src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  39     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  40 {\r
  41     static String HELIX = "Helix";\r
  42     static String SHEET = "Sheet";\r
  43     static String LABEL = "Label";\r
  44     static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  45     static String COLOUR = "Colour";\r
  46     static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  47     static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  48 \r
  49     /** DOCUMENT ME!! */\r
  50     public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     AlignmentPanel ap;\r
  53     int activeRow = -1;\r
  54     Vector activeRes;\r
  55     BufferedImage image;\r
  56     Graphics2D gg;\r
  57     FontMetrics fm;\r
  58     int imgWidth = 0;\r
  59     boolean fastPaint = false;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Creates a new AnnotationPanel object.\r
  63      *\r
  64      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  65      */\r
  66     public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  67     {\r
  68         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  69         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  70         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  71         this.ap = ap;\r
  72         av = ap.av;\r
  73         this.setLayout(null);\r
  74         addMouseListener(this);\r
  75         addMouseMotionListener(this);\r
  76         ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * DOCUMENT ME!\r
  81      *\r
  82      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  83      */\r
  84     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85     {\r
  86         ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());\r
  87     }\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * DOCUMENT ME!\r
  91      */\r
  92     public void adjustPanelHeight()\r
  93     {\r
  94         // setHeight of panels\r
  95         image = null;\r
  96         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  97         int height = 0;\r
  98 \r
  99         if (aa != null)\r
 100         {\r
 101             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 102             {\r
 103                 if (!aa[i].visible)\r
 104                 {\r
 105                     continue;\r
 106                 }\r
 107 \r
 108                 aa[i].height = 0;\r
 109 \r
 110                 if (aa[i].hasText)\r
 111                 {\r
 112                     aa[i].height += av.charHeight;\r
 113                 }\r
 114 \r
 115                 if (aa[i].hasIcons)\r
 116                 {\r
 117                     aa[i].height += 16;\r
 118                 }\r
 119 \r
 120                 if (aa[i].isGraph)\r
 121                 {\r
 122                     aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 123                 }\r
 124 \r
 125                 if (aa[i].height == 0)\r
 126                 {\r
 127                     aa[i].height = 20;\r
 128                 }\r
 129 \r
 130                 height += aa[i].height;\r
 131             }\r
 132         }\r
 133         else\r
 134         {\r
 135             height = 20;\r
 136         }\r
 137 \r
 138         this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 139     }\r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * DOCUMENT ME!\r
 143      *\r
 144      * @param col DOCUMENT ME!\r
 145      */\r
 146     public void removeEditableColumn(int col)\r
 147     {\r
 148         if (activeRow == -1)\r
 149         {\r
 150             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 151             if(aa!=null)\r
 152             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 153             {\r
 154                 if (aa[j].editable)\r
 155                 {\r
 156                     activeRow = j;\r
 157 \r
 158                     break;\r
 159                 }\r
 160             }\r
 161         }\r
 162 \r
 163         if ((activeRes != null) && activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 164         {\r
 165             activeRes.removeElement(String.valueOf(col));\r
 166         }\r
 167 \r
 168         repaint();\r
 169     }\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * DOCUMENT ME!\r
 173      *\r
 174      * @param col DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     public void addEditableColumn(int col)\r
 177     {\r
 178         if (activeRow == -1)\r
 179         {\r
 180             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 181             if(aa==null)\r
 182               return;\r
 183 \r
 184             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 185             {\r
 186                 if (aa[j].editable)\r
 187                 {\r
 188                     activeRow = j;\r
 189 \r
 190                     break;\r
 191                 }\r
 192             }\r
 193         }\r
 194 \r
 195         if (activeRes == null)\r
 196         {\r
 197             activeRes = new Vector();\r
 198         }\r
 199 \r
 200         if (!activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 201         {\r
 202             activeRes.addElement(String.valueOf(col));\r
 203         }\r
 204 \r
 205         repaint();\r
 206     }\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * DOCUMENT ME!\r
 210      *\r
 211      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 212      */\r
 213     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 214     {\r
 215         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 216         Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 217 \r
 218         if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 219         {\r
 220             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 221             {\r
 222                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 223                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 224             }\r
 225         }\r
 226         else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 227         {\r
 228             String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 229                     "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 230 \r
 231             if (label == null)\r
 232             {\r
 233                 return;\r
 234             }\r
 235 \r
 236             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 237             {\r
 238                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 239             }\r
 240 \r
 241             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 242             {\r
 243                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 244 \r
 245                 if (anot[index] == null)\r
 246                 {\r
 247                     anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 248                 }\r
 249 \r
 250                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 251             }\r
 252         }\r
 253         else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 254         {\r
 255             Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 256                     "Choose foreground colour", Color.black);\r
 257 \r
 258             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 259             {\r
 260                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 261 \r
 262                 if (anot[index] == null)\r
 263                 {\r
 264                     anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 265                 }\r
 266 \r
 267                 anot[index].colour = col;\r
 268             }\r
 269         }\r
 270         else // HELIX OR SHEET\r
 271         {\r
 272             char type = 0;\r
 273             String symbol = "\u03B1";\r
 274 \r
 275             if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 276             {\r
 277                 type = 'H';\r
 278             }\r
 279             else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 280             {\r
 281                 type = 'E';\r
 282                 symbol = "\u03B2";\r
 283             }\r
 284 \r
 285             if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 286             {\r
 287                 aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 288             }\r
 289 \r
 290             String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?",\r
 291                     symbol);\r
 292 \r
 293             if (label == null)\r
 294             {\r
 295                 return;\r
 296             }\r
 297 \r
 298             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 299             {\r
 300                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 301             }\r
 302 \r
 303             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 304             {\r
 305                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 306 \r
 307                 if (anot[index] == null)\r
 308                 {\r
 309                     anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 310                 }\r
 311 \r
 312                 anot[index].secondaryStructure = type;\r
 313                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 314             }\r
 315         }\r
 316 \r
 317         adjustPanelHeight();\r
 318         activeRes = null;\r
 319         repaint();\r
 320 \r
 321         return;\r
 322     }\r
 323 \r
 324     /**\r
 325      * DOCUMENT ME!\r
 326      *\r
 327      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 328      */\r
 329     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 330     {\r
 331         int height = 0;\r
 332         activeRow = -1;\r
 333 \r
 334         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 335 \r
 336         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 337         {\r
 338             if (aa[i].visible)\r
 339             {\r
 340               height += aa[i].height;\r
 341             }\r
 342 \r
 343             if (evt.getY() < height)\r
 344             {\r
 345                 if (aa[i].editable)\r
 346                 {\r
 347                     activeRow = i;\r
 348                 }\r
 349                 else\r
 350                 {\r
 351                     activeRes = null;\r
 352                 }\r
 353 \r
 354                 break;\r
 355             }\r
 356         }\r
 357 \r
 358         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 359         {\r
 360             if (activeRes == null)\r
 361             {\r
 362                 return;\r
 363             }\r
 364 \r
 365             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 366             JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 367             item.addActionListener(this);\r
 368             pop.add(item);\r
 369             item = new JMenuItem(SHEET);\r
 370             item.addActionListener(this);\r
 371             pop.add(item);\r
 372             item = new JMenuItem(LABEL);\r
 373             item.addActionListener(this);\r
 374             pop.add(item);\r
 375             item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 376             item.addActionListener(this);\r
 377             pop.add(item);\r
 378             item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 379             item.addActionListener(this);\r
 380             pop.add(item);\r
 381             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 382 \r
 383             return;\r
 384         }\r
 385 \r
 386         if (aa == null)\r
 387         {\r
 388             return;\r
 389         }\r
 390 \r
 391         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 392 \r
 393         if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 394         {\r
 395             addEditableColumn(res);\r
 396         }\r
 397         else if (evt.isShiftDown())\r
 398         {\r
 399             if (activeRes == null)\r
 400             {\r
 401                 activeRes = new Vector();\r
 402             }\r
 403             else\r
 404             {\r
 405                 int start = Integer.parseInt(activeRes.get(activeRes.size() -\r
 406                             1).toString());\r
 407                 int end = res;\r
 408 \r
 409                 if (end < start)\r
 410                 {\r
 411                     int temp = end;\r
 412                     end = start;\r
 413                     start = temp;\r
 414                 }\r
 415 \r
 416                 for (int n = start; n <= end; n++)\r
 417                 {\r
 418                     addEditableColumn(n);\r
 419                 }\r
 420             }\r
 421         }\r
 422         else\r
 423         {\r
 424             activeRes = new Vector();\r
 425             activeRes.addElement(String.valueOf(res));\r
 426         }\r
 427 \r
 428         repaint();\r
 429     }\r
 430 \r
 431     /**\r
 432      * DOCUMENT ME!\r
 433      *\r
 434      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 435      */\r
 436     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 437     {\r
 438     }\r
 439 \r
 440     /**\r
 441      * DOCUMENT ME!\r
 442      *\r
 443      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 444      */\r
 445     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 446     {\r
 447     }\r
 448 \r
 449     /**\r
 450      * DOCUMENT ME!\r
 451      *\r
 452      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 453      */\r
 454     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 455     {\r
 456     }\r
 457 \r
 458     /**\r
 459      * DOCUMENT ME!\r
 460      *\r
 461      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 462      */\r
 463     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 464     {\r
 465     }\r
 466 \r
 467     /**\r
 468      * DOCUMENT ME!\r
 469      *\r
 470      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 471      */\r
 472     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 473     {\r
 474         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 475 \r
 476         if (aa == null)\r
 477         {\r
 478             return;\r
 479         }\r
 480 \r
 481         int row = -1;\r
 482         int height = 0;\r
 483 \r
 484         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 485         {\r
 486             if (aa[i].visible)\r
 487             {\r
 488                 height += aa[i].height;\r
 489             }\r
 490 \r
 491             if (evt.getY() < height)\r
 492             {\r
 493                 row = i;\r
 494 \r
 495                 break;\r
 496             }\r
 497         }\r
 498 \r
 499         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 500 \r
 501         if ((row > -1) && (res < aa[row].annotations.length) &&\r
 502                 (aa[row].annotations[res] != null))\r
 503         {\r
 504             this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 505 \r
 506             StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 507                     (res + 1) + "  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 508             ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 509         }\r
 510     }\r
 511 \r
 512     /**\r
 513      * DOCUMENT ME!\r
 514      *\r
 515      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 516      */\r
 517     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 518     {\r
 519     }\r
 520 \r
 521     /**\r
 522      * DOCUMENT ME!\r
 523      *\r
 524      * @param g DOCUMENT ME!\r
 525      */\r
 526     public void paintComponent(Graphics g)\r
 527     {\r
 528       g.setColor(Color.white);\r
 529       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 530 \r
 531       if (fastPaint)\r
 532       {\r
 533         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 534         fastPaint = false;\r
 535         return;\r
 536       }\r
 537 \r
 538       imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 539 \r
 540       if (image == null || imgWidth != image.getWidth())\r
 541       {\r
 542         image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 543                                   BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 544         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 545         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 546                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 547 \r
 548         gg.setFont(av.getFont());\r
 549         fm = gg.getFontMetrics();\r
 550       }\r
 551 \r
 552       drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 553       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 554     }\r
 555 \r
 556     /**\r
 557      * DOCUMENT ME!\r
 558      *\r
 559      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 560      */\r
 561     public void fastPaint(int horizontal)\r
 562     {\r
 563         if ((horizontal == 0) ||\r
 564                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 565                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 566         {\r
 567             repaint();\r
 568 \r
 569             return;\r
 570         }\r
 571 \r
 572         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 573 \r
 574         int sr = av.startRes;\r
 575         int er = av.endRes + 1;\r
 576         int transX = 0;\r
 577 \r
 578         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 579         {\r
 580             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 581             sr = er - horizontal;\r
 582         }\r
 583         else if (horizontal < 0)\r
 584         {\r
 585             er = sr - horizontal;\r
 586         }\r
 587 \r
 588         gg.translate(transX, 0);\r
 589 \r
 590         drawComponent(gg, sr, er);\r
 591 \r
 592         gg.translate(-transX, 0);\r
 593 \r
 594         fastPaint = true;\r
 595 \r
 596         repaint();\r
 597 \r
 598     }\r
 599 \r
 600     /**\r
 601      * DOCUMENT ME!\r
 602      *\r
 603      * @param g DOCUMENT ME!\r
 604      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 605      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 606      */\r
 607     public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 608     {\r
 609         g.setColor(Color.white);\r
 610         g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 611 \r
 612         if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 613                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 614         {\r
 615             g.setColor(Color.white);\r
 616             g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 617             g.setColor(Color.black);\r
 618             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 619 \r
 620             return;\r
 621         }\r
 622 \r
 623         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 624 \r
 625         int j;\r
 626         int x = 0;\r
 627         int y = 0;\r
 628         char[] lastSS = new char[aa.length];\r
 629         int[] lastSSX = new int[aa.length];\r
 630         int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 631         boolean validRes = false;\r
 632 \r
 633         //\u03B2 \u03B1\r
 634         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 635         {\r
 636             AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 637 \r
 638             if (!row.visible)\r
 639             {\r
 640                 continue;\r
 641             }\r
 642 \r
 643 \r
 644             if (row.isGraph)\r
 645             {\r
 646                 // this is so that we draw the characters below the graph\r
 647                 y += row.height;\r
 648 \r
 649                 if (row.hasText)\r
 650                 {\r
 651                     y -= av.charHeight;\r
 652                 }\r
 653             }\r
 654 \r
 655             if (row.hasText)\r
 656             {\r
 657                 iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 658             }\r
 659             else\r
 660             {\r
 661                 iconOffset = 0;\r
 662             }\r
 663 \r
 664             for (j = startRes; j < endRes; j++)\r
 665             {\r
 666                 if ((row.annotations.length <= j) ||\r
 667                         (row.annotations[j] == null))\r
 668                 {\r
 669                     validRes = false;\r
 670                 }\r
 671                 else\r
 672                 {\r
 673                     validRes = true;\r
 674                 }\r
 675 \r
 676                 x = (j - startRes) * av.charWidth;\r
 677 \r
 678                 if (activeRow == i)\r
 679                 {\r
 680                     g.setColor(Color.red);\r
 681 \r
 682                     if (activeRes != null)\r
 683                     {\r
 684                         for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 685                         {\r
 686                             int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString());\r
 687 \r
 688                             if (v == j)\r
 689                             {\r
 690                                 g.fillRect((j - startRes) * av.charWidth, y,\r
 691                                     av.charWidth, row.height);\r
 692                             }\r
 693                         }\r
 694                     }\r
 695                 }\r
 696 \r
 697                 if (validRes &&\r
 698                         (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0))\r
 699                 {\r
 700 \r
 701                     int charOffset = (av.charWidth -\r
 702                         fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.charAt(\r
 703                                 0))) / 2;\r
 704                     g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 705 \r
 706                     if (j == 0 || row.isGraph)\r
 707                     {\r
 708                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 709                             y + iconOffset + 3);\r
 710                     }\r
 711                     else if (((row.annotations[j - 1] == null) ||\r
 712                             (row.annotations[j].displayCharacter != row.annotations[j -\r
 713                             1].displayCharacter)))\r
 714                     {\r
 715                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 716                             y + iconOffset + 3);\r
 717                     }\r
 718                 }\r
 719 \r
 720                 if (row.hasIcons)\r
 721                 {\r
 722                     if (!validRes ||\r
 723                             (row.annotations[j].secondaryStructure != lastSS[i]))\r
 724                     {\r
 725                         switch (lastSS[i])\r
 726                         {\r
 727                         case 'H':\r
 728                             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 729                             g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 730                                 x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 731 \r
 732                             break;\r
 733 \r
 734                         case 'E':\r
 735                             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 736                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 737                                 x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 738                             g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 739                                 new int[]\r
 740                                 {\r
 741                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 742                                     y + 8 + iconOffset\r
 743                                 }, 3);\r
 744 \r
 745                             break;\r
 746 \r
 747                         case 'C':\r
 748                             break;\r
 749 \r
 750                         default:\r
 751                             g.setColor(Color.gray);\r
 752                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset,\r
 753                                 x - lastSSX[i], 2);\r
 754 \r
 755                             break;\r
 756                         }\r
 757 \r
 758                         if (validRes)\r
 759                         {\r
 760                             lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 761                         }\r
 762                         else\r
 763                         {\r
 764                             lastSS[i] = ' ';\r
 765                         }\r
 766 \r
 767                         lastSSX[i] = x;\r
 768                     }\r
 769                 }\r
 770 \r
 771                 if (validRes && row.isGraph)\r
 772                 {\r
 773                     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 774 \r
 775                     int height = (int) ((row.annotations[j].value / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 776 \r
 777                     if (row.windowLength > 1)\r
 778                     {\r
 779                         int total = 0;\r
 780 \r
 781                         for (int i2 = j - (row.windowLength / 2);\r
 782                                 i2 < (j + (row.windowLength / 2)); i2++)\r
 783                         {\r
 784                             if ((i2 < 0) || (i2 >= av.alignment.getWidth()))\r
 785                             {\r
 786                                 continue;\r
 787                             }\r
 788 \r
 789                             total += row.annotations[i2].value;\r
 790                         }\r
 791 \r
 792                         total /= row.windowLength;\r
 793                         height = (int) ((total / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 794                     }\r
 795 \r
 796                     g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 797                     g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 798                 }\r
 799             }\r
 800 \r
 801             x += av.charWidth;\r
 802 \r
 803             if (row.hasIcons)\r
 804             {\r
 805                 switch (lastSS[i])\r
 806                 {\r
 807                 case 'H':\r
 808                     g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 809                     g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 810                         x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 811 \r
 812                     break;\r
 813 \r
 814                 case 'E':\r
 815                     g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 816                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 817                         x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 818                     g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 819                         new int[]\r
 820                         {\r
 821                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 822                             y + 7 + iconOffset\r
 823                         }, 3);\r
 824 \r
 825                     break;\r
 826 \r
 827                 case 'C':\r
 828                     break;\r
 829 \r
 830                 default:\r
 831                     g.setColor(Color.gray);\r
 832                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset, x - lastSSX[i], 2);\r
 833 \r
 834                     break;\r
 835                 }\r
 836             }\r
 837 \r
 838             if (row.isGraph && row.hasText)\r
 839             {\r
 840                 y += av.charHeight;\r
 841             }\r
 842 \r
 843             if (!row.isGraph)\r
 844             {\r
 845                 y += aa[i].height;\r
 846             }\r
 847         }\r
 848     }\r
 849 \r
 850     // used by overview window\r
 851     public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 852     {\r
 853         g.setColor(Color.white);\r
 854         g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 855         g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 856 \r
 857 \r
 858         int x = 0, height;\r
 859 \r
 860         for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 861         {\r
 862             g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 863 \r
 864             height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 865             if(height>y)\r
 866               height = y;\r
 867 \r
 868             g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 869             x += av.charWidth;\r
 870         }\r
 871     }\r
 872 }\r