src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.util.regex.Matcher;
  22 import java.util.regex.Pattern;
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26 import javax.swing.event.*;
  27
  28 import java.awt.event.*;
  29 import java.io.*;
  30
  31 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.datamodel.*;
  34 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  35 import jalview.structure.*;
  36 import jalview.io.*;
  37 import jalview.schemes.*;
  38 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  39 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  40 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  41 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  42 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  43 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  44 import fr.orsay.lri.varna.models.annotations.HighlightRegionAnnotation;
  45 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleBaseNucleotide;
  46 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  47
  48
  49 public class AppVarna extends JInternalFrame implements InterfaceVARNAListener,SecondaryStructureListener// implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  50
  51 {
  52   AppVarnaBinding vab;
  53
  54   VARNAPanel varnaPanel;
  55
  56   public String name;
  57
  58   public StructureSelectionManager ssm;
  59
  60   /*public AppVarna(){
  61           vab = new AppVarnaBinding();
  62           initVarna();
  63   }*/
  64
  65
  66
  67   public AppVarna(String seq,String struc,String name,AlignmentPanel ap){
  68           ArrayList<RNA> rnaList = new ArrayList<RNA>();
  69           RNA rna1 = new RNA(name);
  70           try {
  71                   rna1.setRNA(seq,replaceOddGaps(struc));
  72           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
  73                 e2.printStackTrace();
  74           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
  75                 e3.printStackTrace();
  76           }
  77           rnaList.add(trimRNA(rna1));
  78           rnaList.add(rna1);
  79           rna1.setName("consenus_"+rna1.getName());
  80
  81
  82           vab = new AppVarnaBinding(rnaList);
  83           //vab = new AppVarnaBinding(seq,struc);
  84           //System.out.println("Hallo: "+name);
  85           this.name=name;
  86           initVarna();
  87       ssm = ap.getStructureSelectionManager();
  88           ssm.addStructureViewerListener(this);
  89   }
  90
  91   public void initVarna(){
  92           //vab.setFinishedInit(false);
  93           varnaPanel=vab.get_varnaPanel();
  94           setBackground(Color.white);
  95           JSplitPane split = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,vab.getListPanel(),varnaPanel);
  96           getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  97           getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
  98           //getContentPane().add(vab.getTools(), BorderLayout.NORTH);
  99           varnaPanel.addVARNAListener(this);
 100           jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,"VARNA -"+name,getBounds().width, getBounds().height);
 101           this.pack();
 102           showPanel(true);
 103   }
 104
 105   public String replaceOddGaps(String oldStr){
 106           String patternStr = "[^([{<>}])]";
 107       String replacementStr = ".";
 108       Pattern pattern = Pattern.compile(patternStr);
 109       Matcher matcher = pattern.matcher(oldStr);
 110       String newStr=matcher.replaceAll(replacementStr);
 111           return newStr;
 112   }
 113
 114   public RNA trimRNA(RNA rna){
 115           RNA rnaTrim = new RNA("trim_"+rna.getName());
 116           try {
 117                   rnaTrim.setRNA(rna.getSeq(),replaceOddGaps(rna.getStructDBN()));
 118           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 119                 e2.printStackTrace();
 120           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 121                 e3.printStackTrace();
 122           }
 123
 124           StringBuffer seq=new StringBuffer(rnaTrim.getSeq());
 125           StringBuffer struc=new StringBuffer(rnaTrim.getStructDBN());
 126           for(int i=0;i<rnaTrim.getSeq().length();i++){
 127                   //TODO: Jalview utility for gap detection java.utils.isGap()
 128                   //TODO: Switch to jalview rna datamodel
 129                   if(seq.substring(i, i+1).compareTo("-")==0 || seq.substring(i, i+1).compareTo(".")==0){
 130                           if(!rnaTrim.findPair(i).isEmpty()){
 131                                   int m=rnaTrim.findPair(i).get(1);
 132                                   int l=rnaTrim.findPair(i).get(0);
 133
 134                                   struc.replace(m, m+1, "*");
 135                                   struc.replace(l, l+1, "*");
 136                           }else{
 137                                   struc.replace(i, i+1, "*");
 138                           }
 139                   }
 140           }
 141
 142           String newSeq=rnaTrim.getSeq().replace("-", "");
 143           rnaTrim.getSeq().replace(".", "");
 144           String newStruc=struc.toString().replace("*", "");
 145
 146           try {
 147                 rnaTrim.setRNA(newSeq,newStruc);
 148           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e) {
 149                 // TODO Auto-generated catch block
 150                 e.printStackTrace();
 151           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e) {
 152                 // TODO Auto-generated catch block
 153                 e.printStackTrace();
 154           }
 155
 156           return rnaTrim;
 157   }
 158
 159   public void showPanel(boolean show){
 160           this.setVisible(show);
 161   }
 162
 163   private boolean _started = false;
 164
 165   public void run(){
 166           _started = true;
 167
 168           try
 169       {
 170         initVarna();
 171       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 172       {
 173         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
 174       } catch (Exception ex)
 175       {
 176         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
 177       }
 178   }
 179
 180 @Override
 181 public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r) {
 182         // TODO Auto-generated method stub
 183
 184 }
 185
 186 @Override
 187 public void onWarningEmitted(String s) {
 188         // TODO Auto-generated method stub
 189
 190 }
 191 /**
 192  * If a mouseOver event from the AlignmentPanel
 193  * is noticed the currently selected RNA in the
 194  * VARNA window is highlighted at the specific position.
 195  * To be able to remove it before the next highlight
 196  * it is saved in _lastHighlight
 197  */
 198 private  HighlightRegionAnnotation _lastHighlight;
 199 @Override
 200 public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index) {
 201         // TODO Auto-generated method stub
 202         RNA rna=vab.getSelectedRNA();
 203         rna.removeHighlightRegion(_lastHighlight);
 204
 205         HighlightRegionAnnotation highlight = new HighlightRegionAnnotation(rna.getBasesBetween(index,index));
 206         rna.addHighlightRegion(highlight);
 207         _lastHighlight=highlight;
 208         vab.updateSelectedRNA(rna);
 209 }
 210
 211 @Override
 212 public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo) {
 213         // TODO Auto-generated method stub
 214
 215 }
 216
 217 @Override
 218 public void onStructureRedrawn()
 219 {
 220   // TODO Auto-generated method stub
 221
 222 }
 223
 224
 225 }