src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.regex.*;
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  29 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.datamodel.*;
  32 import jalview.gui.*;
  33 import jalview.structure.*;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  35 import jalview.io.*;
  36 import jalview.schemes.*;
  37 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  38
  39 import org.jmol.api.*;
  40 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  41 import org.jmol.popup.*;
  42 import org.jmol.viewer.JmolConstants;
  43 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.AppConsole;
  44
  45 public class AppJmol extends GStructureViewer implements Runnable,
  46         SequenceStructureBinding
  47
  48 {
  49   AppJmolBinding jmb;
  50
  51   JPanel scriptWindow;
  52
  53   JSplitPane splitPane;
  54
  55   RenderPanel renderPanel;
  56
  57   AlignmentPanel ap;
  58
  59   Vector atomsPicked = new Vector();
  60
  61   private boolean addingStructures = false;
  62
  63   /**
  64    *
  65    * @param file
  66    * @param id
  67    * @param seq
  68    * @param ap
  69    * @param loadStatus
  70    * @param bounds
  71    * @deprecated defaults to AppJmol(String[] files, ... , viewid);
  72    */
  73   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  74           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
  75   {
  76     this(file, id, seq, ap, loadStatus, bounds, null);
  77   }
  78
  79   /**
  80    * @deprecated
  81    */
  82   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  83           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
  84           String viewid)
  85   {
  86     this(new String[]
  87     { file }, new String[]
  88     { id }, new SequenceI[][]
  89     { seq }, ap, loadStatus, bounds, viewid);
  90   }
  91
  92   /**
  93    *
  94    * @param files
  95    * @param ids
  96    * @param seqs
  97    * @param ap
  98    * @param loadStatus
  99    * @param bounds
 100    * @param viewid
 101    */
 102   public AppJmol(String[] files, String[] ids, SequenceI[][] seqs,
 103           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
 104           String viewid)
 105   {
 106     PDBEntry[] pdbentrys = new PDBEntry[files.length];
 107     for (int i = 0; i < pdbentrys.length; i++)
 108     {
 109       PDBEntry pdbentry = new PDBEntry();
 110       pdbentry.setFile(files[i]);
 111       pdbentry.setId(ids[i]);
 112       pdbentrys[i] = pdbentry;
 113     }
 114     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
 115     // autodiscovered.
 116     jmb = new AppJmolBinding(this, pdbentrys, seqs, null, null);
 117
 118     jmb.setLoadingFromArchive(true);
 119     this.ap = ap;
 120     this.setBounds(bounds);
 121     jmb.setColourBySequence(false);
 122     seqColour.setSelected(false);
 123     viewId = viewid;
 124     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
 125     // bounds.width,bounds.height);
 126
 127     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 128     {
 129       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 130       {
 131         closeViewer();
 132       }
 133     });
 134     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!
 135
 136   }
 137
 138   IProgressIndicator progressBar = null;
 139
 140   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 141           AlignmentPanel ap)
 142   {
 143     progressBar = ap.alignFrame;
 144     // ////////////////////////////////
 145     // Is the pdb file already loaded?
 146     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 147             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 148                     pdbentry.getId());
 149
 150     if (alreadyMapped != null)
 151     {
 152       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 153               pdbentry.getId() + " is already displayed."
 154                       + "\nDo you want to re-use this viewer ?",
 155               "Map Sequences to Visible Window: " + pdbentry.getId(),
 156               JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 157
 158       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 159       {
 160         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 161                 .setMapping(seq, chains, alreadyMapped,
 162                         AppletFormatAdapter.FILE);
 163         if (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 164         {
 165           ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 166           ap.paintAlignment(true);
 167         }
 168
 169         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 170         // the exisiting array
 171         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 172
 173         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 174         {
 175           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 176           {
 177             AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 178             // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui
 179             // routine
 180             for (int pe = 0; pe < topJmol.jmb.pdbentry.length; pe++)
 181             {
 182               if (topJmol.jmb.pdbentry[pe].getFile().equals(alreadyMapped))
 183               {
 184                 topJmol.jmb.addSequence(pe, seq);
 185                 break;
 186               }
 187             }
 188           }
 189         }
 190
 191         return;
 192       }
 193     }
 194     // /////////////////////////////////
 195     // Check if there are other Jmol views involving this alignment
 196     // and prompt user about adding this molecule to one of them
 197     Vector existingViews = getJmolsFor(ap);
 198     if (existingViews.size() > 0)
 199     {
 200       Enumeration jm = existingViews.elements();
 201       while (jm.hasMoreElements())
 202       {
 203         AppJmol topJmol = (AppJmol) jm.nextElement();
 204         // TODO: highlight topJmol in view somehow
 205         int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 206                 "Do you want to add " + pdbentry.getId()
 207                         + " to the view called\n'" + topJmol.getTitle()
 208                         + "'\n", "Align to existing structure view",
 209                 JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 210         if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 211         {
 212           topJmol.addStructure(pdbentry, seq, chains, true, ap.alignFrame);
 213           return;
 214         }
 215       }
 216     }
 217     // /////////////////////////////////
 218
 219     jmb = new AppJmolBinding(this, new PDBEntry[]
 220     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 221     { seq }, null, null);
 222     this.ap = ap;
 223     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 224
 225     if (pdbentry.getFile() != null)
 226     {
 227       initJmol("load \"" + pdbentry.getFile() + "\"");
 228     }
 229     else
 230     {
 231       addingStructures = false;
 232       worker = new Thread(this);
 233       worker.start();
 234     }
 235
 236     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 237     {
 238       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 239       {
 240         closeViewer();
 241       }
 242     });
 243
 244   }
 245
 246   /**
 247    * pdb retrieval thread.
 248    */
 249   private Thread worker = null;
 250
 251   /**
 252    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 253    * retrieving it if necessary first.
 254    *
 255    * @param pdbentry
 256    * @param seq
 257    * @param chains
 258    * @param alignFrame
 259    * @param align
 260    *          if true, new structure(s) will be align using associated alignment
 261    */
 262   private void addStructure(final PDBEntry pdbentry, final SequenceI[] seq,
 263           final String[] chains, final boolean b, final IProgressIndicator alignFrame)
 264   {
 265     if (pdbentry.getFile() == null)
 266     {
 267       if (worker != null && worker.isAlive())
 268       {
 269         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 270         // queue.
 271         new Thread(new Runnable()
 272         {
 273           public void run()
 274           {
 275             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 276             {
 277               try
 278               {
 279                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 280
 281               } catch (Exception e)
 282               {
 283               }
 284
 285             }
 286             // and call ourselves again.
 287             addStructure(pdbentry, seq, chains, b, alignFrame);
 288           }
 289         }).start();
 290         return;
 291       }
 292     }
 293     // otherwise, start adding the structure.
 294     jmb.addSequenceAndChain(new PDBEntry[]
 295     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 296     { seq }, new String[][]
 297     { chains });
 298     addingStructures = true;
 299     _started = false;
 300     alignAddedStructures = b;
 301     progressBar = alignFrame; // visual indication happens on caller frame.
 302     (worker = new Thread(this)).start();
 303     return;
 304   }
 305
 306   private Vector getJmolsFor(AlignmentPanel ap2)
 307   {
 308     Vector otherJmols = new Vector();
 309     // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 310     // the exisiting array
 311     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 312
 313     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 314     {
 315       if (frames[i] instanceof AppJmol)
 316       {
 317         AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 318         if (topJmol.ap == ap2)
 319         {
 320           otherJmols.addElement(topJmol);
 321         }
 322       }
 323     }
 324     return otherJmols;
 325   }
 326
 327   void initJmol(String command)
 328   {
 329     jmb.setFinishedInit(false);
 330     renderPanel = new RenderPanel();
 331     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 332     // displaying
 333     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 334     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 335             getBounds().width, getBounds().height);
 336     if (scriptWindow == null)
 337     {
 338       BorderLayout bl = new BorderLayout();
 339       bl.setHgap(0);
 340       bl.setVgap(0);
 341       scriptWindow = new JPanel(bl);
 342       scriptWindow.setVisible(false);
 343     };
 344     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "", scriptWindow, null);
 345     jmb.newJmolPopup(true, "Jmol", true);
 346     jmb.evalStateCommand(command);
 347     jmb.setFinishedInit(true);
 348   }
 349
 350   void setChainMenuItems(Vector chains)
 351   {
 352     chainMenu.removeAll();
 353     if (chains == null)
 354     {
 355       return;
 356     }
 357     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 358     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 359     {
 360       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 361       {
 362         allChainsSelected = true;
 363         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 364         {
 365           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 366             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 367         }
 368         centerViewer();
 369         allChainsSelected = false;
 370       }
 371     });
 372
 373     chainMenu.add(menuItem);
 374
 375     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 376     {
 377       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 378       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 379       {
 380         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 381         {
 382           if (!allChainsSelected)
 383             centerViewer();
 384         }
 385       });
 386
 387       chainMenu.add(menuItem);
 388     }
 389   }
 390
 391   boolean allChainsSelected = false;
 392
 393   private boolean alignAddedStructures = false;
 394
 395   void centerViewer()
 396   {
 397     Vector toshow = new Vector();
 398     String lbl;
 399     int mlength, p, mnum;
 400     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 401     {
 402       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 403       {
 404         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 405         if (item.isSelected())
 406         {
 407           toshow.addElement(item.getText());
 408         }
 409       }
 410     }
 411     jmb.centerViewer(toshow);
 412   }
 413
 414   void closeViewer()
 415   {
 416     jmb.closeViewer();
 417
 418     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 419     // holds a reference to the window
 420     jmb = null;
 421   }
 422
 423   /**
 424    * state flag for PDB retrieval thread
 425    */
 426   private boolean _started = false;
 427
 428   public void run()
 429   {
 430     _started = true;
 431     String pdbid = "";
 432     // todo - record which pdbids were successfuly imported.
 433     StringBuffer errormsgs = new StringBuffer(), files = new StringBuffer();
 434     try
 435     {
 436       String[] curfiles = jmb.getPdbFile(); // files currently in viewer
 437       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 438       // as a DBRef?)
 439       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 440       for (int pi = 0; pi < jmb.pdbentry.length; pi++)
 441       {
 442         String file = jmb.pdbentry[pi].getFile();
 443         if (file == null)
 444         {
 445           // retrieve the pdb and store it locally
 446           AlignmentI pdbseq = null;
 447           pdbid = jmb.pdbentry[pi].getId();
 448           long hdl=pdbid.hashCode()-System.currentTimeMillis();
 449           if (progressBar != null)
 450           {
 451             progressBar.setProgressBar("Fetching PDB " + pdbid,
 452                     hdl);
 453           }
 454           try
 455           {
 456             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid = jmb.pdbentry[pi]
 457                     .getId());
 458           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 459           {
 460             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 461           } catch (Exception ex)
 462           {
 463             ex.printStackTrace();
 464             errormsgs.append("'" + pdbid + "'");
 465           }
 466           if (progressBar != null)
 467           {
 468             progressBar.setProgressBar("Finished.", hdl);
 469           }
 470           if (pdbseq != null)
 471           {
 472             // just transfer the file name from the first sequence's first
 473             // PDBEntry
 474             jmb.pdbentry[pi].setFile(file = ((PDBEntry) pdbseq
 475                     .getSequenceAt(0).getPDBId().elementAt(0)).getFile());
 476             files.append(" \"" + file + "\"");
 477           }
 478           else
 479           {
 480             errormsgs.append("'" + pdbid + "' ");
 481           }
 482         }
 483         else
 484         {
 485           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 486           {
 487             addingStructures = true; // already files loaded.
 488             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 489             {
 490               if (curfiles[c].equals(file))
 491               {
 492                 file = null;
 493                 break;
 494               }
 495             }
 496           }
 497           if (file != null)
 498           {
 499             files.append(" \"" + file + "\"");
 500           }
 501         }
 502       }
 503     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 504     {
 505       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 506     } catch (Exception ex)
 507     {
 508       ex.printStackTrace();
 509       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '" + pdbid
 510               + "'");
 511     }
 512     if (errormsgs.length() > 0)
 513     {
 514
 515       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 516               "The following pdb entries could not be retrieved from the PDB:\n"
 517                       + errormsgs.toString()
 518                       + "\nPlease try downloading them manually.",
 519               "Couldn't load file", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 520
 521     }
 522     if (files.length() > 0)
 523     {
 524       if (!addingStructures)
 525       {
 526
 527         try
 528         {
 529           initJmol("load FILES " + files.toString());
 530         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 531         {
 532           new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 533           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 534         } catch (Exception ex)
 535         {
 536           Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 537         }
 538       }
 539       else
 540       {
 541         StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 542         cmd.append("loadingJalviewdata=true\nload APPEND ");
 543         cmd.append(files.toString());
 544         cmd.append("\nloadingJalviewdata=null");
 545         final String command = cmd.toString();
 546         cmd = null;
 547         try
 548         {
 549           jmb.evalStateCommand(command);
 550         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 551         {
 552           new OOMWarning(
 553                   "When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 554                   oomerror);
 555           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 556         } catch (Exception ex)
 557         {
 558           Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 559         }
 560           long lastnotify=jmb.getLoadNotifiesHandled();
 561           // need to wait around until script has finished
 562           while (lastnotify>=jmb.getLoadNotifiesHandled());
 563           {
 564             try
 565             {
 566               Thread.sleep(35);
 567             } catch (Exception e)
 568             {
 569             }
 570           }
 571           // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 572           jmb.updateColours(ap);
 573           // do superposition if asked to
 574           if (alignAddedStructures)
 575           {
 576             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 577           {
 578             public void run()
 579             {
 580               jmb.superposeStructures(ap.av.getAlignment(), -1, null);
 581             }
 582           });
 583           alignAddedStructures = false;
 584         }
 585         addingStructures = false;
 586       }
 587     }
 588     _started = false;
 589     worker = null;
 590   }
 591
 592   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 593   {
 594     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 595             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 596
 597     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 598     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 599     chooser.setToolTipText("Save");
 600
 601     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 602
 603     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 604     {
 605       try
 606       {
 607         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 608         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(
 609                 jmb.getPdbFile()[0]));
 610         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 611
 612         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 613         String data;
 614         while ((data = in.readLine()) != null)
 615         {
 616           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 617           {
 618             out.println(data);
 619           }
 620         }
 621         out.close();
 622       } catch (Exception ex)
 623       {
 624         ex.printStackTrace();
 625       }
 626     }
 627   }
 628
 629   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 630   {
 631     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 632     try
 633     {
 634       for (int pdbe = 0; pdbe < jmb.pdbentry.length; pdbe++)
 635       {
 636         cap.appendText(StructureSelectionManager
 637                 .getStructureSelectionManager().printMapping(
 638                         jmb.pdbentry[pdbe].getFile()));
 639         cap.appendText("\n");
 640       }
 641     } catch (OutOfMemoryError e)
 642     {
 643       new OOMWarning(
 644               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 645               e);
 646       cap.dispose();
 647       return;
 648     }
 649     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping",
 650             550, 600);
 651   }
 652
 653   /**
 654    * DOCUMENT ME!
 655    *
 656    * @param e
 657    *          DOCUMENT ME!
 658    */
 659   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 660   {
 661     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 662   }
 663
 664   /**
 665    * DOCUMENT ME!
 666    *
 667    * @param e
 668    *          DOCUMENT ME!
 669    */
 670   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 671   {
 672     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 673   }
 674
 675   void makePDBImage(int type)
 676   {
 677     int width = getWidth();
 678     int height = getHeight();
 679
 680     jalview.util.ImageMaker im;
 681
 682     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 683     {
 684       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.PNG,
 685               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 686     }
 687     else
 688     {
 689       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.EPS,
 690               "Make EPS file from view", width, height, null,
 691               this.getTitle());
 692     }
 693
 694     if (im.getGraphics() != null)
 695     {
 696       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 697       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 698       im.writeImage();
 699     }
 700   }
 701
 702   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 703   {
 704     jmb.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 705     // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 706     jmb.colourBySequence(ap.alignFrame.viewport.showSequenceFeatures,
 707             ap.alignFrame.viewport.alignment);
 708   }
 709
 710   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 711   {
 712     chainColour.setSelected(true);
 713     jmb.colourByChain();
 714   }
 715
 716   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 717   {
 718     chargeColour.setSelected(true);
 719     jmb.colourByCharge();
 720   }
 721
 722   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 723   {
 724     zappoColour.setSelected(true);
 725     jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 726   }
 727
 728   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 729   {
 730     taylorColour.setSelected(true);
 731     jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 732   }
 733
 734   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 735   {
 736     hydroColour.setSelected(true);
 737     jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 738   }
 739
 740   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 741   {
 742     helixColour.setSelected(true);
 743     jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 744   }
 745
 746   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 747   {
 748     strandColour.setSelected(true);
 749     jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 750   }
 751
 752   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 753   {
 754     turnColour.setSelected(true);
 755     jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 756   }
 757
 758   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 759   {
 760     buriedColour.setSelected(true);
 761     jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 762   }
 763
 764   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 765   {
 766     userColour.setSelected(true);
 767     new UserDefinedColours(this, null);
 768   }
 769
 770   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 771   {
 772     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 773             "Select Background Colour", null);
 774     if (col != null)
 775     {
 776       jmb.setBackgroundColour(col);
 777     }
 778   }
 779
 780   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 781   {
 782     try
 783     {
 784       jalview.util.BrowserLauncher
 785               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 786     } catch (Exception ex)
 787     {
 788     }
 789   }
 790 public void showConsole(boolean showConsole)
 791   {
 792
 793     if (showConsole)
 794     {
 795       if (splitPane == null)
 796       {
 797         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 798         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 799         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 800         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 801         splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 802         scriptWindow.setVisible(true);
 803         scriptWindow.validate();
 804         splitPane.validate();
 805       }
 806
 807     }
 808     else
 809     {
 810       if (splitPane != null)
 811         {
 812           splitPane.setVisible(false);
 813         }
 814
 815       splitPane = null;
 816
 817       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 818     }
 819
 820     validate();
 821   }
 822   class RenderPanel extends JPanel
 823   {
 824     final Dimension currentSize = new Dimension();
 825
 826     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 827
 828     public void paintComponent(Graphics g)
 829     {
 830       getSize(currentSize);
 831       g.getClipBounds(rectClip);
 832
 833       if (jmb.fileLoadingError != null)
 834       {
 835         g.setColor(Color.black);
 836         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 837         g.setColor(Color.white);
 838         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 839         g.drawString("Error loading file...", 20, currentSize.height / 2);
 840         StringBuffer sb = new StringBuffer();
 841         int lines = 0;
 842         for (int e = 0; e < jmb.pdbentry.length; e++)
 843         {
 844           sb.append(jmb.pdbentry[e].getId());
 845           if (e < jmb.pdbentry.length - 1)
 846           {
 847             sb.append(",");
 848           }
 849
 850           if (e == jmb.pdbentry.length - 1 || sb.length() > 20)
 851           {
 852             lines++;
 853             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
 854                     * g.getFontMetrics().getHeight());
 855           }
 856         }
 857       }
 858       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
 859       {
 860         g.setColor(Color.black);
 861         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 862         g.setColor(Color.white);
 863         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 864         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 865       }
 866       else
 867       {
 868         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 869       }
 870     }
 871   }
 872
 873   String viewId = null;
 874
 875   public String getViewId()
 876   {
 877     if (viewId == null)
 878     {
 879       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
 880     }
 881     return viewId;
 882   }
 883
 884   public void updateTitleAndMenus()
 885   {
 886     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
 887     {
 888       repaint();
 889       return;
 890     }
 891     setChainMenuItems(jmb.chainNames);
 892     jmb.colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 893
 894     this.setTitle(jmb.getViewerTitle());
 895     if (jmb.getPdbFile().length > 1 && jmb.sequence.length > 1)
 896     {
 897       jmolActionMenu.setVisible(true);
 898     }
 899   }
 900
 901   /*
 902    * (non-Javadoc)
 903    *
 904    * @see
 905    * jalview.jbgui.GStructureViewer#alignStructs_actionPerformed(java.awt.event
 906    * .ActionEvent)
 907    */
 908   @Override
 909   protected void alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 910   {
 911
 912     try
 913     {
 914       jmb.superposeStructures(ap.av.getAlignment(), -1,
 915               ap.av.getColumnSelection());
 916     } catch (Exception e)
 917     {
 918       Cache.log.info("Couldn't align structures in alignframe "
 919               + ap.alignFrame.getTitle(), e);
 920
 921     }
 922   }
 923
 924   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI ucs)
 925   {
 926     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
 927
 928   }
 929
 930 }