src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.awt.BorderLayout;
  22 import java.awt.Color;
  23 import java.awt.Component;
  24 import java.awt.Dimension;
  25 import java.awt.Font;
  26 import java.awt.GridLayout;
  27 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  28 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  29 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  30 import java.awt.dnd.DropTarget;
  31 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  32 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  33 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  34 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  35 import java.awt.event.ActionEvent;
  36 import java.awt.event.ActionListener;
  37 import java.awt.event.ComponentEvent;
  38 import java.awt.event.MouseEvent;
  39 import java.awt.event.MouseListener;
  40 import java.io.File;
  41 import java.util.ArrayList;
  42 import java.util.Collection;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.DefaultListModel;
  46 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  47 import javax.swing.Icon;
  48 import javax.swing.JButton;
  49 import javax.swing.JFrame;
  50 import javax.swing.JLabel;
  51 import javax.swing.JList;
  52 import javax.swing.JOptionPane;
  53 import javax.swing.JPanel;
  54 import javax.swing.JScrollPane;
  55 import javax.swing.JSplitPane;
  56 import javax.swing.JTextField;
  57 import javax.swing.ListModel;
  58 import javax.swing.ListSelectionModel;
  59 import javax.swing.UIManager;
  60 import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
  61 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  62 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  63
  64 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  65 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  66 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  67 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  68 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  69 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  70 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  71 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  72 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  73 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  74 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  75
  76 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  77         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  78         MouseListener
  79 {
  80
  81   /**
  82          *
  83          */
  84   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  85
  86   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  87
  88   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  89
  90   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  91
  92   public VARNAPanel vp;
  93
  94   protected JPanel _tools = new JPanel();
  95
  96   private JPanel _input = new JPanel();
  97
  98   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  99
 100   private JPanel _strPanel = new JPanel();
 101
 102   private JLabel _info = new JLabel();
 103
 104   private JTextField _str = new JTextField();
 105
 106   private JTextField _seq = new JTextField();
 107
 108   private JLabel _strLabel = new JLabel(" Str:");
 109
 110   private JLabel _seqLabel = new JLabel(" Seq:");
 111
 112   private JButton _createButton = new JButton("Create");
 113
 114   private JButton _updateButton = new JButton("Update");
 115
 116   private JButton _deleteButton = new JButton("Delete");
 117
 118   private JButton _duplicateButton = new JButton("Snapshot");
 119
 120   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 121
 122   private ReorderableJList _sideList = null;
 123
 124   private static String errorOpt = "error";
 125
 126   @SuppressWarnings("unused")
 127   private boolean _error;
 128
 129   private Color _backgroundColor = Color.white;
 130
 131   private static int _nextID = 1;
 132
 133   @SuppressWarnings("unused")
 134   private int _algoCode;
 135
 136   private BackupHolder _rnaList;
 137
 138   /*
 139    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 140    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 141    *
 142    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 143    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 144    */
 145
 146   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 147   {
 148     // super("VARNA in Jalview");
 149     initVarna(seq, struc);
 150   }
 151
 152   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 153   {
 154     // super("VARNA in Jalview");
 155     initVarnaEdit(rnaList);
 156   }
 157
 158   private void initVarna(String seq, String str)
 159   {
 160     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 161
 162     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 163     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 164     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 165
 166     _sideList = new ReorderableJList();
 167     _sideList.setModel(dlm);
 168     _sideList.addMouseListener(this);
 169     _sideList.setSelectionModel(m);
 170     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 171     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 172     {
 173       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 174       {
 175         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 176         {
 177           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 178           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 179                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 180           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 181           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 182           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 183         }
 184       }
 185     });
 186
 187     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 188     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 189
 190     try
 191     {
 192       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 193       _RNA1.setRNA(seq, str);
 194       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 195     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 196     {
 197       vp.errorDialog(e);
 198     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 199     {
 200       e2.printStackTrace();
 201     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 202     {
 203       e3.printStackTrace();
 204     }
 205     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 206     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 207
 208     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 209     vp.setBackground(_backgroundColor);
 210
 211     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 212     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 213
 214     // setVisible(true);
 215     vp.addVARNAListener(this);
 216   }
 217
 218   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 219   {
 220     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 221
 222     int marginTools = 40;
 223
 224     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 225     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 226     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 227
 228     _sideList = new ReorderableJList();
 229     _sideList.setModel(dlm);
 230     _sideList.addMouseListener(this);
 231     _sideList.setSelectionModel(m);
 232     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 233     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 234     {
 235       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 236       {
 237         // System.out.println(arg0);
 238         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 239         {
 240           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 241           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 242                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 243           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 244           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 245           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 246         }
 247       }
 248     });
 249     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 250
 251     try
 252     {
 253       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 254       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 255       {
 256         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 257       }
 258     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 259     {
 260       vp.errorDialog(e);
 261     }
 262     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 263     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 264     {
 265       if (i < rnaInList.size() - 1)
 266       {
 267         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 268                 .get(i).getName());
 269       }
 270       else
 271       {
 272         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 273                 .get(i).getName(), true);
 274       }
 275     }
 276
 277     /*
 278      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 279      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 280      */
 281
 282     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 283     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 284
 285     vp.setBackground(_backgroundColor);
 286
 287     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 288
 289     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 290     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 291     _seq.setFont(textFieldsFont);
 292     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 293
 294     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 295     {
 296       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 297       {
 298         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 299         sel.rna.setSequence("A");
 300       }
 301     });
 302
 303     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 304     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 305     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 306
 307     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 308     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 309     _str.setFont(textFieldsFont);
 310     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 311     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 312     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 313
 314     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 315     // _input.add(_seqPanel);
 316     _input.add(_strPanel);
 317
 318     JPanel goPanel = new JPanel();
 319     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 320
 321     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 322     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 323     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 324     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 325
 326     /*
 327      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 328      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 329      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 330      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 331      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 332      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 333      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 334      * Date()),true); }});
 335      */
 336     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 337
 338     JPanel ops = new JPanel();
 339     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 340     ops.add(_deleteButton);
 341     ops.add(_duplicateButton);
 342
 343     JLabel j = new JLabel("Structures Manager", JLabel.CENTER);
 344     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 345
 346     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 347     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 348     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 349
 350     // JSplitPane split = new
 351     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 352     /**
 353      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 354      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 355      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 356      */
 357
 358     // TODO setVisible(true);
 359     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 360
 361     vp.addVARNAListener(this);
 362   }
 363
 364   public JPanel getTools()
 365   {
 366     return _tools;
 367   }
 368
 369   public JPanel getListPanel()
 370   {
 371     return _listPanel;
 372   }
 373
 374   /**
 375    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 376    *
 377    * @return Currently selected RNA
 378    */
 379   public RNA getSelectedRNA()
 380   {
 381     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 382   }
 383
 384   /**
 385    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 386    *
 387    * @param rnaEdit
 388    */
 389   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 390   {
 391     vp.repaint();
 392     vp.showRNA(rnaEdit);
 393   }
 394
 395   /*
 396    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 397    * DefaultListModel();
 398    *
 399    *
 400    * int marginTools = 40;
 401    *
 402    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 403    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 404    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 405    *
 406    *
 407    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 408    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 409    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 410    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 411    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 412    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 413    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 414    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 415    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 416    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 417    * });
 418    *
 419    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 420    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 421    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 422    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 423    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 424    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 425    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 426    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 427    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 428    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 429    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 430    *
 431    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 432    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 433    *
 434    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 435    *
 436    *
 437    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 438    *
 439    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 440    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 441    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 442    *
 443    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 444    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 445    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 446    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 447    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 448    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 449    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 450    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 451    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 452    *
 453    *
 454    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 455    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 456    *
 457    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 458    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 459    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 460    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 461    * BorderLayout.CENTER);
 462    *
 463    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 464    * _input.add(_strPanel);
 465    *
 466    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 467    *
 468    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 469    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 470    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 471    *
 472    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 473    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 474    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 475    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 476    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 477    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 478    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 479    * Date()),true); }});
 480    *
 481    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 482    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 483    *
 484    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 485    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 486    *
 487    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 488    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 489    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 490    *
 491    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 492    *
 493    * JSplitPane split = new
 494    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 495    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 496    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 497    *
 498    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 499    *
 500    * vp.addVARNAListener(this); }
 501    */
 502   public static String generateDefaultName()
 503   {
 504     return "User file #" + _nextID++;
 505   }
 506
 507   public RNA getRNA()
 508   {
 509     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 510   }
 511
 512   public String[][] getParameterInfo()
 513   {
 514     String[][] info =
 515     {
 516         // Parameter Name Kind of Value Description,
 517         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 518         { "structureDBN", "String",
 519             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 520         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 521     return info;
 522   }
 523
 524   public void init()
 525   {
 526     vp.setBackground(_backgroundColor);
 527     _error = true;
 528   }
 529
 530   @SuppressWarnings("unused")
 531   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 532   {
 533     Color result;
 534     try
 535     {
 536       result = Color.decode(col);
 537     } catch (Exception e)
 538     {
 539       try
 540       {
 541         result = Color.getColor(col, def);
 542       } catch (Exception e2)
 543       {
 544         return def;
 545       }
 546     }
 547     return result;
 548   }
 549
 550   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 551   {
 552     return vp;
 553   }
 554
 555   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 556   {
 557     vp = surface;
 558   }
 559
 560   public String get_seq()
 561   {
 562     return _seq.getText();
 563   }
 564
 565   public void set_seq(String _seq)
 566   {
 567     this._seq.setText(_seq);
 568   }
 569
 570   public String get_str()
 571   {
 572     return _str.getText();
 573   }
 574
 575   public void set_str(String _str)
 576   {
 577     this._str.setText(_str);
 578   }
 579
 580   public JLabel get_info()
 581   {
 582     return _info;
 583   }
 584
 585   public void set_info(JLabel _info)
 586   {
 587     this._info = _info;
 588   }
 589
 590   /*
 591    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 592    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 593    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 594    */
 595
 596   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 597   {
 598     // TODO Auto-generated method stub
 599
 600   }
 601
 602   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 603   {
 604     // TODO Auto-generated method stub
 605
 606   }
 607
 608   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 609   {
 610     // TODO Auto-generated method stub
 611
 612   }
 613
 614   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 615   {
 616     try
 617     {
 618       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 619       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 620       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 621       {
 622         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 623         {
 624           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 625           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 626           if (ob instanceof List)
 627           {
 628             List list = (List) ob;
 629             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 630             {
 631               Object o = list.get(j);
 632
 633               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 634               {
 635                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 636                 Component c = dt.getComponent();
 637                 if (c instanceof VARNAPanel)
 638                 {
 639                   String path = o.toString();
 640                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 641                   try
 642                   {
 643                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 644                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 645                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 646                   {
 647                     int mn = 1;
 648                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 649                             .loadSecStr(path);
 650                     for (RNA r : mdls)
 651                     {
 652                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 653                       String name = r.getName();
 654                       if (name.equals(""))
 655                       {
 656                         name = path.substring(path
 657                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 658                       }
 659                       if (mdls.size() > 1)
 660                       {
 661                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 662                       }
 663                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 664                     }
 665                   }
 666                 }
 667               }
 668             }
 669           }
 670           // If we made it this far, everything worked.
 671           dtde.dropComplete(true);
 672           return;
 673         }
 674       }
 675       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 676       dtde.rejectDrop();
 677     } catch (Exception e)
 678     {
 679       e.printStackTrace();
 680       dtde.rejectDrop();
 681     }
 682
 683   }
 684
 685   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 686   {
 687   }
 688
 689   private class BackupHolder
 690   {
 691     private DefaultListModel _rnaList;
 692
 693     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 694
 695     JList _l;
 696
 697     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 698     {
 699       _rnaList = rnaList;
 700       _l = l;
 701     }
 702
 703     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 704     {
 705       add(c, r, r.getName(), false);
 706     }
 707
 708     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 709     {
 710       add(c, r, r.getName(), select);
 711     }
 712
 713     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 714     {
 715       add(c, r, name, false);
 716     }
 717
 718     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 719     {
 720       if (select)
 721       {
 722         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 723       }
 724       if (name.equals(""))
 725       {
 726         name = generateDefaultName();
 727       }
 728       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 729       _rnas.add(0, r);
 730       _rnaList.add(0, bck);
 731       if (select)
 732       {
 733         _l.setSelectedIndex(0);
 734       }
 735     }
 736
 737     public void remove(int i)
 738     {
 739       _rnas.remove(i);
 740       _rnaList.remove(i);
 741
 742     }
 743
 744     public DefaultListModel getModel()
 745     {
 746       return _rnaList;
 747     }
 748
 749     public boolean contains(RNA r)
 750     {
 751       return _rnas.contains(r);
 752     }
 753
 754     /*
 755      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 756      */
 757     public FullBackup getElementAt(int i)
 758     {
 759       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 760     }
 761
 762     public void removeSelected()
 763     {
 764       int i = _l.getSelectedIndex();
 765       if (i != -1)
 766       {
 767         if (_rnaList.getSize() == 1)
 768         {
 769           RNA r = new RNA();
 770           try
 771           {
 772             r.setRNA(" ", ".");
 773           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 774           {
 775           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 776           {
 777           }
 778           vp.showRNA(r);
 779           vp.repaint();
 780         }
 781         else
 782         {
 783           int newi = i + 1;
 784           if (newi == _rnaList.getSize())
 785           {
 786             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 787           }
 788           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 789           _l.setSelectedValue(bck, true);
 790         }
 791         _rnaList.remove(i);
 792       }
 793
 794     }
 795   }
 796
 797   public void onLayoutChanged()
 798   {
 799     // TODO Auto-generated method stub
 800
 801   }
 802
 803   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 804   {
 805     _rnaList.add(v, r, "", true);
 806   }
 807
 808   public void onWarningEmitted(String s)
 809   {
 810     // TODO Auto-generated method stub
 811
 812   }
 813
 814   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 815   {
 816     if (e.getClickCount() == 2)
 817     {
 818       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 819       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 820       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 821       ;
 822       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 823       /*
 824        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 825        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 826        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 827        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 828        * this._sideList.repaint(); }
 829        */
 830     }
 831   }
 832
 833   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 834   {
 835     // TODO Auto-generated method stub
 836
 837   }
 838
 839   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 840   {
 841     // TODO Auto-generated method stub
 842
 843   }
 844
 845   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 846   {
 847     // TODO Auto-generated method stub
 848
 849   }
 850
 851   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 852   {
 853     // TODO Auto-generated method stub
 854
 855   }
 856
 857   @Override
 858   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 859           String pdbId)
 860   {
 861     // TODO Auto-generated method stub
 862     return null;
 863   }
 864
 865   @Override
 866   public String[] getPdbFile()
 867   {
 868     // TODO Auto-generated method stub
 869     return null;
 870   }
 871
 872   @Override
 873   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 874           String pdbId)
 875   {
 876     // TODO Auto-generated method stub
 877
 878   }
 879
 880   @Override
 881   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 882   {
 883     // TODO Auto-generated method stub
 884
 885   }
 886
 887   @Override
 888   public void releaseReferences(Object svl)
 889   {
 890     // TODO Auto-generated method stub
 891
 892   }
 893
 894   @Override
 895   public void updateColours(Object source)
 896   {
 897     // TODO Auto-generated method stub
 898
 899   }
 900
 901   @Override
 902   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 903   {
 904     // TODO Auto-generated method stub
 905
 906   }
 907
 908   @Override
 909   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 910   {
 911     // TODO Auto-generated method stub
 912
 913   }
 914
 915   @Override
 916   public void componentResized(ComponentEvent e)
 917   {
 918     // TODO Auto-generated method stub
 919
 920   }
 921
 922   @Override
 923   public void componentShown(ComponentEvent e)
 924   {
 925     // TODO Auto-generated method stub
 926
 927   }
 928
 929   @Override
 930   public void onStructureRedrawn()
 931   {
 932     // TODO Auto-generated method stub
 933
 934   }
 935 }
 936
 937 /*
 938  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 939  * JTextField("ATGC");
 940  *
 941  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 942  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 943  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 944  */