src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.gui;
   5
   6 import java.util.BitSet;
   7
   8 import javax.swing.JPanel;
   9
  10 import jalview.bin.Cache;
  11 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13
  14 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  15 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.AppConsole;
  16
  17 public class AppJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  18 {
  19
  20   /**
  21    *
  22    */
  23   private AppJmol appJmolWindow;
  24
  25   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  26           SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol)
  27   {
  28     super(pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  29     appJmolWindow = appJmol;
  30   }
  31
  32   FeatureRenderer fr = null;
  33
  34   @Override
  35   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  36   {
  37     if (appJmolWindow.ap.av.showSequenceFeatures)
  38     {
  39       if (fr == null)
  40       {
  41         fr = new FeatureRenderer(appJmolWindow.ap);
  42       }
  43
  44       fr.transferSettings(appJmolWindow.ap.seqPanel.seqCanvas
  45               .getFeatureRenderer());
  46     }
  47
  48     return fr;
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  53   {
  54     return new SequenceRenderer(appJmolWindow.ap.av);
  55   }
  56
  57   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  58   {
  59     if (console != null)
  60     {
  61       console.sendConsoleEcho(strEcho);
  62     }
  63   }
  64
  65   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  66   {
  67     if (console != null && strStatus != null)
  68     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  69     // should we squash the script completed string ?
  70     {
  71       console.sendConsoleMessage(strStatus);
  72     }
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public void showUrl(String url, String target)
  77   {
  78     try
  79     {
  80       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
  81     } catch (Exception e)
  82     {
  83       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
  84       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
  85     }
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public void refreshGUI()
  90   {
  91     // appJmolWindow.repaint();
  92     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
  93       public void run() {
  94         appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
  95         appJmolWindow.revalidate();
  96       }});
  97   }
  98
  99   public void updateColours(Object source)
 100   {
 101     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 102     if (appJmolWindow.ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 103       return;
 104
 105     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 106   }
 107
 108   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 109   {
 110     // todo - script termination doesn't happen ?
 111     //if (console != null)
 112       //console.notifyScriptTermination(strStatus,
 113       //        msWalltime);
 114   }
 115
 116   public void showUrl(String url)
 117   {
 118     showUrl(url, "jmol");
 119   }
 120
 121   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 122           boolean asPopup)
 123   {
 124
 125     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 126             asPopup);
 127   }
 128
 129   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 130   {
 131     // TODO Auto-generated method stub
 132
 133   }
 134
 135   public void refreshPdbEntries()
 136   {
 137     // TODO Auto-generated method stub
 138
 139   }
 140
 141   public void showConsole(boolean b) {
 142     appJmolWindow.showConsole(b);
 143   }
 144
 145   /**
 146    * add the given sequences to the mapping scope for the given pdb file handle
 147    *
 148    * @param pdbFile
 149    *          - pdbFile identifier
 150    * @param seq
 151    *          - set of sequences it can be mapped to
 152    */
 153   public void addSequenceForStructFile(String pdbFile, SequenceI[] seq)
 154   {
 155     for (int pe = 0; pe < pdbentry.length; pe++)
 156     {
 157       if (pdbentry[pe].getFile().equals(pdbFile))
 158       {
 159         addSequence(pe, seq);
 160       }
 161     }
 162   }
 163 }