src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.gui;
   5
   6 import java.awt.Container;
   7 import java.util.BitSet;
   8
   9 import javax.swing.JPanel;
  10
  11 import jalview.bin.Cache;
  12 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14
  15 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  16 import org.jmol.api.JmolViewer;
  17 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  18 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.AppConsole;
  19
  20 public class AppJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  21 {
  22
  23   /**
  24    *
  25    */
  26   private AppJmol appJmolWindow;
  27
  28   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  29           SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol)
  30   {
  31     super(pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  32     appJmolWindow = appJmol;
  33   }
  34
  35   FeatureRenderer fr = null;
  36
  37   @Override
  38   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  39   {
  40     if (appJmolWindow.ap.av.showSequenceFeatures)
  41     {
  42       if (fr == null)
  43       {
  44         fr = new FeatureRenderer(appJmolWindow.ap);
  45       }
  46
  47       fr.transferSettings(appJmolWindow.ap.seqPanel.seqCanvas
  48               .getFeatureRenderer());
  49     }
  50
  51     return fr;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  56   {
  57     return new SequenceRenderer(appJmolWindow.ap.av);
  58   }
  59
  60   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  61   {
  62     if (console != null)
  63     {
  64       console.sendConsoleEcho(strEcho);
  65     }
  66   }
  67
  68   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  69   {
  70     if (console != null && strStatus != null)
  71     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  72     // should we squash the script completed string ?
  73     {
  74       console.sendConsoleMessage(strStatus);
  75     }
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public void showUrl(String url, String target)
  80   {
  81     try
  82     {
  83       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
  84     } catch (Exception e)
  85     {
  86       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
  87       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
  88     }
  89   }
  90
  91   @Override
  92   public void refreshGUI()
  93   {
  94     // appJmolWindow.repaint();
  95     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
  96       public void run() {
  97         appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
  98         appJmolWindow.revalidate();
  99       }});
 100   }
 101
 102   public void updateColours(Object source)
 103   {
 104     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 105     if (appJmolWindow.ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 106       return;
 107
 108     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 109   }
 110
 111   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 112   {
 113     // todo - script termination doesn't happen ?
 114     //if (console != null)
 115       //console.notifyScriptTermination(strStatus,
 116       //        msWalltime);
 117   }
 118
 119   public void showUrl(String url)
 120   {
 121     showUrl(url, "jmol");
 122   }
 123
 124   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 125           boolean asPopup)
 126   {
 127
 128     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 129             asPopup);
 130   }
 131
 132   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 133   {
 134     // TODO Auto-generated method stub
 135
 136   }
 137
 138   public void refreshPdbEntries()
 139   {
 140     // TODO Auto-generated method stub
 141
 142   }
 143
 144   public void showConsole(boolean b) {
 145     appJmolWindow.showConsole(b);
 146   }
 147
 148   /**
 149    * add the given sequences to the mapping scope for the given pdb file handle
 150    *
 151    * @param pdbFile
 152    *          - pdbFile identifier
 153    * @param seq
 154    *          - set of sequences it can be mapped to
 155    */
 156   public void addSequenceForStructFile(String pdbFile, SequenceI[] seq)
 157   {
 158     for (int pe = 0; pe < pdbentry.length; pe++)
 159     {
 160       if (pdbentry[pe].getFile().equals(pdbFile))
 161       {
 162         addSequence(pe, seq);
 163       }
 164     }
 165   }
 166
 167   @Override
 168   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 169           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 170   {
 171     return new AppConsole(viewer, null, consolePanel, buttonsToShow);
 172   }
 173 }