src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  38 {\r
  39     final String HELIX = "Helix";\r
  40     final String SHEET = "Sheet";\r
  41     final String LABEL = "Label";\r
  42     final String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  43     final String COLOUR = "Colour";\r
  44     final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  45     final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  46 \r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     AlignViewport av;\r
  49     AlignmentPanel ap;\r
  50     int activeRow = -1;\r
  51     BufferedImage image;\r
  52     Graphics2D gg;\r
  53     FontMetrics fm;\r
  54     int imgWidth = 0;\r
  55     boolean fastPaint = false;\r
  56 \r
  57     //Used For mouse Dragging and resizing graphs\r
  58     int graphStretch = -1;\r
  59     int graphStretchY = -1;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Creates a new AnnotationPanel object.\r
  63      *\r
  64      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  65      */\r
  66     public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  67     {\r
  68         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  69         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  70         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  71         this.ap = ap;\r
  72         av = ap.av;\r
  73         this.setLayout(null);\r
  74         addMouseListener(this);\r
  75         addMouseMotionListener(this);\r
  76         ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     public AnnotationPanel(AlignViewport av)\r
  80     {\r
  81       this.av = av;\r
  82     }\r
  83 \r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * DOCUMENT ME!\r
  87      *\r
  88      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  89      */\r
  90     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  91     {\r
  92         ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());\r
  93     }\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * DOCUMENT ME!\r
  97      */\r
  98     public int adjustPanelHeight()\r
  99     {\r
 100         // setHeight of panels\r
 101         image = null;\r
 102         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 103         int height = 0;\r
 104 \r
 105         if (aa != null)\r
 106         {\r
 107             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 108             {\r
 109                 if (!aa[i].visible)\r
 110                 {\r
 111                     continue;\r
 112                 }\r
 113 \r
 114                 aa[i].height = 0;\r
 115 \r
 116                 if (aa[i].hasText)\r
 117                 {\r
 118                     aa[i].height += av.charHeight;\r
 119                 }\r
 120 \r
 121                 if (aa[i].hasIcons)\r
 122                 {\r
 123                     aa[i].height += 16;\r
 124                 }\r
 125 \r
 126                 if (aa[i].graph>0)\r
 127                 {\r
 128                     aa[i].height += aa[i].graphHeight;\r
 129                 }\r
 130 \r
 131                 if (aa[i].height == 0)\r
 132                 {\r
 133                     aa[i].height = 20;\r
 134                 }\r
 135 \r
 136                 height += aa[i].height;\r
 137             }\r
 138         }\r
 139         else\r
 140         {\r
 141             height = 20;\r
 142         }\r
 143 \r
 144         this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 145 \r
 146         return height;\r
 147     }\r
 148 \r
 149 \r
 150 \r
 151     /**\r
 152      * DOCUMENT ME!\r
 153      *\r
 154      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 155      */\r
 156     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 157     {\r
 158         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 159         Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 160 \r
 161         if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 162         {\r
 163             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 164             {\r
 165                 anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;\r
 166             }\r
 167         }\r
 168         else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 169         {\r
 170             String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 171                     "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 172 \r
 173             if (label == null)\r
 174             {\r
 175                 return;\r
 176             }\r
 177 \r
 178             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 179             {\r
 180                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 181             }\r
 182 \r
 183             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 184             {\r
 185                 int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 186 \r
 187                 if (anot[index] == null)\r
 188                 {\r
 189                     anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 190                 }\r
 191 \r
 192                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 193             }\r
 194         }\r
 195         else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 196         {\r
 197             Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 198                     "Choose foreground colour", Color.black);\r
 199 \r
 200             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 201             {\r
 202                 int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 203 \r
 204                 if (anot[index] == null)\r
 205                 {\r
 206                     anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 207                 }\r
 208 \r
 209                 anot[index].colour = col;\r
 210             }\r
 211         }\r
 212         else // HELIX OR SHEET\r
 213         {\r
 214             char type = 0;\r
 215             String symbol = "\u03B1";\r
 216 \r
 217             if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 218             {\r
 219                 type = 'H';\r
 220             }\r
 221             else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 222             {\r
 223                 type = 'E';\r
 224                 symbol = "\u03B2";\r
 225             }\r
 226 \r
 227             if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 228             {\r
 229                 aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 230             }\r
 231 \r
 232             String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?",\r
 233                     symbol);\r
 234 \r
 235             if (label == null)\r
 236             {\r
 237                 return;\r
 238             }\r
 239 \r
 240             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 241             {\r
 242                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 243             }\r
 244 \r
 245             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 246             {\r
 247                 int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);\r
 248 \r
 249                 if (anot[index] == null)\r
 250                 {\r
 251                     anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 252                 }\r
 253 \r
 254                 anot[index].secondaryStructure = type;\r
 255                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 256             }\r
 257         }\r
 258 \r
 259         adjustPanelHeight();\r
 260         repaint();\r
 261 \r
 262         return;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      * DOCUMENT ME!\r
 267      *\r
 268      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 269      */\r
 270     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 271     {\r
 272         int height = 0;\r
 273         activeRow = -1;\r
 274 \r
 275         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 276         if(aa==null)\r
 277           return;\r
 278 \r
 279         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 280         {\r
 281             if (aa[i].visible)\r
 282             {\r
 283               height += aa[i].height;\r
 284             }\r
 285 \r
 286             if (evt.getY() < height)\r
 287             {\r
 288                 if (aa[i].editable)\r
 289                 {\r
 290                     activeRow = i;\r
 291                 }\r
 292                 else if(aa[i].graph>0)\r
 293                 {\r
 294                     //Stretch Graph\r
 295                     graphStretch = i;\r
 296                     graphStretchY = evt.getY();\r
 297                 }\r
 298 \r
 299                 break;\r
 300             }\r
 301         }\r
 302 \r
 303         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 304         {\r
 305             if (av.getColumnSelection() == null)\r
 306             {\r
 307                 return;\r
 308             }\r
 309 \r
 310             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 311             JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 312             item.addActionListener(this);\r
 313             pop.add(item);\r
 314             item = new JMenuItem(SHEET);\r
 315             item.addActionListener(this);\r
 316             pop.add(item);\r
 317             item = new JMenuItem(LABEL);\r
 318             item.addActionListener(this);\r
 319             pop.add(item);\r
 320             item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 321             item.addActionListener(this);\r
 322             pop.add(item);\r
 323             item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 324             item.addActionListener(this);\r
 325             pop.add(item);\r
 326             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 327 \r
 328             return;\r
 329         }\r
 330 \r
 331         if (aa == null)\r
 332         {\r
 333             return;\r
 334         }\r
 335 \r
 336         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 337 \r
 338         if (evt.isShiftDown())\r
 339         {\r
 340                 /*int start = Integer.parseInt(activeRes.get(activeRes.size() -\r
 341                             1).toString());\r
 342                 int end = res;\r
 343 \r
 344                 if (end < start)\r
 345                 {\r
 346                     int temp = end;\r
 347                     end = start;\r
 348                     start = temp;\r
 349                 }\r
 350 \r
 351                 for (int n = start; n <= end; n++)\r
 352                 {\r
 353                    addEditableColumn(n);\r
 354                 } */\r
 355         }\r
 356         else\r
 357         {\r
 358           if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 359             av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
 360           else\r
 361             av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 362 \r
 363           ap.repaint();\r
 364 \r
 365         }\r
 366     }\r
 367 \r
 368     /**\r
 369      * DOCUMENT ME!\r
 370      *\r
 371      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 372      */\r
 373     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 374     {\r
 375       graphStretch = -1;\r
 376       graphStretchY = -1;\r
 377     }\r
 378 \r
 379     /**\r
 380      * DOCUMENT ME!\r
 381      *\r
 382      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 383      */\r
 384     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 385     {\r
 386     }\r
 387 \r
 388     /**\r
 389      * DOCUMENT ME!\r
 390      *\r
 391      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 392      */\r
 393     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 394     {\r
 395     }\r
 396 \r
 397     /**\r
 398      * DOCUMENT ME!\r
 399      *\r
 400      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 401      */\r
 402     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 403     {\r
 404       if(graphStretch>-1)\r
 405       {\r
 406         av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY - evt.getY();\r
 407         if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight <10)\r
 408           av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 10;\r
 409         graphStretchY = evt.getY();\r
 410         adjustPanelHeight();\r
 411         ap.repaint();\r
 412       }\r
 413     }\r
 414 \r
 415     /**\r
 416      * DOCUMENT ME!\r
 417      *\r
 418      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 419      */\r
 420     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 421     {\r
 422         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 423 \r
 424         if (aa == null)\r
 425         {\r
 426             return;\r
 427         }\r
 428 \r
 429         int row = -1;\r
 430         int height = 0;\r
 431 \r
 432         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 433         {\r
 434             if (aa[i].visible)\r
 435             {\r
 436                 height += aa[i].height;\r
 437             }\r
 438 \r
 439             if (evt.getY() < height)\r
 440             {\r
 441                 row = i;\r
 442 \r
 443                 break;\r
 444             }\r
 445         }\r
 446 \r
 447         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 448 \r
 449         if(av.hasHiddenColumns)\r
 450           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 451 \r
 452         if (row > -1 && res<aa[row].annotations.length)\r
 453         {\r
 454             if(aa[row].graphGroup>-1)\r
 455             {\r
 456               StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");\r
 457               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 458               {\r
 459                 if (aa[gg].graphGroup == aa[row].graphGroup && aa[gg].annotations[res]!=null)\r
 460                   tip.append(aa[gg].label+" "+aa[gg].annotations[res].description+"<br>" );\r
 461               }\r
 462               if(tip.length()!=6)\r
 463               {\r
 464                 tip.setLength(tip.length() - 4);\r
 465                 this.setToolTipText(tip.toString() + "</html>");\r
 466               }\r
 467             }\r
 468             else if(aa[row].annotations[res] != null)\r
 469               this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 470 \r
 471             if(aa[row].annotations[res]!=null)\r
 472             {\r
 473               StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 474                                                    (res + 1) + "  " +\r
 475                                                    aa[row].annotations[res].description);\r
 476 \r
 477               ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 478             }\r
 479         }\r
 480     }\r
 481 \r
 482     /**\r
 483      * DOCUMENT ME!\r
 484      *\r
 485      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 486      */\r
 487     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 488     {\r
 489     }\r
 490 \r
 491     /**\r
 492      * DOCUMENT ME!\r
 493      *\r
 494      * @param g DOCUMENT ME!\r
 495      */\r
 496     public void paintComponent(Graphics g)\r
 497     {\r
 498       g.setColor(Color.white);\r
 499       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 500 \r
 501       if(image!=null)\r
 502       {if (fastPaint\r
 503             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 504             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))\r
 505         {\r
 506           g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 507           fastPaint = false;\r
 508           return;\r
 509         }\r
 510       }\r
 511       imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 512 \r
 513       if (image == null || imgWidth != image.getWidth()\r
 514           || image.getHeight(this) != getHeight())\r
 515       {\r
 516         image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 517                                   BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 518         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 519 \r
 520         if(av.antiAlias)\r
 521         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 522                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 523 \r
 524         gg.setFont(av.getFont());\r
 525         fm = gg.getFontMetrics();\r
 526       }\r
 527 \r
 528 \r
 529       drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 530       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 531     }\r
 532 \r
 533     /**\r
 534      * DOCUMENT ME!\r
 535      *\r
 536      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 537      */\r
 538     public void fastPaint(int horizontal)\r
 539     {\r
 540         if ((horizontal == 0) || gg==null ||\r
 541                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 542                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 543         {\r
 544             repaint();\r
 545             return;\r
 546         }\r
 547 \r
 548         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 549 \r
 550         int sr = av.startRes;\r
 551         int er = av.endRes + 1;\r
 552         int transX = 0;\r
 553 \r
 554         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 555         {\r
 556             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 557             sr = er - horizontal;\r
 558         }\r
 559         else if (horizontal < 0)\r
 560         {\r
 561             er = sr - horizontal;\r
 562         }\r
 563 \r
 564         gg.translate(transX, 0);\r
 565 \r
 566         drawComponent(gg, sr, er);\r
 567 \r
 568         gg.translate(-transX, 0);\r
 569 \r
 570         fastPaint = true;\r
 571 \r
 572         repaint();\r
 573 \r
 574     }\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      * DOCUMENT ME!\r
 578      *\r
 579      * @param g DOCUMENT ME!\r
 580      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 581      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 582      */\r
 583     public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 584     {\r
 585       g.setFont(av.getFont());\r
 586 \r
 587       if (fm == null)\r
 588         fm = g.getFontMetrics();\r
 589 \r
 590 \r
 591         g.setColor(Color.white);\r
 592         g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 593 \r
 594         if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 595                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 596         {\r
 597             g.setColor(Color.white);\r
 598             g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 599             g.setColor(Color.black);\r
 600             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 601 \r
 602             return;\r
 603         }\r
 604 \r
 605         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 606 \r
 607         int x = 0;\r
 608         int y = 0;\r
 609         char[] lastSS = new char[aa.length];\r
 610         int[] lastSSX = new int[aa.length];\r
 611         int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 612         boolean validRes = false;\r
 613 \r
 614         boolean [] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];\r
 615 \r
 616 \r
 617         //\u03B2 \u03B1\r
 618         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 619         {\r
 620             AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 621 \r
 622             if (!row.visible)\r
 623             {\r
 624                 continue;\r
 625             }\r
 626 \r
 627 \r
 628 \r
 629             if (row.graph>0)\r
 630             {\r
 631                 if(row.graphGroup>-1 && graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] )\r
 632                   continue;\r
 633 \r
 634                 // this is so that we draw the characters below the graph\r
 635                 y += row.height;\r
 636 \r
 637                 if (row.hasText)\r
 638                 {\r
 639                     y -= av.charHeight;\r
 640                 }\r
 641             }\r
 642 \r
 643             if (row.hasText)\r
 644             {\r
 645                 iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 646             }\r
 647             else\r
 648             {\r
 649                 iconOffset = 0;\r
 650             }\r
 651 \r
 652             int column = startRes;\r
 653             int yPos = startRes;\r
 654             int aaMax = row.annotations.length-1;\r
 655 \r
 656             while (yPos < endRes)\r
 657             {\r
 658               if (av.hasHiddenColumns)\r
 659               {\r
 660                 column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(yPos);\r
 661                 if (column > aaMax)\r
 662                 {\r
 663                   break;\r
 664                 }\r
 665               }\r
 666               else\r
 667                 column = yPos;\r
 668 \r
 669                 if ((row.annotations.length <= column) ||\r
 670                         (row.annotations[column] == null))\r
 671                 {\r
 672                     validRes = false;\r
 673                 }\r
 674                 else\r
 675                 {\r
 676                     validRes = true;\r
 677                 }\r
 678 \r
 679                 x = (yPos - startRes) * av.charWidth;\r
 680 \r
 681                 if (activeRow == i)\r
 682                 {\r
 683                     g.setColor(Color.red);\r
 684 \r
 685                     if (av.getColumnSelection() != null)\r
 686                     {\r
 687                         for (int n = 0; n < av.getColumnSelection().size(); n++)\r
 688                         {\r
 689                             int v = av.getColumnSelection().columnAt(n);\r
 690 \r
 691                             if (v == column)\r
 692                             {\r
 693                                 g.fillRect((column - startRes) * av.charWidth, y,\r
 694                                     av.charWidth, row.height);\r
 695                             }\r
 696                         }\r
 697                     }\r
 698                 }\r
 699 \r
 700                 if (validRes &&\r
 701                         (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))\r
 702                 {\r
 703 \r
 704                     int charOffset = (av.charWidth -\r
 705                         fm.charWidth(row.annotations[column].displayCharacter.charAt(\r
 706                                 0))) / 2;\r
 707                     g.setColor(row.annotations[column].colour);\r
 708 \r
 709                     if (column == 0 || row.graph>0)\r
 710                     {\r
 711                         g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 712                             y + iconOffset + 3);\r
 713                     }\r
 714                     else if (((row.annotations[column - 1] == null) ||\r
 715                             (row.annotations[column].displayCharacter != row.annotations[column -\r
 716                             1].displayCharacter)))\r
 717                     {\r
 718                         g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter, x+charOffset,\r
 719                             y + iconOffset + 3);\r
 720                     }\r
 721                 }\r
 722 \r
 723                 if (row.hasIcons)\r
 724                 {\r
 725                     if (!validRes ||\r
 726                             (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS[i]))\r
 727                     {\r
 728                         switch (lastSS[i])\r
 729                         {\r
 730                         case 'H':\r
 731                             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 732                             g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 733                                 x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 734 \r
 735                             break;\r
 736 \r
 737                         case 'E':\r
 738                             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 739                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 740                                 x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 741                             g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 742                                 new int[]\r
 743                                 {\r
 744                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 745                                     y + 8 + iconOffset\r
 746                                 }, 3);\r
 747 \r
 748                             break;\r
 749 \r
 750 \r
 751                         default:\r
 752                             g.setColor(Color.gray);\r
 753                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset,\r
 754                                 x - lastSSX[i], 2);\r
 755 \r
 756                             break;\r
 757                         }\r
 758 \r
 759                         if (validRes)\r
 760                         {\r
 761                             lastSS[i] = row.annotations[column].secondaryStructure;\r
 762                         }\r
 763                         else\r
 764                         {\r
 765                             lastSS[i] = ' ';\r
 766                         }\r
 767 \r
 768                         lastSSX[i] = x;\r
 769                     }\r
 770                 }\r
 771 \r
 772                 yPos++;\r
 773             }\r
 774 \r
 775             x += av.charWidth;\r
 776 \r
 777             if (row.hasIcons)\r
 778             {\r
 779                 switch (lastSS[i])\r
 780                 {\r
 781                 case 'H':\r
 782                     g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 783                     g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 784                         x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 785 \r
 786                     break;\r
 787 \r
 788                 case 'E':\r
 789                     g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 790 \r
 791                     if (row.annotations[endRes] !=null\r
 792                         && row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')\r
 793                     {\r
 794                       g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 795                                  x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 796                       g.fillPolygon(new int[]\r
 797                                     {x - 4, x - 4, x},\r
 798                                     new int[]\r
 799                                     {\r
 800                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 801                                     y + 7 + iconOffset\r
 802                       }, 3);\r
 803                     }\r
 804                     else\r
 805                       g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 806                                  x - lastSSX[i], 7);\r
 807 \r
 808                     break;\r
 809 \r
 810                 case 'C':\r
 811                     break;\r
 812 \r
 813                 default:\r
 814                     g.setColor(Color.gray);\r
 815                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset, x - lastSSX[i], 2);\r
 816 \r
 817                     break;\r
 818                 }\r
 819             }\r
 820 \r
 821             if (row.graph>0)\r
 822             {\r
 823                 if(row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH )\r
 824                 {\r
 825                   if(row.graphGroup>-1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])\r
 826                    {\r
 827                      float groupmax=-999999, groupmin=9999999;\r
 828                      for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 829                      {\r
 830                        if(aa[gg].graphGroup!=row.graphGroup)\r
 831                          continue;\r
 832 \r
 833                        if(aa[gg]!=row)\r
 834                          aa[gg].visible = false;\r
 835 \r
 836                        if(aa[gg].graphMax>groupmax)\r
 837                          groupmax = aa[gg].graphMax;\r
 838                        if(aa[gg].graphMin<groupmin)\r
 839                          groupmin = aa[gg].graphMin;\r
 840                      }\r
 841 \r
 842                      for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 843                      {\r
 844                        if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)\r
 845                        {\r
 846                          drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,\r
 847                                        groupmin, groupmax,\r
 848                                        row.graphHeight);\r
 849                        }\r
 850                      }\r
 851 \r
 852                      graphGroupDrawn[ row.graphGroup ] = true;\r
 853                    }\r
 854                    else\r
 855                      drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 856                                    y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight  );\r
 857                 }\r
 858                 else if(row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH )\r
 859                    drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,\r
 860                                 row.graphMin, row.graphMax, y);\r
 861             }\r
 862 \r
 863             if (row.graph>0 && row.hasText)\r
 864             {\r
 865                 y += av.charHeight;\r
 866             }\r
 867 \r
 868             if (row.graph==0)\r
 869             {\r
 870                 y += aa[i].height;\r
 871             }\r
 872         }\r
 873     }\r
 874 \r
 875     public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 876                               int sRes, int eRes,\r
 877                               int y,\r
 878                               float min, float max,\r
 879                               int graphHeight)\r
 880     {\r
 881       if(sRes>aa.annotations.length)\r
 882         return;\r
 883 \r
 884       eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 885 \r
 886       int x = 0;\r
 887 \r
 888       //Adjustment for fastpaint to left\r
 889       if(eRes<av.endRes)\r
 890         eRes++;\r
 891 \r
 892       if(sRes==0)\r
 893       {\r
 894         sRes++;\r
 895         x+=av.charWidth;\r
 896       }\r
 897 \r
 898       int y1=y, y2=y;\r
 899       float range = max - min;\r
 900 \r
 901       ////Draw origin\r
 902       if(min<0)\r
 903         y2 = (int)(y - (0-min / range)*graphHeight);\r
 904 \r
 905       g.setColor(Color.gray);\r
 906       g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes+1)*av.charWidth,y2);\r
 907 \r
 908 \r
 909       if(aa.threshold!=null)\r
 910       {\r
 911           g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 912           Graphics2D g2 = (Graphics2D)g;\r
 913           g2.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 914                                         BasicStroke.CAP_SQUARE,\r
 915                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 916                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 917 \r
 918           y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*graphHeight);\r
 919           g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 920           g2.setStroke(new BasicStroke());\r
 921       }\r
 922 \r
 923       eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 924 \r
 925       int column = sRes;\r
 926       int yPos = sRes;\r
 927       int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 928 \r
 929       while( yPos < eRes )\r
 930       {\r
 931         if(av.hasHiddenColumns)\r
 932         {\r
 933           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(yPos);\r
 934           if(column > aaMax)\r
 935           {\r
 936             break;\r
 937           }\r
 938         }\r
 939         else\r
 940           column = yPos;\r
 941 \r
 942         yPos ++;\r
 943 \r
 944         if(aa.annotations[column]==null || aa.annotations[column-1]==null)\r
 945         {\r
 946           x+=av.charWidth;\r
 947           continue;\r
 948         }\r
 949 \r
 950           g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
 951           y1 = y - (int) (((aa.annotations[column-1].value-min) / range) * graphHeight);\r
 952           y2 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / range) * graphHeight);\r
 953           g.drawLine(x-av.charWidth/2, y1, x+av.charWidth/2, y2);\r
 954           x += av.charWidth;\r
 955        }\r
 956     }\r
 957 \r
 958     public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,\r
 959                              int sRes, int eRes,\r
 960                              float min, float max,\r
 961                              int y)\r
 962     {\r
 963       if(sRes>aa.annotations.length)\r
 964         return;\r
 965 \r
 966       eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);\r
 967 \r
 968       int x=0, y1, y2;\r
 969 \r
 970       float range = max - min;\r
 971 \r
 972       if(aa.threshold!=null)\r
 973       {\r
 974           g.setColor(aa.threshold.colour);\r
 975           Graphics2D g2 = (Graphics2D)g;\r
 976           g2.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 977                                         BasicStroke.CAP_SQUARE,\r
 978                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 979                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 980 \r
 981           y2 = (int)(y - ((aa.threshold.value-min) / range)*aa.graphHeight);\r
 982           g.drawLine(x-av.charWidth,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 983           g2.setStroke(new BasicStroke());\r
 984       }\r
 985 \r
 986       y1 = y2 = y;\r
 987 \r
 988       if(min<0)\r
 989         y2 = (int)(y - (0-min / (range))*aa.graphHeight);\r
 990 \r
 991       g.setColor(Color.gray);\r
 992 \r
 993       g.drawLine(x,y2,(eRes-sRes)*av.charWidth,y2);\r
 994 \r
 995 \r
 996       int column = sRes;\r
 997       int yPos = sRes;\r
 998       int aaMax = aa.annotations.length-1;\r
 999 \r
1000       while( yPos < eRes )\r
1001       {\r
1002         if(av.hasHiddenColumns)\r
1003         {\r
1004           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(yPos);\r
1005           if(column > aaMax)\r
1006           {\r
1007             break;\r
1008           }\r
1009         }\r
1010         else\r
1011           column = yPos;\r
1012 \r
1013         yPos ++;\r
1014 \r
1015         if (aa.annotations[column] == null)\r
1016         {\r
1017           x += av.charWidth;\r
1018           continue;\r
1019         }\r
1020 \r
1021 \r
1022           g.setColor(aa.annotations[column].colour);\r
1023           y1 = y - (int) (((aa.annotations[column].value-min) / (range)) * aa.graphHeight);\r
1024 \r
1025           if(y1-y2>0)\r
1026             g.fillRect(x, y2, av.charWidth, y1-y2 );\r
1027           else\r
1028             g.fillRect(x, y1, av.charWidth, y2-y1 );\r
1029 \r
1030           x += av.charWidth;\r
1031       }\r
1032 \r
1033     }\r
1034 \r
1035     // used by overview window\r
1036     public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y, int sRes, int eRes)\r
1037     {\r
1038       g.setColor(Color.white);\r
1039       g.fillRect(0, 0, width, y);\r
1040       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
1041 \r
1042       int x = 0, height;\r
1043 \r
1044       for (int j = sRes; j < eRes; j++)\r
1045       {\r
1046           g.setColor(aa.annotations[j].colour);\r
1047 \r
1048           height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * y);\r
1049           if(height>y)\r
1050             height = y;\r
1051 \r
1052           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
1053           x += av.charWidth;\r
1054       }\r
1055     }\r
1056 \r
1057 }\r