src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  32 import jalview.io.JalviewFileView;
  33 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  36 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  37 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  38 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  39 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  40 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  41 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  42 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  43 import jalview.util.MessageManager;
  44 import jalview.util.Platform;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Dimension;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.Graphics;
  51 import java.awt.Rectangle;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.ItemEvent;
  55 import java.awt.event.ItemListener;
  56 import java.io.BufferedReader;
  57 import java.io.File;
  58 import java.io.FileOutputStream;
  59 import java.io.FileReader;
  60 import java.io.IOException;
  61 import java.io.PrintWriter;
  62 import java.util.Vector;
  63
  64 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  65 import javax.swing.JColorChooser;
  66 import javax.swing.JInternalFrame;
  67 import javax.swing.JMenu;
  68 import javax.swing.JMenuItem;
  69 import javax.swing.JOptionPane;
  70 import javax.swing.JPanel;
  71 import javax.swing.JSplitPane;
  72 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  73 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  74 import javax.swing.event.MenuEvent;
  75 import javax.swing.event.MenuListener;
  76
  77 public class AppJmol extends StructureViewerBase
  78 {
  79   AppJmolBinding jmb;
  80
  81   JPanel scriptWindow;
  82
  83   JSplitPane splitPane;
  84
  85   RenderPanel renderPanel;
  86
  87   private boolean addingStructures = false;
  88
  89   ViewSelectionMenu seqColourBy;
  90
  91   /**
  92    *
  93    * @param files
  94    * @param ids
  95    * @param seqs
  96    * @param ap
  97    * @param usetoColour
  98    *          - add the alignment panel to the list used for colouring these
  99    *          structures
 100    * @param useToAlign
 101    *          - add the alignment panel to the list used for aligning these
 102    *          structures
 103    * @param leaveColouringToJmol
 104    *          - do not update the colours from any other source. Jmol is
 105    *          handling them
 106    * @param loadStatus
 107    * @param bounds
 108    * @param viewid
 109    */
 110   public AppJmol(String[] files, String[] ids, SequenceI[][] seqs,
 111           AlignmentPanel ap, boolean usetoColour, boolean useToAlign,
 112           boolean leaveColouringToJmol, String loadStatus,
 113           Rectangle bounds, String viewid)
 114   {
 115     PDBEntry[] pdbentrys = new PDBEntry[files.length];
 116     for (int i = 0; i < pdbentrys.length; i++)
 117     {
 118       // PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(files[i], ids[i]);
 119       PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(ids[i], null, PDBEntry.Type.PDB,
 120               files[i]);
 121       pdbentrys[i] = pdbentry;
 122     }
 123     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
 124     // autodiscovered.
 125     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 126             pdbentrys, seqs, null, null);
 127
 128     jmb.setLoadingFromArchive(true);
 129     addAlignmentPanel(ap);
 130     if (useToAlign)
 131     {
 132       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 133     }
 134     if (leaveColouringToJmol || !usetoColour)
 135     {
 136       jmb.setColourBySequence(false);
 137       seqColour.setSelected(false);
 138       viewerColour.setSelected(true);
 139     }
 140     else if (usetoColour)
 141     {
 142       useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 143       jmb.setColourBySequence(true);
 144       seqColour.setSelected(true);
 145       viewerColour.setSelected(false);
 146     }
 147     this.setBounds(bounds);
 148     initMenus();
 149     setViewId(viewid);
 150     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
 151     // bounds.width,bounds.height);
 152
 153     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 154     {
 155       @Override
 156       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 157       {
 158         closeViewer(false);
 159       }
 160     });
 161     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!
 162
 163   }
 164
 165   private void initMenus()
 166   {
 167     seqColour.setSelected(jmb.isColourBySequence());
 168     viewerColour.setSelected(!jmb.isColourBySequence());
 169     if (_colourwith == null)
 170     {
 171       _colourwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 172     }
 173     if (_alignwith == null)
 174     {
 175       _alignwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 176     }
 177
 178     seqColourBy = new ViewSelectionMenu(MessageManager.getString("label.colour_by"), this, _colourwith,
 179             new ItemListener()
 180             {
 181
 182               @Override
 183               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 184               {
 185                 if (!seqColour.isSelected())
 186                 {
 187                   seqColour.doClick();
 188                 }
 189                 else
 190                 {
 191                   // update the jmol display now.
 192                   seqColour_actionPerformed(null);
 193                 }
 194               }
 195             });
 196     viewMenu.add(seqColourBy);
 197     final ItemListener handler;
 198     JMenu alpanels = new ViewSelectionMenu(MessageManager.getString("label.superpose_with"), this,
 199             _alignwith, handler = new ItemListener()
 200             {
 201
 202               @Override
 203               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 204               {
 205                 alignStructs.setEnabled(_alignwith.size() > 0);
 206                 alignStructs.setToolTipText(MessageManager
 207                         .formatMessage(
 208                                 "label.align_structures_using_linked_alignment_views",
 209                                 new String[]
 210                                 { new Integer(_alignwith.size()).toString() }));
 211               }
 212             });
 213     handler.itemStateChanged(null);
 214     viewerActionMenu.add(alpanels);
 215     viewerActionMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 216     {
 217
 218       @Override
 219       public void menuSelected(MenuEvent e)
 220       {
 221         handler.itemStateChanged(null);
 222       }
 223
 224       @Override
 225       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 226       {
 227         // TODO Auto-generated method stub
 228
 229       }
 230
 231       @Override
 232       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 233       {
 234         // TODO Auto-generated method stub
 235
 236       }
 237     });
 238   }
 239
 240   IProgressIndicator progressBar = null;
 241
 242   /**
 243    * add a single PDB structure to a new or existing Jmol view
 244    *
 245    * @param pdbentry
 246    * @param seq
 247    * @param chains
 248    * @param ap
 249    */
 250   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 251           final AlignmentPanel ap)
 252   {
 253     progressBar = ap.alignFrame;
 254     // ////////////////////////////////
 255     // Is the pdb file already loaded?
 256     String alreadyMapped = ap.getStructureSelectionManager()
 257             .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
 258
 259     if (alreadyMapped != null)
 260     {
 261       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 262               MessageManager.formatMessage(
 263                       "label.pdb_entry_is_already_displayed", new String[]
 264                       { pdbentry.getId() }), MessageManager.formatMessage(
 265                       "label.map_sequences_to_visible_window", new String[]
 266                       { pdbentry.getId() }),
 267               JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 268
 269       if (option == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
 270       {
 271         return;
 272       }
 273       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 274       {
 275         // TODO : Fix multiple seq to one chain issue here.
 276         ap.getStructureSelectionManager().setMapping(seq, chains,
 277                 alreadyMapped, AppletFormatAdapter.FILE);
 278         if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr != null)
 279         {
 280           ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.featuresAdded();
 281           ap.paintAlignment(true);
 282         }
 283
 284         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 285         // the exisiting array
 286         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 287
 288         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 289         {
 290           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 291           {
 292             final AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 293             // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui
 294             // routine
 295             for (int pe = 0; pe < topJmol.jmb.getPdbCount(); pe++)
 296             {
 297               if (topJmol.jmb.getPdbEntry(pe).getFile()
 298                       .equals(alreadyMapped))
 299               {
 300                 topJmol.jmb.addSequence(pe, seq);
 301                 topJmol.addAlignmentPanel(ap);
 302                 // add it to the set used for colouring
 303                 topJmol.useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 304                 topJmol.buildActionMenu();
 305                 ap.getStructureSelectionManager()
 306                         .sequenceColoursChanged(ap);
 307                 break;
 308               }
 309             }
 310           }
 311         }
 312
 313         return;
 314       }
 315     }
 316
 317     /*
 318      * Check if there are other Jmol views involving this alignment and prompt
 319      * user about adding this molecule to one of them
 320      */
 321     for (AppJmol topJmol : getJmolsFor(ap))
 322     {
 323       // TODO: highlight topJmol in view somehow
 324       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 325               MessageManager.formatMessage("label.add_pdbentry_to_view",
 326                       new String[]
 327                       { pdbentry.getId(), topJmol.getTitle() }),
 328               MessageManager
 329                       .getString("label.align_to_existing_structure_view"),
 330               JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 331       if (option == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
 332       {
 333         return;
 334       }
 335       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 336       {
 337         topJmol.useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 338         topJmol.addStructure(pdbentry, seq, chains, true, ap.alignFrame);
 339         return;
 340       }
 341     }
 342     // /////////////////////////////////
 343     openNewJmol(ap, new PDBEntry[]
 344     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 345     { seq });
 346   }
 347
 348   private void openNewJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 349           SequenceI[][] seqs)
 350   {
 351     progressBar = ap.alignFrame;
 352     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 353             pdbentrys, seqs, null, null);
 354     addAlignmentPanel(ap);
 355     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 356     if (pdbentrys.length > 1)
 357     {
 358       alignAddedStructures = true;
 359       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 360     }
 361     jmb.setColourBySequence(true);
 362     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 363     initMenus();
 364     worker = null;
 365     {
 366       addingStructures = false;
 367       worker = new Thread(this);
 368       worker.start();
 369     }
 370     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 371     {
 372       @Override
 373       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 374       {
 375         closeViewer(false);
 376       }
 377     });
 378
 379   }
 380
 381   /**
 382    * create a new Jmol containing several structures superimposed using the
 383    * given alignPanel.
 384    *
 385    * @param ap
 386    * @param pe
 387    * @param seqs
 388    */
 389   public AppJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pe, SequenceI[][] seqs)
 390   {
 391     openNewJmol(ap, pe, seqs);
 392   }
 393
 394   /**
 395    * pdb retrieval thread.
 396    */
 397   private Thread worker = null;
 398
 399   /**
 400    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 401    * retrieving it if necessary first.
 402    *
 403    * @param pdbentry
 404    * @param seq
 405    * @param chains
 406    * @param alignFrame
 407    * @param align
 408    *          if true, new structure(s) will be align using associated alignment
 409    */
 410   private void addStructure(final PDBEntry pdbentry, final SequenceI[] seq,
 411           final String[] chains, final boolean b,
 412           final IProgressIndicator alignFrame)
 413   {
 414     if (pdbentry.getFile() == null)
 415     {
 416       if (worker != null && worker.isAlive())
 417       {
 418         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 419         // queue.
 420         new Thread(new Runnable()
 421         {
 422           public void run()
 423           {
 424             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 425             {
 426               try
 427               {
 428                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 429
 430               } catch (Exception e)
 431               {
 432               }
 433
 434             }
 435             // and call ourselves again.
 436             addStructure(pdbentry, seq, chains, b, alignFrame);
 437           }
 438         }).start();
 439         return;
 440       }
 441     }
 442     // otherwise, start adding the structure.
 443     jmb.addSequenceAndChain(new PDBEntry[]
 444     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 445     { seq }, new String[][]
 446     { chains });
 447     addingStructures = true;
 448     _started = false;
 449     alignAddedStructures = b;
 450     progressBar = alignFrame; // visual indication happens on caller frame.
 451     (worker = new Thread(this)).start();
 452     return;
 453   }
 454
 455   private Vector<AppJmol> getJmolsFor(AlignmentPanel apanel)
 456   {
 457     Vector<AppJmol> result = new Vector<AppJmol>();
 458     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 459
 460     for (JInternalFrame frame : frames)
 461     {
 462       if (frame instanceof AppJmol)
 463       {
 464         if (((AppJmol) frame).isLinkedWith(apanel))
 465         {
 466           result.addElement((AppJmol) frame);
 467         }
 468       }
 469     }
 470     return result;
 471   }
 472
 473   void initJmol(String command)
 474   {
 475     jmb.setFinishedInit(false);
 476     renderPanel = new RenderPanel();
 477     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 478     // displaying
 479     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 480     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 481             getBounds().width, getBounds().height);
 482     if (scriptWindow == null)
 483     {
 484       BorderLayout bl = new BorderLayout();
 485       bl.setHgap(0);
 486       bl.setVgap(0);
 487       scriptWindow = new JPanel(bl);
 488       scriptWindow.setVisible(false);
 489     }
 490
 491     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "", scriptWindow,
 492             null);
 493     // jmb.newJmolPopup("Jmol");
 494     if (command == null)
 495     {
 496       command = "";
 497     }
 498     jmb.evalStateCommand(command);
 499     jmb.setFinishedInit(true);
 500   }
 501
 502   void setChainMenuItems(Vector<String> chains)
 503   {
 504     chainMenu.removeAll();
 505     if (chains == null)
 506     {
 507       return;
 508     }
 509     JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 510             MessageManager.getString("label.all"));
 511     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 512     {
 513       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 514       {
 515         allChainsSelected = true;
 516         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 517         {
 518           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 519           {
 520             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 521           }
 522         }
 523         centerViewer();
 524         allChainsSelected = false;
 525       }
 526     });
 527
 528     chainMenu.add(menuItem);
 529
 530     for (String chain : chains)
 531     {
 532       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chain, true);
 533       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 534       {
 535         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 536         {
 537           if (!allChainsSelected)
 538           {
 539             centerViewer();
 540           }
 541         }
 542       });
 543
 544       chainMenu.add(menuItem);
 545     }
 546   }
 547
 548   boolean allChainsSelected = false;
 549
 550   private boolean alignAddedStructures = false;
 551
 552   void centerViewer()
 553   {
 554     Vector<String> toshow = new Vector<String>();
 555     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 556     {
 557       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 558       {
 559         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 560         if (item.isSelected())
 561         {
 562           toshow.addElement(item.getText());
 563         }
 564       }
 565     }
 566     jmb.centerViewer(toshow);
 567   }
 568
 569   public void closeViewer(boolean closeExternalViewer)
 570   {
 571     // JMol does not use an external viewer
 572     jmb.closeViewer();
 573     setAlignmentPanel(null);
 574     _aps.clear();
 575     _alignwith.clear();
 576     _colourwith.clear();
 577     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 578     // holds a reference to the window
 579     jmb = null;
 580   }
 581
 582   /**
 583    * state flag for PDB retrieval thread
 584    */
 585   private boolean _started = false;
 586
 587   public void run()
 588   {
 589     _started = true;
 590     String pdbid = "";
 591     // todo - record which pdbids were successfuly imported.
 592     StringBuffer errormsgs = new StringBuffer(), files = new StringBuffer();
 593     try
 594     {
 595       String[] curfiles = jmb.getPdbFile(); // files currently in viewer
 596       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 597       // as a DBRef?)
 598       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 599       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 600       {
 601         String file = jmb.getPdbEntry(pi).getFile();
 602         if (file == null)
 603         {
 604           // retrieve the pdb and store it locally
 605           AlignmentI pdbseq = null;
 606           pdbid = jmb.getPdbEntry(pi).getId();
 607           long hdl = pdbid.hashCode() - System.currentTimeMillis();
 608           if (progressBar != null)
 609           {
 610             progressBar.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.fetching_pdb", new String[]{pdbid}), hdl);
 611           }
 612           try
 613           {
 614             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 615           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 616           {
 617             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 618           } catch (Exception ex)
 619           {
 620             ex.printStackTrace();
 621             errormsgs.append("'" + pdbid + "'");
 622           }
 623           if (progressBar != null)
 624           {
 625             progressBar.setProgressBar(MessageManager.getString("label.state_completed"), hdl);
 626           }
 627           if (pdbseq != null)
 628           {
 629             // just transfer the file name from the first sequence's first
 630             // PDBEntry
 631             file = new File(pdbseq.getSequenceAt(0).getAllPDBEntries()
 632                     .elementAt(0).getFile()).getAbsolutePath();
 633             jmb.getPdbEntry(pi).setFile(file);
 634
 635             files.append(" \"" + Platform.escapeString(file) + "\"");
 636           }
 637           else
 638           {
 639             errormsgs.append("'" + pdbid + "' ");
 640           }
 641         }
 642         else
 643         {
 644           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 645           {
 646             addingStructures = true; // already files loaded.
 647             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 648             {
 649               if (curfiles[c].equals(file))
 650               {
 651                 file = null;
 652                 break;
 653               }
 654             }
 655           }
 656           if (file != null)
 657           {
 658             files.append(" \"" + Platform.escapeString(file) + "\"");
 659           }
 660         }
 661       }
 662     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 663     {
 664       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 665     } catch (Exception ex)
 666     {
 667       ex.printStackTrace();
 668       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '" + pdbid
 669               + "'");
 670     }
 671     if (errormsgs.length() > 0)
 672     {
 673
 674       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 675               .formatMessage("label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved",
 676                       new String[]
 677                       { errormsgs.toString() }), MessageManager
 678               .getString("label.couldnt_load_file"),
 679               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 680
 681     }
 682     long lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 683     if (files.length() > 0)
 684     {
 685       if (!addingStructures)
 686       {
 687
 688         try
 689         {
 690           initJmol("load FILES " + files.toString());
 691         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 692         {
 693           new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 694           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 695         } catch (Exception ex)
 696         {
 697           Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 698         }
 699       }
 700       else
 701       {
 702         StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 703         cmd.append("loadingJalviewdata=true\nload APPEND ");
 704         cmd.append(files.toString());
 705         cmd.append("\nloadingJalviewdata=null");
 706         final String command = cmd.toString();
 707         cmd = null;
 708         lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 709
 710         try
 711         {
 712           jmb.evalStateCommand(command);
 713         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 714         {
 715           new OOMWarning(
 716                   "When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 717                   oomerror);
 718           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 719         } catch (Exception ex)
 720         {
 721           Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 722         }
 723       }
 724
 725       // need to wait around until script has finished
 726       while (addingStructures ? lastnotify >= jmb.getLoadNotifiesHandled()
 727               : (!jmb.isFinishedInit() && jmb.getPdbFile() != null && jmb
 728                       .getPdbFile().length != jmb.getPdbCount()))
 729       {
 730         try
 731         {
 732           Cache.log.debug("Waiting around for jmb notify.");
 733           Thread.sleep(35);
 734         } catch (Exception e)
 735         {
 736         }
 737       }
 738
 739       // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 740       for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 741       {
 742         jmb.updateColours(ap);
 743       }
 744       // do superposition if asked to
 745       if (alignAddedStructures)
 746       {
 747         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 748         {
 749           public void run()
 750           {
 751             if (jmb.viewer.isScriptExecuting())
 752             {
 753               javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(this);
 754               try
 755               {
 756                 Thread.sleep(5);
 757               } catch (InterruptedException q)
 758               {
 759               }
 760               ;
 761               return;
 762             }
 763             else
 764             {
 765               alignStructs_withAllAlignPanels();
 766             }
 767           }
 768         });
 769         alignAddedStructures = false;
 770       }
 771       addingStructures = false;
 772
 773     }
 774     _started = false;
 775     worker = null;
 776   }
 777
 778   @Override
 779   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 780   {
 781     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 782             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 783
 784     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 785     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_pdb_file"));
 786     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 787
 788     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 789
 790     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 791     {
 792       BufferedReader in = null;
 793       try
 794       {
 795         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 796         in = new BufferedReader(new FileReader(
 797                 jmb.getPdbFile()[0]));
 798         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 799
 800         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 801         String data;
 802         while ((data = in.readLine()) != null)
 803         {
 804           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 805           {
 806             out.println(data);
 807           }
 808         }
 809         out.close();
 810       } catch (Exception ex)
 811       {
 812         ex.printStackTrace();
 813       } finally
 814       {
 815         if (in != null)
 816         {
 817           try
 818           {
 819             in.close();
 820           } catch (IOException e)
 821           {
 822             // ignore
 823           }
 824         }
 825       }
 826     }
 827   }
 828
 829   @Override
 830   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 831   {
 832     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 833     try
 834     {
 835       cap.appendText(jmb.printMappings());
 836     } catch (OutOfMemoryError e)
 837     {
 838       new OOMWarning(
 839               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 840               e);
 841       cap.dispose();
 842       return;
 843     }
 844     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap,
 845             MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
 846             600);
 847   }
 848
 849   @Override
 850   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 851   {
 852     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 853   }
 854
 855   @Override
 856   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 857   {
 858     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 859   }
 860
 861   void makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 862   {
 863     int width = getWidth();
 864     int height = getHeight();
 865
 866     jalview.util.ImageMaker im;
 867
 868     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 869     {
 870       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 871               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG,
 872               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 873     }
 874     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 875     {
 876       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 877               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS,
 878               "Make EPS file from view", width, height, null,
 879               this.getTitle());
 880     }
 881     else
 882     {
 883
 884       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 885               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 886               width, height, null, this.getTitle());
 887     }
 888
 889     if (im.getGraphics() != null)
 890     {
 891       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), width, height);
 892       im.writeImage();
 893     }
 894   }
 895
 896   @Override
 897   public void viewerColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 898   {
 899     if (viewerColour.isSelected())
 900     {
 901       // disable automatic sequence colouring.
 902       jmb.setColourBySequence(false);
 903     }
 904   }
 905
 906   @Override
 907   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 908   {
 909     jmb.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 910     if (_colourwith == null)
 911     {
 912       _colourwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 913     }
 914     if (jmb.isColourBySequence())
 915     {
 916       if (!jmb.isLoadingFromArchive())
 917       {
 918         if (_colourwith.size() == 0 && getAlignmentPanel() != null)
 919         {
 920           // Make the currently displayed alignment panel the associated view
 921           _colourwith.add(getAlignmentPanel().alignFrame.alignPanel);
 922         }
 923       }
 924       // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 925       for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 926       {
 927         jmb.colourBySequence(ap);
 928       }
 929     }
 930   }
 931
 932   @Override
 933   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 934   {
 935     chainColour.setSelected(true);
 936     jmb.colourByChain();
 937   }
 938
 939   @Override
 940   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 941   {
 942     chargeColour.setSelected(true);
 943     jmb.colourByCharge();
 944   }
 945
 946   @Override
 947   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 948   {
 949     zappoColour.setSelected(true);
 950     jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 951   }
 952
 953   @Override
 954   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 955   {
 956     taylorColour.setSelected(true);
 957     jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 958   }
 959
 960   @Override
 961   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 962   {
 963     hydroColour.setSelected(true);
 964     jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 965   }
 966
 967   @Override
 968   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 969   {
 970     helixColour.setSelected(true);
 971     jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 972   }
 973
 974   @Override
 975   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 976   {
 977     strandColour.setSelected(true);
 978     jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 979   }
 980
 981   @Override
 982   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 983   {
 984     turnColour.setSelected(true);
 985     jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 986   }
 987
 988   @Override
 989   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 990   {
 991     buriedColour.setSelected(true);
 992     jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 993   }
 994
 995   @Override
 996   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 997   {
 998     setJalviewColourScheme(new PurinePyrimidineColourScheme());
 999   }
1000
1001   @Override
1002   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1003   {
1004     userColour.setSelected(true);
1005     new UserDefinedColours(this, null);
1006   }
1007
1008   @Override
1009   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1010   {
1011     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
1012             MessageManager.getString("label.select_backgroud_colour"), null);
1013     if (col != null)
1014     {
1015       jmb.setBackgroundColour(col);
1016     }
1017   }
1018
1019   @Override
1020   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1021   {
1022     try
1023     {
1024       jalview.util.BrowserLauncher
1025               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
1026     } catch (Exception ex)
1027     {
1028     }
1029   }
1030
1031   public void showConsole(boolean showConsole)
1032   {
1033
1034     if (showConsole)
1035     {
1036       if (splitPane == null)
1037       {
1038         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
1039         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
1040         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
1041         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
1042         splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
1043         scriptWindow.setVisible(true);
1044         scriptWindow.validate();
1045         splitPane.validate();
1046       }
1047
1048     }
1049     else
1050     {
1051       if (splitPane != null)
1052       {
1053         splitPane.setVisible(false);
1054       }
1055
1056       splitPane = null;
1057
1058       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
1059     }
1060
1061     validate();
1062   }
1063
1064   class RenderPanel extends JPanel
1065   {
1066     final Dimension currentSize = new Dimension();
1067
1068     @Override
1069     public void paintComponent(Graphics g)
1070     {
1071       getSize(currentSize);
1072
1073       if (jmb != null && jmb.fileLoadingError != null)
1074       {
1075         g.setColor(Color.black);
1076         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
1077         g.setColor(Color.white);
1078         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
1079         g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_file")
1080                 + "...", 20, currentSize.height / 2);
1081         StringBuffer sb = new StringBuffer();
1082         int lines = 0;
1083         for (int e = 0; e < jmb.getPdbCount(); e++)
1084         {
1085           sb.append(jmb.getPdbEntry(e).getId());
1086           if (e < jmb.getPdbCount() - 1)
1087           {
1088             sb.append(",");
1089           }
1090
1091           if (e == jmb.getPdbCount() - 1 || sb.length() > 20)
1092           {
1093             lines++;
1094             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
1095                     * g.getFontMetrics().getHeight());
1096           }
1097         }
1098       }
1099       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
1100       {
1101         g.setColor(Color.black);
1102         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
1103         g.setColor(Color.white);
1104         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
1105         g.drawString(MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
1106                 20, currentSize.height / 2);
1107       }
1108       else
1109       {
1110         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize.width,
1111                 currentSize.height);
1112       }
1113     }
1114   }
1115
1116   public void updateTitleAndMenus()
1117   {
1118     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
1119     {
1120       repaint();
1121       return;
1122     }
1123     setChainMenuItems(jmb.chainNames);
1124
1125     this.setTitle(jmb.getViewerTitle());
1126     if (jmb.getPdbFile().length > 1 && jmb.getSequence().length > 1)
1127     {
1128       viewerActionMenu.setVisible(true);
1129     }
1130     if (!jmb.isLoadingFromArchive())
1131     {
1132       seqColour_actionPerformed(null);
1133     }
1134   }
1135
1136   /*
1137    * (non-Javadoc)
1138    *
1139    * @see
1140    * jalview.jbgui.GStructureViewer#alignStructs_actionPerformed(java.awt.event
1141    * .ActionEvent)
1142    */
1143   @Override
1144   protected void alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1145   {
1146     alignStructs_withAllAlignPanels();
1147   }
1148
1149   private void alignStructs_withAllAlignPanels()
1150   {
1151     if (getAlignmentPanel() == null)
1152     {
1153       return;
1154     }
1155     ;
1156     if (_alignwith.size() == 0)
1157     {
1158       _alignwith.add(getAlignmentPanel());
1159     }
1160     ;
1161     try
1162     {
1163       AlignmentI[] als = new Alignment[_alignwith.size()];
1164       ColumnSelection[] alc = new ColumnSelection[_alignwith.size()];
1165       int[] alm = new int[_alignwith.size()];
1166       int a = 0;
1167
1168       for (AlignmentPanel ap : _alignwith)
1169       {
1170         als[a] = ap.av.getAlignment();
1171         alm[a] = -1;
1172         alc[a++] = ap.av.getColumnSelection();
1173       }
1174       jmb.superposeStructures(als, alm, alc);
1175     } catch (Exception e)
1176     {
1177       StringBuffer sp = new StringBuffer();
1178       for (AlignmentPanel ap : _alignwith)
1179       {
1180         sp.append("'" + ap.alignFrame.getTitle() + "' ");
1181       }
1182       Cache.log.info("Couldn't align structures with the " + sp.toString()
1183               + "associated alignment panels.", e);
1184
1185     }
1186
1187   }
1188
1189   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI ucs)
1190   {
1191     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
1192
1193   }
1194
1195   /**
1196    *
1197    * @param alignment
1198    * @return first alignment panel displaying given alignment, or the default
1199    *         alignment panel
1200    */
1201   public AlignmentPanel getAlignmentPanelFor(AlignmentI alignment)
1202   {
1203     for (AlignmentPanel ap : getAllAlignmentPanels())
1204     {
1205       if (ap.av.getAlignment() == alignment)
1206       {
1207         return ap;
1208       }
1209     }
1210     return getAlignmentPanel();
1211   }
1212
1213   @Override
1214   public AAStructureBindingModel getBinding()
1215   {
1216     return this.jmb;
1217   }
1218
1219   @Override
1220   public String getStateInfo()
1221   {
1222     return jmb == null ? null : jmb.viewer.getStateInfo();
1223   }
1224
1225   @Override
1226   public ViewerType getViewerType()
1227   {
1228     return ViewerType.JMOL;
1229   }
1230
1231 }