src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.gui;
   5
   6 import java.awt.Container;
   7 import java.awt.event.ComponentEvent;
   8 import java.awt.event.ComponentListener;
   9 import java.awt.event.ContainerEvent;
  10 import java.awt.event.ContainerListener;
  11 import java.util.BitSet;
  12
  13 import javax.swing.JPanel;
  14
  15 import jalview.bin.Cache;
  16 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  17 import jalview.datamodel.SequenceI;
  18
  19 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  20 import org.jmol.api.JmolViewer;
  21 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  22 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.AppConsole;
  23
  24 public class AppJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  25 {
  26
  27   /**
  28    *
  29    */
  30   private AppJmol appJmolWindow;
  31
  32   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  33           SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol)
  34   {
  35     super(pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  36     appJmolWindow = appJmol;
  37   }
  38
  39   FeatureRenderer fr = null;
  40
  41   @Override
  42   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  43   {
  44     if (appJmolWindow.ap.av.showSequenceFeatures)
  45     {
  46       if (fr == null)
  47       {
  48         fr = new FeatureRenderer(appJmolWindow.ap);
  49       }
  50
  51       fr.transferSettings(appJmolWindow.ap.seqPanel.seqCanvas
  52               .getFeatureRenderer());
  53     }
  54
  55     return fr;
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  60   {
  61     return new SequenceRenderer(appJmolWindow.ap.av);
  62   }
  63
  64   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  65   {
  66     if (console != null)
  67     {
  68       console.sendConsoleEcho(strEcho);
  69     }
  70   }
  71
  72   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  73   {
  74     if (console != null && strStatus != null)
  75     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  76     // should we squash the script completed string ?
  77     {
  78       console.sendConsoleMessage(strStatus);
  79     }
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public void showUrl(String url, String target)
  84   {
  85     try
  86     {
  87       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
  88     } catch (Exception e)
  89     {
  90       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
  91       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
  92     }
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public void refreshGUI()
  97   {
  98     // appJmolWindow.repaint();
  99     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
 100       public void run() {
 101         appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
 102         appJmolWindow.revalidate();
 103       }});
 104   }
 105
 106   public void updateColours(Object source)
 107   {
 108     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 109     if (appJmolWindow.ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 110       return;
 111
 112     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 113   }
 114
 115   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 116   {
 117     // todo - script termination doesn't happen ?
 118     //if (console != null)
 119       //console.notifyScriptTermination(strStatus,
 120       //        msWalltime);
 121   }
 122
 123   public void showUrl(String url)
 124   {
 125     showUrl(url, "jmol");
 126   }
 127
 128   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 129           boolean asPopup)
 130   {
 131
 132     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 133             asPopup);
 134   }
 135
 136   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 137   {
 138     // TODO Auto-generated method stub
 139
 140   }
 141
 142   public void refreshPdbEntries()
 143   {
 144     // TODO Auto-generated method stub
 145
 146   }
 147
 148   public void showConsole(boolean b) {
 149     appJmolWindow.showConsole(b);
 150   }
 151
 152   /**
 153    * add the given sequences to the mapping scope for the given pdb file handle
 154    *
 155    * @param pdbFile
 156    *          - pdbFile identifier
 157    * @param seq
 158    *          - set of sequences it can be mapped to
 159    */
 160   public void addSequenceForStructFile(String pdbFile, SequenceI[] seq)
 161   {
 162     for (int pe = 0; pe < pdbentry.length; pe++)
 163     {
 164       if (pdbentry[pe].getFile().equals(pdbFile))
 165       {
 166         addSequence(pe, seq);
 167       }
 168     }
 169   }
 170
 171   @Override
 172   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 173           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 174   {
 175     return new AppConsole(viewer, consolePanel, buttonsToShow);
 176   }
 177
 178   @Override
 179   protected void releaseUIResources()
 180   {
 181     appJmolWindow = null;
 182     if (console!=null) {
 183       try {
 184         console.setVisible(false);
 185       } catch (Error e) {} catch (Exception x) {};
 186       console=null;
 187     }
 188
 189   }
 190 }