
 326             item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 327             item.addActionListener(this);\r
 328             pop.add(item);\r
 329             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 330 \r
 331             return;\r
 332         }\r
 333 \r
 334         if (aa == null)\r
 335         {\r
 336             return;\r
 337         }\r
 338 \r
 339         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 340 \r
 341         min = res;\r
 342         max = res;\r
 343 \r
 344         if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 345           av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
 346         else\r
 347         {\r
 348             av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 349             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 350 \r
 351             for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 352             {\r
 353                 sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 354             }\r
 355 \r
 356             sg.setStartRes(res);\r
 357             sg.setEndRes(res);\r
 358             av.setSelectionGroup(sg);\r
 359         }\r
 360 \r
 361         ap.repaint();\r
 362 \r
 363     }\r
 364 \r
 365     /**\r
 366      * DOCUMENT ME!\r
 367      *\r
 368      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 369      */\r
 370     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 371     {\r
 372       graphStretch = -1;\r
 373       graphStretchY = -1;\r
 374       mouseDragging = false;\r
 375     }\r
 376 \r
 377     /**\r
 378      * DOCUMENT ME!\r
 379      *\r
 380      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 381      */\r
 382     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 383     {\r
 384       if(mouseDragging)\r
 385         ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 386     }\r
 387 \r
 388     /**\r
 389      * DOCUMENT ME!\r
 390      *\r
 391      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 392      */\r
 393     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 394     {\r
 395       if(mouseDragging)\r
 396         ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 397     }\r
 398 \r
 399 \r
 400     /**\r
 401      * DOCUMENT ME!\r
 402      *\r
 403      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 404      */\r
 405     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 406     {\r
 407       if(graphStretch>-1)\r
 408       {\r
 409         av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY - evt.getY();\r
 410         if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight <10)\r
 411           av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 10;\r
 412         graphStretchY = evt.getY();\r
 413         adjustPanelHeight();\r
 414         ap.repaint();\r
 415       }\r
 416       else\r
 417       {\r
 418         mouseDragging = true;\r
 419 \r
 420         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 421 \r
 422         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 423 \r
 424         if (res < min)\r
 425         {\r
 426             min = res;\r
 427         }\r
 428 \r
 429         if (res > max)\r
 430         {\r
 431             max = res;\r
 432         }\r
 433 \r
 434         if (sg != null)\r
 435         {\r
 436             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 437             {\r
 438                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 439             }\r
 440 \r
 441             if (res > sg.getStartRes())\r
 442             {\r
 443                 sg.setEndRes(res);\r
 444             }\r
 445             else if (res < sg.getStartRes())\r
 446             {\r
 447                 sg.setStartRes(res);\r
 448             }\r
 449 \r
 450             for (int i = min; i <= max; i++)\r
 451             {\r
 452                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 453                 {\r
 454                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 455                 }\r
 456                 else\r
 457                 {\r
 458                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 459                 }\r
 460             }\r
 461 \r
 462             ap.repaint();\r
 463         }\r
 464 \r
 465       }\r
 466     }\r
 467 \r
 468     /**\r
 469      * DOCUMENT ME!\r
 470      *\r
 471      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 472      */\r
 473     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 474     {\r
 475         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 476 \r
 477         if (aa == null)\r
 478         {\r
 479             return;\r
 480         }\r
 481 \r
 482         int row = -1;\r
 483         int height = 0;\r
 484 \r
 485         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 486         {\r
 487             if (aa[i].visible)\r
 488             {\r
 489                 height += aa[i].height;\r
 490             }\r
 491 \r
 492             if (evt.getY() < height)\r
 493             {\r
 494                 row = i;\r
 495 \r
 496                 break;\r
 497             }\r
 498         }\r
 499 \r
 500         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 501 \r
 502         if(av.hasHiddenColumns)\r
 503           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 504 \r
 505         if (row > -1 && res<aa[row].annotations.length)\r
 506         {\r
 507             if(aa[row].graphGroup>-1)\r
 508             {\r
 509               StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");\r
 510               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 511               {\r
 512                 if (aa[gg].graphGroup == aa[row].graphGroup && aa[gg].annotations[res]!=null)\r
 513                   tip.append(aa[gg].label+" "+aa[gg].annotations[res].description+"<br>" );\r
 514               }\r
 515               if(tip.length()!=6)\r
 516               {\r
 517                 tip.setLength(tip.length() - 4);\r
 518                 this.setToolTipText(tip.toString() + "</html>");\r
 519               }\r
 520             }\r
 521             else if(aa[row].annotations[res] != null)\r
 522               this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 523 \r
 524             if(aa[row].annotations[res]!=null)\r
 525             {\r
 526               StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 527                                                    (res + 1) + "  " +\r
 528                                                    aa[row].annotations[res].description);\r
 529 \r
 530               ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 531             }\r
 532         }\r
 533     }\r
 534 \r
 535     /**\r
 536      * DOCUMENT ME!\r
 537      *\r
 538      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 539      */\r
 540     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 541     {\r
 542     }\r
 543 \r
 544     /**\r
 545      * DOCUMENT ME!\r
 546      *\r
 547      * @param g DOCUMENT ME!\r
 548      */\r
 549     public void paintComponent(Graphics g)\r
 550     {\r
 551       g.setColor(Color.white);\r
 552       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 553 \r
 554       if(image!=null)\r
 555       {if (fastPaint\r
 556             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 557             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))\r
 558         {\r
 559           g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 560           fastPaint = false;\r
 561           return;\r
 562         }\r
 563       }\r
 564       imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 565 \r
 566       if (image == null || imgWidth != image.getWidth()\r
 567           || image.getHeight(this) != getHeight())\r
 568       {\r
 569         image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 570                                   BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 571         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 572 \r
 573         if(av.antiAlias)\r
 574         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 575                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 576 \r
 577         gg.setFont(av.getFont());\r
 578         fm = gg.getFontMetrics();\r
 579       }\r
 580 \r
 581 \r
 582       drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 583       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 584     }\r
 585 \r
 586     /**\r
 587      * DOCUMENT ME!\r
 588      *\r
 589      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 590      */\r
 591     public void fastPaint(int horizontal)\r
 592     {\r
 593         if ((horizontal == 0) || gg==null ||\r
 594                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 595                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 596         {\r
 597             repaint();\r
 598             return;\r
 599         }\r
 600 \r
 601         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 602 \r
 603         int sr = av.startRes;\r
 604         int er = av.endRes + 1;\r
 605         int transX = 0;\r
 606 \r
 607         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 608         {\r
 609             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 610             sr = er - horizontal;\r
 611         }\r
 612         else if (horizontal < 0)\r
 613         {\r
 614             er = sr - horizontal;\r
 615         }\r
 616 \r
 617         gg.translate(transX, 0);\r
 618 \r
 619         drawComponent(gg, sr, er);\r
 620 \r
 621         gg.translate(-transX, 0);\r
 622 \r
 623         fastPaint = true;\r
 624 \r
 625         repaint();\r
 626 \r
 627     }\r
 628 \r
 629     /**\r
 630      * DOCUMENT ME!\r
 631      *\r
 632      * @param g DOCUMENT ME!\r
 633      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 634      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 635      */\r
 636     public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 637     {\r
 638       g.setFont(av.getFont());\r
 639 \r
 640       if (fm == null)\r
 641         fm = g.getFontMetrics();\r
 642 \r
 643 \r
 644         g.setColor(Color.white);\r
 645         g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 646 \r
 647         if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 648                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 649         {\r
 650             g.setColor(Color.white);\r
 651             g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 652             g.setColor(Color.black);\r
 653             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 654 \r
 655             return;\r
 656         }\r
 657 \r
 658         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 659 \r
 660         int x = 0;\r
 661         int y = 0;\r
 662         char lastSS;\r
 663         int lastSSX;\r
 664         int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 665         boolean validRes = false;\r
 666 \r
 667         boolean [] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 668 \r
 669 \r
 670         //\u03B2 \u03B1\r
 671         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 672         {\r
 673             AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 674 \r
 675             if (!row.visible)\r
 676             {\r
 677                 continue;\r
 678             }\r
 679 \r
 680             lastSS = ' ';\r
 681             lastSSX = 0;\r
 682 \r
 683 \r
 684             if (row.graph>0)\r
 685             {\r
 686                 if(row.graphGroup>-1 && graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] )\r
 687                   continue;\r
 688 \r
 689                 // this is so that we draw the characters below the graph\r
 690                 y += row.height;\r
 691 \r
 692                 if (row.hasText)\r
 693                 {\r
 694                     y -= av.charHeight;\r
 695                 }\r
 696             }\r
 697 \r
 698             if (row.hasText)\r
 699             {\r
 700                 iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 701             }\r
 702             else\r
 703             {\r
 704                 iconOffset = 0;\r
 705             }\r
 706 \r
 707             int column = startRes;\r
 708             int yPos = startRes;\r
 709 \r
 710             while (yPos < endRes)\r
 711             {\r
 712               if (av.hasHiddenColumns)\r
 713               {\r
 714                 column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(yPos);\r
 715                 if (column > row.annotations.length-1)\r
 716                 {\r
 717                   break;\r
 718                 }\r
 719               }\r
 720               else\r
 721                 column = yPos;\r
 722 \r
 723                 if ((row.annotations.length <= column) ||\r
 724                         (row.annotations[column] == null))\r
 725                 {\r
 726                     validRes = false;\r
 727                 }\r
 728                 else\r
 729                 {\r
 730                     validRes = true;\r
 731                 }\r
 732 \r
 733                 x = (yPos - startRes) * av.charWidth;\r
 734 \r
 735                 if (activeRow == i)\r
 736                 {\r
 737                     g.setColor(Color.red);\r
 738 \r
 739                     if (av.getColumnSelection() != null)\r
 740                     {\r
 741                         for (int n = 0; n < av.getColumnSelection().size(); n++)\r
 742                         {\r
 743                             int v = av.getColumnSelection().columnAt(n);\r
 744 \r
 745                             if (v == column)\r
 746                             {\r
 747                                 g.fillRect((column - startRes) * av.charWidth, y,\r
 748                                     av.charWidth, row.height);\r
 749                             }\r
 750                         }\r
 751                     }\r
 752                 }\r
 753 \r
 754                 if (validRes &&\r
 755                         (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 756                 {\r
 757 \r
 758                     int charOffset = (av.charWidth -\r
 759                         fm.charWidth(row.annotations[column].displayCharacter.charAt(\r
 760                                 0))) / 2;\r
 761                     g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 762 \r
 763                     if (column == 0 || row.graph>0)\r
 764                     {\r
 765                         g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 766                             y + iconOffset + 3);\r
 767                     }\r
 768                     else if (((row.annotations[column - 1] == null)\r
 769                               ||\r
 770                             (!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 771                              row.annotations[column - 1].displayCharacter))))\r
 772                     {\r
 773                         g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 774                             y + iconOffset + 3);\r
 775                     }\r
 776                 }\r
 777 \r
 778                 if (row.hasIcons)\r
 779                 {\r
 780                     if (!validRes ||\r
 781                             (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 782                     {\r
 783                         switch (lastSS)\r
 784                         {\r
 785                         case 'H':\r
 786                             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 787                             g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 788                                 x - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 789 \r
 790                             break;\r
 791 \r
 792                         case 'E':\r
 793                             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 794                             g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 795                                 x - lastSSX - 4, 7);\r
 796                             g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 797                                 new int[]\r
 798                                 {\r
 799                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 800                                     y + 8 + iconOffset\r
 801                                 }, 3);\r
 802 \r
 803                             break;\r
 804 \r
 805 \r
 806                         default:\r
 807                             g.setColor(Color.gray);\r
 808                             g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 809                                 x - lastSSX, 2);\r
 810 \r
 811                             break;\r
 812                         }\r
 813 \r
 814                         if (validRes)\r
 815                         {\r
 816                             lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 817                         }\r
 818                         else\r
 819                         {\r
 820                             lastSS = ' ';\r
 821                         }\r
 822 \r
 823                         lastSSX = x;\r
 824                     }\r
 825                 }\r
 826 \r
 827                 yPos++;\r
 828             }\r
 829 \r
 830             x += av.charWidth;\r
 831 \r
 832             if (row.hasIcons)\r
 833             {\r
 834                 switch (lastSS)\r
 835                 {\r
 836                 case 'H':\r
 837                     g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 838                     g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 839                         x - lastSSX, 7, 8, 8);\r
 840 \r
 841                     break;\r
 842 \r
 843                 case 'E':\r
 844                     g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 845 \r
 846                     if (row.annotations[endRes] !=null\r
 847                         && row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 848                     {\r
 849                       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 850                                  x - lastSSX - 4, 7);\r
 851                       g.fillPolygon(new int[]\r
 852                                     {x - 4, x - 4, x},\r
 853                                     new int[]\r
 854                                     {\r
 855                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 856                                     y + 7 + iconOffset\r
 857                       }, 3);\r
 858                     }\r
 859                     else\r
 860                       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 861                                  x - lastSSX, 7);\r
 862 \r
 863                     break;\r
 864 \r
 865 \r
 866                 default:\r
 867                     g.setColor(Color.gray);\r
 868                     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, x - lastSSX, 2);\r
 869 \r
 870                     break;\r
 871                 }\r
 872             }\r
 873 \r
 874             if (row.graph>0)\r
 875             {\r
 876                 if(row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 877                 {\r
 878                   if(row.graphGroup>-1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 879                    {\r
 880                      float groupmax=-999999, groupmin=9999999;\r
 881                      for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 882                      {\r
 883                        if(aa[gg].graphGroup!=row.graphGroup)\r
 884                          continue;\r
 885 \r
 886                        if(aa[gg]!=row)\r
 887                          aa[gg].visible = false;\r
 888 \r
 889                        if(aa[gg].graphMax>groupmax)\r
 890                          groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 891                        if(aa[gg].graphMin<groupmin)\r
 892                          groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 893                      }\r
 894 \r
 895                      for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 896                      {\r
 897                        if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 898                        {\r
 899                          drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 900                                        groupmin, groupmax,\r
 901                                        row.graphHeight);\r
 902                        }\r
 903                      }\r
 904 \r
 905                      graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] = true;\r
 906                    }\r
 907                    else\r
 908                      drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 909                                    y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight  );\r
 910                 }\r
 911                 else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 912                    drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 913                                 row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 914             }\r
 915 \r
 916             if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 917             {\r
 918                 y += av.charHeight;\r
 919             }\r
 920 \r
 921             if (row.graph==0)\r
 922             {\r
 923                 y += aa[i].height;\r
 924             }\r
 925         }\r
 926     }\r
 927 \r
 928     public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 929                               int sRes, int eRes,\r
 930                               int y,\r
 931                               float min, float max,\r
 932                               int graphHeight)\r
 933     {\r
 934       if(sRes>aa.annotations.length)\r
 935         return;\r
 936 \r
 937       eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 938 \r
 939       int x = 0;\r
 940 \r
 941       //Adjustment for fastpaint to left\r
 942       if(eRes<av.endRes)\r
 943         eRes++;\r
 944 \r
 945       if(sRes==0)\r
 946       {\r
 947         sRes++;\r
 948         x+=av.charWidth;\r
 949       }\r
 950 \r
 951       int y1=y, y2=y;\r
 952       float range = max - min;\r
 953 \r
 954       ////Draw origin\r
 955       if(min<0)\r
 956         y2 = (int)(y - (0-min / range)*graphHeight);\r
 957 \r
 958       g.setColor(Color.gray);\r
 959       g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes+1)*av.charWidth,y2);\r
 960 \r
 961 \r
 962       if(aa.threshold!=null)\r
 963       {\r
 964           g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 965           Graphics2D g2 = (Graphics2D)g;\r
 966           g2.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 967                                         BasicStroke.CAP_SQUARE,\r
 968                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 969                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 970 \r
 971           y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*graphHeight);\r
 972           g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 973           g2.setStroke(new BasicStroke());\r
 974       }\r
 975 \r
 976       eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 977 \r
 978       int column = sRes;\r
 979       int yPos = sRes;\r
 980       int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 981 \r
 982       while( yPos < eRes )\r
 983       {\r
 984         if(av.hasHiddenColumns)\r
 985         {\r
 986           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(yPos);\r
 987           if(column > aaMax)\r
 988           {\r
 989             break;\r
 990           }\r
 991         }\r
 992         else\r
 993           column = yPos;\r
 994 \r
 995         yPos ++;\r
 996 \r
 997         if(aa.annotations[column]==null || aa.annotations[column-1]==null)\r
 998         {\r
 999           x+=av.charWidth;\r
1000           continue;\r
1001         }\r
1002 \r
1003           g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
1004           y1 = y - (int) (((aa.annotations[column-1].value-min) / range) * graphHeight);\r
1005           y2 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / range) * graphHeight);\r
1006           g.drawLine(x-av.charWidth/2, y1, x+av.charWidth/2, y2);\r
1007           x += av.charWidth;\r
1008        }\r
1009     }\r
1010 \r
1011     public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
1012                              int sRes, int eRes,\r
1013                              float min, float max,\r
1014                              int y)\r
1015     {\r
1016       if(sRes>aa.annotations.length)\r
1017         return;\r
1018 \r
1019       eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
1020 \r
1021       int x=0, y1, y2;\r
1022 \r
1023       float range = max - min;\r
1024 \r
1025       if(aa.threshold!=null)\r
1026       {\r
1027           g.setColor(aa.threshold.colour);\r
1028           Graphics2D g2 = (Graphics2D)g;\r
1029           g2.setStroke(new BasicStroke(1,\r
1030                                         BasicStroke.CAP_SQUARE,\r
1031                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
1032                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
1033 \r
1034           y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
1035           g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
1036           g2.setStroke(new BasicStroke());\r
1037       }\r
1038 \r
1039       y1 = y2 = y;\r
1040 \r
1041       if(min<0)\r
1042         y2 = (int)(y - (0-min / (range))*aa.graphHeight);\r
1043 \r
1044       g.setColor(Color.gray);\r
1045 \r
1046       g.drawLine(x,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
1047 \r
1048 \r
1049       int column = sRes;\r
1050       int yPos = sRes;\r
1051       int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
1052 \r
1053       while( yPos < eRes )\r
1054       {\r
1055         if(av.hasHiddenColumns)\r
1056         {\r
1057           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(yPos);\r
1058           if(column > aaMax)\r
1059           {\r
1060             break;\r
1061           }\r
1062         }\r
1063         else\r
1064           column = yPos;\r
1065 \r
1066         yPos ++;\r
1067 \r
1068         if (aa.annotations[column] == null)\r
1069         {\r
1070           x += av.charWidth;\r
1071           continue;\r
1072         }\r
1073 \r
1074 \r
1075           g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
1076           y1 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
1077 \r
1078           if(y1-y2>0)\r
1079             g.fillRect(x, y2, av.charWidth, y1-y2 );\r
1080           else\r
1081             g.fillRect(x, y1, av.charWidth, y2-y1 );\r
1082 \r
1083           x += av.charWidth;\r
1084       }\r
1085 \r
1086     }\r
1087 \r
1088     // used by overview window\r
1089     public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
1090     {\r
1091       g.setColor(Color.white);\r
1092       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
1093       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
1094 \r
1095       int x = 0, height;\r
1096 \r
1097       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
1098       {\r
1099           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
1100 \r
1101           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * y);\r
1102           if(height>y)\r
1103             height = y;\r
1104 \r
1105           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
1106           x += av.charWidth;\r
1107       }\r
1108     }\r
1109 \r
1110 }\r