src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  31
  32 import java.awt.Container;
  33 import java.util.Map;
  34
  35 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  36 import org.jmol.java.BS;
  37 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.console.AppConsole;
  38
  39 public class AppJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  40 {
  41   private AppJmol appJmolWindow;
  42
  43   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, StructureSelectionManager sSm,
  44           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  45   {
  46     super(sSm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  47     appJmolWindow = appJmol;
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  52   {
  53     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  58   {
  59     if (console != null)
  60     {
  61       console.sendConsoleEcho(strEcho);
  62     }
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  67   {
  68     if (console != null && strStatus != null)
  69     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  70     // should we squash the script completed string ?
  71     {
  72       console.sendConsoleMessage(strStatus);
  73     }
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public void showUrl(String url, String target)
  78   {
  79     try
  80     {
  81       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
  82     } catch (Exception e)
  83     {
  84       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
  85       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
  86     }
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public void refreshGUI()
  91   {
  92     // appJmolWindow.repaint();
  93     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  94     {
  95       @Override
  96       public void run()
  97       {
  98         appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
  99         appJmolWindow.revalidate();
 100       }
 101     });
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public void updateColours(Object source)
 106   {
 107     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 108     // ignore events from panels not used to colour this view
 109     if (!appJmolWindow.isUsedforcolourby(ap))
 110     {
 111       return;
 112     }
 113     if (!isLoadingFromArchive())
 114     {
 115       colourBySequence(ap);
 116     }
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 121   {
 122     // todo - script termination doesn't happen ?
 123     // if (console != null)
 124     // console.notifyScriptTermination(strStatus,
 125     // msWalltime);
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public void showUrl(String url)
 130   {
 131     showUrl(url, "jmol");
 132   }
 133
 134   public void newJmolPopup(String menuName)
 135   {
 136     // jmolpopup = new JmolAwtPopup();
 137     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void selectionChanged(BS arg0)
 142   {
 143     // TODO Auto-generated method stub
 144
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public void refreshPdbEntries()
 149   {
 150     // TODO Auto-generated method stub
 151
 152   }
 153
 154   @Override
 155   public void showConsole(boolean b)
 156   {
 157     appJmolWindow.showConsole(b);
 158   }
 159
 160   @Override
 161   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 162           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 163   {
 164     viewer.setJmolCallbackListener(this);
 165     return new AppConsole(viewer, consolePanel, buttonsToShow);
 166   }
 167
 168   @Override
 169   protected void releaseUIResources()
 170   {
 171     appJmolWindow = null;
 172     closeConsole();
 173   }
 174
 175   @Override
 176   public void releaseReferences(Object svl)
 177   {
 178     if (svl instanceof SeqPanel)
 179     {
 180       appJmolWindow.removeAlignmentPanel(((SeqPanel) svl).ap);
 181     }
 182   }
 183
 184   @Override
 185   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 186   {
 187     // TODO Auto-generated method stub
 188     return null;
 189   }
 190
 191   @Override
 192   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 193   {
 194     return appJmolWindow;
 195   }
 196
 197   @Override
 198   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
 199           AlignmentViewPanel alignment)
 200   {
 201     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? appJmolWindow
 202             .getAlignmentPanel() : (AlignmentPanel) alignment;
 203     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 204     {
 205       return ap.av.getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas.fr;
 206     }
 207
 208     return null;
 209   }
 210 }