src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  39     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  40 {\r
  41     static String HELIX = "Helix";\r
  42     static String SHEET = "Sheet";\r
  43     static String LABEL = "Label";\r
  44     static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  45     static String COLOUR = "Colour";\r
  46     static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  47     static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  48 \r
  49     /** DOCUMENT ME!! */\r
  50     public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     AlignmentPanel ap;\r
  53     int activeRow = -1;\r
  54     Vector activeRes;\r
  55     BufferedImage image;\r
  56     Graphics2D gg;\r
  57     FontMetrics fm;\r
  58     int imgWidth = 0;\r
  59     boolean fastPaint = false;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Creates a new AnnotationPanel object.\r
  63      *\r
  64      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  65      */\r
  66     public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  67     {\r
  68         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  69         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  70         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  71         this.ap = ap;\r
  72         av = ap.av;\r
  73         this.setLayout(null);\r
  74         addMouseListener(this);\r
  75         addMouseMotionListener(this);\r
  76         ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * DOCUMENT ME!\r
  81      *\r
  82      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  83      */\r
  84     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85     {\r
  86         ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());\r
  87     }\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * DOCUMENT ME!\r
  91      */\r
  92     public void adjustPanelHeight()\r
  93     {\r
  94         // setHeight of panels\r
  95         image = null;\r
  96         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  97         int height = 0;\r
  98 \r
  99         if (aa != null)\r
 100         {\r
 101             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 102             {\r
 103                 if (!aa[i].visible)\r
 104                 {\r
 105                     continue;\r
 106                 }\r
 107 \r
 108                 aa[i].height = 0;\r
 109 \r
 110                 if (aa[i].hasText)\r
 111                 {\r
 112                     aa[i].height += av.charHeight;\r
 113                 }\r
 114 \r
 115                 if (aa[i].hasIcons)\r
 116                 {\r
 117                     aa[i].height += 16;\r
 118                 }\r
 119 \r
 120                 if (aa[i].isGraph)\r
 121                 {\r
 122                     aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 123                 }\r
 124 \r
 125                 if (aa[i].height == 0)\r
 126                 {\r
 127                     aa[i].height = 20;\r
 128                 }\r
 129 \r
 130                 height += aa[i].height;\r
 131             }\r
 132         }\r
 133         else\r
 134         {\r
 135             height = 20;\r
 136         }\r
 137 \r
 138         this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 139     }\r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * DOCUMENT ME!\r
 143      *\r
 144      * @param col DOCUMENT ME!\r
 145      */\r
 146     public void removeEditableColumn(int col)\r
 147     {\r
 148         if (activeRow == -1)\r
 149         {\r
 150             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 151 \r
 152             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 153             {\r
 154                 if (aa[j].editable)\r
 155                 {\r
 156                     activeRow = j;\r
 157 \r
 158                     break;\r
 159                 }\r
 160             }\r
 161         }\r
 162 \r
 163         if ((activeRes != null) && activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 164         {\r
 165             activeRes.removeElement(String.valueOf(col));\r
 166         }\r
 167 \r
 168         repaint();\r
 169     }\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * DOCUMENT ME!\r
 173      *\r
 174      * @param col DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     public void addEditableColumn(int col)\r
 177     {\r
 178         if (activeRow == -1)\r
 179         {\r
 180             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 181 \r
 182             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 183             {\r
 184                 if (aa[j].editable)\r
 185                 {\r
 186                     activeRow = j;\r
 187 \r
 188                     break;\r
 189                 }\r
 190             }\r
 191         }\r
 192 \r
 193         if (activeRes == null)\r
 194         {\r
 195             activeRes = new Vector();\r
 196         }\r
 197 \r
 198         if (!activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 199         {\r
 200             activeRes.addElement(String.valueOf(col));\r
 201         }\r
 202 \r
 203         repaint();\r
 204     }\r
 205 \r
 206     /**\r
 207      * DOCUMENT ME!\r
 208      *\r
 209      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 210      */\r
 211     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 212     {\r
 213         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 214         Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 215 \r
 216         if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 217         {\r
 218             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 219             {\r
 220                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 221                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 222             }\r
 223         }\r
 224         else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 225         {\r
 226             String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 227                     "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 228 \r
 229             if (label == null)\r
 230             {\r
 231                 return;\r
 232             }\r
 233 \r
 234             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 235             {\r
 236                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 237             }\r
 238 \r
 239             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 240             {\r
 241                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 242 \r
 243                 if (anot[index] == null)\r
 244                 {\r
 245                     anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 246                 }\r
 247 \r
 248                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 249             }\r
 250         }\r
 251         else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 252         {\r
 253             Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 254                     "Choose foreground colour", Color.black);\r
 255 \r
 256             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 257             {\r
 258                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 259 \r
 260                 if (anot[index] == null)\r
 261                 {\r
 262                     anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 263                 }\r
 264 \r
 265                 anot[index].colour = col;\r
 266             }\r
 267         }\r
 268         else // HELIX OR SHEET\r
 269         {\r
 270             char type = 0;\r
 271             String symbol = "\u03B1";\r
 272 \r
 273             if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 274             {\r
 275                 type = 'H';\r
 276             }\r
 277             else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 278             {\r
 279                 type = 'E';\r
 280                 symbol = "\u03B2";\r
 281             }\r
 282 \r
 283             if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 284             {\r
 285                 aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 286             }\r
 287 \r
 288             String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?",\r
 289                     symbol);\r
 290 \r
 291             if (label == null)\r
 292             {\r
 293                 return;\r
 294             }\r
 295 \r
 296             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 297             {\r
 298                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 299             }\r
 300 \r
 301             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 302             {\r
 303                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 304 \r
 305                 if (anot[index] == null)\r
 306                 {\r
 307                     anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 308                 }\r
 309 \r
 310                 anot[index].secondaryStructure = type;\r
 311                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 312             }\r
 313         }\r
 314 \r
 315         adjustPanelHeight();\r
 316         activeRes = null;\r
 317         repaint();\r
 318 \r
 319         return;\r
 320     }\r
 321 \r
 322     /**\r
 323      * DOCUMENT ME!\r
 324      *\r
 325      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 326      */\r
 327     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 328     {\r
 329         int height = 0;\r
 330         activeRow = -1;\r
 331 \r
 332         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 333 \r
 334         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 335         {\r
 336             if (aa[i].visible)\r
 337             {\r
 338               height += aa[i].height;\r
 339             }\r
 340 \r
 341             if (evt.getY() < height)\r
 342             {\r
 343                 if (aa[i].editable)\r
 344                 {\r
 345                     activeRow = i;\r
 346                 }\r
 347                 else\r
 348                 {\r
 349                     activeRes = null;\r
 350                 }\r
 351 \r
 352                 break;\r
 353             }\r
 354         }\r
 355 \r
 356         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 357         {\r
 358             if (activeRes == null)\r
 359             {\r
 360                 return;\r
 361             }\r
 362 \r
 363             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 364             JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 365             item.addActionListener(this);\r
 366             pop.add(item);\r
 367             item = new JMenuItem(SHEET);\r
 368             item.addActionListener(this);\r
 369             pop.add(item);\r
 370             item = new JMenuItem(LABEL);\r
 371             item.addActionListener(this);\r
 372             pop.add(item);\r
 373             item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 374             item.addActionListener(this);\r
 375             pop.add(item);\r
 376             item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 377             item.addActionListener(this);\r
 378             pop.add(item);\r
 379             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 380 \r
 381             return;\r
 382         }\r
 383 \r
 384         if (aa == null)\r
 385         {\r
 386             return;\r
 387         }\r
 388 \r
 389         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 390 \r
 391         if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 392         {\r
 393             addEditableColumn(res);\r
 394         }\r
 395         else if (evt.isShiftDown())\r
 396         {\r
 397             if (activeRes == null)\r
 398             {\r
 399                 activeRes = new Vector();\r
 400             }\r
 401             else\r
 402             {\r
 403                 int start = Integer.parseInt(activeRes.get(activeRes.size() -\r
 404                             1).toString());\r
 405                 int end = res;\r
 406 \r
 407                 if (end < start)\r
 408                 {\r
 409                     int temp = end;\r
 410                     end = start;\r
 411                     start = temp;\r
 412                 }\r
 413 \r
 414                 for (int n = start; n <= end; n++)\r
 415                 {\r
 416                     addEditableColumn(n);\r
 417                 }\r
 418             }\r
 419         }\r
 420         else\r
 421         {\r
 422             activeRes = new Vector();\r
 423             activeRes.addElement(String.valueOf(res));\r
 424         }\r
 425 \r
 426         repaint();\r
 427     }\r
 428 \r
 429     /**\r
 430      * DOCUMENT ME!\r
 431      *\r
 432      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 433      */\r
 434     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 435     {\r
 436     }\r
 437 \r
 438     /**\r
 439      * DOCUMENT ME!\r
 440      *\r
 441      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 442      */\r
 443     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 444     {\r
 445     }\r
 446 \r
 447     /**\r
 448      * DOCUMENT ME!\r
 449      *\r
 450      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 451      */\r
 452     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 453     {\r
 454     }\r
 455 \r
 456     /**\r
 457      * DOCUMENT ME!\r
 458      *\r
 459      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 460      */\r
 461     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 462     {\r
 463     }\r
 464 \r
 465     /**\r
 466      * DOCUMENT ME!\r
 467      *\r
 468      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 469      */\r
 470     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 471     {\r
 472         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 473 \r
 474         if (aa == null)\r
 475         {\r
 476             return;\r
 477         }\r
 478 \r
 479         int row = -1;\r
 480         int height = 0;\r
 481 \r
 482         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 483         {\r
 484             if (aa[i].visible)\r
 485             {\r
 486                 height += aa[i].height;\r
 487             }\r
 488 \r
 489             if (evt.getY() < height)\r
 490             {\r
 491                 row = i;\r
 492 \r
 493                 break;\r
 494             }\r
 495         }\r
 496 \r
 497         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 498 \r
 499         if ((row > -1) && (res < aa[row].annotations.length) &&\r
 500                 (aa[row].annotations[res] != null))\r
 501         {\r
 502             this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 503 \r
 504             StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 505                     (res + 1) + "  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 506             ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 507         }\r
 508     }\r
 509 \r
 510     /**\r
 511      * DOCUMENT ME!\r
 512      *\r
 513      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 514      */\r
 515     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 516     {\r
 517     }\r
 518 \r
 519     /**\r
 520      * DOCUMENT ME!\r
 521      *\r
 522      * @param g DOCUMENT ME!\r
 523      */\r
 524     public void paintComponent(Graphics g)\r
 525     {\r
 526       g.setColor(Color.white);\r
 527       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 528 \r
 529       if (fastPaint)\r
 530       {\r
 531         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 532         fastPaint = false;\r
 533         return;\r
 534       }\r
 535 \r
 536       imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 537 \r
 538       if (image == null || imgWidth != image.getWidth())\r
 539       {\r
 540         image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 541                                   BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 542         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 543         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 544                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 545 \r
 546         gg.setFont(av.getFont());\r
 547         fm = gg.getFontMetrics();\r
 548       }\r
 549 \r
 550       drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 551       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 552     }\r
 553 \r
 554     /**\r
 555      * DOCUMENT ME!\r
 556      *\r
 557      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 558      */\r
 559     public void fastPaint(int horizontal)\r
 560     {\r
 561         if ((horizontal == 0) ||\r
 562                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 563                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 564         {\r
 565             repaint();\r
 566 \r
 567             return;\r
 568         }\r
 569 \r
 570         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 571 \r
 572         int sr = av.startRes;\r
 573         int er = av.endRes + 1;\r
 574         int transX = 0;\r
 575 \r
 576         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 577         {\r
 578             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 579             sr = er - horizontal;\r
 580         }\r
 581         else if (horizontal < 0)\r
 582         {\r
 583             er = sr - horizontal;\r
 584         }\r
 585 \r
 586         gg.translate(transX, 0);\r
 587 \r
 588         drawComponent(gg, sr, er);\r
 589 \r
 590         gg.translate(-transX, 0);\r
 591 \r
 592         fastPaint = true;\r
 593 \r
 594         repaint();\r
 595 \r
 596     }\r
 597 \r
 598     /**\r
 599      * DOCUMENT ME!\r
 600      *\r
 601      * @param g DOCUMENT ME!\r
 602      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 603      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 604      */\r
 605     public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 606     {\r
 607         g.setColor(Color.white);\r
 608         g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 609 \r
 610         if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 611                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 612         {\r
 613             g.setColor(Color.white);\r
 614             g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 615             g.setColor(Color.black);\r
 616             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 617 \r
 618             return;\r
 619         }\r
 620 \r
 621         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 622 \r
 623         int j;\r
 624         int x = 0;\r
 625         int y = 0;\r
 626         char[] lastSS = new char[aa.length];\r
 627         int[] lastSSX = new int[aa.length];\r
 628         int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 629         boolean validRes = false;\r
 630 \r
 631         //\u03B2 \u03B1\r
 632         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 633         {\r
 634             AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 635 \r
 636             if (!row.visible)\r
 637             {\r
 638                 continue;\r
 639             }\r
 640 \r
 641 \r
 642             if (row.isGraph)\r
 643             {\r
 644                 // this is so that we draw the characters below the graph\r
 645                 y += row.height;\r
 646 \r
 647                 if (row.hasText)\r
 648                 {\r
 649                     y -= av.charHeight;\r
 650                 }\r
 651             }\r
 652 \r
 653             if (row.hasText)\r
 654             {\r
 655                 iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 656             }\r
 657             else\r
 658             {\r
 659                 iconOffset = 0;\r
 660             }\r
 661 \r
 662             for (j = startRes; j < endRes; j++)\r
 663             {\r
 664                 if ((row.annotations.length <= j) ||\r
 665                         (row.annotations[j] == null))\r
 666                 {\r
 667                     validRes = false;\r
 668                 }\r
 669                 else\r
 670                 {\r
 671                     validRes = true;\r
 672                 }\r
 673 \r
 674                 x = (j - startRes) * av.charWidth;\r
 675 \r
 676                 if (activeRow == i)\r
 677                 {\r
 678                     g.setColor(Color.red);\r
 679 \r
 680                     if (activeRes != null)\r
 681                     {\r
 682                         for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 683                         {\r
 684                             int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString());\r
 685 \r
 686                             if (v == j)\r
 687                             {\r
 688                                 g.fillRect((j - startRes) * av.charWidth, y,\r
 689                                     av.charWidth, row.height);\r
 690                             }\r
 691                         }\r
 692                     }\r
 693                 }\r
 694 \r
 695                 if (validRes &&\r
 696                         (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0))\r
 697                 {\r
 698 \r
 699                     int charOffset = (av.charWidth -\r
 700                         fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.charAt(\r
 701                                 0))) / 2;\r
 702                     g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 703 \r
 704                     if (j == 0 || row.isGraph)\r
 705                     {\r
 706                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 707                             y + iconOffset + 3);\r
 708                     }\r
 709                     else if (((row.annotations[j - 1] == null) ||\r
 710                             (row.annotations[j].displayCharacter != row.annotations[j -\r
 711                             1].displayCharacter)))\r
 712                     {\r
 713                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 714                             y + iconOffset + 3);\r
 715                     }\r
 716                 }\r
 717 \r
 718                 if (row.hasIcons)\r
 719                 {\r
 720                     if (!validRes ||\r
 721                             (row.annotations[j].secondaryStructure != lastSS[i]))\r
 722                     {\r
 723                         switch (lastSS[i])\r
 724                         {\r
 725                         case 'H':\r
 726                             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 727                             g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 728                                 x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 729 \r
 730                             break;\r
 731 \r
 732                         case 'E':\r
 733                             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 734                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 735                                 x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 736                             g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 737                                 new int[]\r
 738                                 {\r
 739                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 740                                     y + 8 + iconOffset\r
 741                                 }, 3);\r
 742 \r
 743                             break;\r
 744 \r
 745                         case 'C':\r
 746                             break;\r
 747 \r
 748                         default:\r
 749                             g.setColor(Color.gray);\r
 750                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset,\r
 751                                 x - lastSSX[i], 2);\r
 752 \r
 753                             break;\r
 754                         }\r
 755 \r
 756                         if (validRes)\r
 757                         {\r
 758                             lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 759                         }\r
 760                         else\r
 761                         {\r
 762                             lastSS[i] = ' ';\r
 763                         }\r
 764 \r
 765                         lastSSX[i] = x;\r
 766                     }\r
 767                 }\r
 768 \r
 769                 if (validRes && row.isGraph)\r
 770                 {\r
 771                     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 772 \r
 773                     int height = (int) ((row.annotations[j].value / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 774 \r
 775                     if (row.windowLength > 1)\r
 776                     {\r
 777                         int total = 0;\r
 778 \r
 779                         for (int i2 = j - (row.windowLength / 2);\r
 780                                 i2 < (j + (row.windowLength / 2)); i2++)\r
 781                         {\r
 782                             if ((i2 < 0) || (i2 >= av.alignment.getWidth()))\r
 783                             {\r
 784                                 continue;\r
 785                             }\r
 786 \r
 787                             total += row.annotations[i2].value;\r
 788                         }\r
 789 \r
 790                         total /= row.windowLength;\r
 791                         height = (int) ((total / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 792                     }\r
 793 \r
 794                     g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 795                     g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 796                 }\r
 797             }\r
 798 \r
 799             x += av.charWidth;\r
 800 \r
 801             if (row.hasIcons)\r
 802             {\r
 803                 switch (lastSS[i])\r
 804                 {\r
 805                 case 'H':\r
 806                     g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 807                     g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 808                         x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 809 \r
 810                     break;\r
 811 \r
 812                 case 'E':\r
 813                     g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 814                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 815                         x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 816                     g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 817                         new int[]\r
 818                         {\r
 819                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 820                             y + 7 + iconOffset\r
 821                         }, 3);\r
 822 \r
 823                     break;\r
 824 \r
 825                 case 'C':\r
 826                     break;\r
 827 \r
 828                 default:\r
 829                     g.setColor(Color.gray);\r
 830                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset, x - lastSSX[i], 2);\r
 831 \r
 832                     break;\r
 833                 }\r
 834             }\r
 835 \r
 836             if (row.isGraph && row.hasText)\r
 837             {\r
 838                 y += av.charHeight;\r
 839             }\r
 840 \r
 841             if (!row.isGraph)\r
 842             {\r
 843                 y += aa[i].height;\r
 844             }\r
 845         }\r
 846     }\r
 847 \r
 848     // used by overview window\r
 849     public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 850     {\r
 851         g.setColor(Color.white);\r
 852         g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 853         g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 854 \r
 855 \r
 856         int x = 0, height;\r
 857 \r
 858         for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 859         {\r
 860             g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 861 \r
 862             height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 863             if(height>y)\r
 864               height = y;\r
 865 \r
 866             g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 867             x += av.charWidth;\r
 868         }\r
 869     }\r
 870 }\r