src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.awt.event.ComponentEvent;
  22 import java.awt.event.ComponentListener;
  23 import java.awt.event.ContainerEvent;
  24 import java.awt.event.ContainerListener;
  25 import java.util.BitSet;
  26
  27 import javax.swing.JPanel;
  28
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32
  33 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  34 import org.jmol.api.JmolViewer;
  35 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  36 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.AppConsole;
  37
  38 public class AppJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  39 {
  40
  41   /**
  42    *
  43    */
  44   private AppJmol appJmolWindow;
  45
  46   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  47           SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol)
  48   {
  49     super(pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  50     appJmolWindow = appJmol;
  51   }
  52
  53   FeatureRenderer fr = null;
  54
  55   @Override
  56   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  57   {
  58     if (appJmolWindow.ap.av.showSequenceFeatures)
  59     {
  60       if (fr == null)
  61       {
  62         fr = new FeatureRenderer(appJmolWindow.ap);
  63       }
  64
  65       fr.transferSettings(appJmolWindow.ap.seqPanel.seqCanvas
  66               .getFeatureRenderer());
  67     }
  68
  69     return fr;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  74   {
  75     return new SequenceRenderer(appJmolWindow.ap.av);
  76   }
  77
  78   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  79   {
  80     if (console != null)
  81     {
  82       console.sendConsoleEcho(strEcho);
  83     }
  84   }
  85
  86   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  87   {
  88     if (console != null && strStatus != null)
  89     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  90     // should we squash the script completed string ?
  91     {
  92       console.sendConsoleMessage(strStatus);
  93     }
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public void showUrl(String url, String target)
  98   {
  99     try
 100     {
 101       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 102     } catch (Exception e)
 103     {
 104       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
 105       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
 106     }
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public void refreshGUI()
 111   {
 112     // appJmolWindow.repaint();
 113     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
 114       public void run() {
 115         appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
 116         appJmolWindow.revalidate();
 117       }});
 118   }
 119
 120   public void updateColours(Object source)
 121   {
 122     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 123     if (appJmolWindow.ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 124       return;
 125
 126     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 127   }
 128
 129   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 130   {
 131     // todo - script termination doesn't happen ?
 132     //if (console != null)
 133       //console.notifyScriptTermination(strStatus,
 134       //        msWalltime);
 135   }
 136
 137   public void showUrl(String url)
 138   {
 139     showUrl(url, "jmol");
 140   }
 141
 142   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 143           boolean asPopup)
 144   {
 145
 146     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 147             asPopup);
 148   }
 149
 150   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 151   {
 152     // TODO Auto-generated method stub
 153
 154   }
 155
 156   public void refreshPdbEntries()
 157   {
 158     // TODO Auto-generated method stub
 159
 160   }
 161
 162   public void showConsole(boolean b) {
 163     appJmolWindow.showConsole(b);
 164   }
 165
 166   /**
 167    * add the given sequences to the mapping scope for the given pdb file handle
 168    *
 169    * @param pdbFile
 170    *          - pdbFile identifier
 171    * @param seq
 172    *          - set of sequences it can be mapped to
 173    */
 174   public void addSequenceForStructFile(String pdbFile, SequenceI[] seq)
 175   {
 176     for (int pe = 0; pe < pdbentry.length; pe++)
 177     {
 178       if (pdbentry[pe].getFile().equals(pdbFile))
 179       {
 180         addSequence(pe, seq);
 181       }
 182     }
 183   }
 184
 185   @Override
 186   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 187           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 188   {
 189     return new AppConsole(viewer, consolePanel, buttonsToShow);
 190   }
 191
 192   @Override
 193   protected void releaseUIResources()
 194   {
 195     appJmolWindow = null;
 196     if (console!=null) {
 197       try {
 198         console.setVisible(false);
 199       } catch (Error e) {} catch (Exception x) {};
 200       console=null;
 201     }
 202
 203   }
 204 }