src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  39     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  40 {\r
  41     static String HELIX = "Helix";\r
  42     static String SHEET = "Sheet";\r
  43     static String LABEL = "Label";\r
  44     static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  45     static String COLOUR = "Colour";\r
  46     static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  47     static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  48 \r
  49     /** DOCUMENT ME!! */\r
  50     public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     AlignmentPanel ap;\r
  53     int activeRow = -1;\r
  54     Vector activeRes;\r
  55     BufferedImage image;\r
  56     Graphics2D gg;\r
  57     FontMetrics fm;\r
  58     int imgWidth = 0;\r
  59     boolean fastPaint = false;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Creates a new AnnotationPanel object.\r
  63      *\r
  64      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  65      */\r
  66     public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  67     {\r
  68         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  69         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  70         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  71         this.ap = ap;\r
  72         av = ap.av;\r
  73         this.setLayout(null);\r
  74         addMouseListener(this);\r
  75         addMouseMotionListener(this);\r
  76         ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  80     {\r
  81       this.av = av;\r
  82     }\r
  83 \r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * DOCUMENT ME!\r
  87      *\r
  88      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  89      */\r
  90     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  91     {\r
  92         ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());\r
  93     }\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * DOCUMENT ME!\r
  97      */\r
  98     public int adjustPanelHeight()\r
  99     {\r
 100         // setHeight of panels\r
 101         image = null;\r
 102         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 103         int height = 0;\r
 104 \r
 105         if (aa != null)\r
 106         {\r
 107             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 108             {\r
 109                 if (!aa[i].visible)\r
 110                 {\r
 111                     continue;\r
 112                 }\r
 113 \r
 114                 aa[i].height = 0;\r
 115 \r
 116                 if (aa[i].hasText)\r
 117                 {\r
 118                     aa[i].height += av.charHeight;\r
 119                 }\r
 120 \r
 121                 if (aa[i].hasIcons)\r
 122                 {\r
 123                     aa[i].height += 16;\r
 124                 }\r
 125 \r
 126                 if (aa[i].graph>0)\r
 127                 {\r
 128                     aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 129                 }\r
 130 \r
 131                 if (aa[i].height == 0)\r
 132                 {\r
 133                     aa[i].height = 20;\r
 134                 }\r
 135 \r
 136                 height += aa[i].height;\r
 137             }\r
 138         }\r
 139         else\r
 140         {\r
 141             height = 20;\r
 142         }\r
 143 \r
 144         this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 145 \r
 146         return height;\r
 147     }\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * DOCUMENT ME!\r
 151      *\r
 152      * @param col DOCUMENT ME!\r
 153      */\r
 154     public void removeEditableColumn(int col)\r
 155     {\r
 156         if (activeRow == -1)\r
 157         {\r
 158             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 159             if(aa==null)\r
 160               return;\r
 161 \r
 162             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 163             {\r
 164                 if (aa[j].editable)\r
 165                 {\r
 166                     activeRow = j;\r
 167 \r
 168                     break;\r
 169                 }\r
 170             }\r
 171         }\r
 172 \r
 173         if ((activeRes != null) && activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 174         {\r
 175             activeRes.removeElement(String.valueOf(col));\r
 176         }\r
 177 \r
 178         repaint();\r
 179     }\r
 180 \r
 181     /**\r
 182      * DOCUMENT ME!\r
 183      *\r
 184      * @param col DOCUMENT ME!\r
 185      */\r
 186     public void addEditableColumn(int col)\r
 187     {\r
 188         if (activeRow == -1)\r
 189         {\r
 190             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 191             if(aa==null)\r
 192               return;\r
 193 \r
 194             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 195             {\r
 196                 if (aa[j].editable)\r
 197                 {\r
 198                     activeRow = j;\r
 199 \r
 200                     break;\r
 201                 }\r
 202             }\r
 203         }\r
 204 \r
 205         if (activeRes == null)\r
 206         {\r
 207             activeRes = new Vector();\r
 208         }\r
 209 \r
 210         if (!activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 211         {\r
 212             activeRes.addElement(String.valueOf(col));\r
 213         }\r
 214 \r
 215         repaint();\r
 216     }\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * DOCUMENT ME!\r
 220      *\r
 221      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 222      */\r
 223     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 224     {\r
 225         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 226         Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 227 \r
 228         if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 229         {\r
 230             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 231             {\r
 232                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 233                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 234             }\r
 235         }\r
 236         else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 237         {\r
 238             String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 239                     "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 240 \r
 241             if (label == null)\r
 242             {\r
 243                 return;\r
 244             }\r
 245 \r
 246             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 247             {\r
 248                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 249             }\r
 250 \r
 251             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 252             {\r
 253                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 254 \r
 255                 if (anot[index] == null)\r
 256                 {\r
 257                     anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 258                 }\r
 259 \r
 260                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 261             }\r
 262         }\r
 263         else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 264         {\r
 265             Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 266                     "Choose foreground colour", Color.black);\r
 267 \r
 268             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 269             {\r
 270                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 271 \r
 272                 if (anot[index] == null)\r
 273                 {\r
 274                     anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 275                 }\r
 276 \r
 277                 anot[index].colour = col;\r
 278             }\r
 279         }\r
 280         else // HELIX OR SHEET\r
 281         {\r
 282             char type = 0;\r
 283             String symbol = "\u03B1";\r
 284 \r
 285             if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 286             {\r
 287                 type = 'H';\r
 288             }\r
 289             else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 290             {\r
 291                 type = 'E';\r
 292                 symbol = "\u03B2";\r
 293             }\r
 294 \r
 295             if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 296             {\r
 297                 aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 298             }\r
 299 \r
 300             String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?",\r
 301                     symbol);\r
 302 \r
 303             if (label == null)\r
 304             {\r
 305                 return;\r
 306             }\r
 307 \r
 308             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 309             {\r
 310                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 311             }\r
 312 \r
 313             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 314             {\r
 315                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 316 \r
 317                 if (anot[index] == null)\r
 318                 {\r
 319                     anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 320                 }\r
 321 \r
 322                 anot[index].secondaryStructure = type;\r
 323                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 324             }\r
 325         }\r
 326 \r
 327         adjustPanelHeight();\r
 328         activeRes = null;\r
 329         repaint();\r
 330 \r
 331         return;\r
 332     }\r
 333 \r
 334     /**\r
 335      * DOCUMENT ME!\r
 336      *\r
 337      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 338      */\r
 339     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 340     {\r
 341         int height = 0;\r
 342         activeRow = -1;\r
 343 \r
 344         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 345 \r
 346         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 347         {\r
 348             if (aa[i].visible)\r
 349             {\r
 350               height += aa[i].height;\r
 351             }\r
 352 \r
 353             if (evt.getY() < height)\r
 354             {\r
 355                 if (aa[i].editable)\r
 356                 {\r
 357                     activeRow = i;\r
 358                 }\r
 359                 else\r
 360                 {\r
 361                     activeRes = null;\r
 362                 }\r
 363 \r
 364                 break;\r
 365             }\r
 366         }\r
 367 \r
 368         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 369         {\r
 370             if (activeRes == null)\r
 371             {\r
 372                 return;\r
 373             }\r
 374 \r
 375             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 376             JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 377             item.addActionListener(this);\r
 378             pop.add(item);\r
 379             item = new JMenuItem(SHEET);\r
 380             item.addActionListener(this);\r
 381             pop.add(item);\r
 382             item = new JMenuItem(LABEL);\r
 383             item.addActionListener(this);\r
 384             pop.add(item);\r
 385             item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 386             item.addActionListener(this);\r
 387             pop.add(item);\r
 388             item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 389             item.addActionListener(this);\r
 390             pop.add(item);\r
 391             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 392 \r
 393             return;\r
 394         }\r
 395 \r
 396         if (aa == null)\r
 397         {\r
 398             return;\r
 399         }\r
 400 \r
 401         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 402 \r
 403         if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 404         {\r
 405             addEditableColumn(res);\r
 406         }\r
 407         else if (evt.isShiftDown())\r
 408         {\r
 409             if (activeRes == null)\r
 410             {\r
 411                 activeRes = new Vector();\r
 412             }\r
 413             else\r
 414             {\r
 415                 int start = Integer.parseInt(activeRes.get(activeRes.size() -\r
 416                             1).toString());\r
 417                 int end = res;\r
 418 \r
 419                 if (end < start)\r
 420                 {\r
 421                     int temp = end;\r
 422                     end = start;\r
 423                     start = temp;\r
 424                 }\r
 425 \r
 426                 for (int n = start; n <= end; n++)\r
 427                 {\r
 428                     addEditableColumn(n);\r
 429                 }\r
 430             }\r
 431         }\r
 432         else\r
 433         {\r
 434             activeRes = new Vector();\r
 435             activeRes.addElement(String.valueOf(res));\r
 436         }\r
 437 \r
 438         repaint();\r
 439     }\r
 440 \r
 441     /**\r
 442      * DOCUMENT ME!\r
 443      *\r
 444      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 445      */\r
 446     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 447     {\r
 448     }\r
 449 \r
 450     /**\r
 451      * DOCUMENT ME!\r
 452      *\r
 453      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 454      */\r
 455     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 456     {\r
 457     }\r
 458 \r
 459     /**\r
 460      * DOCUMENT ME!\r
 461      *\r
 462      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 463      */\r
 464     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 465     {\r
 466     }\r
 467 \r
 468     /**\r
 469      * DOCUMENT ME!\r
 470      *\r
 471      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 472      */\r
 473     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 474     {\r
 475     }\r
 476 \r
 477     /**\r
 478      * DOCUMENT ME!\r
 479      *\r
 480      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 481      */\r
 482     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 483     {\r
 484         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 485 \r
 486         if (aa == null)\r
 487         {\r
 488             return;\r
 489         }\r
 490 \r
 491         int row = -1;\r
 492         int height = 0;\r
 493 \r
 494         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 495         {\r
 496             if (aa[i].visible)\r
 497             {\r
 498                 height += aa[i].height;\r
 499             }\r
 500 \r
 501             if (evt.getY() < height)\r
 502             {\r
 503                 row = i;\r
 504 \r
 505                 break;\r
 506             }\r
 507         }\r
 508 \r
 509         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 510 \r
 511         if ((row > -1) && (res < aa[row].annotations.length) &&\r
 512                 (aa[row].annotations[res] != null))\r
 513         {\r
 514             this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 515 \r
 516             StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 517                     (res + 1) + "  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 518             ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 519         }\r
 520     }\r
 521 \r
 522     /**\r
 523      * DOCUMENT ME!\r
 524      *\r
 525      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 526      */\r
 527     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 528     {\r
 529     }\r
 530 \r
 531     /**\r
 532      * DOCUMENT ME!\r
 533      *\r
 534      * @param g DOCUMENT ME!\r
 535      */\r
 536     public void paintComponent(Graphics g)\r
 537     {\r
 538       g.setColor(Color.white);\r
 539       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 540 \r
 541       if (fastPaint && image!=null)\r
 542       {\r
 543         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 544         fastPaint = false;\r
 545         return;\r
 546       }\r
 547 \r
 548       imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 549 \r
 550       if (image == null || imgWidth != image.getWidth())\r
 551       {\r
 552         image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 553                                   BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 554         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 555         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 556                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 557 \r
 558         gg.setFont(av.getFont());\r
 559         fm = gg.getFontMetrics();\r
 560       }\r
 561 \r
 562       drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 563       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 564     }\r
 565 \r
 566     /**\r
 567      * DOCUMENT ME!\r
 568      *\r
 569      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 570      */\r
 571     public void fastPaint(int horizontal)\r
 572     {\r
 573         if ((horizontal == 0) ||\r
 574                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 575                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 576         {\r
 577             repaint();\r
 578 \r
 579             return;\r
 580         }\r
 581 \r
 582         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 583 \r
 584         int sr = av.startRes;\r
 585         int er = av.endRes + 1;\r
 586         int transX = 0;\r
 587 \r
 588         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 589         {\r
 590             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 591             sr = er - horizontal;\r
 592         }\r
 593         else if (horizontal < 0)\r
 594         {\r
 595             er = sr - horizontal;\r
 596         }\r
 597 \r
 598         gg.translate(transX, 0);\r
 599 \r
 600         drawComponent(gg, sr, er);\r
 601 \r
 602         gg.translate(-transX, 0);\r
 603 \r
 604         fastPaint = true;\r
 605 \r
 606         repaint();\r
 607 \r
 608     }\r
 609 \r
 610     /**\r
 611      * DOCUMENT ME!\r
 612      *\r
 613      * @param g DOCUMENT ME!\r
 614      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 615      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 616      */\r
 617     public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 618     {\r
 619       g.setFont(av.getFont());\r
 620 \r
 621       if (fm == null)\r
 622         fm = g.getFontMetrics();\r
 623 \r
 624 \r
 625         g.setColor(Color.white);\r
 626         g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 627 \r
 628         if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 629                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 630         {\r
 631             g.setColor(Color.white);\r
 632             g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 633             g.setColor(Color.black);\r
 634             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 635 \r
 636             return;\r
 637         }\r
 638 \r
 639         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 640 \r
 641         int j;\r
 642         int x = 0;\r
 643         int y = 0;\r
 644         char[] lastSS = new char[aa.length];\r
 645         int[] lastSSX = new int[aa.length];\r
 646         int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 647         boolean validRes = false;\r
 648 \r
 649         //\u03B2 \u03B1\r
 650         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 651         {\r
 652             AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 653 \r
 654             if (!row.visible)\r
 655             {\r
 656                 continue;\r
 657             }\r
 658 \r
 659 \r
 660             if (row.graph>0)\r
 661             {\r
 662                 // this is so that we draw the characters below the graph\r
 663                 y += row.height;\r
 664 \r
 665                 if (row.hasText)\r
 666                 {\r
 667                     y -= av.charHeight;\r
 668                 }\r
 669             }\r
 670 \r
 671             if (row.hasText)\r
 672             {\r
 673                 iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 674             }\r
 675             else\r
 676             {\r
 677                 iconOffset = 0;\r
 678             }\r
 679 \r
 680             for (j = startRes; j < endRes; j++)\r
 681             {\r
 682                 if ((row.annotations.length <= j) ||\r
 683                         (row.annotations[j] == null))\r
 684                 {\r
 685                     validRes = false;\r
 686                 }\r
 687                 else\r
 688                 {\r
 689                     validRes = true;\r
 690                 }\r
 691 \r
 692                 x = (j - startRes) * av.charWidth;\r
 693 \r
 694                 if (activeRow == i)\r
 695                 {\r
 696                     g.setColor(Color.red);\r
 697 \r
 698                     if (activeRes != null)\r
 699                     {\r
 700                         for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 701                         {\r
 702                             int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString());\r
 703 \r
 704                             if (v == j)\r
 705                             {\r
 706                                 g.fillRect((j - startRes) * av.charWidth, y,\r
 707                                     av.charWidth, row.height);\r
 708                             }\r
 709                         }\r
 710                     }\r
 711                 }\r
 712 \r
 713                 if (validRes &&\r
 714                         (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0))\r
 715                 {\r
 716 \r
 717                     int charOffset = (av.charWidth -\r
 718                         fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.charAt(\r
 719                                 0))) / 2;\r
 720                     g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 721 \r
 722                     if (j == 0 || row.graph>0)\r
 723                     {\r
 724                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 725                             y + iconOffset + 3);\r
 726                     }\r
 727                     else if (((row.annotations[j - 1] == null) ||\r
 728                             (row.annotations[j].displayCharacter != row.annotations[j -\r
 729                             1].displayCharacter)))\r
 730                     {\r
 731                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 732                             y + iconOffset + 3);\r
 733                     }\r
 734                 }\r
 735 \r
 736                 if (row.hasIcons)\r
 737                 {\r
 738                     if (!validRes ||\r
 739                             (row.annotations[j].secondaryStructure != lastSS[i]))\r
 740                     {\r
 741                         switch (lastSS[i])\r
 742                         {\r
 743                         case 'H':\r
 744                             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 745                             g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 746                                 x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 747 \r
 748                             break;\r
 749 \r
 750                         case 'E':\r
 751                             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 752                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 753                                 x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 754                             g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 755                                 new int[]\r
 756                                 {\r
 757                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 758                                     y + 8 + iconOffset\r
 759                                 }, 3);\r
 760 \r
 761                             break;\r
 762 \r
 763                         case 'C':\r
 764                             break;\r
 765 \r
 766                         default:\r
 767                             g.setColor(Color.gray);\r
 768                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset,\r
 769                                 x - lastSSX[i], 2);\r
 770 \r
 771                             break;\r
 772                         }\r
 773 \r
 774                         if (validRes)\r
 775                         {\r
 776                             lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 777                         }\r
 778                         else\r
 779                         {\r
 780                             lastSS[i] = ' ';\r
 781                         }\r
 782 \r
 783                         lastSSX[i] = x;\r
 784                     }\r
 785                 }\r
 786 \r
 787                 if (validRes && row.graph>0)\r
 788                 {\r
 789                     ///g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 790 \r
 791                     if(row.graph== AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 792                         drawLineGraph(g, row, j, j+1, x, y);\r
 793                     else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 794                        drawBarGraph(g, row, j, j+1, x, y);\r
 795 \r
 796                     //int height = (int) ((row.annotations[j].value / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 797 \r
 798                    // g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 799                    // g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 800                 }\r
 801             }\r
 802 \r
 803             x += av.charWidth;\r
 804 \r
 805             if (row.hasIcons)\r
 806             {\r
 807                 switch (lastSS[i])\r
 808                 {\r
 809                 case 'H':\r
 810                     g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 811                     g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 812                         x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 813 \r
 814                     break;\r
 815 \r
 816                 case 'E':\r
 817                     g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 818                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 819                         x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 820                     g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 821                         new int[]\r
 822                         {\r
 823                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 824                             y + 7 + iconOffset\r
 825                         }, 3);\r
 826 \r
 827                     break;\r
 828 \r
 829                 case 'C':\r
 830                     break;\r
 831 \r
 832                 default:\r
 833                     g.setColor(Color.gray);\r
 834                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset, x - lastSSX[i], 2);\r
 835 \r
 836                     break;\r
 837                 }\r
 838             }\r
 839 \r
 840             if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 841             {\r
 842                 y += av.charHeight;\r
 843             }\r
 844 \r
 845             if (row.graph==0)\r
 846             {\r
 847                 y += aa[i].height;\r
 848             }\r
 849         }\r
 850     }\r
 851 \r
 852     public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int sRes, int eRes, int x, int y)\r
 853     {\r
 854       g.setColor(new Color(0, 0, 0));\r
 855       if(sRes==0)\r
 856         sRes++;\r
 857 \r
 858       int y1=y, y2=y;\r
 859       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 860       {\r
 861           if(aa.annotations[j-1]!=null)\r
 862             y1 = y - (int) ((aa.annotations[j-1].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 863 \r
 864           if(aa.annotations[j]!=null)\r
 865           y2 = y - (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 866 \r
 867           g.drawLine(x-av.charWidth/2, y1, x+av.charWidth/2, y2);\r
 868 \r
 869           x += av.charWidth;\r
 870         }\r
 871     }\r
 872 \r
 873     public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int sRes, int eRes, int x, int y)\r
 874     {\r
 875       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 876       int j, height=0;\r
 877       for (j = sRes; j < eRes; j++)\r
 878       {\r
 879           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
 880           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 881 \r
 882           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 883           x += av.charWidth;\r
 884         }\r
 885     }\r
 886 \r
 887     // used by overview window\r
 888     public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
 889     {\r
 890       g.setColor(Color.white);\r
 891       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 892       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 893 \r
 894       int x = 0, height;\r
 895 \r
 896       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
 897       {\r
 898           g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 899 \r
 900           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * y);\r
 901           if(height>y)\r
 902             height = y;\r
 903 \r
 904           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 905           x += av.charWidth;\r
 906       }\r
 907     }\r
 908 \r
 909 }\r