src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24
  25 import java.awt.BorderLayout;
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  32 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  33 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  34 import java.awt.dnd.DropTarget;
  35 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  36 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  37 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  38 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.event.ComponentEvent;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.awt.event.MouseListener;
  44 import java.io.File;
  45 import java.util.ArrayList;
  46 import java.util.Collection;
  47 import java.util.List;
  48
  49 import javax.swing.DefaultListModel;
  50 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  51 import javax.swing.JButton;
  52 import javax.swing.JLabel;
  53 import javax.swing.JList;
  54 import javax.swing.JPanel;
  55 import javax.swing.JScrollPane;
  56 import javax.swing.JTextField;
  57 import javax.swing.ListModel;
  58 import javax.swing.ListSelectionModel;
  59 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  60 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  61
  62 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  63 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  64 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  65 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  66 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  67 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  68 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  69 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  70 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  71 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  72 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  73
  74 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  75         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  76         MouseListener
  77 {
  78
  79   /**
  80          *
  81          */
  82   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  83
  84   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  85
  86   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  87
  88   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  89
  90   public VARNAPanel vp;
  91
  92   protected JPanel _tools = new JPanel();
  93
  94   private JPanel _input = new JPanel();
  95
  96   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  97
  98   private JPanel _strPanel = new JPanel();
  99
 100   private JLabel _info = new JLabel();
 101
 102   private JTextField _str = new JTextField();
 103
 104   private JTextField _seq = new JTextField();
 105
 106   private JLabel _strLabel = new JLabel(
 107           MessageManager.getString("label.str"));
 108
 109   private JLabel _seqLabel = new JLabel(
 110           MessageManager.getString("label.seq"));
 111
 112   private JButton _createButton = new JButton(
 113           MessageManager.getString("action.create"));
 114
 115   private JButton _updateButton = new JButton(
 116           MessageManager.getString("action.update"));
 117
 118   private JButton _deleteButton = new JButton(
 119           MessageManager.getString("action.delete"));
 120
 121   private JButton _duplicateButton = new JButton(
 122           MessageManager.getString("action.snapshot"));
 123
 124   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 125
 126   private ReorderableJList _sideList = null;
 127
 128   private static String errorOpt = "error";
 129
 130   @SuppressWarnings("unused")
 131   private boolean _error;
 132
 133   private Color _backgroundColor = Color.white;
 134
 135   private static int _nextID = 1;
 136
 137   @SuppressWarnings("unused")
 138   private int _algoCode;
 139
 140   private BackupHolder _rnaList;
 141
 142   /*
 143    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 144    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 145    *
 146    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 147    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 148    */
 149
 150   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 151   {
 152     // super("VARNA in Jalview");
 153     initVarna(seq, struc);
 154
 155   }
 156
 157   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 158   {
 159
 160     // super("VARNA in Jalview");
 161     initVarnaEdit(rnaList);
 162   }
 163
 164   private void initVarna(String seq, String str)
 165   {
 166
 167     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 168
 169     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 170     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 171     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 172
 173     _sideList = new ReorderableJList();
 174     _sideList.setModel(dlm);
 175     _sideList.addMouseListener(this);
 176     _sideList.setSelectionModel(m);
 177     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 178     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 179     {
 180       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 181       {
 182         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 183         {
 184           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 185           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 186                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 187           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 188           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 189           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 190         }
 191       }
 192     });
 193
 194     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 195     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 196
 197     try
 198     {
 199
 200       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 201       _RNA1.setRNA(seq, str);
 202       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 203     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 204     {
 205       vp.errorDialog(e);
 206     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 207     {
 208       e2.printStackTrace();
 209     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 210     {
 211       e3.printStackTrace();
 212     }
 213     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 214     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 215
 216     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 217     vp.setBackground(_backgroundColor);
 218
 219     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 220     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 221
 222     // setVisible(true);
 223     vp.addVARNAListener(this);
 224   }
 225
 226   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 227   {
 228
 229     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 230
 231     int marginTools = 40;
 232
 233     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 234     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 235     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 236
 237     _sideList = new ReorderableJList();
 238     _sideList.setModel(dlm);
 239     _sideList.addMouseListener(this);
 240     _sideList.setSelectionModel(m);
 241     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 242     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 243     {
 244       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 245       {
 246         // System.out.println(arg0);
 247         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 248         {
 249           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 250           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 251                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 252           // vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 253           vp.showRNA(sel.rna, sel.config);
 254           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 255           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 256         }
 257       }
 258     });
 259     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 260
 261     try
 262     {
 263
 264       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 265       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 266       {
 267         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 268
 269       }
 270     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 271     {
 272       vp.errorDialog(e);
 273     }
 274     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 275     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 276     {
 277       if (i < rnaInList.size() - 1)
 278       {
 279         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 280                 .get(i).getName());
 281       }
 282       else
 283       {
 284         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 285                 .get(i).getName(), true);
 286       }
 287     }
 288
 289     /*
 290      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 291      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 292      */
 293
 294     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 295     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 296
 297     vp.setBackground(_backgroundColor);
 298
 299     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 300
 301     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 302     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 303     _seq.setFont(textFieldsFont);
 304     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 305
 306     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 307     {
 308       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 309       {
 310         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 311         sel.rna.setSequence("A");
 312       }
 313     });
 314
 315     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 316     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 317     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 318
 319     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 320     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 321     _str.setFont(textFieldsFont);
 322     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 323     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 324     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 325
 326     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 327     // _input.add(_seqPanel);
 328     _input.add(_strPanel);
 329
 330     JPanel goPanel = new JPanel();
 331     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 332
 333     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 334     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 335     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 336     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 337
 338     /*
 339      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 340      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 341      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 342      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 343      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 344      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 345      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 346      * Date()),true); }});
 347      */
 348     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 349
 350     JPanel ops = new JPanel();
 351     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 352     ops.add(_deleteButton);
 353     ops.add(_duplicateButton);
 354
 355     JLabel j = new JLabel(
 356             MessageManager.getString("label.structures_manager"),
 357             JLabel.CENTER);
 358     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 359
 360     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 361     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 362     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 363
 364     // JSplitPane split = new
 365     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 366     /**
 367      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 368      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 369      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 370      */
 371
 372     // TODO setVisible(true);
 373     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 374
 375     vp.addVARNAListener(this);
 376   }
 377
 378   public JPanel getTools()
 379   {
 380     return _tools;
 381   }
 382
 383   public JPanel getListPanel()
 384   {
 385     return _listPanel;
 386   }
 387
 388   /**
 389    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 390    *
 391    * @return Currently selected RNA
 392    */
 393   public RNA getSelectedRNA()
 394   {
 395     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 400    *
 401    * @param rnaEdit
 402    */
 403   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 404   {
 405     vp.repaint();
 406     vp.showRNA(rnaEdit);
 407   }
 408
 409   /*
 410    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 411    * DefaultListModel();
 412    *
 413    *
 414    * int marginTools = 40;
 415    *
 416    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 417    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 418    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 419    *
 420    *
 421    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 422    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 423    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 424    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 425    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 426    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 427    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 428    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 429    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 430    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 431    * });
 432    *
 433    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 434    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 435    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 436    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 437    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 438    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 439    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 440    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 441    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 442    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 443    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 444    *
 445    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 446    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 447    *
 448    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 449    *
 450    *
 451    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 452    *
 453    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 454    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 455    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 456    *
 457    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 458    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 459    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 460    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 461    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 462    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 463    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 464    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 465    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 466    *
 467    *
 468    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 469    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 470    *
 471    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 472    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 473    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 474    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 475    * BorderLayout.CENTER);
 476    *
 477    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 478    * _input.add(_strPanel);
 479    *
 480    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 481    *
 482    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 483    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 484    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 485    *
 486    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 487    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 488    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 489    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 490    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 491    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 492    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 493    * Date()),true); }});
 494    *
 495    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 496    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 497    *
 498    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 499    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 500    *
 501    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 502    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 503    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 504    *
 505    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 506    *
 507    * JSplitPane split = new
 508    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 509    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 510    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 511    *
 512    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 513    *
 514    * vp.addVARNAListener(this); }
 515    */
 516   public static String generateDefaultName()
 517   {
 518     return "User file #" + _nextID++;
 519   }
 520
 521   public RNA getRNA()
 522   {
 523     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 524   }
 525
 526   public String[][] getParameterInfo()
 527   {
 528     String[][] info =
 529     {
 530         // Parameter Name Kind of Value Description,
 531         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 532         { "structureDBN", "String",
 533             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 534         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 535     return info;
 536   }
 537
 538   public void init()
 539   {
 540     vp.setBackground(_backgroundColor);
 541     _error = true;
 542   }
 543
 544   @SuppressWarnings("unused")
 545   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 546   {
 547     Color result;
 548     try
 549     {
 550       result = Color.decode(col);
 551     } catch (Exception e)
 552     {
 553       try
 554       {
 555         result = Color.getColor(col, def);
 556       } catch (Exception e2)
 557       {
 558         return def;
 559       }
 560     }
 561     return result;
 562   }
 563
 564   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 565   {
 566     return vp;
 567   }
 568
 569   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 570   {
 571     vp = surface;
 572   }
 573
 574   public String get_seq()
 575   {
 576     return _seq.getText();
 577   }
 578
 579   public void set_seq(String _seq)
 580   {
 581     this._seq.setText(_seq);
 582   }
 583
 584   public String get_str()
 585   {
 586     return _str.getText();
 587   }
 588
 589   public void set_str(String _str)
 590   {
 591     this._str.setText(_str);
 592   }
 593
 594   public JLabel get_info()
 595   {
 596     return _info;
 597   }
 598
 599   public void set_info(JLabel _info)
 600   {
 601     this._info = _info;
 602   }
 603
 604   /*
 605    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 606    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 607    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 608    */
 609
 610   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 611   {
 612     // TODO Auto-generated method stub
 613
 614   }
 615
 616   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 617   {
 618     // TODO Auto-generated method stub
 619
 620   }
 621
 622   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 623   {
 624     // TODO Auto-generated method stub
 625
 626   }
 627
 628   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 629   {
 630     try
 631     {
 632       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 633       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 634       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 635       {
 636         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 637         {
 638           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 639           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 640           if (ob instanceof List)
 641           {
 642             List list = (List) ob;
 643             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 644             {
 645               Object o = list.get(j);
 646
 647               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 648               {
 649                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 650                 Component c = dt.getComponent();
 651                 if (c instanceof VARNAPanel)
 652                 {
 653                   String path = o.toString();
 654                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 655                   try
 656                   {
 657                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 658                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 659                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 660                   {
 661                     int mn = 1;
 662                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 663                             .loadSecStr(path);
 664                     for (RNA r : mdls)
 665                     {
 666                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 667                       String name = r.getName();
 668                       if (name.equals(""))
 669                       {
 670                         name = path.substring(path
 671                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 672                       }
 673                       if (mdls.size() > 1)
 674                       {
 675                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 676                       }
 677                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 678                     }
 679                   }
 680                 }
 681               }
 682             }
 683           }
 684           // If we made it this far, everything worked.
 685           dtde.dropComplete(true);
 686           return;
 687         }
 688       }
 689       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 690       dtde.rejectDrop();
 691     } catch (Exception e)
 692     {
 693       e.printStackTrace();
 694       dtde.rejectDrop();
 695     }
 696
 697   }
 698
 699   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 700   {
 701   }
 702
 703   private class BackupHolder
 704   {
 705     private DefaultListModel _rnaList;
 706
 707     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 708
 709     JList _l;
 710
 711     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 712     {
 713       _rnaList = rnaList;
 714       _l = l;
 715     }
 716
 717     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 718     {
 719       add(c, r, r.getName(), false);
 720     }
 721
 722     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 723     {
 724       add(c, r, r.getName(), select);
 725     }
 726
 727     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 728     {
 729       add(c, r, name, false);
 730     }
 731
 732     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 733     {
 734       if (select)
 735       {
 736         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 737       }
 738       if (name.equals(""))
 739       {
 740         name = generateDefaultName();
 741       }
 742       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 743       _rnas.add(0, r);
 744       _rnaList.add(0, bck);
 745       if (select)
 746       {
 747         _l.setSelectedIndex(0);
 748       }
 749     }
 750
 751     public void remove(int i)
 752     {
 753       _rnas.remove(i);
 754       _rnaList.remove(i);
 755
 756     }
 757
 758     public DefaultListModel getModel()
 759     {
 760       return _rnaList;
 761     }
 762
 763     public boolean contains(RNA r)
 764     {
 765       return _rnas.contains(r);
 766     }
 767
 768     /*
 769      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 770      */
 771     public FullBackup getElementAt(int i)
 772     {
 773       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 774     }
 775
 776     public void removeSelected()
 777     {
 778       int i = _l.getSelectedIndex();
 779       if (i != -1)
 780       {
 781         if (_rnaList.getSize() == 1)
 782         {
 783           RNA r = new RNA();
 784           try
 785           {
 786             r.setRNA(" ", ".");
 787           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 788           {
 789           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 790           {
 791           }
 792           vp.showRNA(r);
 793           vp.repaint();
 794         }
 795         else
 796         {
 797           int newi = i + 1;
 798           if (newi == _rnaList.getSize())
 799           {
 800             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 801           }
 802           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 803           _l.setSelectedValue(bck, true);
 804         }
 805         _rnaList.remove(i);
 806       }
 807
 808     }
 809   }
 810
 811   public void onLayoutChanged()
 812   {
 813     // TODO Auto-generated method stub
 814
 815   }
 816
 817   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 818   {
 819     // patch to fix infinite loop
 820     // The problem is that onUINewStructure is called when user clicks
 821     // check with Yann about whether Jalview should do anything with this event.
 822     // e.g. if user has used VARNA's menu to import a structure .. Jalview may
 823     // need to be told which structure is displayed.
 824
 825     // _rnaList.add(v, r, "", true);
 826   }
 827
 828   public void onWarningEmitted(String s)
 829   {
 830     // TODO Auto-generated method stub
 831
 832   }
 833
 834   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 835   {
 836     if (e.getClickCount() == 2)
 837     {
 838       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 839       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 840       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 841       ;
 842       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 843       /*
 844        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 845        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 846        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 847        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 848        * this._sideList.repaint(); }
 849        */
 850     }
 851   }
 852
 853   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 854   {
 855     // TODO Auto-generated method stub
 856
 857   }
 858
 859   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 860   {
 861     // TODO Auto-generated method stub
 862
 863   }
 864
 865   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 866   {
 867     // TODO Auto-generated method stub
 868
 869   }
 870
 871   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 872   {
 873     // TODO Auto-generated method stub
 874
 875   }
 876
 877   @Override
 878   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 879           String pdbId)
 880   {
 881     // TODO Auto-generated method stub
 882     return null;
 883   }
 884
 885   @Override
 886   public String[] getPdbFile()
 887   {
 888     // TODO Auto-generated method stub
 889     return null;
 890   }
 891
 892   @Override
 893   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 894           String pdbId)
 895   {
 896     // TODO Auto-generated method stub
 897
 898   }
 899
 900   @Override
 901   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 902   {
 903     // TODO Auto-generated method stub
 904
 905   }
 906
 907   @Override
 908   public void releaseReferences(Object svl)
 909   {
 910     // TODO Auto-generated method stub
 911
 912   }
 913
 914   @Override
 915   public void updateColours(Object source)
 916   {
 917     // TODO Auto-generated method stub
 918
 919   }
 920
 921   @Override
 922   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 923   {
 924     // TODO Auto-generated method stub
 925
 926   }
 927
 928   @Override
 929   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 930   {
 931     // TODO Auto-generated method stub
 932
 933   }
 934
 935   @Override
 936   public void componentResized(ComponentEvent e)
 937   {
 938     // TODO Auto-generated method stub
 939
 940   }
 941
 942   @Override
 943   public void componentShown(ComponentEvent e)
 944   {
 945     // TODO Auto-generated method stub
 946
 947   }
 948
 949   @Override
 950   public void onStructureRedrawn()
 951   {
 952     // TODO Auto-generated method stub
 953
 954   }
 955
 956   @Override
 957   public void onZoomLevelChanged()
 958   {
 959     // TODO Auto-generated method stub
 960
 961   }
 962
 963   @Override
 964   public void onTranslationChanged()
 965   {
 966     // TODO Auto-generated method stub
 967
 968   }
 969 }
 970
 971 /*
 972  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 973  * JTextField("ATGC");
 974  *
 975  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 976  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 977  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 978  */