src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22 import javax.swing.*;
  23 import javax.swing.event.*;
  24
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  36 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  37 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  38 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  39 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  40 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  41 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  42
  43
  44 public class AppVarna extends JInternalFrame implements InterfaceVARNAListener// implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  45
  46 {
  47   AppVarnaBinding vab;
  48
  49   VARNAPanel varnaPanel;
  50
  51   String name;
  52
  53   //JSplitPane splitPane;
  54
  55   //RenderPanel renderPanel;
  56
  57   //AlignmentPanel ap;
  58
  59   //Vector atomsPicked = new Vector();
  60
  61   /*public AppVarna(){
  62           vab = new AppVarnaBinding();
  63           initVarna();
  64   }*/
  65
  66   public AppVarna(String seq,String struc,String name){
  67           ArrayList<RNA> rnaList = new ArrayList<RNA>();
  68           RNA rna1 = new RNA(name);
  69           try {
  70                   rna1.setRNA(seq,struc);
  71          } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
  72                 e2.printStackTrace();
  73           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
  74                 e3.printStackTrace();
  75           }
  76           rnaList.add(rna1);
  77
  78           //vab = new AppVarnaBinding(rnaList);
  79           vab = new AppVarnaBinding(seq,struc);
  80           name=this.name;
  81           initVarna();
  82   }
  83
  84   public void initVarna(){
  85           //TODO: Why is it not possible to include varnaPanel in the AppVarna-Jframe?
  86           //vab.setFinishedInit(false);
  87           varnaPanel=vab.get_varnaPanel();
  88           setBackground(Color.white);
  89           System.out.println("vp: "+vab.get_varnaPanel().getName());
  90           //varnaPanel.setVisible(true);
  91           getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  92           getContentPane().add(varnaPanel, BorderLayout.CENTER);
  93           setVisible(true);
  94           varnaPanel.addVARNAListener(this);
  95           jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,name,getBounds().width, getBounds().height);
  96           //showPanel(true);
  97   }
  98
  99   public void showPanel(boolean show){
 100           //vab.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 101           //vab.pack();
 102           //vab.setVisible(show);
 103
 104           varnaPanel.setVisible(show);
 105   }
 106
 107   private boolean _started = false;
 108
 109   public void run(){
 110           _started = true;
 111
 112           try
 113       {
 114         initVarna();
 115       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 116       {
 117         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
 118       } catch (Exception ex)
 119       {
 120         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
 121       }
 122   }
 123
 124 @Override
 125 public void onLayoutChanged() {
 126         // TODO Auto-generated method stub
 127
 128 }
 129
 130 @Override
 131 public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r) {
 132         //TODO _rnaList.add(v, r,"",true);
 133         // TODO Auto-generated method stub
 134
 135 }
 136
 137 @Override
 138 public void onWarningEmitted(String s) {
 139         // TODO Auto-generated method stub
 140
 141 }
 142
 143
 144 }