src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.Annotation;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  30 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32 import jalview.util.Comparison;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34 import jalview.util.Platform;
  35 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  36 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  37
  38 import java.awt.AlphaComposite;
  39 import java.awt.Color;
  40 import java.awt.Dimension;
  41 import java.awt.FontMetrics;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.Graphics2D;
  44 import java.awt.Image;
  45 import java.awt.Rectangle;
  46 import java.awt.RenderingHints;
  47 import java.awt.event.ActionEvent;
  48 import java.awt.event.ActionListener;
  49 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  50 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  51 import java.awt.event.MouseEvent;
  52 import java.awt.event.MouseListener;
  53 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  54 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  55 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  56 import java.awt.image.BufferedImage;
  57 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  58 import java.util.ArrayList;
  59 import java.util.Collections;
  60 import java.util.List;
  61
  62 import javax.swing.JColorChooser;
  63 import javax.swing.JMenuItem;
  64 import javax.swing.JPanel;
  65 import javax.swing.JPopupMenu;
  66 import javax.swing.Scrollable;
  67 import javax.swing.ToolTipManager;
  68
  69 /**
  70  * AnnotationPanel displays visible portion of annotation rows below unwrapped
  71  * alignment
  72  *
  73  * @author $author$
  74  * @version $Revision$
  75  */
  76 public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
  77         MouseListener, MouseWheelListener, MouseMotionListener,
  78         ActionListener, AdjustmentListener, Scrollable, ViewportListenerI
  79 {
  80   String HELIX = MessageManager.getString("label.helix");
  81
  82   String SHEET = MessageManager.getString("label.sheet");
  83
  84   /**
  85    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  86    */
  87   String STEM = MessageManager.getString("label.rna_helix");
  88
  89   String LABEL = MessageManager.getString("label.label");
  90
  91   String REMOVE = MessageManager.getString("label.remove_annotation");
  92
  93   String COLOUR = MessageManager.getString("action.colour");
  94
  95   public final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  96
  97   public final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  98
  99   public final Color STEM_COLOUR = Color.blue.darker();
 100
 101   /** DOCUMENT ME!! */
 102   public AlignViewport av;
 103
 104   AlignmentPanel ap;
 105
 106   public int activeRow = -1;
 107
 108   public BufferedImage image;
 109
 110   public volatile BufferedImage fadedImage;
 111
 112   Graphics2D gg;
 113
 114   public FontMetrics fm;
 115
 116   public int imgWidth = 0;
 117
 118   boolean fastPaint = false;
 119
 120   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
 121   int graphStretch = -1;
 122
 123   int graphStretchY = -1;
 124
 125   int min; // used by mouseDragged to see if user
 126
 127   int max; // used by mouseDragged to see if user
 128
 129   boolean mouseDragging = false;
 130
 131   // for editing cursor
 132   int cursorX = 0;
 133
 134   int cursorY = 0;
 135
 136   public final AnnotationRenderer renderer;
 137
 138   private MouseWheelListener[] _mwl;
 139
 140   /**
 141    * Creates a new AnnotationPanel object.
 142    *
 143    * @param ap
 144    *          DOCUMENT ME!
 145    */
 146   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
 147   {
 148     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 149     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 150     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 151     this.ap = ap;
 152     av = ap.av;
 153     this.setLayout(null);
 154     addMouseListener(this);
 155     addMouseMotionListener(this);
 156     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar()
 157             .addAdjustmentListener(this);
 158     // save any wheel listeners on the scroller, so we can propagate scroll
 159     // events to them.
 160     _mwl = ap.annotationScroller.getMouseWheelListeners();
 161     // and then set our own listener to consume all mousewheel events
 162     ap.annotationScroller.addMouseWheelListener(this);
 163     renderer = new AnnotationRenderer();
 164
 165     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 166   }
 167
 168   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 169   {
 170     this.av = av;
 171     renderer = new AnnotationRenderer();
 172   }
 173
 174   @Override
 175   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 176   {
 177     if (e.isShiftDown())
 178     {
 179       e.consume();
 180       double wheelRotation = e.getPreciseWheelRotation();
 181       if (wheelRotation > 0)
 182       {
 183         av.getRanges().scrollRight(true);
 184       }
 185       else if (wheelRotation < 0)
 186       {
 187         av.getRanges().scrollRight(false);
 188       }
 189     }
 190     else
 191     {
 192       // TODO: find the correct way to let the event bubble up to
 193       // ap.annotationScroller
 194       for (MouseWheelListener mwl : _mwl)
 195       {
 196         if (mwl != null)
 197         {
 198           mwl.mouseWheelMoved(e);
 199         }
 200         if (e.isConsumed())
 201         {
 202           break;
 203         }
 204       }
 205     }
 206   }
 207
 208   @Override
 209   public Dimension getPreferredScrollableViewportSize()
 210   {
 211     Dimension ps = getPreferredSize();
 212     return new Dimension(ps.width, adjustForAlignFrame(false, ps.height));
 213   }
 214
 215   @Override
 216   public int getScrollableBlockIncrement(Rectangle visibleRect,
 217           int orientation, int direction)
 218   {
 219     return 30;
 220   }
 221
 222   @Override
 223   public boolean getScrollableTracksViewportHeight()
 224   {
 225     return false;
 226   }
 227
 228   @Override
 229   public boolean getScrollableTracksViewportWidth()
 230   {
 231     return true;
 232   }
 233
 234   @Override
 235   public int getScrollableUnitIncrement(Rectangle visibleRect,
 236           int orientation, int direction)
 237   {
 238     return 30;
 239   }
 240
 241   /*
 242    * (non-Javadoc)
 243    *
 244    * @see
 245    * java.awt.event.AdjustmentListener#adjustmentValueChanged(java.awt.event
 246    * .AdjustmentEvent)
 247    */
 248   @Override
 249   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 250   {
 251     // update annotation label display
 252     ap.getAlabels().setScrollOffset(-evt.getValue());
 253   }
 254
 255   /**
 256    * Calculates the height of the annotation displayed in the annotation panel.
 257    * Callers should normally call the ap.adjustAnnotationHeight method to ensure
 258    * all annotation associated components are updated correctly.
 259    *
 260    */
 261   public int adjustPanelHeight()
 262   {
 263     int height = av.calcPanelHeight();
 264     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));
 265     if (ap != null)
 266     {
 267       // revalidate only when the alignment panel is fully constructed
 268       ap.validate();
 269     }
 270
 271     return height;
 272   }
 273
 274   /**
 275    * DOCUMENT ME!
 276    *
 277    * @param evt
 278    *          DOCUMENT ME!
 279    */
 280   @Override
 281   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 282   {
 283     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 284     if (aa == null)
 285     {
 286       return;
 287     }
 288     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 289
 290     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 291     {
 292       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax()
 293               + 2];
 294       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 295       anot = temp;
 296       aa[activeRow].annotations = anot;
 297     }
 298
 299     String action = evt.getActionCommand();
 300     if (action.equals(REMOVE))
 301     {
 302       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 303       {
 304         if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 305         {
 306           anot[index] = null;
 307         }
 308       }
 309     }
 310     else if (action.equals(LABEL))
 311     {
 312       String exMesg = collectAnnotVals(anot, LABEL);
 313       String label = JvOptionPane.showInputDialog(this,
 314               MessageManager.getString("label.enter_label"), exMesg);
 315
 316       if (label == null)
 317       {
 318         return;
 319       }
 320
 321       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 322       {
 323         aa[activeRow].hasText = true;
 324       }
 325
 326       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 327       {
 328         if (!av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 329         {
 330           continue;
 331         }
 332
 333         if (anot[index] == null)
 334         {
 335           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);
 336         }
 337         else
 338         {
 339           anot[index].displayCharacter = label;
 340         }
 341       }
 342     }
 343     else if (action.equals(COLOUR))
 344     {
 345       Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 346               MessageManager.getString("label.select_foreground_colour"),
 347               Color.black);
 348
 349       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 350       {
 351         if (!av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 352         {
 353           continue;
 354         }
 355
 356         if (anot[index] == null)
 357         {
 358           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 359         }
 360
 361         anot[index].colour = col;
 362       }
 363     }
 364     else
 365     // HELIX, SHEET or STEM
 366     {
 367       char type = 0;
 368       String symbol = "\u03B1"; // alpha
 369
 370       if (action.equals(HELIX))
 371       {
 372         type = 'H';
 373       }
 374       else if (action.equals(SHEET))
 375       {
 376         type = 'E';
 377         symbol = "\u03B2"; // beta
 378       }
 379
 380       // Added by LML to color stems
 381       else if (action.equals(STEM))
 382       {
 383         type = 'S';
 384         int column = av.getColumnSelection().getSelectedRanges().get(0)[0];
 385         symbol = aa[activeRow].getDefaultRnaHelixSymbol(column);
 386       }
 387
 388       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 389       {
 390         aa[activeRow].hasIcons = true;
 391       }
 392
 393       String label = JvOptionPane.showInputDialog(MessageManager
 394               .getString("label.enter_label_for_the_structure"), symbol);
 395
 396       if (label == null)
 397       {
 398         return;
 399       }
 400
 401       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 402       {
 403         aa[activeRow].hasText = true;
 404         if (action.equals(STEM))
 405         {
 406           aa[activeRow].showAllColLabels = true;
 407         }
 408       }
 409       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 410       {
 411         if (!av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 412         {
 413           continue;
 414         }
 415
 416         if (anot[index] == null)
 417         {
 418           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 419         }
 420
 421         anot[index].secondaryStructure = type != 'S' ? type
 422                 : label.length() == 0 ? ' ' : label.charAt(0);
 423         anot[index].displayCharacter = label;
 424
 425       }
 426     }
 427
 428     av.getAlignment().validateAnnotation(aa[activeRow]);
 429     ap.alignmentChanged();
 430     ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 431     adjustPanelHeight();
 432     repaint();
 433
 434     return;
 435   }
 436
 437   /**
 438    * Returns any existing annotation concatenated as a string. For each
 439    * annotation, takes the description, if any, else the secondary structure
 440    * character (if type is HELIX, SHEET or STEM), else the display character (if
 441    * type is LABEL).
 442    *
 443    * @param anots
 444    * @param type
 445    * @return
 446    */
 447   private String collectAnnotVals(Annotation[] anots, String type)
 448   {
 449     // TODO is this method wanted? why? 'last' is not used
 450
 451     StringBuilder collatedInput = new StringBuilder(64);
 452     String last = "";
 453     ColumnSelection viscols = av.getColumnSelection();
 454     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 455
 456     /*
 457      * the selection list (read-only view) is in selection order, not
 458      * column order; make a copy so we can sort it
 459      */
 460     List<Integer> selected = new ArrayList<>(viscols.getSelected());
 461     Collections.sort(selected);
 462     for (int index : selected)
 463     {
 464       // always check for current display state - just in case
 465       if (!hidden.isVisible(index))
 466       {
 467         continue;
 468       }
 469       String tlabel = null;
 470       if (anots[index] != null)
 471       { // LML added stem code
 472         if (type.equals(HELIX) || type.equals(SHEET) || type.equals(STEM)
 473                 || type.equals(LABEL))
 474         {
 475           tlabel = anots[index].description;
 476           if (tlabel == null || tlabel.length() < 1)
 477           {
 478             if (type.equals(HELIX) || type.equals(SHEET)
 479                     || type.equals(STEM))
 480             {
 481               tlabel = "" + anots[index].secondaryStructure;
 482             }
 483             else
 484             {
 485               tlabel = "" + anots[index].displayCharacter;
 486             }
 487           }
 488         }
 489         if (tlabel != null && !tlabel.equals(last))
 490         {
 491           if (last.length() > 0)
 492           {
 493             collatedInput.append(" ");
 494           }
 495           collatedInput.append(tlabel);
 496         }
 497       }
 498     }
 499     return collatedInput.toString();
 500   }
 501
 502   /**
 503    * DOCUMENT ME!
 504    *
 505    * @param evt
 506    *          DOCUMENT ME!
 507    */
 508   @Override
 509   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 510   {
 511
 512     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 513     if (aa == null)
 514     {
 515       return;
 516     }
 517
 518     int height = 0;
 519     activeRow = -1;
 520
 521     final int y = evt.getY();
 522     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 523     {
 524       if (aa[i].visible)
 525       {
 526         height += aa[i].height;
 527       }
 528
 529       if (y < height)
 530       {
 531         if (aa[i].editable)
 532         {
 533           activeRow = i;
 534         }
 535         else if (aa[i].graph > 0)
 536         {
 537           // Stretch Graph
 538           graphStretch = i;
 539           graphStretchY = y;
 540         }
 541
 542         break;
 543       }
 544     }
 545
 546     /*
 547      * isPopupTrigger fires in mousePressed on Mac,
 548      * not until mouseRelease on Windows
 549      */
 550     if (evt.isPopupTrigger() && activeRow != -1)
 551     {
 552       showPopupMenu(y, evt.getX());
 553       return;
 554     }
 555
 556     ap.getScalePanel().mousePressed(evt);
 557   }
 558
 559   /**
 560    * Construct and display a context menu at the right-click position
 561    *
 562    * @param y
 563    * @param x
 564    */
 565   void showPopupMenu(final int y, int x)
 566   {
 567     if (av.getColumnSelection() == null
 568             || av.getColumnSelection().isEmpty())
 569     {
 570       return;
 571     }
 572
 573     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(
 574             MessageManager.getString("label.structure_type"));
 575     JMenuItem item;
 576     /*
 577      * Just display the needed structure options
 578      */
 579     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 580     {
 581       item = new JMenuItem(STEM);
 582       item.addActionListener(this);
 583       pop.add(item);
 584     }
 585     else
 586     {
 587       item = new JMenuItem(HELIX);
 588       item.addActionListener(this);
 589       pop.add(item);
 590       item = new JMenuItem(SHEET);
 591       item.addActionListener(this);
 592       pop.add(item);
 593     }
 594     item = new JMenuItem(LABEL);
 595     item.addActionListener(this);
 596     pop.add(item);
 597     item = new JMenuItem(COLOUR);
 598     item.addActionListener(this);
 599     pop.add(item);
 600     item = new JMenuItem(REMOVE);
 601     item.addActionListener(this);
 602     pop.add(item);
 603     pop.show(this, x, y);
 604   }
 605
 606   /**
 607    * DOCUMENT ME!
 608    *
 609    * @param evt
 610    *          DOCUMENT ME!
 611    */
 612   @Override
 613   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 614   {
 615     graphStretch = -1;
 616     graphStretchY = -1;
 617     mouseDragging = false;
 618     ap.getScalePanel().mouseReleased(evt);
 619
 620     /*
 621      * isPopupTrigger is set in mouseReleased on Windows
 622      * (in mousePressed on Mac)
 623      */
 624     if (evt.isPopupTrigger() && activeRow != -1)
 625     {
 626       showPopupMenu(evt.getY(), evt.getX());
 627     }
 628
 629   }
 630
 631   /**
 632    * DOCUMENT ME!
 633    *
 634    * @param evt
 635    *          DOCUMENT ME!
 636    */
 637   @Override
 638   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 639   {
 640     ap.getScalePanel().mouseEntered(evt);
 641   }
 642
 643   /**
 644    * DOCUMENT ME!
 645    *
 646    * @param evt
 647    *          DOCUMENT ME!
 648    */
 649   @Override
 650   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 651   {
 652     ap.getScalePanel().mouseExited(evt);
 653   }
 654
 655   /**
 656    * DOCUMENT ME!
 657    *
 658    * @param evt
 659    *          DOCUMENT ME!
 660    */
 661   @Override
 662   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 663   {
 664     if (graphStretch > -1)
 665     {
 666       av.getAlignment()
 667               .getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY
 668                       - evt.getY();
 669       if (av.getAlignment()
 670               .getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 671       {
 672         av.getAlignment()
 673                 .getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 674       }
 675       graphStretchY = evt.getY();
 676       adjustPanelHeight();
 677       ap.paintAlignment(false, false);
 678     }
 679     else
 680     {
 681       ap.getScalePanel().mouseDragged(evt);
 682     }
 683   }
 684
 685   /**
 686    * Constructs the tooltip, and constructs and displays a status message, for
 687    * the current mouse position
 688    *
 689    * @param evt
 690    */
 691   @Override
 692   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 693   {
 694     int yPos = evt.getY();
 695     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 696
 697     int row = getRowIndex(yPos, aa);
 698
 699     if (row == -1)
 700     {
 701       this.setToolTipText(null);
 702       return;
 703     }
 704
 705     int column = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 706             + av.getRanges().getStartRes();
 707
 708     if (av.hasHiddenColumns())
 709     {
 710       column = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 711               .visibleToAbsoluteColumn(column);
 712     }
 713
 714     AlignmentAnnotation ann = aa[row];
 715     if (row > -1 && ann.annotations != null
 716             && column < ann.annotations.length)
 717     {
 718       setToolTipText(buildToolTip(ann, column, aa));
 719       String msg = getStatusMessage(av.getAlignment(), column, ann);
 720       ap.alignFrame.setStatus(msg);
 721     }
 722     else
 723     {
 724       this.setToolTipText(null);
 725       ap.alignFrame.setStatus(" ");
 726     }
 727   }
 728
 729   /**
 730    * Answers the index in the annotations array of the visible annotation at the
 731    * given y position. This is done by adding the heights of visible annotations
 732    * until the y position has been exceeded. Answers -1 if no annotations are
 733    * visible, or the y position is below all annotations.
 734    *
 735    * @param yPos
 736    * @param aa
 737    * @return
 738    */
 739   static int getRowIndex(int yPos, AlignmentAnnotation[] aa)
 740   {
 741     if (aa == null)
 742     {
 743       return -1;
 744     }
 745     int row = -1;
 746     int height = 0;
 747
 748     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 749     {
 750       if (aa[i].visible)
 751       {
 752         height += aa[i].height;
 753       }
 754
 755       if (height > yPos)
 756       {
 757         row = i;
 758         break;
 759       }
 760     }
 761     return row;
 762   }
 763
 764   /**
 765    * Answers a tooltip for the annotation at the current mouse position
 766    *
 767    * @param ann
 768    * @param column
 769    * @param anns
 770    */
 771   static String buildToolTip(AlignmentAnnotation ann, int column,
 772           AlignmentAnnotation[] anns)
 773   {
 774     String tooltip = null;
 775     if (ann.graphGroup > -1)
 776     {
 777       StringBuilder tip = new StringBuilder(32);
 778       tip.append("<html>");
 779       for (int i = 0; i < anns.length; i++)
 780       {
 781         if (anns[i].graphGroup == ann.graphGroup
 782                 && anns[i].annotations[column] != null)
 783         {
 784           tip.append(anns[i].label);
 785           String description = anns[i].annotations[column].description;
 786           if (description != null && description.length() > 0)
 787           {
 788             tip.append(" ").append(description);
 789           }
 790           tip.append("<br>");
 791         }
 792       }
 793       if (tip.length() != 6)
 794       {
 795         tip.setLength(tip.length() - 4);
 796         tooltip = tip.toString() + "</html>";
 797       }
 798     }
 799     else if (column < ann.annotations.length
 800             && ann.annotations[column] != null)
 801     {
 802       String description = ann.annotations[column].description;
 803       if (description != null && description.length() > 0)
 804       {
 805         tooltip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, description);
 806       }
 807       else
 808       {
 809         tooltip = null; // no tooltip if null or empty description
 810       }
 811     }
 812     else
 813     {
 814       // clear the tooltip.
 815       tooltip = null;
 816     }
 817     return tooltip;
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Constructs and returns the status bar message
 822    *
 823    * @param al
 824    * @param column
 825    * @param ann
 826    */
 827   static String getStatusMessage(AlignmentI al, int column,
 828           AlignmentAnnotation ann)
 829   {
 830     /*
 831      * show alignment column and annotation description if any
 832      */
 833     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 834     text.append(MessageManager.getString("label.column")).append(" ")
 835             .append(column + 1);
 836
 837     if (column < ann.annotations.length && ann.annotations[column] != null)
 838     {
 839       String description = ann.annotations[column].description;
 840       if (description != null && description.trim().length() > 0)
 841       {
 842         text.append("  ").append(description);
 843       }
 844     }
 845
 846     /*
 847      * if the annotation is sequence-specific, show the sequence number
 848      * in the alignment, and (if not a gap) the residue and position
 849      */
 850     SequenceI seqref = ann.sequenceRef;
 851     if (seqref != null)
 852     {
 853       int seqIndex = al.findIndex(seqref);
 854       if (seqIndex != -1)
 855       {
 856         text.append(", ").append(MessageManager.getString("label.sequence"))
 857                 .append(" ").append(seqIndex + 1);
 858         char residue = seqref.getCharAt(column);
 859         if (!Comparison.isGap(residue))
 860         {
 861           text.append(" ");
 862           String name;
 863           if (al.isNucleotide())
 864           {
 865             name = ResidueProperties.nucleotideName
 866                     .get(String.valueOf(residue));
 867             text.append(" Nucleotide: ")
 868                     .append(name != null ? name : residue);
 869           }
 870           else
 871           {
 872             name = 'X' == residue ? "X"
 873                     : ('*' == residue ? "STOP"
 874                             : ResidueProperties.aa2Triplet
 875                                     .get(String.valueOf(residue)));
 876             text.append(" Residue: ").append(name != null ? name : residue);
 877           }
 878           int residuePos = seqref.findPosition(column);
 879           text.append(" (").append(residuePos).append(")");
 880         }
 881       }
 882     }
 883
 884     return text.toString();
 885   }
 886
 887   /**
 888    * DOCUMENT ME!
 889    *
 890    * @param evt
 891    *          DOCUMENT ME!
 892    */
 893   @Override
 894   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 895   {
 896     // if (activeRow != -1)
 897     // {
 898     // AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 899     // AlignmentAnnotation anot = aa[activeRow];
 900     // }
 901   }
 902
 903   // TODO mouseClicked-content and drawCursor are quite experimental!
 904   public void drawCursor(Graphics graphics, SequenceI seq, int res, int x1,
 905           int y1)
 906   {
 907     int pady = av.getCharHeight() / 5;
 908     int charOffset = 0;
 909     graphics.setColor(Color.black);
 910     graphics.fillRect(x1, y1, av.getCharWidth(), av.getCharHeight());
 911
 912     if (av.validCharWidth)
 913     {
 914       graphics.setColor(Color.white);
 915
 916       char s = seq.getCharAt(res);
 917
 918       charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 919       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 920               (y1 + av.getCharHeight()) - pady);
 921     }
 922
 923   }
 924
 925   private volatile boolean imageFresh = false;
 926
 927   /**
 928    * DOCUMENT ME!
 929    *
 930    * @param g
 931    *          DOCUMENT ME!
 932    */
 933   @Override
 934   public void paintComponent(Graphics g)
 935   {
 936     super.paintComponent(g);
 937
 938     g.setColor(Color.white);
 939     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 940
 941     if (image != null)
 942     {
 943       if (fastPaint || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 944               || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))
 945       {
 946         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 947         fastPaint = false;
 948         return;
 949       }
 950     }
 951     imgWidth = (av.getRanges().getEndRes() - av.getRanges().getStartRes()
 952             + 1) * av.getCharWidth();
 953     if (imgWidth < 1)
 954     {
 955       return;
 956     }
 957     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this)
 958             || image.getHeight(this) != getHeight())
 959     {
 960       try
 961       {
 962         image = new BufferedImage(imgWidth,
 963                 ap.getAnnotationPanel().getHeight(),
 964                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 965       } catch (OutOfMemoryError oom)
 966       {
 967         try
 968         {
 969           System.gc();
 970         } catch (Exception x)
 971         {
 972         }
 973         ;
 974         new OOMWarning(
 975                 "Couldn't allocate memory to redraw screen. Please restart Jalview",
 976                 oom);
 977         return;
 978       }
 979       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 980
 981       if (av.antiAlias)
 982       {
 983         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 984                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 985       }
 986
 987       gg.setFont(av.getFont());
 988       fm = gg.getFontMetrics();
 989       gg.setColor(Color.white);
 990       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 991       imageFresh = true;
 992     }
 993
 994     drawComponent(gg, av.getRanges().getStartRes(),
 995             av.getRanges().getEndRes() + 1);
 996     imageFresh = false;
 997     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 998   }
 999
1000   /**
1001    * set true to enable redraw timing debug output on stderr
1002    */
1003   private final boolean debugRedraw = false;
1004
1005   /**
1006    * non-Thread safe repaint
1007    *
1008    * @param horizontal
1009    *          repaint with horizontal shift in alignment
1010    */
1011   public void fastPaint(int horizontal)
1012   {
1013     if ((horizontal == 0) || gg == null
1014             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null
1015             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1
1016             || av.isCalcInProgress())
1017     {
1018       repaint();
1019       return;
1020     }
1021
1022     int sr = av.getRanges().getStartRes();
1023     int er = av.getRanges().getEndRes() + 1;
1024     int transX = 0;
1025
1026     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(),
1027             -horizontal * av.getCharWidth(), 0);
1028
1029     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
1030     {
1031       transX = (er - sr - horizontal) * av.getCharWidth();
1032       sr = er - horizontal;
1033     }
1034     else if (horizontal < 0)
1035     {
1036       er = sr - horizontal;
1037     }
1038
1039     gg.translate(transX, 0);
1040
1041     drawComponent(gg, sr, er);
1042
1043     gg.translate(-transX, 0);
1044
1045     fastPaint = true;
1046
1047     // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
1048     // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the overview
1049     // window and others may be adversely affected.
1050     av.getAlignPanel().repaint();
1051   }
1052
1053   private volatile boolean lastImageGood = false;
1054
1055   /**
1056    * DOCUMENT ME!
1057    *
1058    * @param g
1059    *          DOCUMENT ME!
1060    * @param startRes
1061    *          DOCUMENT ME!
1062    * @param endRes
1063    *          DOCUMENT ME!
1064    */
1065   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
1066   {
1067     BufferedImage oldFaded = fadedImage;
1068     if (av.isCalcInProgress())
1069     {
1070       if (image == null)
1071       {
1072         lastImageGood = false;
1073         return;
1074       }
1075       // We'll keep a record of the old image,
1076       // and draw a faded image until the calculation
1077       // has completed
1078       if (lastImageGood
1079               && (fadedImage == null || fadedImage.getWidth() != imgWidth
1080                       || fadedImage.getHeight() != image.getHeight()))
1081       {
1082         // System.err.println("redraw faded image ("+(fadedImage==null ?
1083         // "null image" : "") + " lastGood="+lastImageGood+")");
1084         fadedImage = new BufferedImage(imgWidth, image.getHeight(),
1085                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
1086
1087         Graphics2D fadedG = (Graphics2D) fadedImage.getGraphics();
1088
1089         fadedG.setColor(Color.white);
1090         fadedG.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
1091
1092         fadedG.setComposite(
1093                 AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER, .3f));
1094         fadedG.drawImage(image, 0, 0, this);
1095
1096       }
1097       // make sure we don't overwrite the last good faded image until all
1098       // calculations have finished
1099       lastImageGood = false;
1100
1101     }
1102     else
1103     {
1104       if (fadedImage != null)
1105       {
1106         oldFaded = fadedImage;
1107       }
1108       fadedImage = null;
1109     }
1110
1111     g.setColor(Color.white);
1112     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.getCharWidth(), getHeight());
1113
1114     g.setFont(av.getFont());
1115     if (fm == null)
1116     {
1117       fm = g.getFontMetrics();
1118     }
1119
1120     if ((av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
1121             || (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1))
1122     {
1123       g.setColor(Color.white);
1124       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
1125       g.setColor(Color.black);
1126       if (av.validCharWidth)
1127       {
1128         g.drawString(MessageManager
1129                 .getString("label.alignment_has_no_annotations"), 20, 15);
1130       }
1131
1132       return;
1133     }
1134     lastImageGood = renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes,
1135             endRes);
1136     if (!lastImageGood && fadedImage == null)
1137     {
1138       fadedImage = oldFaded;
1139     }
1140   }
1141
1142   @Override
1143   public FontMetrics getFontMetrics()
1144   {
1145     return fm;
1146   }
1147
1148   @Override
1149   public Image getFadedImage()
1150   {
1151     return fadedImage;
1152   }
1153
1154   @Override
1155   public int getFadedImageWidth()
1156   {
1157     return imgWidth;
1158   }
1159
1160   private int[] bounds = new int[2];
1161
1162   @Override
1163   public int[] getVisibleVRange()
1164   {
1165     if (ap != null && ap.getAlabels() != null)
1166     {
1167       int sOffset = -ap.getAlabels().getScrollOffset();
1168       int visHeight = sOffset + ap.annotationSpaceFillerHolder.getHeight();
1169       bounds[0] = sOffset;
1170       bounds[1] = visHeight;
1171       return bounds;
1172     }
1173     else
1174     {
1175       return null;
1176     }
1177   }
1178
1179   /**
1180    * Try to ensure any references held are nulled
1181    */
1182   public void dispose()
1183   {
1184     av = null;
1185     ap = null;
1186     image = null;
1187     fadedImage = null;
1188     gg = null;
1189     _mwl = null;
1190
1191     /*
1192      * I created the renderer so I will dispose of it
1193      */
1194     if (renderer != null)
1195     {
1196       renderer.dispose();
1197     }
1198   }
1199
1200   @Override
1201   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1202   {
1203     // Respond to viewport range changes (e.g. alignment panel was scrolled)
1204     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1205     // both start and end points, but resize only changes end values.
1206     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1207     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1208     // vertical start value.
1209     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES))
1210     {
1211       fastPaint((int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1212     }
1213     else if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1214     {
1215       fastPaint(((int[]) evt.getNewValue())[0]
1216               - ((int[]) evt.getOldValue())[0]);
1217     }
1218     else if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
1219     {
1220       repaint();
1221     }
1222   }
1223
1224   /**
1225    * computes the visible height of the annotation panel
1226    *
1227    * @param adjustPanelHeight
1228    *          - when false, just adjust existing height according to other
1229    *          windows
1230    * @param annotationHeight
1231    * @return height to use for the ScrollerPreferredVisibleSize
1232    */
1233   public int adjustForAlignFrame(boolean adjustPanelHeight,
1234           int annotationHeight)
1235   {
1236     /*
1237      * Estimate available height in the AlignFrame for alignment +
1238      * annotations. Deduct an estimate for title bar, menu bar, scale panel,
1239      * hscroll, status bar, insets.
1240      */
1241     int stuff = (ap.getViewName() != null ? 30 : 0)
1242             + (Platform.isAMac() ? 120 : 140);
1243     int availableHeight = ap.alignFrame.getHeight() - stuff;
1244     int rowHeight = av.getCharHeight();
1245
1246     if (adjustPanelHeight)
1247     {
1248       int alignmentHeight = rowHeight * av.getAlignment().getHeight();
1249
1250       /*
1251        * If not enough vertical space, maximize annotation height while keeping
1252        * at least two rows of alignment visible
1253        */
1254       if (annotationHeight + alignmentHeight > availableHeight)
1255       {
1256         annotationHeight = Math.min(annotationHeight,
1257                 availableHeight - 2 * rowHeight);
1258       }
1259     }
1260     else
1261     {
1262       // maintain same window layout whilst updating sliders
1263       annotationHeight = Math.min(ap.annotationScroller.getSize().height,
1264               availableHeight - 2 * rowHeight);
1265     }
1266     return annotationHeight;
1267   }
1268 }