src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.BorderLayout;
  21 import java.awt.Color;
  22 import java.awt.Component;
  23 import java.awt.Dimension;
  24 import java.awt.Font;
  25 import java.awt.GridLayout;
  26 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  27 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  28 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  29 import java.awt.dnd.DropTarget;
  30 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  31 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  32 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  33 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  34 import java.awt.event.ActionEvent;
  35 import java.awt.event.ActionListener;
  36 import java.awt.event.ComponentEvent;
  37 import java.awt.event.MouseEvent;
  38 import java.awt.event.MouseListener;
  39 import java.io.File;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Collection;
  42 import java.util.List;
  43
  44 import javax.swing.DefaultListModel;
  45 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  46 import javax.swing.Icon;
  47 import javax.swing.JButton;
  48 import javax.swing.JFrame;
  49 import javax.swing.JLabel;
  50 import javax.swing.JList;
  51 import javax.swing.JOptionPane;
  52 import javax.swing.JPanel;
  53 import javax.swing.JScrollPane;
  54 import javax.swing.JSplitPane;
  55 import javax.swing.JTextField;
  56 import javax.swing.ListModel;
  57 import javax.swing.ListSelectionModel;
  58 import javax.swing.UIManager;
  59 import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
  60 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  61 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  62
  63 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  64 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  65 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  66 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  67 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  68 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  69 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  70 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  71 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  72 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  73 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  74
  75 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  76         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  77         MouseListener
  78 {
  79
  80   /**
  81          *
  82          */
  83   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  84
  85   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  86
  87   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  88
  89   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  90
  91   public VARNAPanel vp;
  92
  93   protected JPanel _tools = new JPanel();
  94
  95   private JPanel _input = new JPanel();
  96
  97   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  98
  99   private JPanel _strPanel = new JPanel();
 100
 101   private JLabel _info = new JLabel();
 102
 103   private JTextField _str = new JTextField();
 104
 105   private JTextField _seq = new JTextField();
 106
 107   private JLabel _strLabel = new JLabel(" Str:");
 108
 109   private JLabel _seqLabel = new JLabel(" Seq:");
 110
 111   private JButton _createButton = new JButton("Create");
 112
 113   private JButton _updateButton = new JButton("Update");
 114
 115   private JButton _deleteButton = new JButton("Delete");
 116
 117   private JButton _duplicateButton = new JButton("Snapshot");
 118
 119   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 120
 121   private ReorderableJList _sideList = null;
 122
 123   private static String errorOpt = "error";
 124
 125   @SuppressWarnings("unused")
 126   private boolean _error;
 127
 128   private Color _backgroundColor = Color.white;
 129
 130   private static int _nextID = 1;
 131
 132   @SuppressWarnings("unused")
 133   private int _algoCode;
 134
 135   private BackupHolder _rnaList;
 136
 137   /*
 138    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 139    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 140    *
 141    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 142    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 143    */
 144
 145   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 146   {
 147     // super("VARNA in Jalview");
 148     initVarna(seq, struc);
 149   }
 150
 151   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 152   {
 153     // super("VARNA in Jalview");
 154     initVarnaEdit(rnaList);
 155   }
 156
 157   private void initVarna(String seq, String str)
 158   {
 159     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 160
 161     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 162     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 163     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 164
 165     _sideList = new ReorderableJList();
 166     _sideList.setModel(dlm);
 167     _sideList.addMouseListener(this);
 168     _sideList.setSelectionModel(m);
 169     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 170     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 171     {
 172       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 173       {
 174         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 175         {
 176           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 177           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 178                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 179           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 180           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 181           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 182         }
 183       }
 184     });
 185
 186     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 187     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 188
 189     try
 190     {
 191       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 192       _RNA1.setRNA(seq, str);
 193       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 194     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 195     {
 196       vp.errorDialog(e);
 197     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 198     {
 199       e2.printStackTrace();
 200     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 201     {
 202       e3.printStackTrace();
 203     }
 204     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 205     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 206
 207     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 208     vp.setBackground(_backgroundColor);
 209
 210     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 211     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 212
 213     // setVisible(true);
 214     vp.addVARNAListener(this);
 215   }
 216
 217   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 218   {
 219     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 220
 221     int marginTools = 40;
 222
 223     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 224     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 225     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 226
 227     _sideList = new ReorderableJList();
 228     _sideList.setModel(dlm);
 229     _sideList.addMouseListener(this);
 230     _sideList.setSelectionModel(m);
 231     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 232     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 233     {
 234       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 235       {
 236         // System.out.println(arg0);
 237         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 238         {
 239           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 240           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 241                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 242           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 243           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 244           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 245         }
 246       }
 247     });
 248     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 249
 250     try
 251     {
 252       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 253       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 254       {
 255         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 256       }
 257     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 258     {
 259       vp.errorDialog(e);
 260     }
 261     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 262     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 263     {
 264       if (i < rnaInList.size() - 1)
 265       {
 266         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 267                 .get(i).getName());
 268       }
 269       else
 270       {
 271         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 272                 .get(i).getName(), true);
 273       }
 274     }
 275
 276     /*
 277      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 278      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 279      */
 280
 281     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 282     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 283
 284     vp.setBackground(_backgroundColor);
 285
 286     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 287
 288     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 289     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 290     _seq.setFont(textFieldsFont);
 291     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 292
 293     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 294     {
 295       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 296       {
 297         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 298         sel.rna.setSequence("A");
 299       }
 300     });
 301
 302     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 303     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 304     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 305
 306     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 307     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 308     _str.setFont(textFieldsFont);
 309     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 310     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 311     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 312
 313     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 314     // _input.add(_seqPanel);
 315     _input.add(_strPanel);
 316
 317     JPanel goPanel = new JPanel();
 318     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 319
 320     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 321     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 322     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 323     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 324
 325     /*
 326      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 327      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 328      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 329      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 330      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 331      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 332      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 333      * Date()),true); }});
 334      */
 335     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 336
 337     JPanel ops = new JPanel();
 338     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 339     ops.add(_deleteButton);
 340     ops.add(_duplicateButton);
 341
 342     JLabel j = new JLabel("Structures Manager", JLabel.CENTER);
 343     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 344
 345     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 346     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 347     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 348
 349     // JSplitPane split = new
 350     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 351     /**
 352      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 353      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 354      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 355      */
 356
 357     // TODO setVisible(true);
 358     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 359
 360     vp.addVARNAListener(this);
 361   }
 362
 363   public JPanel getTools()
 364   {
 365     return _tools;
 366   }
 367
 368   public JPanel getListPanel()
 369   {
 370     return _listPanel;
 371   }
 372
 373   /**
 374    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 375    *
 376    * @return Currently selected RNA
 377    */
 378   public RNA getSelectedRNA()
 379   {
 380     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 381   }
 382
 383   /**
 384    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 385    *
 386    * @param rnaEdit
 387    */
 388   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 389   {
 390     vp.repaint();
 391     vp.showRNA(rnaEdit);
 392   }
 393
 394   /*
 395    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 396    * DefaultListModel();
 397    *
 398    *
 399    * int marginTools = 40;
 400    *
 401    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 402    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 403    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 404    *
 405    *
 406    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 407    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 408    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 409    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 410    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 411    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 412    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 413    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 414    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 415    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 416    * });
 417    *
 418    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 419    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 420    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 421    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 422    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 423    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 424    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 425    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 426    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 427    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 428    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 429    *
 430    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 431    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 432    *
 433    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 434    *
 435    *
 436    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 437    *
 438    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 439    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 440    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 441    *
 442    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 443    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 444    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 445    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 446    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 447    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 448    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 449    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 450    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 451    *
 452    *
 453    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 454    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 455    *
 456    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 457    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 458    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 459    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 460    * BorderLayout.CENTER);
 461    *
 462    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 463    * _input.add(_strPanel);
 464    *
 465    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 466    *
 467    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 468    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 469    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 470    *
 471    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 472    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 473    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 474    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 475    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 476    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 477    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 478    * Date()),true); }});
 479    *
 480    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 481    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 482    *
 483    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 484    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 485    *
 486    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 487    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 488    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 489    *
 490    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 491    *
 492    * JSplitPane split = new
 493    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 494    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 495    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 496    *
 497    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 498    *
 499    * vp.addVARNAListener(this); }
 500    */
 501   public static String generateDefaultName()
 502   {
 503     return "User file #" + _nextID++;
 504   }
 505
 506   public RNA getRNA()
 507   {
 508     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 509   }
 510
 511   public String[][] getParameterInfo()
 512   {
 513     String[][] info =
 514     {
 515         // Parameter Name Kind of Value Description,
 516         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 517         { "structureDBN", "String",
 518             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 519         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 520     return info;
 521   }
 522
 523   public void init()
 524   {
 525     vp.setBackground(_backgroundColor);
 526     _error = true;
 527   }
 528
 529   @SuppressWarnings("unused")
 530   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 531   {
 532     Color result;
 533     try
 534     {
 535       result = Color.decode(col);
 536     } catch (Exception e)
 537     {
 538       try
 539       {
 540         result = Color.getColor(col, def);
 541       } catch (Exception e2)
 542       {
 543         return def;
 544       }
 545     }
 546     return result;
 547   }
 548
 549   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 550   {
 551     return vp;
 552   }
 553
 554   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 555   {
 556     vp = surface;
 557   }
 558
 559   public String get_seq()
 560   {
 561     return _seq.getText();
 562   }
 563
 564   public void set_seq(String _seq)
 565   {
 566     this._seq.setText(_seq);
 567   }
 568
 569   public String get_str()
 570   {
 571     return _str.getText();
 572   }
 573
 574   public void set_str(String _str)
 575   {
 576     this._str.setText(_str);
 577   }
 578
 579   public JLabel get_info()
 580   {
 581     return _info;
 582   }
 583
 584   public void set_info(JLabel _info)
 585   {
 586     this._info = _info;
 587   }
 588
 589   /*
 590    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 591    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 592    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 593    */
 594
 595   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 596   {
 597     // TODO Auto-generated method stub
 598
 599   }
 600
 601   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 602   {
 603     // TODO Auto-generated method stub
 604
 605   }
 606
 607   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 608   {
 609     // TODO Auto-generated method stub
 610
 611   }
 612
 613   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 614   {
 615     try
 616     {
 617       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 618       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 619       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 620       {
 621         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 622         {
 623           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 624           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 625           if (ob instanceof List)
 626           {
 627             List list = (List) ob;
 628             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 629             {
 630               Object o = list.get(j);
 631
 632               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 633               {
 634                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 635                 Component c = dt.getComponent();
 636                 if (c instanceof VARNAPanel)
 637                 {
 638                   String path = o.toString();
 639                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 640                   try
 641                   {
 642                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 643                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 644                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 645                   {
 646                     int mn = 1;
 647                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 648                             .loadSecStr(path);
 649                     for (RNA r : mdls)
 650                     {
 651                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 652                       String name = r.getName();
 653                       if (name.equals(""))
 654                       {
 655                         name = path.substring(path
 656                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 657                       }
 658                       if (mdls.size() > 1)
 659                       {
 660                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 661                       }
 662                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 663                     }
 664                   }
 665                 }
 666               }
 667             }
 668           }
 669           // If we made it this far, everything worked.
 670           dtde.dropComplete(true);
 671           return;
 672         }
 673       }
 674       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 675       dtde.rejectDrop();
 676     } catch (Exception e)
 677     {
 678       e.printStackTrace();
 679       dtde.rejectDrop();
 680     }
 681
 682   }
 683
 684   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 685   {
 686   }
 687
 688   private class BackupHolder
 689   {
 690     private DefaultListModel _rnaList;
 691
 692     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 693
 694     JList _l;
 695
 696     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 697     {
 698       _rnaList = rnaList;
 699       _l = l;
 700     }
 701
 702     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 703     {
 704       add(c, r, r.getName(), false);
 705     }
 706
 707     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 708     {
 709       add(c, r, r.getName(), select);
 710     }
 711
 712     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 713     {
 714       add(c, r, name, false);
 715     }
 716
 717     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 718     {
 719       if (select)
 720       {
 721         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 722       }
 723       if (name.equals(""))
 724       {
 725         name = generateDefaultName();
 726       }
 727       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 728       _rnas.add(0, r);
 729       _rnaList.add(0, bck);
 730       if (select)
 731       {
 732         _l.setSelectedIndex(0);
 733       }
 734     }
 735
 736     public void remove(int i)
 737     {
 738       _rnas.remove(i);
 739       _rnaList.remove(i);
 740
 741     }
 742
 743     public DefaultListModel getModel()
 744     {
 745       return _rnaList;
 746     }
 747
 748     public boolean contains(RNA r)
 749     {
 750       return _rnas.contains(r);
 751     }
 752
 753     /*
 754      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 755      */
 756     public FullBackup getElementAt(int i)
 757     {
 758       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 759     }
 760
 761     public void removeSelected()
 762     {
 763       int i = _l.getSelectedIndex();
 764       if (i != -1)
 765       {
 766         if (_rnaList.getSize() == 1)
 767         {
 768           RNA r = new RNA();
 769           try
 770           {
 771             r.setRNA(" ", ".");
 772           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 773           {
 774           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 775           {
 776           }
 777           vp.showRNA(r);
 778           vp.repaint();
 779         }
 780         else
 781         {
 782           int newi = i + 1;
 783           if (newi == _rnaList.getSize())
 784           {
 785             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 786           }
 787           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 788           _l.setSelectedValue(bck, true);
 789         }
 790         _rnaList.remove(i);
 791       }
 792
 793     }
 794   }
 795
 796   public void onLayoutChanged()
 797   {
 798     // TODO Auto-generated method stub
 799
 800   }
 801
 802   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 803   {
 804     _rnaList.add(v, r, "", true);
 805   }
 806
 807   public void onWarningEmitted(String s)
 808   {
 809     // TODO Auto-generated method stub
 810
 811   }
 812
 813   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 814   {
 815     if (e.getClickCount() == 2)
 816     {
 817       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 818       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 819       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 820       ;
 821       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 822       /*
 823        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 824        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 825        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 826        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 827        * this._sideList.repaint(); }
 828        */
 829     }
 830   }
 831
 832   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 833   {
 834     // TODO Auto-generated method stub
 835
 836   }
 837
 838   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 839   {
 840     // TODO Auto-generated method stub
 841
 842   }
 843
 844   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 845   {
 846     // TODO Auto-generated method stub
 847
 848   }
 849
 850   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 851   {
 852     // TODO Auto-generated method stub
 853
 854   }
 855
 856   @Override
 857   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 858           String pdbId)
 859   {
 860     // TODO Auto-generated method stub
 861     return null;
 862   }
 863
 864   @Override
 865   public String[] getPdbFile()
 866   {
 867     // TODO Auto-generated method stub
 868     return null;
 869   }
 870
 871   @Override
 872   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 873           String pdbId)
 874   {
 875     // TODO Auto-generated method stub
 876
 877   }
 878
 879   @Override
 880   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 881   {
 882     // TODO Auto-generated method stub
 883
 884   }
 885
 886   @Override
 887   public void releaseReferences(Object svl)
 888   {
 889     // TODO Auto-generated method stub
 890
 891   }
 892
 893   @Override
 894   public void updateColours(Object source)
 895   {
 896     // TODO Auto-generated method stub
 897
 898   }
 899
 900   @Override
 901   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 902   {
 903     // TODO Auto-generated method stub
 904
 905   }
 906
 907   @Override
 908   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 909   {
 910     // TODO Auto-generated method stub
 911
 912   }
 913
 914   @Override
 915   public void componentResized(ComponentEvent e)
 916   {
 917     // TODO Auto-generated method stub
 918
 919   }
 920
 921   @Override
 922   public void componentShown(ComponentEvent e)
 923   {
 924     // TODO Auto-generated method stub
 925
 926   }
 927
 928   @Override
 929   public void onStructureRedrawn()
 930   {
 931     // TODO Auto-generated method stub
 932
 933   }
 934 }
 935
 936 /*
 937  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 938  * JTextField("ATGC");
 939  *
 940  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 941  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 942  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 943  */