src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.gui;
   5
   6 import java.util.BitSet;
   7
   8 import jalview.bin.Cache;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11
  12 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  13
  14 public class AppJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  15 {
  16
  17   /**
  18    *
  19    */
  20   private AppJmol appJmolWindow;
  21
  22   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  23           SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol)
  24   {
  25     super(pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  26     appJmolWindow = appJmol;
  27   }
  28
  29   FeatureRenderer fr = null;
  30
  31   @Override
  32   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  33   {
  34     if (appJmolWindow.ap.av.showSequenceFeatures)
  35     {
  36       if (fr == null)
  37       {
  38         fr = new FeatureRenderer(appJmolWindow.ap);
  39       }
  40
  41       fr.transferSettings(appJmolWindow.ap.seqPanel.seqCanvas
  42               .getFeatureRenderer());
  43     }
  44
  45     return fr;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  50   {
  51     return new SequenceRenderer(appJmolWindow.ap.av);
  52   }
  53
  54   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  55   {
  56     if (appJmolWindow.scriptWindow != null)
  57     {
  58       appJmolWindow.scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
  59     }
  60   }
  61
  62   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  63   {
  64     if (appJmolWindow.scriptWindow != null && strStatus != null)
  65     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  66     // should we squash the script completed string ?
  67     {
  68       appJmolWindow.scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
  69     }
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public void showUrl(String url, String target)
  74   {
  75     try
  76     {
  77       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
  78     } catch (Exception e)
  79     {
  80       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
  81       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
  82     }
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public void refreshGUI()
  87   {
  88     // appJmolWindow.repaint();
  89     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
  90       public void run() {
  91         appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
  92         appJmolWindow.revalidate();
  93       }});
  94   }
  95
  96   public void updateColours(Object source)
  97   {
  98     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  99     if (appJmolWindow.ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 100       return;
 101
 102     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 103   }
 104
 105   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 106   {
 107     if (appJmolWindow.scriptWindow != null)
 108       appJmolWindow.scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus,
 109               msWalltime);
 110   }
 111
 112   public void showUrl(String url)
 113   {
 114     showUrl(url, "jmol");
 115   }
 116
 117   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 118           boolean asPopup)
 119   {
 120
 121     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 122             asPopup);
 123   }
 124
 125   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 126   {
 127     // TODO Auto-generated method stub
 128
 129   }
 130
 131   public void refreshPdbEntries()
 132   {
 133     // TODO Auto-generated method stub
 134
 135   }
 136
 137
 138   /**
 139    * add the given sequences to the mapping scope for the given pdb file handle
 140    *
 141    * @param pdbFile
 142    *          - pdbFile identifier
 143    * @param seq
 144    *          - set of sequences it can be mapped to
 145    */
 146   public void addSequenceForStructFile(String pdbFile, SequenceI[] seq)
 147   {
 148     for (int pe = 0; pe < pdbentry.length; pe++)
 149     {
 150       if (pdbentry[pe].getFile().equals(pdbFile))
 151       {
 152         addSequence(pe, seq);
 153       }
 154     }
 155   }
 156
 157 }