src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22 import javax.swing.*;
  23 import javax.swing.event.*;
  24
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  36 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  37 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  38 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  39 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  40 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  41 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  42
  43
  44 public class AppVarna extends JInternalFrame implements InterfaceVARNAListener// implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  45
  46 {
  47   AppVarnaBinding vab;
  48
  49   VARNAPanel varnaPanel;
  50
  51   String name;
  52
  53   /*public AppVarna(){
  54           vab = new AppVarnaBinding();
  55           initVarna();
  56   }*/
  57
  58   public AppVarna(String seq,String struc,String name){
  59           ArrayList<RNA> rnaList = new ArrayList<RNA>();
  60           RNA rna1 = new RNA(name);
  61           try {
  62                   rna1.setRNA(seq,struc);
  63          } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
  64                 e2.printStackTrace();
  65           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
  66                 e3.printStackTrace();
  67           }
  68           rnaList.add(rna1);
  69
  70           vab = new AppVarnaBinding(rnaList);
  71           //vab = new AppVarnaBinding(seq,struc);
  72           name=this.name;
  73           initVarna();
  74   }
  75
  76   public void initVarna(){
  77           //TODO: Why is it not possible to include varnaPanel in the AppVarna-Jframe?
  78           //vab.setFinishedInit(false);
  79           varnaPanel=vab.get_varnaPanel();
  80           setBackground(Color.white);
  81           getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  82           getContentPane().add(varnaPanel, BorderLayout.CENTER);
  83
  84           varnaPanel.addVARNAListener(this);
  85           jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,name,getBounds().width, getBounds().height);
  86           this.pack();
  87           this.setVisible(true);
  88           //showPanel(true);
  89   }
  90
  91   public void showPanel(boolean show){
  92           varnaPanel.setVisible(show);
  93   }
  94
  95   private boolean _started = false;
  96
  97   public void run(){
  98           _started = true;
  99
 100           try
 101       {
 102         initVarna();
 103       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 104       {
 105         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
 106       } catch (Exception ex)
 107       {
 108         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
 109       }
 110   }
 111
 112 @Override
 113 public void onLayoutChanged() {
 114         // TODO Auto-generated method stub
 115
 116 }
 117
 118 @Override
 119 public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r) {
 120         //TODO _rnaList.add(v, r,"",true);
 121         // TODO Auto-generated method stub
 122
 123 }
 124
 125 @Override
 126 public void onWarningEmitted(String s) {
 127         // TODO Auto-generated method stub
 128
 129 }
 130
 131
 132 }