src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  39     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  40 {\r
  41     static String HELIX = "Helix";\r
  42     static String SHEET = "Sheet";\r
  43     static String LABEL = "Label";\r
  44     static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  45     static String COLOUR = "Colour";\r
  46     static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  47     static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  48 \r
  49     /** DOCUMENT ME!! */\r
  50     public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     AlignmentPanel ap;\r
  53     int activeRow = -1;\r
  54     Vector activeRes;\r
  55     BufferedImage image;\r
  56     Graphics2D gg;\r
  57     FontMetrics fm;\r
  58     int imgWidth = 0;\r
  59     boolean fastPaint = false;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Creates a new AnnotationPanel object.\r
  63      *\r
  64      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  65      */\r
  66     public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  67     {\r
  68         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  69         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  70         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  71         this.ap = ap;\r
  72         av = ap.av;\r
  73         this.setLayout(null);\r
  74         addMouseListener(this);\r
  75         addMouseMotionListener(this);\r
  76         ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * DOCUMENT ME!\r
  81      *\r
  82      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  83      */\r
  84     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85     {\r
  86         ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());\r
  87     }\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * DOCUMENT ME!\r
  91      */\r
  92     public void adjustPanelHeight()\r
  93     {\r
  94         // setHeight of panels\r
  95         image = null;\r
  96         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  97         int height = 0;\r
  98 \r
  99         if (aa != null)\r
 100         {\r
 101             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 102             {\r
 103                 if (!aa[i].visible)\r
 104                 {\r
 105                     continue;\r
 106                 }\r
 107 \r
 108                 aa[i].height = 0;\r
 109 \r
 110                 if (aa[i].hasText)\r
 111                 {\r
 112                     aa[i].height += av.charHeight;\r
 113                 }\r
 114 \r
 115                 if (aa[i].hasIcons)\r
 116                 {\r
 117                     aa[i].height += 16;\r
 118                 }\r
 119 \r
 120                 if (aa[i].isGraph)\r
 121                 {\r
 122                     aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 123                 }\r
 124 \r
 125                 if (aa[i].height == 0)\r
 126                 {\r
 127                     aa[i].height = 20;\r
 128                 }\r
 129 \r
 130                 height += aa[i].height;\r
 131             }\r
 132         }\r
 133         else\r
 134         {\r
 135             height = 20;\r
 136         }\r
 137 \r
 138         this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 139     }\r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * DOCUMENT ME!\r
 143      *\r
 144      * @param col DOCUMENT ME!\r
 145      */\r
 146     public void removeEditableColumn(int col)\r
 147     {\r
 148         if (activeRow == -1)\r
 149         {\r
 150             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 151             if(aa==null)\r
 152               return;\r
 153 \r
 154             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 155             {\r
 156                 if (aa[j].editable)\r
 157                 {\r
 158                     activeRow = j;\r
 159 \r
 160                     break;\r
 161                 }\r
 162             }\r
 163         }\r
 164 \r
 165         if ((activeRes != null) && activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 166         {\r
 167             activeRes.removeElement(String.valueOf(col));\r
 168         }\r
 169 \r
 170         repaint();\r
 171     }\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * DOCUMENT ME!\r
 175      *\r
 176      * @param col DOCUMENT ME!\r
 177      */\r
 178     public void addEditableColumn(int col)\r
 179     {\r
 180         if (activeRow == -1)\r
 181         {\r
 182             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 183             if(aa==null)\r
 184               return;\r
 185 \r
 186             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 187             {\r
 188                 if (aa[j].editable)\r
 189                 {\r
 190                     activeRow = j;\r
 191 \r
 192                     break;\r
 193                 }\r
 194             }\r
 195         }\r
 196 \r
 197         if (activeRes == null)\r
 198         {\r
 199             activeRes = new Vector();\r
 200         }\r
 201 \r
 202         if (!activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 203         {\r
 204             activeRes.addElement(String.valueOf(col));\r
 205         }\r
 206 \r
 207         repaint();\r
 208     }\r
 209 \r
 210     /**\r
 211      * DOCUMENT ME!\r
 212      *\r
 213      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 214      */\r
 215     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 216     {\r
 217         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 218         Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 219 \r
 220         if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 221         {\r
 222             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 223             {\r
 224                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 225                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 226             }\r
 227         }\r
 228         else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 229         {\r
 230             String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 231                     "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 232 \r
 233             if (label == null)\r
 234             {\r
 235                 return;\r
 236             }\r
 237 \r
 238             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 239             {\r
 240                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 241             }\r
 242 \r
 243             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 244             {\r
 245                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 246 \r
 247                 if (anot[index] == null)\r
 248                 {\r
 249                     anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 250                 }\r
 251 \r
 252                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 253             }\r
 254         }\r
 255         else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 256         {\r
 257             Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 258                     "Choose foreground colour", Color.black);\r
 259 \r
 260             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 261             {\r
 262                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 263 \r
 264                 if (anot[index] == null)\r
 265                 {\r
 266                     anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 267                 }\r
 268 \r
 269                 anot[index].colour = col;\r
 270             }\r
 271         }\r
 272         else // HELIX OR SHEET\r
 273         {\r
 274             char type = 0;\r
 275             String symbol = "\u03B1";\r
 276 \r
 277             if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 278             {\r
 279                 type = 'H';\r
 280             }\r
 281             else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 282             {\r
 283                 type = 'E';\r
 284                 symbol = "\u03B2";\r
 285             }\r
 286 \r
 287             if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 288             {\r
 289                 aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 290             }\r
 291 \r
 292             String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?",\r
 293                     symbol);\r
 294 \r
 295             if (label == null)\r
 296             {\r
 297                 return;\r
 298             }\r
 299 \r
 300             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 301             {\r
 302                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 303             }\r
 304 \r
 305             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 306             {\r
 307                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 308 \r
 309                 if (anot[index] == null)\r
 310                 {\r
 311                     anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 312                 }\r
 313 \r
 314                 anot[index].secondaryStructure = type;\r
 315                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 316             }\r
 317         }\r
 318 \r
 319         adjustPanelHeight();\r
 320         activeRes = null;\r
 321         repaint();\r
 322 \r
 323         return;\r
 324     }\r
 325 \r
 326     /**\r
 327      * DOCUMENT ME!\r
 328      *\r
 329      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 330      */\r
 331     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 332     {\r
 333         int height = 0;\r
 334         activeRow = -1;\r
 335 \r
 336         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 337 \r
 338         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 339         {\r
 340             if (aa[i].visible)\r
 341             {\r
 342               height += aa[i].height;\r
 343             }\r
 344 \r
 345             if (evt.getY() < height)\r
 346             {\r
 347                 if (aa[i].editable)\r
 348                 {\r
 349                     activeRow = i;\r
 350                 }\r
 351                 else\r
 352                 {\r
 353                     activeRes = null;\r
 354                 }\r
 355 \r
 356                 break;\r
 357             }\r
 358         }\r
 359 \r
 360         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 361         {\r
 362             if (activeRes == null)\r
 363             {\r
 364                 return;\r
 365             }\r
 366 \r
 367             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 368             JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 369             item.addActionListener(this);\r
 370             pop.add(item);\r
 371             item = new JMenuItem(SHEET);\r
 372             item.addActionListener(this);\r
 373             pop.add(item);\r
 374             item = new JMenuItem(LABEL);\r
 375             item.addActionListener(this);\r
 376             pop.add(item);\r
 377             item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 378             item.addActionListener(this);\r
 379             pop.add(item);\r
 380             item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 381             item.addActionListener(this);\r
 382             pop.add(item);\r
 383             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 384 \r
 385             return;\r
 386         }\r
 387 \r
 388         if (aa == null)\r
 389         {\r
 390             return;\r
 391         }\r
 392 \r
 393         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 394 \r
 395         if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 396         {\r
 397             addEditableColumn(res);\r
 398         }\r
 399         else if (evt.isShiftDown())\r
 400         {\r
 401             if (activeRes == null)\r
 402             {\r
 403                 activeRes = new Vector();\r
 404             }\r
 405             else\r
 406             {\r
 407                 int start = Integer.parseInt(activeRes.get(activeRes.size() -\r
 408                             1).toString());\r
 409                 int end = res;\r
 410 \r
 411                 if (end < start)\r
 412                 {\r
 413                     int temp = end;\r
 414                     end = start;\r
 415                     start = temp;\r
 416                 }\r
 417 \r
 418                 for (int n = start; n <= end; n++)\r
 419                 {\r
 420                     addEditableColumn(n);\r
 421                 }\r
 422             }\r
 423         }\r
 424         else\r
 425         {\r
 426             activeRes = new Vector();\r
 427             activeRes.addElement(String.valueOf(res));\r
 428         }\r
 429 \r
 430         repaint();\r
 431     }\r
 432 \r
 433     /**\r
 434      * DOCUMENT ME!\r
 435      *\r
 436      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 437      */\r
 438     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 439     {\r
 440     }\r
 441 \r
 442     /**\r
 443      * DOCUMENT ME!\r
 444      *\r
 445      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 446      */\r
 447     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 448     {\r
 449     }\r
 450 \r
 451     /**\r
 452      * DOCUMENT ME!\r
 453      *\r
 454      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 455      */\r
 456     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 457     {\r
 458     }\r
 459 \r
 460     /**\r
 461      * DOCUMENT ME!\r
 462      *\r
 463      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 464      */\r
 465     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 466     {\r
 467     }\r
 468 \r
 469     /**\r
 470      * DOCUMENT ME!\r
 471      *\r
 472      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 473      */\r
 474     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 475     {\r
 476         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 477 \r
 478         if (aa == null)\r
 479         {\r
 480             return;\r
 481         }\r
 482 \r
 483         int row = -1;\r
 484         int height = 0;\r
 485 \r
 486         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 487         {\r
 488             if (aa[i].visible)\r
 489             {\r
 490                 height += aa[i].height;\r
 491             }\r
 492 \r
 493             if (evt.getY() < height)\r
 494             {\r
 495                 row = i;\r
 496 \r
 497                 break;\r
 498             }\r
 499         }\r
 500 \r
 501         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 502 \r
 503         if ((row > -1) && (res < aa[row].annotations.length) &&\r
 504                 (aa[row].annotations[res] != null))\r
 505         {\r
 506             this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 507 \r
 508             StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 509                     (res + 1) + "  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 510             ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 511         }\r
 512     }\r
 513 \r
 514     /**\r
 515      * DOCUMENT ME!\r
 516      *\r
 517      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 518      */\r
 519     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 520     {\r
 521     }\r
 522 \r
 523     /**\r
 524      * DOCUMENT ME!\r
 525      *\r
 526      * @param g DOCUMENT ME!\r
 527      */\r
 528     public void paintComponent(Graphics g)\r
 529     {\r
 530       g.setColor(Color.white);\r
 531       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 532 \r
 533       if (fastPaint)\r
 534       {\r
 535         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 536         fastPaint = false;\r
 537         return;\r
 538       }\r
 539 \r
 540       imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 541 \r
 542       if (image == null || imgWidth != image.getWidth())\r
 543       {\r
 544         image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 545                                   BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 546         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 547         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 548                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 549 \r
 550         gg.setFont(av.getFont());\r
 551         fm = gg.getFontMetrics();\r
 552       }\r
 553 \r
 554       drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 555       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 556     }\r
 557 \r
 558     /**\r
 559      * DOCUMENT ME!\r
 560      *\r
 561      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 562      */\r
 563     public void fastPaint(int horizontal)\r
 564     {\r
 565         if ((horizontal == 0) ||\r
 566                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 567                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 568         {\r
 569             repaint();\r
 570 \r
 571             return;\r
 572         }\r
 573 \r
 574         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 575 \r
 576         int sr = av.startRes;\r
 577         int er = av.endRes + 1;\r
 578         int transX = 0;\r
 579 \r
 580         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 581         {\r
 582             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 583             sr = er - horizontal;\r
 584         }\r
 585         else if (horizontal < 0)\r
 586         {\r
 587             er = sr - horizontal;\r
 588         }\r
 589 \r
 590         gg.translate(transX, 0);\r
 591 \r
 592         drawComponent(gg, sr, er);\r
 593 \r
 594         gg.translate(-transX, 0);\r
 595 \r
 596         fastPaint = true;\r
 597 \r
 598         repaint();\r
 599 \r
 600     }\r
 601 \r
 602     /**\r
 603      * DOCUMENT ME!\r
 604      *\r
 605      * @param g DOCUMENT ME!\r
 606      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 607      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 608      */\r
 609     public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 610     {\r
 611         g.setColor(Color.white);\r
 612         g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 613 \r
 614         if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 615                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 616         {\r
 617             g.setColor(Color.white);\r
 618             g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 619             g.setColor(Color.black);\r
 620             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 621 \r
 622             return;\r
 623         }\r
 624 \r
 625         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 626 \r
 627         int j;\r
 628         int x = 0;\r
 629         int y = 0;\r
 630         char[] lastSS = new char[aa.length];\r
 631         int[] lastSSX = new int[aa.length];\r
 632         int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 633         boolean validRes = false;\r
 634 \r
 635         //\u03B2 \u03B1\r
 636         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 637         {\r
 638             AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 639 \r
 640             if (!row.visible)\r
 641             {\r
 642                 continue;\r
 643             }\r
 644 \r
 645 \r
 646             if (row.isGraph)\r
 647             {\r
 648                 // this is so that we draw the characters below the graph\r
 649                 y += row.height;\r
 650 \r
 651                 if (row.hasText)\r
 652                 {\r
 653                     y -= av.charHeight;\r
 654                 }\r
 655             }\r
 656 \r
 657             if (row.hasText)\r
 658             {\r
 659                 iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 660             }\r
 661             else\r
 662             {\r
 663                 iconOffset = 0;\r
 664             }\r
 665 \r
 666             for (j = startRes; j < endRes; j++)\r
 667             {\r
 668                 if ((row.annotations.length <= j) ||\r
 669                         (row.annotations[j] == null))\r
 670                 {\r
 671                     validRes = false;\r
 672                 }\r
 673                 else\r
 674                 {\r
 675                     validRes = true;\r
 676                 }\r
 677 \r
 678                 x = (j - startRes) * av.charWidth;\r
 679 \r
 680                 if (activeRow == i)\r
 681                 {\r
 682                     g.setColor(Color.red);\r
 683 \r
 684                     if (activeRes != null)\r
 685                     {\r
 686                         for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 687                         {\r
 688                             int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString());\r
 689 \r
 690                             if (v == j)\r
 691                             {\r
 692                                 g.fillRect((j - startRes) * av.charWidth, y,\r
 693                                     av.charWidth, row.height);\r
 694                             }\r
 695                         }\r
 696                     }\r
 697                 }\r
 698 \r
 699                 if (validRes &&\r
 700                         (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0))\r
 701                 {\r
 702 \r
 703                     int charOffset = (av.charWidth -\r
 704                         fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.charAt(\r
 705                                 0))) / 2;\r
 706                     g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 707 \r
 708                     if (j == 0 || row.isGraph)\r
 709                     {\r
 710                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 711                             y + iconOffset + 3);\r
 712                     }\r
 713                     else if (((row.annotations[j - 1] == null) ||\r
 714                             (row.annotations[j].displayCharacter != row.annotations[j -\r
 715                             1].displayCharacter)))\r
 716                     {\r
 717                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 718                             y + iconOffset + 3);\r
 719                     }\r
 720                 }\r
 721 \r
 722                 if (row.hasIcons)\r
 723                 {\r
 724                     if (!validRes ||\r
 725                             (row.annotations[j].secondaryStructure != lastSS[i]))\r
 726                     {\r
 727                         switch (lastSS[i])\r
 728                         {\r
 729                         case 'H':\r
 730                             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 731                             g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 732                                 x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 733 \r
 734                             break;\r
 735 \r
 736                         case 'E':\r
 737                             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 738                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 739                                 x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 740                             g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 741                                 new int[]\r
 742                                 {\r
 743                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 744                                     y + 8 + iconOffset\r
 745                                 }, 3);\r
 746 \r
 747                             break;\r
 748 \r
 749                         case 'C':\r
 750                             break;\r
 751 \r
 752                         default:\r
 753                             g.setColor(Color.gray);\r
 754                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset,\r
 755                                 x - lastSSX[i], 2);\r
 756 \r
 757                             break;\r
 758                         }\r
 759 \r
 760                         if (validRes)\r
 761                         {\r
 762                             lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 763                         }\r
 764                         else\r
 765                         {\r
 766                             lastSS[i] = ' ';\r
 767                         }\r
 768 \r
 769                         lastSSX[i] = x;\r
 770                     }\r
 771                 }\r
 772 \r
 773                 if (validRes && row.isGraph)\r
 774                 {\r
 775                     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 776 \r
 777                     int height = (int) ((row.annotations[j].value / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 778 \r
 779                     if (row.windowLength > 1)\r
 780                     {\r
 781                         int total = 0;\r
 782 \r
 783                         for (int i2 = j - (row.windowLength / 2);\r
 784                                 i2 < (j + (row.windowLength / 2)); i2++)\r
 785                         {\r
 786                             if ((i2 < 0) || (i2 >= av.alignment.getWidth()))\r
 787                             {\r
 788                                 continue;\r
 789                             }\r
 790 \r
 791                             total += row.annotations[i2].value;\r
 792                         }\r
 793 \r
 794                         total /= row.windowLength;\r
 795                         height = (int) ((total / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 796                     }\r
 797 \r
 798                     g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 799                     g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 800                 }\r
 801             }\r
 802 \r
 803             x += av.charWidth;\r
 804 \r
 805             if (row.hasIcons)\r
 806             {\r
 807                 switch (lastSS[i])\r
 808                 {\r
 809                 case 'H':\r
 810                     g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 811                     g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 812                         x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 813 \r
 814                     break;\r
 815 \r
 816                 case 'E':\r
 817                     g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 818                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 819                         x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 820                     g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 821                         new int[]\r
 822                         {\r
 823                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 824                             y + 7 + iconOffset\r
 825                         }, 3);\r
 826 \r
 827                     break;\r
 828 \r
 829                 case 'C':\r
 830                     break;\r
 831 \r
 832                 default:\r
 833                     g.setColor(Color.gray);\r
 834                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset, x - lastSSX[i], 2);\r
 835 \r
 836                     break;\r
 837                 }\r
 838             }\r
 839 \r
 840             if (row.isGraph && row.hasText)\r
 841             {\r
 842                 y += av.charHeight;\r
 843             }\r
 844 \r
 845             if (!row.isGraph)\r
 846             {\r
 847                 y += aa[i].height;\r
 848             }\r
 849         }\r
 850     }\r
 851 \r
 852     // used by overview window\r
 853     public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 854     {\r
 855         g.setColor(Color.white);\r
 856         g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 857         g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 858 \r
 859 \r
 860         int x = 0, height;\r
 861 \r
 862         for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 863         {\r
 864             g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 865 \r
 866             height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 867             if(height>y)\r
 868               height = y;\r
 869 \r
 870             g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 871             x += av.charWidth;\r
 872         }\r
 873     }\r
 874 }\r