src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.regex.*;
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  29 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.datamodel.*;
  32 import jalview.gui.*;
  33 import jalview.structure.*;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  35 import jalview.io.*;
  36 import jalview.schemes.*;
  37 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  38
  39 import org.jmol.api.*;
  40 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  41 import org.jmol.popup.*;
  42 import org.jmol.viewer.JmolConstants;
  43
  44 public class AppJmol extends GStructureViewer implements Runnable,
  45         SequenceStructureBinding
  46
  47 {
  48   AppJmolBinding jmb;
  49
  50   ScriptWindow scriptWindow;
  51
  52   JSplitPane splitPane;
  53
  54   RenderPanel renderPanel;
  55
  56   AlignmentPanel ap;
  57
  58   Vector atomsPicked = new Vector();
  59
  60   private boolean addingStructures = false;
  61
  62   /**
  63    *
  64    * @param file
  65    * @param id
  66    * @param seq
  67    * @param ap
  68    * @param loadStatus
  69    * @param bounds
  70    * @deprecated defaults to AppJmol(String[] files, ... , viewid);
  71    */
  72   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  73           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
  74   {
  75     this(file, id, seq, ap, loadStatus, bounds, null);
  76   }
  77
  78   /**
  79    * @deprecated
  80    */
  81   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  82           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
  83           String viewid)
  84   {
  85     this(new String[]
  86     { file }, new String[]
  87     { id }, new SequenceI[][]
  88     { seq }, ap, loadStatus, bounds, viewid);
  89   }
  90
  91   /**
  92    *
  93    * @param files
  94    * @param ids
  95    * @param seqs
  96    * @param ap
  97    * @param loadStatus
  98    * @param bounds
  99    * @param viewid
 100    */
 101   public AppJmol(String[] files, String[] ids, SequenceI[][] seqs,
 102           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
 103           String viewid)
 104   {
 105     PDBEntry[] pdbentrys = new PDBEntry[files.length];
 106     for (int i = 0; i < pdbentrys.length; i++)
 107     {
 108       PDBEntry pdbentry = new PDBEntry();
 109       pdbentry.setFile(files[i]);
 110       pdbentry.setId(ids[i]);
 111       pdbentrys[i] = pdbentry;
 112     }
 113     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
 114     // autodiscovered.
 115     jmb = new AppJmolBinding(this, pdbentrys, seqs, null, null);
 116
 117     jmb.setLoadingFromArchive(true);
 118     this.ap = ap;
 119     this.setBounds(bounds);
 120     jmb.setColourBySequence(false);
 121     seqColour.setSelected(false);
 122     viewId = viewid;
 123     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
 124     // bounds.width,bounds.height);
 125
 126     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 127     {
 128       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 129       {
 130         closeViewer();
 131       }
 132     });
 133     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!
 134
 135   }
 136
 137   IProgressIndicator progressBar = null;
 138
 139   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 140           AlignmentPanel ap)
 141   {
 142     progressBar = ap.alignFrame;
 143     // ////////////////////////////////
 144     // Is the pdb file already loaded?
 145     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 146             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 147                     pdbentry.getId());
 148
 149     if (alreadyMapped != null)
 150     {
 151       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 152               pdbentry.getId() + " is already displayed."
 153                       + "\nDo you want to re-use this viewer ?",
 154               "Map Sequences to Visible Window: " + pdbentry.getId(),
 155               JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 156
 157       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 158       {
 159         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 160                 .setMapping(seq, chains, alreadyMapped,
 161                         AppletFormatAdapter.FILE);
 162         if (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 163         {
 164           ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 165           ap.paintAlignment(true);
 166         }
 167
 168         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 169         // the exisiting array
 170         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 171
 172         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 173         {
 174           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 175           {
 176             AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 177             // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui
 178             // routine
 179             for (int pe = 0; pe < topJmol.jmb.pdbentry.length; pe++)
 180             {
 181               if (topJmol.jmb.pdbentry[pe].getFile().equals(alreadyMapped))
 182               {
 183                 topJmol.jmb.addSequence(pe, seq);
 184                 break;
 185               }
 186             }
 187           }
 188         }
 189
 190         return;
 191       }
 192     }
 193     // /////////////////////////////////
 194     // Check if there are other Jmol views involving this alignment
 195     // and prompt user about adding this molecule to one of them
 196     Vector existingViews = getJmolsFor(ap);
 197     if (existingViews.size() > 0)
 198     {
 199       Enumeration jm = existingViews.elements();
 200       while (jm.hasMoreElements())
 201       {
 202         AppJmol topJmol = (AppJmol) jm.nextElement();
 203         // TODO: highlight topJmol in view somehow
 204         int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 205                 "Do you want to add " + pdbentry.getId()
 206                         + " to the view called\n'" + topJmol.getTitle()
 207                         + "'\n", "Align to existing structure view",
 208                 JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 209         if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 210         {
 211           topJmol.addStructure(pdbentry, seq, chains, true, ap.alignFrame);
 212           return;
 213         }
 214       }
 215     }
 216     // /////////////////////////////////
 217
 218     jmb = new AppJmolBinding(this, new PDBEntry[]
 219     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 220     { seq }, null, null);
 221     this.ap = ap;
 222     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 223
 224     if (pdbentry.getFile() != null)
 225     {
 226       initJmol("load \"" + pdbentry.getFile() + "\"");
 227     }
 228     else
 229     {
 230       addingStructures = false;
 231       worker = new Thread(this);
 232       worker.start();
 233     }
 234
 235     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 236     {
 237       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 238       {
 239         closeViewer();
 240       }
 241     });
 242
 243   }
 244
 245   /**
 246    * pdb retrieval thread.
 247    */
 248   private Thread worker = null;
 249
 250   /**
 251    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 252    * retrieving it if necessary first.
 253    *
 254    * @param pdbentry
 255    * @param seq
 256    * @param chains
 257    * @param alignFrame
 258    * @param align
 259    *          if true, new structure(s) will be align using associated alignment
 260    */
 261   private void addStructure(final PDBEntry pdbentry, final SequenceI[] seq,
 262           final String[] chains, final boolean b, final IProgressIndicator alignFrame)
 263   {
 264     if (pdbentry.getFile() == null)
 265     {
 266       if (worker != null && worker.isAlive())
 267       {
 268         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 269         // queue.
 270         new Thread(new Runnable()
 271         {
 272           public void run()
 273           {
 274             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 275             {
 276               try
 277               {
 278                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 279
 280               } catch (Exception e)
 281               {
 282               }
 283
 284             }
 285             // and call ourselves again.
 286             addStructure(pdbentry, seq, chains, b, alignFrame);
 287           }
 288         }).start();
 289         return;
 290       }
 291     }
 292     // otherwise, start adding the structure.
 293     jmb.addSequenceAndChain(new PDBEntry[]
 294     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 295     { seq }, new String[][]
 296     { chains });
 297     addingStructures = true;
 298     _started = false;
 299     alignAddedStructures = b;
 300     progressBar = alignFrame; // visual indication happens on caller frame.
 301     (worker = new Thread(this)).start();
 302     return;
 303   }
 304
 305   private Vector getJmolsFor(AlignmentPanel ap2)
 306   {
 307     Vector otherJmols = new Vector();
 308     // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 309     // the exisiting array
 310     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 311
 312     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 313     {
 314       if (frames[i] instanceof AppJmol)
 315       {
 316         AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 317         if (topJmol.ap == ap2)
 318         {
 319           otherJmols.addElement(topJmol);
 320         }
 321       }
 322     }
 323     return otherJmols;
 324   }
 325
 326   void initJmol(String command)
 327   {
 328     jmb.setFinishedInit(false);
 329     renderPanel = new RenderPanel();
 330     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 331     // displaying
 332     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 333     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 334             getBounds().width, getBounds().height);
 335     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "");
 336     jmb.newJmolPopup(true, "Jmol", true);
 337     jmb.evalStateCommand(command);
 338     jmb.setFinishedInit(true);
 339   }
 340
 341   void setChainMenuItems(Vector chains)
 342   {
 343     chainMenu.removeAll();
 344     if (chains == null)
 345     {
 346       return;
 347     }
 348     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 349     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 350     {
 351       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 352       {
 353         allChainsSelected = true;
 354         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 355         {
 356           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 357             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 358         }
 359         centerViewer();
 360         allChainsSelected = false;
 361       }
 362     });
 363
 364     chainMenu.add(menuItem);
 365
 366     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 367     {
 368       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 369       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 370       {
 371         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 372         {
 373           if (!allChainsSelected)
 374             centerViewer();
 375         }
 376       });
 377
 378       chainMenu.add(menuItem);
 379     }
 380   }
 381
 382   boolean allChainsSelected = false;
 383
 384   private boolean alignAddedStructures = false;
 385
 386   void centerViewer()
 387   {
 388     Vector toshow = new Vector();
 389     String lbl;
 390     int mlength, p, mnum;
 391     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 392     {
 393       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 394       {
 395         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 396         if (item.isSelected())
 397         {
 398           toshow.addElement(item.getText());
 399         }
 400       }
 401     }
 402     jmb.centerViewer(toshow);
 403   }
 404
 405   void closeViewer()
 406   {
 407     jmb.closeViewer();
 408     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 409     // holds a reference to the window
 410     jmb = null;
 411   }
 412
 413   /**
 414    * state flag for PDB retrieval thread
 415    */
 416   private boolean _started = false;
 417
 418   public void run()
 419   {
 420     _started = true;
 421     String pdbid = "";
 422     // todo - record which pdbids were successfuly imported.
 423     StringBuffer errormsgs = new StringBuffer(), files = new StringBuffer();
 424     try
 425     {
 426       String[] curfiles = jmb.getPdbFile(); // files currently in viewer
 427       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 428       // as a DBRef?)
 429       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 430       for (int pi = 0; pi < jmb.pdbentry.length; pi++)
 431       {
 432         String file = jmb.pdbentry[pi].getFile();
 433         if (file == null)
 434         {
 435           // retrieve the pdb and store it locally
 436           AlignmentI pdbseq = null;
 437           pdbid = jmb.pdbentry[pi].getId();
 438           long hdl=pdbid.hashCode()-System.currentTimeMillis();
 439           if (progressBar != null)
 440           {
 441             progressBar.setProgressBar("Fetching PDB " + pdbid,
 442                     hdl);
 443           }
 444           try
 445           {
 446             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid = jmb.pdbentry[pi]
 447                     .getId());
 448           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 449           {
 450             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 451           } catch (Exception ex)
 452           {
 453             ex.printStackTrace();
 454             errormsgs.append("'" + pdbid + "'");
 455           }
 456           if (progressBar != null)
 457           {
 458             progressBar.setProgressBar("Finished.", hdl);
 459           }
 460           if (pdbseq != null)
 461           {
 462             // just transfer the file name from the first sequence's first
 463             // PDBEntry
 464             jmb.pdbentry[pi].setFile(file = ((PDBEntry) pdbseq
 465                     .getSequenceAt(0).getPDBId().elementAt(0)).getFile());
 466             files.append(" \"" + file + "\"");
 467           }
 468           else
 469           {
 470             errormsgs.append("'" + pdbid + "' ");
 471           }
 472         }
 473         else
 474         {
 475           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 476           {
 477             addingStructures = true; // already files loaded.
 478             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 479             {
 480               if (curfiles[c].equals(file))
 481               {
 482                 file = null;
 483                 break;
 484               }
 485             }
 486           }
 487           if (file != null)
 488           {
 489             files.append(" \"" + file + "\"");
 490           }
 491         }
 492       }
 493     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 494     {
 495       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 496     } catch (Exception ex)
 497     {
 498       ex.printStackTrace();
 499       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '" + pdbid
 500               + "'");
 501     }
 502     if (errormsgs.length() > 0)
 503     {
 504
 505       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 506               "The following pdb entries could not be retrieved from the PDB:\n"
 507                       + errormsgs.toString()
 508                       + "\nPlease try downloading them manually.",
 509               "Couldn't load file", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 510
 511     }
 512     if (files.length() > 0)
 513     {
 514       if (!addingStructures)
 515       {
 516
 517         try
 518         {
 519           initJmol("load FILES " + files.toString());
 520         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 521         {
 522           new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 523           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 524         } catch (Exception ex)
 525         {
 526           Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 527         }
 528       }
 529       else
 530       {
 531         StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 532         cmd.append("loadingJalviewdata=true\nload APPEND ");
 533         cmd.append(files.toString());
 534         cmd.append("\nloadingJalviewdata=null");
 535         final String command = cmd.toString();
 536         cmd = null;
 537         try
 538         {
 539           jmb.evalStateCommand(command);
 540         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 541         {
 542           new OOMWarning(
 543                   "When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 544                   oomerror);
 545           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 546         } catch (Exception ex)
 547         {
 548           Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 549         }
 550           long lastnotify=jmb.getLoadNotifiesHandled();
 551           // need to wait around until script has finished
 552           while (lastnotify>=jmb.getLoadNotifiesHandled());
 553           {
 554             try
 555             {
 556               Thread.sleep(35);
 557             } catch (Exception e)
 558             {
 559             }
 560           }
 561           // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 562           jmb.updateColours(ap);
 563           // do superposition if asked to
 564           if (alignAddedStructures)
 565           {
 566             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 567           {
 568             public void run()
 569             {
 570               jmb.superposeStructures(ap.av.getAlignment(), -1, null);
 571             }
 572           });
 573           alignAddedStructures = false;
 574         }
 575         addingStructures = false;
 576       }
 577     }
 578     _started = false;
 579     worker = null;
 580   }
 581
 582   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 583   {
 584     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 585             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 586
 587     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 588     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 589     chooser.setToolTipText("Save");
 590
 591     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 592
 593     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 594     {
 595       try
 596       {
 597         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 598         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(
 599                 jmb.getPdbFile()[0]));
 600         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 601
 602         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 603         String data;
 604         while ((data = in.readLine()) != null)
 605         {
 606           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 607           {
 608             out.println(data);
 609           }
 610         }
 611         out.close();
 612       } catch (Exception ex)
 613       {
 614         ex.printStackTrace();
 615       }
 616     }
 617   }
 618
 619   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 620   {
 621     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 622     try
 623     {
 624       for (int pdbe = 0; pdbe < jmb.pdbentry.length; pdbe++)
 625       {
 626         cap.appendText(StructureSelectionManager
 627                 .getStructureSelectionManager().printMapping(
 628                         jmb.pdbentry[pdbe].getFile()));
 629         cap.appendText("\n");
 630       }
 631     } catch (OutOfMemoryError e)
 632     {
 633       new OOMWarning(
 634               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 635               e);
 636       cap.dispose();
 637       return;
 638     }
 639     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping",
 640             550, 600);
 641   }
 642
 643   /**
 644    * DOCUMENT ME!
 645    *
 646    * @param e
 647    *          DOCUMENT ME!
 648    */
 649   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 650   {
 651     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 652   }
 653
 654   /**
 655    * DOCUMENT ME!
 656    *
 657    * @param e
 658    *          DOCUMENT ME!
 659    */
 660   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 661   {
 662     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 663   }
 664
 665   void makePDBImage(int type)
 666   {
 667     int width = getWidth();
 668     int height = getHeight();
 669
 670     jalview.util.ImageMaker im;
 671
 672     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 673     {
 674       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.PNG,
 675               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 676     }
 677     else
 678     {
 679       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.EPS,
 680               "Make EPS file from view", width, height, null,
 681               this.getTitle());
 682     }
 683
 684     if (im.getGraphics() != null)
 685     {
 686       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 687       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 688       im.writeImage();
 689     }
 690   }
 691
 692   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 693   {
 694     jmb.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 695     // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 696     jmb.colourBySequence(ap.alignFrame.viewport.showSequenceFeatures,
 697             ap.alignFrame.viewport.alignment);
 698   }
 699
 700   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 701   {
 702     chainColour.setSelected(true);
 703     jmb.colourByChain();
 704   }
 705
 706   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 707   {
 708     chargeColour.setSelected(true);
 709     jmb.colourByCharge();
 710   }
 711
 712   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 713   {
 714     zappoColour.setSelected(true);
 715     jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 716   }
 717
 718   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 719   {
 720     taylorColour.setSelected(true);
 721     jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 722   }
 723
 724   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 725   {
 726     hydroColour.setSelected(true);
 727     jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 728   }
 729
 730   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 731   {
 732     helixColour.setSelected(true);
 733     jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 734   }
 735
 736   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 737   {
 738     strandColour.setSelected(true);
 739     jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 740   }
 741
 742   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 743   {
 744     turnColour.setSelected(true);
 745     jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 746   }
 747
 748   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 749   {
 750     buriedColour.setSelected(true);
 751     jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 752   }
 753
 754   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 755   {
 756     userColour.setSelected(true);
 757     new UserDefinedColours(this, null);
 758   }
 759
 760   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 761   {
 762     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 763             "Select Background Colour", null);
 764     if (col != null)
 765     {
 766       jmb.setBackgroundColour(col);
 767     }
 768   }
 769
 770   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 771   {
 772     try
 773     {
 774       jalview.util.BrowserLauncher
 775               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 776     } catch (Exception ex)
 777     {
 778     }
 779   }
 780
 781   public void showConsole(boolean showConsole)
 782   {
 783     if (scriptWindow == null)
 784       scriptWindow = new ScriptWindow(this);
 785
 786     if (showConsole)
 787     {
 788       if (splitPane == null)
 789       {
 790         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 791         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 792         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 793         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 794       }
 795
 796       splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 797       splitPane.validate();
 798     }
 799     else
 800     {
 801       if (splitPane != null)
 802         splitPane.setVisible(false);
 803
 804       splitPane = null;
 805
 806       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 807     }
 808
 809     validate();
 810   }
 811
 812   class RenderPanel extends JPanel
 813   {
 814     final Dimension currentSize = new Dimension();
 815
 816     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 817
 818     public void paintComponent(Graphics g)
 819     {
 820       getSize(currentSize);
 821       g.getClipBounds(rectClip);
 822
 823       if (jmb.fileLoadingError != null)
 824       {
 825         g.setColor(Color.black);
 826         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 827         g.setColor(Color.white);
 828         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 829         g.drawString("Error loading file...", 20, currentSize.height / 2);
 830         StringBuffer sb = new StringBuffer();
 831         int lines = 0;
 832         for (int e = 0; e < jmb.pdbentry.length; e++)
 833         {
 834           sb.append(jmb.pdbentry[e].getId());
 835           if (e < jmb.pdbentry.length - 1)
 836           {
 837             sb.append(",");
 838           }
 839
 840           if (e == jmb.pdbentry.length - 1 || sb.length() > 20)
 841           {
 842             lines++;
 843             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
 844                     * g.getFontMetrics().getHeight());
 845           }
 846         }
 847       }
 848       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
 849       {
 850         g.setColor(Color.black);
 851         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 852         g.setColor(Color.white);
 853         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 854         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 855       }
 856       else
 857       {
 858         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 859       }
 860     }
 861   }
 862
 863   String viewId = null;
 864
 865   public String getViewId()
 866   {
 867     if (viewId == null)
 868     {
 869       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
 870     }
 871     return viewId;
 872   }
 873
 874   public void updateTitleAndMenus()
 875   {
 876     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
 877     {
 878       repaint();
 879       return;
 880     }
 881     setChainMenuItems(jmb.chainNames);
 882     jmb.colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 883
 884     this.setTitle(jmb.getViewerTitle());
 885     if (jmb.getPdbFile().length > 1 && jmb.sequence.length > 1)
 886     {
 887       jmolActionMenu.setVisible(true);
 888     }
 889   }
 890
 891   /*
 892    * (non-Javadoc)
 893    *
 894    * @see
 895    * jalview.jbgui.GStructureViewer#alignStructs_actionPerformed(java.awt.event
 896    * .ActionEvent)
 897    */
 898   @Override
 899   protected void alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 900   {
 901
 902     try
 903     {
 904       jmb.superposeStructures(ap.av.getAlignment(), -1,
 905               ap.av.getColumnSelection());
 906     } catch (Exception e)
 907     {
 908       Cache.log.info("Couldn't align structures in alignframe "
 909               + ap.alignFrame.getTitle(), e);
 910
 911     }
 912   }
 913
 914   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI ucs)
 915   {
 916     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
 917
 918   }
 919
 920 }