src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.BorderLayout;
  21 import java.awt.Color;
  22 import java.awt.Component;
  23 import java.awt.Dimension;
  24 import java.awt.Font;
  25 import java.awt.GridLayout;
  26 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  27 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  28 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  29 import java.awt.dnd.DropTarget;
  30 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  31 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  32 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  33 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  34 import java.awt.event.ActionEvent;
  35 import java.awt.event.ActionListener;
  36 import java.awt.event.ComponentEvent;
  37 import java.awt.event.MouseEvent;
  38 import java.awt.event.MouseListener;
  39 import java.io.File;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Collection;
  42 import java.util.List;
  43
  44 import javax.swing.DefaultListModel;
  45 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  46 import javax.swing.JButton;
  47 import javax.swing.JLabel;
  48 import javax.swing.JList;
  49 import javax.swing.JPanel;
  50 import javax.swing.JScrollPane;
  51 import javax.swing.JTextField;
  52 import javax.swing.ListModel;
  53 import javax.swing.ListSelectionModel;
  54 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  55 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  56
  57 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  58 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  59 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  60 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  61 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  62 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  63 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  64 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  65 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  66 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  67 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  68
  69 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  70         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  71         MouseListener
  72 {
  73
  74   /**
  75          *
  76          */
  77   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  78
  79   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  80
  81   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  82
  83   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  84
  85   public VARNAPanel vp;
  86
  87   protected JPanel _tools = new JPanel();
  88
  89   private JPanel _input = new JPanel();
  90
  91   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  92
  93   private JPanel _strPanel = new JPanel();
  94
  95   private JLabel _info = new JLabel();
  96
  97   private JTextField _str = new JTextField();
  98
  99   private JTextField _seq = new JTextField();
 100
 101   private JLabel _strLabel = new JLabel(" Str:");
 102
 103   private JLabel _seqLabel = new JLabel(" Seq:");
 104
 105   private JButton _createButton = new JButton("Create");
 106
 107   private JButton _updateButton = new JButton("Update");
 108
 109   private JButton _deleteButton = new JButton("Delete");
 110
 111   private JButton _duplicateButton = new JButton("Snapshot");
 112
 113   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 114
 115   private ReorderableJList _sideList = null;
 116
 117   private static String errorOpt = "error";
 118
 119   @SuppressWarnings("unused")
 120   private boolean _error;
 121
 122   private Color _backgroundColor = Color.white;
 123
 124   private static int _nextID = 1;
 125
 126   @SuppressWarnings("unused")
 127   private int _algoCode;
 128
 129   private BackupHolder _rnaList;
 130
 131   /*
 132    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 133    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 134    *
 135    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 136    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 137    */
 138
 139   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 140   {
 141     // super("VARNA in Jalview");
 142     initVarna(seq, struc);
 143
 144   }
 145
 146   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 147   {
 148
 149     // super("VARNA in Jalview");
 150     initVarnaEdit(rnaList);
 151   }
 152
 153   private void initVarna(String seq, String str)
 154   {
 155
 156     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 157
 158     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 159     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 160     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 161
 162     _sideList = new ReorderableJList();
 163     _sideList.setModel(dlm);
 164     _sideList.addMouseListener(this);
 165     _sideList.setSelectionModel(m);
 166     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 167     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 168     {
 169       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 170       {
 171         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 172         {
 173           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 174           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 175                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 176           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 177           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 178           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 179         }
 180       }
 181     });
 182
 183     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 184     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 185
 186     try
 187     {
 188
 189       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 190       _RNA1.setRNA(seq, str);
 191       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 192     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 193     {
 194       vp.errorDialog(e);
 195     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 196     {
 197       e2.printStackTrace();
 198     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 199     {
 200       e3.printStackTrace();
 201     }
 202     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 203     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 204
 205     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 206     vp.setBackground(_backgroundColor);
 207
 208     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 209     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 210
 211     // setVisible(true);
 212     vp.addVARNAListener(this);
 213   }
 214
 215   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 216   {
 217
 218     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 219
 220     int marginTools = 40;
 221
 222     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 223     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 224     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 225
 226     _sideList = new ReorderableJList();
 227     _sideList.setModel(dlm);
 228     _sideList.addMouseListener(this);
 229     _sideList.setSelectionModel(m);
 230     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 231     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 232     {
 233       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 234       {
 235         // System.out.println(arg0);
 236         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 237         {
 238           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 239           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 240                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 241           //vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 242           vp.showRNA(sel.rna, sel.config);
 243           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 244           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 245         }
 246       }
 247     });
 248     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 249
 250     try
 251     {
 252
 253       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 254       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 255       {
 256         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 257
 258       }
 259     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 260     {
 261       vp.errorDialog(e);
 262     }
 263     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 264     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 265     {
 266       if (i < rnaInList.size() - 1)
 267       {
 268         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 269                 .get(i).getName());
 270       }
 271       else
 272       {
 273         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 274                 .get(i).getName(), true);
 275       }
 276     }
 277
 278     /*
 279      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 280      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 281      */
 282
 283     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 284     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 285
 286     vp.setBackground(_backgroundColor);
 287
 288     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 289
 290     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 291     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 292     _seq.setFont(textFieldsFont);
 293     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 294
 295     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 296     {
 297       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 298       {
 299         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 300         sel.rna.setSequence("A");
 301       }
 302     });
 303
 304     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 305     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 306     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 307
 308     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 309     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 310     _str.setFont(textFieldsFont);
 311     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 312     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 313     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 314
 315     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 316     // _input.add(_seqPanel);
 317     _input.add(_strPanel);
 318
 319     JPanel goPanel = new JPanel();
 320     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 321
 322     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 323     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 324     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 325     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 326
 327     /*
 328      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 329      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 330      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 331      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 332      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 333      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 334      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 335      * Date()),true); }});
 336      */
 337     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 338
 339     JPanel ops = new JPanel();
 340     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 341     ops.add(_deleteButton);
 342     ops.add(_duplicateButton);
 343
 344     JLabel j = new JLabel("Structures Manager", JLabel.CENTER);
 345     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 346
 347     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 348     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 349     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 350
 351     // JSplitPane split = new
 352     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 353     /**
 354      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 355      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 356      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 357      */
 358
 359     // TODO setVisible(true);
 360     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 361
 362     vp.addVARNAListener(this);
 363   }
 364
 365   public JPanel getTools()
 366   {
 367     return _tools;
 368   }
 369
 370   public JPanel getListPanel()
 371   {
 372     return _listPanel;
 373   }
 374
 375   /**
 376    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 377    *
 378    * @return Currently selected RNA
 379    */
 380   public RNA getSelectedRNA()
 381   {
 382     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 383   }
 384
 385   /**
 386    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 387    *
 388    * @param rnaEdit
 389    */
 390   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 391   {
 392     vp.repaint();
 393     vp.showRNA(rnaEdit);
 394   }
 395
 396   /*
 397    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 398    * DefaultListModel();
 399    *
 400    *
 401    * int marginTools = 40;
 402    *
 403    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 404    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 405    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 406    *
 407    *
 408    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 409    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 410    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 411    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 412    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 413    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 414    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 415    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 416    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 417    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 418    * });
 419    *
 420    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 421    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 422    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 423    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 424    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 425    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 426    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 427    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 428    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 429    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 430    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 431    *
 432    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 433    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 434    *
 435    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 436    *
 437    *
 438    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 439    *
 440    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 441    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 442    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 443    *
 444    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 445    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 446    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 447    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 448    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 449    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 450    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 451    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 452    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 453    *
 454    *
 455    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 456    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 457    *
 458    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 459    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 460    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 461    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 462    * BorderLayout.CENTER);
 463    *
 464    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 465    * _input.add(_strPanel);
 466    *
 467    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 468    *
 469    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 470    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 471    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 472    *
 473    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 474    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 475    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 476    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 477    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 478    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 479    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 480    * Date()),true); }});
 481    *
 482    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 483    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 484    *
 485    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 486    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 487    *
 488    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 489    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 490    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 491    *
 492    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 493    *
 494    * JSplitPane split = new
 495    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 496    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 497    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 498    *
 499    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 500    *
 501    * vp.addVARNAListener(this); }
 502    */
 503   public static String generateDefaultName()
 504   {
 505     return "User file #" + _nextID++;
 506   }
 507
 508   public RNA getRNA()
 509   {
 510     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 511   }
 512
 513   public String[][] getParameterInfo()
 514   {
 515     String[][] info =
 516     {
 517         // Parameter Name Kind of Value Description,
 518         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 519         { "structureDBN", "String",
 520             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 521         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 522     return info;
 523   }
 524
 525   public void init()
 526   {
 527     vp.setBackground(_backgroundColor);
 528     _error = true;
 529   }
 530
 531   @SuppressWarnings("unused")
 532   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 533   {
 534     Color result;
 535     try
 536     {
 537       result = Color.decode(col);
 538     } catch (Exception e)
 539     {
 540       try
 541       {
 542         result = Color.getColor(col, def);
 543       } catch (Exception e2)
 544       {
 545         return def;
 546       }
 547     }
 548     return result;
 549   }
 550
 551   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 552   {
 553     return vp;
 554   }
 555
 556   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 557   {
 558     vp = surface;
 559   }
 560
 561   public String get_seq()
 562   {
 563     return _seq.getText();
 564   }
 565
 566   public void set_seq(String _seq)
 567   {
 568     this._seq.setText(_seq);
 569   }
 570
 571   public String get_str()
 572   {
 573     return _str.getText();
 574   }
 575
 576   public void set_str(String _str)
 577   {
 578     this._str.setText(_str);
 579   }
 580
 581   public JLabel get_info()
 582   {
 583     return _info;
 584   }
 585
 586   public void set_info(JLabel _info)
 587   {
 588     this._info = _info;
 589   }
 590
 591   /*
 592    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 593    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 594    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 595    */
 596
 597   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 598   {
 599     // TODO Auto-generated method stub
 600
 601   }
 602
 603   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 604   {
 605     // TODO Auto-generated method stub
 606
 607   }
 608
 609   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 610   {
 611     // TODO Auto-generated method stub
 612
 613   }
 614
 615   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 616   {
 617     try
 618     {
 619       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 620       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 621       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 622       {
 623         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 624         {
 625           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 626           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 627           if (ob instanceof List)
 628           {
 629             List list = (List) ob;
 630             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 631             {
 632               Object o = list.get(j);
 633
 634               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 635               {
 636                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 637                 Component c = dt.getComponent();
 638                 if (c instanceof VARNAPanel)
 639                 {
 640                   String path = o.toString();
 641                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 642                   try
 643                   {
 644                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 645                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 646                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 647                   {
 648                     int mn = 1;
 649                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 650                             .loadSecStr(path);
 651                     for (RNA r : mdls)
 652                     {
 653                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 654                       String name = r.getName();
 655                       if (name.equals(""))
 656                       {
 657                         name = path.substring(path
 658                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 659                       }
 660                       if (mdls.size() > 1)
 661                       {
 662                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 663                       }
 664                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 665                     }
 666                   }
 667                 }
 668               }
 669             }
 670           }
 671           // If we made it this far, everything worked.
 672           dtde.dropComplete(true);
 673           return;
 674         }
 675       }
 676       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 677       dtde.rejectDrop();
 678     } catch (Exception e)
 679     {
 680       e.printStackTrace();
 681       dtde.rejectDrop();
 682     }
 683
 684   }
 685
 686   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 687   {
 688   }
 689
 690   private class BackupHolder
 691   {
 692     private DefaultListModel _rnaList;
 693
 694     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 695
 696     JList _l;
 697
 698     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 699     {
 700       _rnaList = rnaList;
 701       _l = l;
 702     }
 703
 704     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 705     {
 706       add(c, r, r.getName(), false);
 707     }
 708
 709     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 710     {
 711       add(c, r, r.getName(), select);
 712     }
 713
 714     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 715     {
 716       add(c, r, name, false);
 717     }
 718
 719     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 720     {
 721       if (select)
 722       {
 723         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 724       }
 725       if (name.equals(""))
 726       {
 727         name = generateDefaultName();
 728       }
 729       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 730       _rnas.add(0, r);
 731       _rnaList.add(0, bck);
 732       if (select)
 733       {
 734         _l.setSelectedIndex(0);
 735       }
 736     }
 737
 738     public void remove(int i)
 739     {
 740       _rnas.remove(i);
 741       _rnaList.remove(i);
 742
 743     }
 744
 745     public DefaultListModel getModel()
 746     {
 747       return _rnaList;
 748     }
 749
 750     public boolean contains(RNA r)
 751     {
 752       return _rnas.contains(r);
 753     }
 754
 755     /*
 756      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 757      */
 758     public FullBackup getElementAt(int i)
 759     {
 760       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 761     }
 762
 763     public void removeSelected()
 764     {
 765       int i = _l.getSelectedIndex();
 766       if (i != -1)
 767       {
 768         if (_rnaList.getSize() == 1)
 769         {
 770           RNA r = new RNA();
 771           try
 772           {
 773             r.setRNA(" ", ".");
 774           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 775           {
 776           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 777           {
 778           }
 779           vp.showRNA(r);
 780           vp.repaint();
 781         }
 782         else
 783         {
 784           int newi = i + 1;
 785           if (newi == _rnaList.getSize())
 786           {
 787             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 788           }
 789           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 790           _l.setSelectedValue(bck, true);
 791         }
 792         _rnaList.remove(i);
 793       }
 794
 795     }
 796   }
 797
 798   public void onLayoutChanged()
 799   {
 800     // TODO Auto-generated method stub
 801
 802   }
 803
 804   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 805   {
 806     // patch to fix infinite loop
 807     // The problem is that onUINewStructure is called when user clicks
 808     // check with Yann about whether Jalview should do anything with this event.
 809     // e.g. if user has used VARNA's menu to import a structure .. Jalview may need to be told which structure is displayed.
 810
 811     // _rnaList.add(v, r, "", true);
 812   }
 813
 814   public void onWarningEmitted(String s)
 815   {
 816     // TODO Auto-generated method stub
 817
 818   }
 819
 820   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 821   {
 822     if (e.getClickCount() == 2)
 823     {
 824       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 825       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 826       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 827       ;
 828       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 829       /*
 830        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 831        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 832        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 833        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 834        * this._sideList.repaint(); }
 835        */
 836     }
 837   }
 838
 839   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 840   {
 841     // TODO Auto-generated method stub
 842
 843   }
 844
 845   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 846   {
 847     // TODO Auto-generated method stub
 848
 849   }
 850
 851   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 852   {
 853     // TODO Auto-generated method stub
 854
 855   }
 856
 857   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 858   {
 859     // TODO Auto-generated method stub
 860
 861   }
 862
 863   @Override
 864   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 865           String pdbId)
 866   {
 867     // TODO Auto-generated method stub
 868     return null;
 869   }
 870
 871   @Override
 872   public String[] getPdbFile()
 873   {
 874     // TODO Auto-generated method stub
 875     return null;
 876   }
 877
 878   @Override
 879   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 880           String pdbId)
 881   {
 882     // TODO Auto-generated method stub
 883
 884   }
 885
 886   @Override
 887   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 888   {
 889     // TODO Auto-generated method stub
 890
 891   }
 892
 893   @Override
 894   public void releaseReferences(Object svl)
 895   {
 896     // TODO Auto-generated method stub
 897
 898   }
 899
 900   @Override
 901   public void updateColours(Object source)
 902   {
 903     // TODO Auto-generated method stub
 904
 905   }
 906
 907   @Override
 908   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 909   {
 910     // TODO Auto-generated method stub
 911
 912   }
 913
 914   @Override
 915   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 916   {
 917     // TODO Auto-generated method stub
 918
 919   }
 920
 921   @Override
 922   public void componentResized(ComponentEvent e)
 923   {
 924     // TODO Auto-generated method stub
 925
 926   }
 927
 928   @Override
 929   public void componentShown(ComponentEvent e)
 930   {
 931     // TODO Auto-generated method stub
 932
 933   }
 934
 935   @Override
 936   public void onStructureRedrawn()
 937   {
 938     // TODO Auto-generated method stub
 939
 940   }
 941
 942   @Override
 943   public void onZoomLevelChanged()
 944   {
 945     // TODO Auto-generated method stub
 946
 947   }
 948
 949   @Override
 950   public void onTranslationChanged()
 951   {
 952     // TODO Auto-generated method stub
 953
 954   }
 955 }
 956
 957 /*
 958  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 959  * JTextField("ATGC");
 960  *
 961  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 962  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 963  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 964  */