src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  38 {\r
  39     final String HELIX = "Helix";\r
  40     final String SHEET = "Sheet";\r
  41     final String LABEL = "Label";\r
  42     final String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  43     final String COLOUR = "Colour";\r
  44     final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  45     final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  46 \r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     AlignViewport av;\r
  49     AlignmentPanel ap;\r
  50     int activeRow = -1;\r
  51     BufferedImage image;\r
  52     Graphics2D gg;\r
  53     FontMetrics fm;\r
  54     boolean validCharWidth;\r
  55     int imgWidth = 0;\r
  56     boolean fastPaint = false;\r
  57 \r
  58     //Used For mouse Dragging and resizing graphs\r
  59     int graphStretch = -1;\r
  60     int graphStretchY = -1;\r
  61     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  62     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  63     boolean mouseDragging = false;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * Creates a new AnnotationPanel object.\r
  67      *\r
  68      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  69      */\r
  70     public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  71     {\r
  72         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  73         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  74         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  75         this.ap = ap;\r
  76         av = ap.av;\r
  77         this.setLayout(null);\r
  78         addMouseListener(this);\r
  79         addMouseMotionListener(this);\r
  80         ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  81     }\r
  82 \r
  83     public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  84     {\r
  85       this.av = av;\r
  86     }\r
  87 \r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * DOCUMENT ME!\r
  91      *\r
  92      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  93      */\r
  94     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  95     {\r
  96         ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());\r
  97     }\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * DOCUMENT ME!\r
 101      */\r
 102     public int adjustPanelHeight()\r
 103     {\r
 104         // setHeight of panels\r
 105         image = null;\r
 106         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 107         int height = 0;\r
 108 \r
 109         if (aa != null)\r
 110         {\r
 111             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 112             {\r
 113                 if (!aa[i].visible)\r
 114                 {\r
 115                     continue;\r
 116                 }\r
 117 \r
 118                 aa[i].height = 0;\r
 119 \r
 120                 if (aa[i].hasText)\r
 121                 {\r
 122                     aa[i].height += av.charHeight;\r
 123                 }\r
 124 \r
 125                 if (aa[i].hasIcons)\r
 126                 {\r
 127                     aa[i].height += 16;\r
 128                 }\r
 129 \r
 130                 if (aa[i].graph>0)\r
 131                 {\r
 132                     aa[i].height += aa[i].graphHeight;\r
 133                 }\r
 134 \r
 135                 if (aa[i].height == 0)\r
 136                 {\r
 137                     aa[i].height = 20;\r
 138                 }\r
 139 \r
 140                 height += aa[i].height;\r
 141             }\r
 142         }\r
 143         else\r
 144         {\r
 145             height = 20;\r
 146         }\r
 147 \r
 148         this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 149 \r
 150         return height;\r
 151     }\r
 152 \r
 153 \r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * DOCUMENT ME!\r
 157      *\r
 158      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 159      */\r
 160     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 161     {\r
 162         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 163         Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 164 \r
 165         if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 166         {\r
 167             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 168             {\r
 169                 anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;\r
 170             }\r
 171         }\r
 172         else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 173         {\r
 174             String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 175                     "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 176 \r
 177             if (label == null)\r
 178             {\r
 179                 return;\r
 180             }\r
 181 \r
 182             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 183             {\r
 184                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 185             }\r
 186 \r
 187             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 188             {\r
 189                 int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 190 \r
 191                 if (anot[index] == null)\r
 192                 {\r
 193                     anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 194                 }\r
 195 \r
 196                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 197             }\r
 198         }\r
 199         else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 200         {\r
 201             Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 202                     "Choose foreground colour", Color.black);\r
 203 \r
 204             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 205             {\r
 206                 int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 207 \r
 208                 if (anot[index] == null)\r
 209                 {\r
 210                     anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 211                 }\r
 212 \r
 213                 anot[index].colour = col;\r
 214             }\r
 215         }\r
 216         else // HELIX OR SHEET\r
 217         {\r
 218             char type = 0;\r
 219             String symbol = "\u03B1";\r
 220 \r
 221             if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 222             {\r
 223                 type = 'H';\r
 224             }\r
 225             else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 226             {\r
 227                 type = 'E';\r
 228                 symbol = "\u03B2";\r
 229             }\r
 230 \r
 231             if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 232             {\r
 233                 aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 234             }\r
 235 \r
 236             String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?",\r
 237                     symbol);\r
 238 \r
 239             if (label == null)\r
 240             {\r
 241                 return;\r
 242             }\r
 243 \r
 244             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 245             {\r
 246                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 247             }\r
 248 \r
 249             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 250             {\r
 251                 int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 252 \r
 253                 if (anot[index] == null)\r
 254                 {\r
 255                     anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 256                 }\r
 257 \r
 258                 anot[index].secondaryStructure = type;\r
 259                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 260             }\r
 261         }\r
 262 \r
 263         adjustPanelHeight();\r
 264         repaint();\r
 265 \r
 266         return;\r
 267     }\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * DOCUMENT ME!\r
 271      *\r
 272      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 273      */\r
 274     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 275     {\r
 276         int height = 0;\r
 277         activeRow = -1;\r
 278 \r
 279         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 280         if(aa==null)\r
 281           return;\r
 282 \r
 283         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 284         {\r
 285             if (aa[i].visible)\r
 286             {\r
 287               height += aa[i].height;\r
 288             }\r
 289 \r
 290             if (evt.getY() < height)\r
 291             {\r
 292                 if (aa[i].editable)\r
 293                 {\r
 294                     activeRow = i;\r
 295                 }\r
 296                 else if(aa[i].graph>0)\r
 297                 {\r
 298                     //Stretch Graph\r
 299                     graphStretch = i;\r
 300                     graphStretchY = evt.getY();\r
 301                 }\r
 302 \r
 303                 break;\r
 304             }\r
 305         }\r
 306 \r
 307         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 308         {\r
 309             if (av.getColumnSelection() == null)\r
 310             {\r
 311                 return;\r
 312             }\r
 313 \r
 314             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 315             JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 316             item.addActionListener(this);\r
 317             pop.add(item);\r
 318             item = new JMenuItem(SHEET);\r
 319             item.addActionListener(this);\r
 320             pop.add(item);\r
 321             item = new JMenuItem(LABEL);\r
 322             item.addActionListener(this);\r
 323             pop.add(item);\r
 324             item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 325             item.addActionListener(this);\r
 326             pop.add(item);\r
 327             item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 328             item.addActionListener(this);\r
 329             pop.add(item);\r
 330             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 331 \r
 332             return;\r
 333         }\r
 334 \r
 335         if (aa == null)\r
 336         {\r
 337             return;\r
 338         }\r
 339 \r
 340         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 341 \r
 342         min = res;\r
 343         max = res;\r
 344 \r
 345         if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 346           av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
 347         else\r
 348         {\r
 349             av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 350             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 351 \r
 352             for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 353             {\r
 354                 sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 355             }\r
 356 \r
 357             sg.setStartRes(res);\r
 358             sg.setEndRes(res);\r
 359             av.setSelectionGroup(sg);\r
 360         }\r
 361 \r
 362         ap.repaint();\r
 363 \r
 364     }\r
 365 \r
 366     /**\r
 367      * DOCUMENT ME!\r
 368      *\r
 369      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 370      */\r
 371     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 372     {\r
 373       graphStretch = -1;\r
 374       graphStretchY = -1;\r
 375       mouseDragging = false;\r
 376     }\r
 377 \r
 378     /**\r
 379      * DOCUMENT ME!\r
 380      *\r
 381      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 382      */\r
 383     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 384     {\r
 385       if(mouseDragging)\r
 386         ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 387     }\r
 388 \r
 389     /**\r
 390      * DOCUMENT ME!\r
 391      *\r
 392      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 393      */\r
 394     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 395     {\r
 396       if(mouseDragging)\r
 397         ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 398     }\r
 399 \r
 400 \r
 401     /**\r
 402      * DOCUMENT ME!\r
 403      *\r
 404      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 405      */\r
 406     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 407     {\r
 408       if(graphStretch>-1)\r
 409       {\r
 410         av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY - evt.getY();\r
 411         if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight <10)\r
 412           av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 10;\r
 413         graphStretchY = evt.getY();\r
 414         adjustPanelHeight();\r
 415         ap.repaint();\r
 416       }\r
 417       else\r
 418       {\r
 419         mouseDragging = true;\r
 420 \r
 421         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 422 \r
 423         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 424 \r
 425         if (res < min)\r
 426         {\r
 427             min = res;\r
 428         }\r
 429 \r
 430         if (res > max)\r
 431         {\r
 432             max = res;\r
 433         }\r
 434 \r
 435         if (sg != null)\r
 436         {\r
 437             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 438             {\r
 439                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 440             }\r
 441 \r
 442             if (res > sg.getStartRes())\r
 443             {\r
 444                 sg.setEndRes(res);\r
 445             }\r
 446             else if (res < sg.getStartRes())\r
 447             {\r
 448                 sg.setStartRes(res);\r
 449             }\r
 450 \r
 451             for (int i = min; i <= max; i++)\r
 452             {\r
 453                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 454                 {\r
 455                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 456                 }\r
 457                 else\r
 458                 {\r
 459                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 460                 }\r
 461             }\r
 462 \r
 463             ap.repaint();\r
 464         }\r
 465 \r
 466       }\r
 467     }\r
 468 \r
 469     /**\r
 470      * DOCUMENT ME!\r
 471      *\r
 472      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 473      */\r
 474     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 475     {\r
 476         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 477 \r
 478         if (aa == null)\r
 479         {\r
 480             return;\r
 481         }\r
 482 \r
 483         int row = -1;\r
 484         int height = 0;\r
 485 \r
 486         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 487         {\r
 488             if (aa[i].visible)\r
 489             {\r
 490                 height += aa[i].height;\r
 491             }\r
 492 \r
 493             if (evt.getY() < height)\r
 494             {\r
 495                 row = i;\r
 496 \r
 497                 break;\r
 498             }\r
 499         }\r
 500 \r
 501         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 502 \r
 503         if(av.hasHiddenColumns)\r
 504           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 505 \r
 506         if (row > -1 && res<aa[row].annotations.length)\r
 507         {\r
 508             if(aa[row].graphGroup>-1)\r
 509             {\r
 510               StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");\r
 511               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 512               {\r
 513                 if (aa[gg].graphGroup == aa[row].graphGroup && aa[gg].annotations[res]!=null)\r
 514                   tip.append(aa[gg].label+" "+aa[gg].annotations[res].description+"<br>" );\r
 515               }\r
 516               if(tip.length()!=6)\r
 517               {\r
 518                 tip.setLength(tip.length() - 4);\r
 519                 this.setToolTipText(tip.toString() + "</html>");\r
 520               }\r
 521             }\r
 522             else if(aa[row].annotations[res] != null)\r
 523               this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 524 \r
 525             if(aa[row].annotations[res]!=null)\r
 526             {\r
 527               StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 528                                                    (res + 1) + "  " +\r
 529                                                    aa[row].annotations[res].description);\r
 530 \r
 531               ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 532             }\r
 533         }\r
 534     }\r
 535 \r
 536     /**\r
 537      * DOCUMENT ME!\r
 538      *\r
 539      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 540      */\r
 541     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 542     {\r
 543     }\r
 544 \r
 545     /**\r
 546      * DOCUMENT ME!\r
 547      *\r
 548      * @param g DOCUMENT ME!\r
 549      */\r
 550     public void paintComponent(Graphics g)\r
 551     {\r
 552       g.setColor(Color.white);\r
 553       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 554 \r
 555       if(image!=null)\r
 556       {if (fastPaint\r
 557             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 558             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))\r
 559         {\r
 560           g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 561           fastPaint = false;\r
 562           return;\r
 563         }\r
 564       }\r
 565       imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 566 \r
 567       if (image == null || imgWidth != image.getWidth()\r
 568           || image.getHeight(this) != getHeight())\r
 569       {\r
 570         image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 571                                   BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 572         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 573 \r
 574         if(av.antiAlias)\r
 575         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 576                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 577 \r
 578         gg.setFont(av.getFont());\r
 579         fm = gg.getFontMetrics();\r
 580       }\r
 581 \r
 582 \r
 583       drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 584       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 585     }\r
 586 \r
 587     /**\r
 588      * DOCUMENT ME!\r
 589      *\r
 590      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 591      */\r
 592     public void fastPaint(int horizontal)\r
 593     {\r
 594         if ((horizontal == 0) || gg==null ||\r
 595                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 596                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 597         {\r
 598             repaint();\r
 599             return;\r
 600         }\r
 601 \r
 602         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 603 \r
 604         int sr = av.startRes;\r
 605         int er = av.endRes + 1;\r
 606         int transX = 0;\r
 607 \r
 608         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 609         {\r
 610             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 611             sr = er - horizontal;\r
 612         }\r
 613         else if (horizontal < 0)\r
 614         {\r
 615             er = sr - horizontal;\r
 616         }\r
 617 \r
 618         gg.translate(transX, 0);\r
 619 \r
 620         drawComponent(gg, sr, er);\r
 621 \r
 622         gg.translate(-transX, 0);\r
 623 \r
 624         fastPaint = true;\r
 625 \r
 626         repaint();\r
 627 \r
 628     }\r
 629 \r
 630     /**\r
 631      * DOCUMENT ME!\r
 632      *\r
 633      * @param g DOCUMENT ME!\r
 634      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 635      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 636      */\r
 637     public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 638     {\r
 639 \r
 640 \r
 641       g.setFont(av.getFont());\r
 642 \r
 643       if (fm == null)\r
 644         fm = g.getFontMetrics();\r
 645 \r
 646       validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 647 \r
 648         g.setColor(Color.white);\r
 649         g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 650 \r
 651         if ( (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 652                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 653         {\r
 654             g.setColor(Color.white);\r
 655             g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 656             g.setColor(Color.black);\r
 657             if(validCharWidth)\r
 658             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 659 \r
 660             return;\r
 661         }\r
 662 \r
 663         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 664 \r
 665         int x = 0;\r
 666         int y = 0;\r
 667         char lastSS;\r
 668         int lastSSX;\r
 669         int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 670         boolean validRes = false;\r
 671 \r
 672         boolean [] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 673 \r
 674 \r
 675         //\u03B2 \u03B1\r
 676         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 677         {\r
 678             AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 679 \r
 680             if (!row.visible)\r
 681             {\r
 682                 continue;\r
 683             }\r
 684 \r
 685             lastSS = ' ';\r
 686             lastSSX = 0;\r
 687 \r
 688 \r
 689             if (row.graph>0)\r
 690             {\r
 691                 if(row.graphGroup>-1 && graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] )\r
 692                   continue;\r
 693 \r
 694                 // this is so that we draw the characters below the graph\r
 695                 y += row.height;\r
 696 \r
 697                 if (row.hasText)\r
 698                 {\r
 699                     y -= av.charHeight;\r
 700                 }\r
 701             }\r
 702 \r
 703             if (row.hasText)\r
 704             {\r
 705                 iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 706             }\r
 707             else\r
 708             {\r
 709                 iconOffset = 0;\r
 710             }\r
 711 \r
 712             int column = startRes;\r
 713 \r
 714             while (column < endRes)\r
 715             {\r
 716               if (av.hasHiddenColumns)\r
 717               {\r
 718                 column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
 719                 if (column > row.annotations.length-1)\r
 720                 {\r
 721                   break;\r
 722                 }\r
 723               }\r
 724 \r
 725                 if ((row.annotations.length <= column) ||\r
 726                         (row.annotations[column] == null))\r
 727                 {\r
 728                     validRes = false;\r
 729                 }\r
 730                 else\r
 731                 {\r
 732                     validRes = true;\r
 733                 }\r
 734 \r
 735                 x = (column - startRes) * av.charWidth;\r
 736 \r
 737                 if (activeRow == i)\r
 738                 {\r
 739                     g.setColor(Color.red);\r
 740 \r
 741                     if (av.getColumnSelection() != null)\r
 742                     {\r
 743                         for (int n = 0; n < av.getColumnSelection().size(); n++)\r
 744                         {\r
 745                             int v = av.getColumnSelection().columnAt(n);\r
 746 \r
 747                             if (v == column)\r
 748                             {\r
 749                                 g.fillRect((column - startRes) * av.charWidth, y,\r
 750                                     av.charWidth, row.height);\r
 751                             }\r
 752                         }\r
 753                     }\r
 754                 }\r
 755 \r
 756                 if (validCharWidth && validRes &&\r
 757                         (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 758                 {\r
 759 \r
 760                     int charOffset = (av.charWidth -\r
 761                         fm.charWidth(row.annotations[column].displayCharacter.charAt(\r
 762                                 0))) / 2;\r
 763                     g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 764 \r
 765                     if (column == 0 || row.graph>0)\r
 766                     {\r
 767                         g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 768                             y + iconOffset + 3);\r
 769                     }\r
 770                     else if (\r
 771                         row.annotations[column - 1] == null\r
 772                         ||(!row.annotations[column].displayCharacter.equals(\r
 773                             row.annotations[column - 1].displayCharacter)\r
 774                         ||\r
 775                   (row.annotations[column].displayCharacter.length() <2 &&\r
 776                    row.annotations[column].secondaryStructure==' ')))\r
 777                     {\r
 778                         g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 779                             y + iconOffset + 3);\r
 780                     }\r
 781                 }\r
 782 \r
 783                 if (row.hasIcons)\r
 784                 {\r
 785                     if (!validRes ||\r
 786                             (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))\r
 787                     {\r
 788                         switch (lastSS)\r
 789                         {\r
 790                         case 'H':\r
 791                             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 792                             int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 793                             int x1 = lastSSX;\r
 794                             int x2 = x;\r
 795 \r
 796                            if(row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 797                               row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 798                            {\r
 799                              g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 800                              x1 += av.charWidth/2;\r
 801                            }\r
 802 \r
 803                             if(row.annotations[column]==null ||\r
 804                                row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 805                             {\r
 806                               g.fillArc(x-av.charWidth, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 807                               x2 -= av.charWidth/2;\r
 808                             }\r
 809 \r
 810                             g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 811                             break;\r
 812 \r
 813                         case 'E':\r
 814                             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 815                             g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 816                                 x - lastSSX - 4, 7);\r
 817                             g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 818                                 new int[]\r
 819                                 {\r
 820                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 821                                     y + 8 + iconOffset\r
 822                                 }, 3);\r
 823 \r
 824                             break;\r
 825 \r
 826 \r
 827                         default:\r
 828                             g.setColor(Color.gray);\r
 829                             g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,\r
 830                                 x - lastSSX, 2);\r
 831 \r
 832                             break;\r
 833                         }\r
 834 \r
 835                         if (validRes)\r
 836                         {\r
 837                             lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 838                         }\r
 839                         else\r
 840                         {\r
 841                             lastSS = ' ';\r
 842                         }\r
 843 \r
 844                         lastSSX = x;\r
 845                     }\r
 846                 }\r
 847 \r
 848                 column++;\r
 849             }\r
 850 \r
 851             x += av.charWidth;\r
 852 \r
 853             if (row.hasIcons)\r
 854             {\r
 855                 switch (lastSS)\r
 856                 {\r
 857                 case 'H':\r
 858                   g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 859 \r
 860                   int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;\r
 861                   int x1 = lastSSX;\r
 862                   int x2 = x;\r
 863 \r
 864                  if(row.annotations[sCol-1]==null ||\r
 865                     row.annotations[sCol-1].secondaryStructure!='H')\r
 866                  {\r
 867                    g.fillArc(lastSSX, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 90,180) ;\r
 868                    x1 += av.charWidth/2;\r
 869                  }\r
 870 \r
 871                   if(row.annotations[column]==null ||\r
 872                      row.annotations[column].secondaryStructure!='H')\r
 873                   {\r
 874                     g.fillArc(x-av.charWidth, y+4+iconOffset, av.charWidth, 8, 270,180);\r
 875                     x2 -= av.charWidth/2;\r
 876                   }\r
 877 \r
 878                   g.fillRect(x1, y+4+iconOffset, x2-x1, 8);\r
 879 \r
 880                     break;\r
 881 \r
 882                 case 'E':\r
 883                     g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 884 \r
 885                     if (row.annotations[endRes] !=null\r
 886                         && row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 887                     {\r
 888                       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 889                                  x - lastSSX - 4, 7);\r
 890                       g.fillPolygon(new int[]\r
 891                                     {x - 4, x - 4, x},\r
 892                                     new int[]\r
 893                                     {\r
 894                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 895                                     y + 7 + iconOffset\r
 896                       }, 3);\r
 897                     }\r
 898                     else\r
 899                       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,\r
 900                                  x - lastSSX, 7);\r
 901 \r
 902                     break;\r
 903 \r
 904 \r
 905                 default:\r
 906                     g.setColor(Color.ORANGE);\r
 907                     if(!av.wrapAlignment || endRes==av.endRes)\r
 908                       g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, x - lastSSX, 2);\r
 909 \r
 910                     break;\r
 911                 }\r
 912             }\r
 913 \r
 914             if (row.graph>0)\r
 915             {\r
 916                 if(row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 917                 {\r
 918                   if(row.graphGroup>-1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 919                    {\r
 920                      float groupmax=-999999, groupmin=9999999;\r
 921                      for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 922                      {\r
 923                        if(aa[gg].graphGroup!=row.graphGroup)\r
 924                          continue;\r
 925 \r
 926                        if(aa[gg]!=row)\r
 927                          aa[gg].visible = false;\r
 928 \r
 929                        if(aa[gg].graphMax>groupmax)\r
 930                          groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 931                        if(aa[gg].graphMin<groupmin)\r
 932                          groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 933                      }\r
 934 \r
 935                      for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 936                      {\r
 937                        if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 938                        {\r
 939                          drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 940                                        groupmin, groupmax,\r
 941                                        row.graphHeight);\r
 942                        }\r
 943                      }\r
 944 \r
 945                      graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] = true;\r
 946                    }\r
 947                    else\r
 948                      drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 949                                    y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight  );\r
 950                 }\r
 951                 else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 952                    drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 953                                 row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 954             }\r
 955 \r
 956             if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 957             {\r
 958                 y += av.charHeight;\r
 959             }\r
 960 \r
 961             if (row.graph==0)\r
 962             {\r
 963                 y += aa[i].height;\r
 964             }\r
 965         }\r
 966     }\r
 967 \r
 968     public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 969                               int sRes, int eRes,\r
 970                               int y,\r
 971                               float min, float max,\r
 972                               int graphHeight)\r
 973     {\r
 974       if(sRes>aa.annotations.length)\r
 975         return;\r
 976 \r
 977       eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 978 \r
 979       int x = 0;\r
 980 \r
 981       //Adjustment for fastpaint to left\r
 982       if(eRes<av.endRes)\r
 983         eRes++;\r
 984 \r
 985       if(sRes==0)\r
 986       {\r
 987         sRes++;\r
 988         x+=av.charWidth;\r
 989       }\r
 990 \r
 991       int y1=y, y2=y;\r
 992       float range = max - min;\r
 993 \r
 994       ////Draw origin\r
 995       if(min<0)\r
 996         y2 = (int)(y - (0-min / range)*graphHeight);\r
 997 \r
 998       g.setColor(Color.gray);\r
 999       g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes+1)*av.charWidth,y2);\r
1000 \r
1001       eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
1002 \r
1003       int column = sRes;\r
1004       int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
1005 \r
1006       while( column < eRes )\r
1007       {\r
1008         if(av.hasHiddenColumns)\r
1009         {\r
1010           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
1011           if(column > aaMax)\r
1012           {\r
1013             break;\r
1014           }\r
1015         }\r
1016 \r
1017         if(aa.annotations[column]==null || aa.annotations[column-1]==null)\r
1018         {\r
1019           x+=av.charWidth;\r
1020           column ++;\r
1021           continue;\r
1022         }\r
1023 \r
1024           g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
1025           y1 = y - (int) (((aa.annotations[column-1].value-min) / range) * graphHeight);\r
1026           y2 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / range) * graphHeight);\r
1027           g.drawLine(x-av.charWidth/2, y1, x+av.charWidth/2, y2);\r
1028           x += av.charWidth;\r
1029 \r
1030           column++;\r
1031 \r
1032        }\r
1033        if(aa.threshold!=null)\r
1034        {\r
1035            g.setColor(aa.threshold.colour);\r
1036            Graphics2D g2 = (Graphics2D)g;\r
1037            g2.setStroke(new BasicStroke(1,\r
1038                                          BasicStroke.CAP_SQUARE,\r
1039                                          BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
1040                                          new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
1041 \r
1042            y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*graphHeight);\r
1043            g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
1044            g2.setStroke(new BasicStroke());\r
1045       }\r
1046     }\r
1047 \r
1048     public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
1049                              int sRes, int eRes,\r
1050                              float min, float max,\r
1051                              int y)\r
1052     {\r
1053       if(sRes>aa.annotations.length)\r
1054         return;\r
1055 \r
1056       eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
1057 \r
1058       int x=0, y1, y2;\r
1059 \r
1060       float range = max - min;\r
1061 \r
1062       y1 = y2 = y;\r
1063 \r
1064       if(min<0)\r
1065         y2 = (int)(y - (0-min / (range))*aa.graphHeight);\r
1066 \r
1067       g.setColor(Color.gray);\r
1068 \r
1069       g.drawLine(x,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
1070 \r
1071 \r
1072       int column = sRes;\r
1073       int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
1074 \r
1075       while( column < eRes )\r
1076       {\r
1077         if(av.hasHiddenColumns)\r
1078         {\r
1079           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);\r
1080           if(column > aaMax)\r
1081           {\r
1082             break;\r
1083           }\r
1084         }\r
1085 \r
1086         if (aa.annotations[column] == null)\r
1087         {\r
1088           x += av.charWidth;\r
1089           column ++;\r
1090           continue;\r
1091         }\r
1092 \r
1093           g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
1094           y1 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
1095 \r
1096           if(y1-y2>0)\r
1097             g.fillRect(x, y2, av.charWidth, y1-y2 );\r
1098           else\r
1099             g.fillRect(x, y1, av.charWidth, y2-y1 );\r
1100 \r
1101           x += av.charWidth;\r
1102           column ++;\r
1103 \r
1104       }\r
1105       if(aa.threshold!=null)\r
1106       {\r
1107           g.setColor(aa.threshold.colour);\r
1108           Graphics2D g2 = (Graphics2D)g;\r
1109           g2.setStroke(new BasicStroke(1,\r
1110                                         BasicStroke.CAP_SQUARE,\r
1111                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
1112                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
1113 \r
1114           y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
1115           g.drawLine(0,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
1116           g2.setStroke(new BasicStroke());\r
1117       }\r
1118     }\r
1119 \r
1120     // used by overview window\r
1121     public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
1122     {\r
1123       g.setColor(Color.white);\r
1124       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
1125       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
1126 \r
1127       int x = 0, height;\r
1128 \r
1129       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
1130       {\r
1131           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
1132 \r
1133           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * y);\r
1134           if(height>y)\r
1135             height = y;\r
1136 \r
1137           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
1138           x += av.charWidth;\r
1139       }\r
1140     }\r
1141 \r
1142 }\r