src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  30 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  31 import jalview.io.JalviewFileView;
  32 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  35 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  36 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  37 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  38 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  39 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  40 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  41 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  42 import jalview.util.MessageManager;
  43 import jalview.util.Platform;
  44
  45 import java.awt.BorderLayout;
  46 import java.awt.Color;
  47 import java.awt.Dimension;
  48 import java.awt.Font;
  49 import java.awt.Graphics;
  50 import java.awt.Rectangle;
  51 import java.awt.event.ActionEvent;
  52 import java.awt.event.ActionListener;
  53 import java.awt.event.ItemEvent;
  54 import java.awt.event.ItemListener;
  55 import java.io.BufferedReader;
  56 import java.io.File;
  57 import java.io.FileOutputStream;
  58 import java.io.FileReader;
  59 import java.io.IOException;
  60 import java.io.PrintWriter;
  61 import java.util.ArrayList;
  62 import java.util.List;
  63 import java.util.Vector;
  64
  65 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  66 import javax.swing.JColorChooser;
  67 import javax.swing.JInternalFrame;
  68 import javax.swing.JMenu;
  69 import javax.swing.JMenuItem;
  70 import javax.swing.JOptionPane;
  71 import javax.swing.JPanel;
  72 import javax.swing.JSplitPane;
  73 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  74 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  75 import javax.swing.event.MenuEvent;
  76 import javax.swing.event.MenuListener;
  77
  78 public class AppJmol extends StructureViewerBase
  79 {
  80   AppJmolBinding jmb;
  81
  82   JPanel scriptWindow;
  83
  84   JSplitPane splitPane;
  85
  86   RenderPanel renderPanel;
  87
  88   ViewSelectionMenu seqColourBy;
  89
  90   /**
  91    *
  92    * @param files
  93    * @param ids
  94    * @param seqs
  95    * @param ap
  96    * @param usetoColour
  97    *          - add the alignment panel to the list used for colouring these
  98    *          structures
  99    * @param useToAlign
 100    *          - add the alignment panel to the list used for aligning these
 101    *          structures
 102    * @param leaveColouringToJmol
 103    *          - do not update the colours from any other source. Jmol is
 104    *          handling them
 105    * @param loadStatus
 106    * @param bounds
 107    * @param viewid
 108    */
 109   public AppJmol(String[] files, String[] ids, SequenceI[][] seqs,
 110           AlignmentPanel ap, boolean usetoColour, boolean useToAlign,
 111           boolean leaveColouringToJmol, String loadStatus,
 112           Rectangle bounds, String viewid)
 113   {
 114     PDBEntry[] pdbentrys = new PDBEntry[files.length];
 115     for (int i = 0; i < pdbentrys.length; i++)
 116     {
 117       // PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(files[i], ids[i]);
 118       PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(ids[i], null, PDBEntry.Type.PDB,
 119               files[i]);
 120       pdbentrys[i] = pdbentry;
 121     }
 122     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
 123     // autodiscovered.
 124     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 125             pdbentrys, seqs, null, null);
 126
 127     jmb.setLoadingFromArchive(true);
 128     addAlignmentPanel(ap);
 129     if (useToAlign)
 130     {
 131       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 132     }
 133     if (leaveColouringToJmol || !usetoColour)
 134     {
 135       jmb.setColourBySequence(false);
 136       seqColour.setSelected(false);
 137       viewerColour.setSelected(true);
 138     }
 139     else if (usetoColour)
 140     {
 141       useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 142       jmb.setColourBySequence(true);
 143       seqColour.setSelected(true);
 144       viewerColour.setSelected(false);
 145     }
 146     this.setBounds(bounds);
 147     initMenus();
 148     setViewId(viewid);
 149     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
 150     // bounds.width,bounds.height);
 151
 152     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 153     {
 154       @Override
 155       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 156       {
 157         closeViewer(false);
 158       }
 159     });
 160     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!
 161
 162   }
 163
 164   private void initMenus()
 165   {
 166     seqColour.setSelected(jmb.isColourBySequence());
 167     viewerColour.setSelected(!jmb.isColourBySequence());
 168     if (_colourwith == null)
 169     {
 170       _colourwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 171     }
 172     if (_alignwith == null)
 173     {
 174       _alignwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 175     }
 176
 177     seqColourBy = new ViewSelectionMenu(MessageManager.getString("label.colour_by"), this, _colourwith,
 178             new ItemListener()
 179             {
 180
 181               @Override
 182               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 183               {
 184                 if (!seqColour.isSelected())
 185                 {
 186                   seqColour.doClick();
 187                 }
 188                 else
 189                 {
 190                   // update the jmol display now.
 191                   seqColour_actionPerformed(null);
 192                 }
 193               }
 194             });
 195     viewMenu.add(seqColourBy);
 196     final ItemListener handler;
 197     JMenu alpanels = new ViewSelectionMenu(MessageManager.getString("label.superpose_with"), this,
 198             _alignwith, handler = new ItemListener()
 199             {
 200
 201               @Override
 202               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 203               {
 204                 alignStructs.setEnabled(_alignwith.size() > 0);
 205                 alignStructs.setToolTipText(MessageManager
 206                         .formatMessage(
 207                                 "label.align_structures_using_linked_alignment_views",
 208                                 new String[]
 209                                 { new Integer(_alignwith.size()).toString() }));
 210               }
 211             });
 212     handler.itemStateChanged(null);
 213     viewerActionMenu.add(alpanels);
 214     viewerActionMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 215     {
 216
 217       @Override
 218       public void menuSelected(MenuEvent e)
 219       {
 220         handler.itemStateChanged(null);
 221       }
 222
 223       @Override
 224       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 225       {
 226         // TODO Auto-generated method stub
 227
 228       }
 229
 230       @Override
 231       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 232       {
 233         // TODO Auto-generated method stub
 234
 235       }
 236     });
 237   }
 238
 239   IProgressIndicator progressBar = null;
 240
 241   /**
 242    * add a single PDB structure to a new or existing Jmol view
 243    *
 244    * @param pdbentry
 245    * @param seq
 246    * @param chains
 247    * @param ap
 248    */
 249   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 250           final AlignmentPanel ap)
 251   {
 252     progressBar = ap.alignFrame;
 253     String pdbId = pdbentry.getId();
 254
 255     /*
 256      * If the PDB file is already loaded, the user may just choose to add to an
 257      * existing viewer (or cancel)
 258      */
 259     if (addAlreadyLoadedFile(seq, chains, ap, pdbId))
 260     {
 261       return;
 262     }
 263
 264     /*
 265      * Check if there are other Jmol views involving this alignment and prompt
 266      * user about adding this molecule to one of them
 267      */
 268     if (addToExistingViewer(pdbentry, seq, chains, ap, pdbId))
 269     {
 270       return;
 271     }
 272
 273     /*
 274      * If the options above are declined or do not apply, open a new viewer
 275      */
 276     openNewJmol(ap, new PDBEntry[] { pdbentry }, new SequenceI[][] { seq });
 277   }
 278
 279   /**
 280    * Answers true if this viewer already involves the given PDB ID
 281    */
 282   @Override
 283   protected boolean hasPdbId(String pdbId)
 284   {
 285     return jmb.hasPdbId(pdbId);
 286   }
 287
 288   private void openNewJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 289           SequenceI[][] seqs)
 290   {
 291     progressBar = ap.alignFrame;
 292     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 293             pdbentrys, seqs, null, null);
 294     addAlignmentPanel(ap);
 295     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 296     if (pdbentrys.length > 1)
 297     {
 298       alignAddedStructures = true;
 299       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 300     }
 301     jmb.setColourBySequence(true);
 302     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 303     initMenus();
 304     worker = null;
 305     {
 306       addingStructures = false;
 307       worker = new Thread(this);
 308       worker.start();
 309     }
 310     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 311     {
 312       @Override
 313       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 314       {
 315         closeViewer(false);
 316       }
 317     });
 318
 319   }
 320
 321   /**
 322    * create a new Jmol containing several structures superimposed using the
 323    * given alignPanel.
 324    *
 325    * @param ap
 326    * @param pe
 327    * @param seqs
 328    */
 329   public AppJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pe, SequenceI[][] seqs)
 330   {
 331     openNewJmol(ap, pe, seqs);
 332   }
 333
 334   /**
 335    * Returns a list of any Jmol viewers. The list is restricted to those linked
 336    * to the given alignment panel if it is not null.
 337    */
 338   @Override
 339   protected List<StructureViewerBase> getViewersFor(AlignmentPanel apanel)
 340   {
 341     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<StructureViewerBase>();
 342     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 343
 344     for (JInternalFrame frame : frames)
 345     {
 346       if (frame instanceof AppJmol)
 347       {
 348         if (apanel == null
 349                 || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
 350         {
 351           result.add((StructureViewerBase) frame);
 352         }
 353       }
 354     }
 355     return result;
 356   }
 357
 358   void initJmol(String command)
 359   {
 360     jmb.setFinishedInit(false);
 361     renderPanel = new RenderPanel();
 362     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 363     // displaying
 364     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 365     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 366             getBounds().width, getBounds().height);
 367     if (scriptWindow == null)
 368     {
 369       BorderLayout bl = new BorderLayout();
 370       bl.setHgap(0);
 371       bl.setVgap(0);
 372       scriptWindow = new JPanel(bl);
 373       scriptWindow.setVisible(false);
 374     }
 375
 376     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "", scriptWindow,
 377             null);
 378     // jmb.newJmolPopup("Jmol");
 379     if (command == null)
 380     {
 381       command = "";
 382     }
 383     jmb.evalStateCommand(command);
 384     jmb.setFinishedInit(true);
 385   }
 386
 387   void setChainMenuItems(Vector<String> chains)
 388   {
 389     chainMenu.removeAll();
 390     if (chains == null)
 391     {
 392       return;
 393     }
 394     JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 395             MessageManager.getString("label.all"));
 396     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 397     {
 398       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 399       {
 400         allChainsSelected = true;
 401         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 402         {
 403           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 404           {
 405             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 406           }
 407         }
 408         centerViewer();
 409         allChainsSelected = false;
 410       }
 411     });
 412
 413     chainMenu.add(menuItem);
 414
 415     for (String chain : chains)
 416     {
 417       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chain, true);
 418       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 419       {
 420         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 421         {
 422           if (!allChainsSelected)
 423           {
 424             centerViewer();
 425           }
 426         }
 427       });
 428
 429       chainMenu.add(menuItem);
 430     }
 431   }
 432
 433   boolean allChainsSelected = false;
 434
 435   void centerViewer()
 436   {
 437     Vector<String> toshow = new Vector<String>();
 438     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 439     {
 440       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 441       {
 442         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 443         if (item.isSelected())
 444         {
 445           toshow.addElement(item.getText());
 446         }
 447       }
 448     }
 449     jmb.centerViewer(toshow);
 450   }
 451
 452   public void closeViewer(boolean closeExternalViewer)
 453   {
 454     // Jmol does not use an external viewer
 455     if (jmb != null)
 456     {
 457       jmb.closeViewer();
 458     }
 459     setAlignmentPanel(null);
 460     _aps.clear();
 461     _alignwith.clear();
 462     _colourwith.clear();
 463     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 464     // holds a reference to the window
 465     jmb = null;
 466   }
 467
 468   public void run()
 469   {
 470     _started = true;
 471     String pdbid = "";
 472     // todo - record which pdbids were successfuly imported.
 473     StringBuffer errormsgs = new StringBuffer(), files = new StringBuffer();
 474     try
 475     {
 476       String[] curfiles = jmb.getPdbFile(); // files currently in viewer
 477       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 478       // as a DBRef?)
 479       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 480       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 481       {
 482         String file = jmb.getPdbEntry(pi).getFile();
 483         if (file == null)
 484         {
 485           // retrieve the pdb and store it locally
 486           AlignmentI pdbseq = null;
 487           pdbid = jmb.getPdbEntry(pi).getId();
 488           long hdl = pdbid.hashCode() - System.currentTimeMillis();
 489           if (progressBar != null)
 490           {
 491             progressBar.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.fetching_pdb", new String[]{pdbid}), hdl);
 492           }
 493           try
 494           {
 495             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 496           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 497           {
 498             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 499           } catch (Exception ex)
 500           {
 501             ex.printStackTrace();
 502             errormsgs.append("'" + pdbid + "'");
 503           }
 504           if (progressBar != null)
 505           {
 506             progressBar.setProgressBar(MessageManager.getString("label.state_completed"), hdl);
 507           }
 508           if (pdbseq != null)
 509           {
 510             // just transfer the file name from the first sequence's first
 511             // PDBEntry
 512             file = new File(pdbseq.getSequenceAt(0).getAllPDBEntries()
 513                     .elementAt(0).getFile()).getAbsolutePath();
 514             jmb.getPdbEntry(pi).setFile(file);
 515
 516             files.append(" \"" + Platform.escapeString(file) + "\"");
 517           }
 518           else
 519           {
 520             errormsgs.append("'" + pdbid + "' ");
 521           }
 522         }
 523         else
 524         {
 525           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 526           {
 527             addingStructures = true; // already files loaded.
 528             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 529             {
 530               if (curfiles[c].equals(file))
 531               {
 532                 file = null;
 533                 break;
 534               }
 535             }
 536           }
 537           if (file != null)
 538           {
 539             files.append(" \"" + Platform.escapeString(file) + "\"");
 540           }
 541         }
 542       }
 543     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 544     {
 545       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 546     } catch (Exception ex)
 547     {
 548       ex.printStackTrace();
 549       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '" + pdbid
 550               + "'");
 551     }
 552     if (errormsgs.length() > 0)
 553     {
 554
 555       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 556               .formatMessage("label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved",
 557                       new String[]
 558                       { errormsgs.toString() }), MessageManager
 559               .getString("label.couldnt_load_file"),
 560               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 561
 562     }
 563     long lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 564     if (files.length() > 0)
 565     {
 566       if (!addingStructures)
 567       {
 568
 569         try
 570         {
 571           initJmol("load FILES " + files.toString());
 572         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 573         {
 574           new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 575           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 576         } catch (Exception ex)
 577         {
 578           Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 579         }
 580       }
 581       else
 582       {
 583         StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 584         cmd.append("loadingJalviewdata=true\nload APPEND ");
 585         cmd.append(files.toString());
 586         cmd.append("\nloadingJalviewdata=null");
 587         final String command = cmd.toString();
 588         cmd = null;
 589         lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 590
 591         try
 592         {
 593           jmb.evalStateCommand(command);
 594         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 595         {
 596           new OOMWarning(
 597                   "When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 598                   oomerror);
 599           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 600         } catch (Exception ex)
 601         {
 602           Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 603         }
 604       }
 605
 606       // need to wait around until script has finished
 607       while (addingStructures ? lastnotify >= jmb.getLoadNotifiesHandled()
 608               : (!jmb.isFinishedInit() && jmb.getPdbFile() != null && jmb
 609                       .getPdbFile().length != jmb.getPdbCount()))
 610       {
 611         try
 612         {
 613           Cache.log.debug("Waiting around for jmb notify.");
 614           Thread.sleep(35);
 615         } catch (Exception e)
 616         {
 617         }
 618       }
 619
 620       // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 621       for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 622       {
 623         jmb.updateColours(ap);
 624       }
 625       // do superposition if asked to
 626       if (Cache.getDefault("AUTOSUPERIMPOSE", true) && alignAddedStructures)
 627       {
 628         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 629         {
 630           public void run()
 631           {
 632             if (jmb.viewer.isScriptExecuting())
 633             {
 634               javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(this);
 635               try
 636               {
 637                 Thread.sleep(5);
 638               } catch (InterruptedException q)
 639               {
 640               }
 641               ;
 642               return;
 643             }
 644             else
 645             {
 646               alignStructs_withAllAlignPanels();
 647             }
 648           }
 649         });
 650         alignAddedStructures = false;
 651       }
 652       addingStructures = false;
 653
 654     }
 655     _started = false;
 656     worker = null;
 657   }
 658
 659   @Override
 660   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 661   {
 662     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 663             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 664
 665     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 666     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_pdb_file"));
 667     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 668
 669     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 670
 671     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 672     {
 673       BufferedReader in = null;
 674       try
 675       {
 676         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 677         in = new BufferedReader(new FileReader(
 678                 jmb.getPdbFile()[0]));
 679         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 680
 681         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 682         String data;
 683         while ((data = in.readLine()) != null)
 684         {
 685           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 686           {
 687             out.println(data);
 688           }
 689         }
 690         out.close();
 691       } catch (Exception ex)
 692       {
 693         ex.printStackTrace();
 694       } finally
 695       {
 696         if (in != null)
 697         {
 698           try
 699           {
 700             in.close();
 701           } catch (IOException e)
 702           {
 703             // ignore
 704           }
 705         }
 706       }
 707     }
 708   }
 709
 710   @Override
 711   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 712   {
 713     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 714     try
 715     {
 716       cap.appendText(jmb.printMappings());
 717     } catch (OutOfMemoryError e)
 718     {
 719       new OOMWarning(
 720               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 721               e);
 722       cap.dispose();
 723       return;
 724     }
 725     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap,
 726             MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
 727             600);
 728   }
 729
 730   @Override
 731   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 732   {
 733     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 734   }
 735
 736   @Override
 737   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 738   {
 739     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 740   }
 741
 742   void makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 743   {
 744     int width = getWidth();
 745     int height = getHeight();
 746
 747     jalview.util.ImageMaker im;
 748
 749     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 750     {
 751       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 752               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG,
 753               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 754     }
 755     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 756     {
 757       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 758               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS,
 759               "Make EPS file from view", width, height, null,
 760               this.getTitle());
 761     }
 762     else
 763     {
 764
 765       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 766               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 767               width, height, null, this.getTitle());
 768     }
 769
 770     if (im.getGraphics() != null)
 771     {
 772       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), width, height);
 773       im.writeImage();
 774     }
 775   }
 776
 777   @Override
 778   public void viewerColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 779   {
 780     if (viewerColour.isSelected())
 781     {
 782       // disable automatic sequence colouring.
 783       jmb.setColourBySequence(false);
 784     }
 785   }
 786
 787   @Override
 788   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 789   {
 790     jmb.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 791     if (_colourwith == null)
 792     {
 793       _colourwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 794     }
 795     if (jmb.isColourBySequence())
 796     {
 797       if (!jmb.isLoadingFromArchive())
 798       {
 799         if (_colourwith.size() == 0 && getAlignmentPanel() != null)
 800         {
 801           // Make the currently displayed alignment panel the associated view
 802           _colourwith.add(getAlignmentPanel().alignFrame.alignPanel);
 803         }
 804       }
 805       // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 806       for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 807       {
 808         jmb.colourBySequence(ap);
 809       }
 810     }
 811   }
 812
 813   @Override
 814   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 815   {
 816     chainColour.setSelected(true);
 817     jmb.colourByChain();
 818   }
 819
 820   @Override
 821   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 822   {
 823     chargeColour.setSelected(true);
 824     jmb.colourByCharge();
 825   }
 826
 827   @Override
 828   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 829   {
 830     zappoColour.setSelected(true);
 831     jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 832   }
 833
 834   @Override
 835   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 836   {
 837     taylorColour.setSelected(true);
 838     jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 839   }
 840
 841   @Override
 842   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 843   {
 844     hydroColour.setSelected(true);
 845     jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 846   }
 847
 848   @Override
 849   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 850   {
 851     helixColour.setSelected(true);
 852     jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 853   }
 854
 855   @Override
 856   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 857   {
 858     strandColour.setSelected(true);
 859     jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 860   }
 861
 862   @Override
 863   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 864   {
 865     turnColour.setSelected(true);
 866     jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 867   }
 868
 869   @Override
 870   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 871   {
 872     buriedColour.setSelected(true);
 873     jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 874   }
 875
 876   @Override
 877   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 878   {
 879     setJalviewColourScheme(new PurinePyrimidineColourScheme());
 880   }
 881
 882   @Override
 883   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 884   {
 885     userColour.setSelected(true);
 886     new UserDefinedColours(this, null);
 887   }
 888
 889   @Override
 890   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 891   {
 892     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 893             MessageManager.getString("label.select_backgroud_colour"), null);
 894     if (col != null)
 895     {
 896       jmb.setBackgroundColour(col);
 897     }
 898   }
 899
 900   @Override
 901   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 902   {
 903     try
 904     {
 905       jalview.util.BrowserLauncher
 906               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 907     } catch (Exception ex)
 908     {
 909     }
 910   }
 911
 912   public void showConsole(boolean showConsole)
 913   {
 914
 915     if (showConsole)
 916     {
 917       if (splitPane == null)
 918       {
 919         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 920         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 921         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 922         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 923         splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 924         scriptWindow.setVisible(true);
 925         scriptWindow.validate();
 926         splitPane.validate();
 927       }
 928
 929     }
 930     else
 931     {
 932       if (splitPane != null)
 933       {
 934         splitPane.setVisible(false);
 935       }
 936
 937       splitPane = null;
 938
 939       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 940     }
 941
 942     validate();
 943   }
 944
 945   class RenderPanel extends JPanel
 946   {
 947     final Dimension currentSize = new Dimension();
 948
 949     @Override
 950     public void paintComponent(Graphics g)
 951     {
 952       getSize(currentSize);
 953
 954       if (jmb != null && jmb.fileLoadingError != null)
 955       {
 956         g.setColor(Color.black);
 957         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 958         g.setColor(Color.white);
 959         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 960         g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_file")
 961                 + "...", 20, currentSize.height / 2);
 962         StringBuffer sb = new StringBuffer();
 963         int lines = 0;
 964         for (int e = 0; e < jmb.getPdbCount(); e++)
 965         {
 966           sb.append(jmb.getPdbEntry(e).getId());
 967           if (e < jmb.getPdbCount() - 1)
 968           {
 969             sb.append(",");
 970           }
 971
 972           if (e == jmb.getPdbCount() - 1 || sb.length() > 20)
 973           {
 974             lines++;
 975             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
 976                     * g.getFontMetrics().getHeight());
 977           }
 978         }
 979       }
 980       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
 981       {
 982         g.setColor(Color.black);
 983         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 984         g.setColor(Color.white);
 985         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 986         g.drawString(MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
 987                 20, currentSize.height / 2);
 988       }
 989       else
 990       {
 991         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize.width,
 992                 currentSize.height);
 993       }
 994     }
 995   }
 996
 997   public void updateTitleAndMenus()
 998   {
 999     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
1000     {
1001       repaint();
1002       return;
1003     }
1004     setChainMenuItems(jmb.chainNames);
1005
1006     this.setTitle(jmb.getViewerTitle());
1007     if (jmb.getPdbFile().length > 1 && jmb.getSequence().length > 1)
1008     {
1009       viewerActionMenu.setVisible(true);
1010     }
1011     if (!jmb.isLoadingFromArchive())
1012     {
1013       seqColour_actionPerformed(null);
1014     }
1015   }
1016
1017   /*
1018    * (non-Javadoc)
1019    *
1020    * @see
1021    * jalview.jbgui.GStructureViewer#alignStructs_actionPerformed(java.awt.event
1022    * .ActionEvent)
1023    */
1024   @Override
1025   protected void alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1026   {
1027     alignStructs_withAllAlignPanels();
1028   }
1029
1030   private void alignStructs_withAllAlignPanels()
1031   {
1032     if (getAlignmentPanel() == null)
1033     {
1034       return;
1035     }
1036     ;
1037     if (_alignwith.size() == 0)
1038     {
1039       _alignwith.add(getAlignmentPanel());
1040     }
1041     ;
1042     try
1043     {
1044       AlignmentI[] als = new Alignment[_alignwith.size()];
1045       ColumnSelection[] alc = new ColumnSelection[_alignwith.size()];
1046       int[] alm = new int[_alignwith.size()];
1047       int a = 0;
1048
1049       for (AlignmentPanel ap : _alignwith)
1050       {
1051         als[a] = ap.av.getAlignment();
1052         alm[a] = -1;
1053         alc[a++] = ap.av.getColumnSelection();
1054       }
1055       jmb.superposeStructures(als, alm, alc);
1056     } catch (Exception e)
1057     {
1058       StringBuffer sp = new StringBuffer();
1059       for (AlignmentPanel ap : _alignwith)
1060       {
1061         sp.append("'" + ap.alignFrame.getTitle() + "' ");
1062       }
1063       Cache.log.info("Couldn't align structures with the " + sp.toString()
1064               + "associated alignment panels.", e);
1065
1066     }
1067
1068   }
1069
1070   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI ucs)
1071   {
1072     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
1073
1074   }
1075
1076   /**
1077    *
1078    * @param alignment
1079    * @return first alignment panel displaying given alignment, or the default
1080    *         alignment panel
1081    */
1082   public AlignmentPanel getAlignmentPanelFor(AlignmentI alignment)
1083   {
1084     for (AlignmentPanel ap : getAllAlignmentPanels())
1085     {
1086       if (ap.av.getAlignment() == alignment)
1087       {
1088         return ap;
1089       }
1090     }
1091     return getAlignmentPanel();
1092   }
1093
1094   @Override
1095   public AAStructureBindingModel getBinding()
1096   {
1097     return this.jmb;
1098   }
1099
1100   @Override
1101   public String getStateInfo()
1102   {
1103     return jmb == null ? null : jmb.viewer.getStateInfo();
1104   }
1105
1106   @Override
1107   public ViewerType getViewerType()
1108   {
1109     return ViewerType.JMOL;
1110   }
1111
1112   @Override
1113   protected AAStructureBindingModel getBindingModel()
1114   {
1115     return jmb;
1116   }
1117
1118 }