src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.util.MessageManager;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Component;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Font;
  28 import java.awt.GridLayout;
  29 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  30 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  31 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  32 import java.awt.dnd.DropTarget;
  33 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  34 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  35 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  36 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.event.ComponentEvent;
  40 import java.awt.event.MouseEvent;
  41 import java.awt.event.MouseListener;
  42 import java.io.File;
  43 import java.util.ArrayList;
  44 import java.util.Collection;
  45 import java.util.List;
  46
  47 import javax.swing.DefaultListModel;
  48 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  49 import javax.swing.JButton;
  50 import javax.swing.JLabel;
  51 import javax.swing.JList;
  52 import javax.swing.JPanel;
  53 import javax.swing.JScrollPane;
  54 import javax.swing.JTextField;
  55 import javax.swing.ListModel;
  56 import javax.swing.ListSelectionModel;
  57 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  58 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  59
  60 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  61 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  62 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  63 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  64 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  65 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  66 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  67 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  68 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  69 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  70 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  71
  72 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  73         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  74         MouseListener
  75 {
  76
  77   /**
  78          *
  79          */
  80   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  81
  82   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  83
  84   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  85
  86   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  87
  88   public VARNAPanel vp;
  89
  90   protected JPanel _tools = new JPanel();
  91
  92   private JPanel _input = new JPanel();
  93
  94   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  95
  96   private JPanel _strPanel = new JPanel();
  97
  98   private JLabel _info = new JLabel();
  99
 100   private JTextField _str = new JTextField();
 101
 102   private JTextField _seq = new JTextField();
 103
 104   private JLabel _strLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.str"));
 105
 106   private JLabel _seqLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.seq"));
 107
 108   private JButton _createButton = new JButton(MessageManager.getString("action.create"));
 109
 110   private JButton _updateButton = new JButton(MessageManager.getString("action.update"));
 111
 112   private JButton _deleteButton = new JButton(MessageManager.getString("action.delete"));
 113
 114   private JButton _duplicateButton = new JButton(MessageManager.getString("action.snapshot"));
 115
 116   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 117
 118   private ReorderableJList _sideList = null;
 119
 120   private static String errorOpt = "error";
 121
 122   @SuppressWarnings("unused")
 123   private boolean _error;
 124
 125   private Color _backgroundColor = Color.white;
 126
 127   private static int _nextID = 1;
 128
 129   @SuppressWarnings("unused")
 130   private int _algoCode;
 131
 132   private BackupHolder _rnaList;
 133
 134   /*
 135    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 136    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 137    *
 138    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 139    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 140    */
 141
 142   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 143   {
 144     // super("VARNA in Jalview");
 145     initVarna(seq, struc);
 146
 147   }
 148
 149   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 150   {
 151
 152     // super("VARNA in Jalview");
 153     initVarnaEdit(rnaList);
 154   }
 155
 156   private void initVarna(String seq, String str)
 157   {
 158
 159     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 160
 161     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 162     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 163     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 164
 165     _sideList = new ReorderableJList();
 166     _sideList.setModel(dlm);
 167     _sideList.addMouseListener(this);
 168     _sideList.setSelectionModel(m);
 169     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 170     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 171     {
 172       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 173       {
 174         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 175         {
 176           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 177           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 178                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 179           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 180           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 181           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 182         }
 183       }
 184     });
 185
 186     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 187     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 188
 189     try
 190     {
 191
 192       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 193       _RNA1.setRNA(seq, str);
 194       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 195     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 196     {
 197       vp.errorDialog(e);
 198     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 199     {
 200       e2.printStackTrace();
 201     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 202     {
 203       e3.printStackTrace();
 204     }
 205     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 206     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 207
 208     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 209     vp.setBackground(_backgroundColor);
 210
 211     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 212     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 213
 214     // setVisible(true);
 215     vp.addVARNAListener(this);
 216   }
 217
 218   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 219   {
 220
 221     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 222
 223     int marginTools = 40;
 224
 225     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 226     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 227     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 228
 229     _sideList = new ReorderableJList();
 230     _sideList.setModel(dlm);
 231     _sideList.addMouseListener(this);
 232     _sideList.setSelectionModel(m);
 233     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 234     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 235     {
 236       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 237       {
 238         // System.out.println(arg0);
 239         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 240         {
 241           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 242           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 243                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 244           //vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 245           vp.showRNA(sel.rna, sel.config);
 246           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 247           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 248         }
 249       }
 250     });
 251     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 252
 253     try
 254     {
 255
 256       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 257       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 258       {
 259         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 260
 261       }
 262     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 263     {
 264       vp.errorDialog(e);
 265     }
 266     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 267     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 268     {
 269       if (i < rnaInList.size() - 1)
 270       {
 271         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 272                 .get(i).getName());
 273       }
 274       else
 275       {
 276         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 277                 .get(i).getName(), true);
 278       }
 279     }
 280
 281     /*
 282      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 283      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 284      */
 285
 286     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 287     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 288
 289     vp.setBackground(_backgroundColor);
 290
 291     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 292
 293     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 294     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 295     _seq.setFont(textFieldsFont);
 296     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 297
 298     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 299     {
 300       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 301       {
 302         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 303         sel.rna.setSequence("A");
 304       }
 305     });
 306
 307     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 308     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 309     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 310
 311     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 312     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 313     _str.setFont(textFieldsFont);
 314     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 315     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 316     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 317
 318     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 319     // _input.add(_seqPanel);
 320     _input.add(_strPanel);
 321
 322     JPanel goPanel = new JPanel();
 323     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 324
 325     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 326     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 327     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 328     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 329
 330     /*
 331      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 332      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 333      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 334      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 335      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 336      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 337      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 338      * Date()),true); }});
 339      */
 340     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 341
 342     JPanel ops = new JPanel();
 343     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 344     ops.add(_deleteButton);
 345     ops.add(_duplicateButton);
 346
 347     JLabel j = new JLabel(MessageManager.getString("label.structures_manager"), JLabel.CENTER);
 348     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 349
 350     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 351     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 352     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 353
 354     // JSplitPane split = new
 355     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 356     /**
 357      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 358      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 359      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 360      */
 361
 362     // TODO setVisible(true);
 363     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 364
 365     vp.addVARNAListener(this);
 366   }
 367
 368   public JPanel getTools()
 369   {
 370     return _tools;
 371   }
 372
 373   public JPanel getListPanel()
 374   {
 375     return _listPanel;
 376   }
 377
 378   /**
 379    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 380    *
 381    * @return Currently selected RNA
 382    */
 383   public RNA getSelectedRNA()
 384   {
 385     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 386   }
 387
 388   /**
 389    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 390    *
 391    * @param rnaEdit
 392    */
 393   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 394   {
 395     vp.repaint();
 396     vp.showRNA(rnaEdit);
 397   }
 398
 399   /*
 400    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 401    * DefaultListModel();
 402    *
 403    *
 404    * int marginTools = 40;
 405    *
 406    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 407    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 408    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 409    *
 410    *
 411    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 412    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 413    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 414    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 415    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 416    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 417    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 418    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 419    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 420    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 421    * });
 422    *
 423    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 424    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 425    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 426    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 427    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 428    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 429    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 430    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 431    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 432    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 433    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 434    *
 435    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 436    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 437    *
 438    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 439    *
 440    *
 441    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 442    *
 443    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 444    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 445    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 446    *
 447    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 448    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 449    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 450    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 451    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 452    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 453    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 454    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 455    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 456    *
 457    *
 458    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 459    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 460    *
 461    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 462    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 463    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 464    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 465    * BorderLayout.CENTER);
 466    *
 467    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 468    * _input.add(_strPanel);
 469    *
 470    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 471    *
 472    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 473    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 474    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 475    *
 476    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 477    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 478    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 479    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 480    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 481    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 482    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 483    * Date()),true); }});
 484    *
 485    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 486    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 487    *
 488    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 489    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 490    *
 491    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 492    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 493    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 494    *
 495    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 496    *
 497    * JSplitPane split = new
 498    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 499    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 500    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 501    *
 502    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 503    *
 504    * vp.addVARNAListener(this); }
 505    */
 506   public static String generateDefaultName()
 507   {
 508     return "User file #" + _nextID++;
 509   }
 510
 511   public RNA getRNA()
 512   {
 513     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 514   }
 515
 516   public String[][] getParameterInfo()
 517   {
 518     String[][] info =
 519     {
 520         // Parameter Name Kind of Value Description,
 521         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 522         { "structureDBN", "String",
 523             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 524         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 525     return info;
 526   }
 527
 528   public void init()
 529   {
 530     vp.setBackground(_backgroundColor);
 531     _error = true;
 532   }
 533
 534   @SuppressWarnings("unused")
 535   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 536   {
 537     Color result;
 538     try
 539     {
 540       result = Color.decode(col);
 541     } catch (Exception e)
 542     {
 543       try
 544       {
 545         result = Color.getColor(col, def);
 546       } catch (Exception e2)
 547       {
 548         return def;
 549       }
 550     }
 551     return result;
 552   }
 553
 554   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 555   {
 556     return vp;
 557   }
 558
 559   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 560   {
 561     vp = surface;
 562   }
 563
 564   public String get_seq()
 565   {
 566     return _seq.getText();
 567   }
 568
 569   public void set_seq(String _seq)
 570   {
 571     this._seq.setText(_seq);
 572   }
 573
 574   public String get_str()
 575   {
 576     return _str.getText();
 577   }
 578
 579   public void set_str(String _str)
 580   {
 581     this._str.setText(_str);
 582   }
 583
 584   public JLabel get_info()
 585   {
 586     return _info;
 587   }
 588
 589   public void set_info(JLabel _info)
 590   {
 591     this._info = _info;
 592   }
 593
 594   /*
 595    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 596    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 597    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 598    */
 599
 600   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 601   {
 602     // TODO Auto-generated method stub
 603
 604   }
 605
 606   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 607   {
 608     // TODO Auto-generated method stub
 609
 610   }
 611
 612   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 613   {
 614     // TODO Auto-generated method stub
 615
 616   }
 617
 618   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 619   {
 620     try
 621     {
 622       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 623       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 624       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 625       {
 626         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 627         {
 628           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 629           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 630           if (ob instanceof List)
 631           {
 632             List list = (List) ob;
 633             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 634             {
 635               Object o = list.get(j);
 636
 637               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 638               {
 639                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 640                 Component c = dt.getComponent();
 641                 if (c instanceof VARNAPanel)
 642                 {
 643                   String path = o.toString();
 644                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 645                   try
 646                   {
 647                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 648                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 649                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 650                   {
 651                     int mn = 1;
 652                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 653                             .loadSecStr(path);
 654                     for (RNA r : mdls)
 655                     {
 656                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 657                       String name = r.getName();
 658                       if (name.equals(""))
 659                       {
 660                         name = path.substring(path
 661                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 662                       }
 663                       if (mdls.size() > 1)
 664                       {
 665                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 666                       }
 667                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 668                     }
 669                   }
 670                 }
 671               }
 672             }
 673           }
 674           // If we made it this far, everything worked.
 675           dtde.dropComplete(true);
 676           return;
 677         }
 678       }
 679       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 680       dtde.rejectDrop();
 681     } catch (Exception e)
 682     {
 683       e.printStackTrace();
 684       dtde.rejectDrop();
 685     }
 686
 687   }
 688
 689   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 690   {
 691   }
 692
 693   private class BackupHolder
 694   {
 695     private DefaultListModel _rnaList;
 696
 697     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 698
 699     JList _l;
 700
 701     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 702     {
 703       _rnaList = rnaList;
 704       _l = l;
 705     }
 706
 707     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 708     {
 709       add(c, r, r.getName(), false);
 710     }
 711
 712     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 713     {
 714       add(c, r, r.getName(), select);
 715     }
 716
 717     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 718     {
 719       add(c, r, name, false);
 720     }
 721
 722     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 723     {
 724       if (select)
 725       {
 726         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 727       }
 728       if (name.equals(""))
 729       {
 730         name = generateDefaultName();
 731       }
 732       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 733       _rnas.add(0, r);
 734       _rnaList.add(0, bck);
 735       if (select)
 736       {
 737         _l.setSelectedIndex(0);
 738       }
 739     }
 740
 741     public void remove(int i)
 742     {
 743       _rnas.remove(i);
 744       _rnaList.remove(i);
 745
 746     }
 747
 748     public DefaultListModel getModel()
 749     {
 750       return _rnaList;
 751     }
 752
 753     public boolean contains(RNA r)
 754     {
 755       return _rnas.contains(r);
 756     }
 757
 758     /*
 759      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 760      */
 761     public FullBackup getElementAt(int i)
 762     {
 763       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 764     }
 765
 766     public void removeSelected()
 767     {
 768       int i = _l.getSelectedIndex();
 769       if (i != -1)
 770       {
 771         if (_rnaList.getSize() == 1)
 772         {
 773           RNA r = new RNA();
 774           try
 775           {
 776             r.setRNA(" ", ".");
 777           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 778           {
 779           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 780           {
 781           }
 782           vp.showRNA(r);
 783           vp.repaint();
 784         }
 785         else
 786         {
 787           int newi = i + 1;
 788           if (newi == _rnaList.getSize())
 789           {
 790             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 791           }
 792           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 793           _l.setSelectedValue(bck, true);
 794         }
 795         _rnaList.remove(i);
 796       }
 797
 798     }
 799   }
 800
 801   public void onLayoutChanged()
 802   {
 803     // TODO Auto-generated method stub
 804
 805   }
 806
 807   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 808   {
 809     // patch to fix infinite loop
 810     // The problem is that onUINewStructure is called when user clicks
 811     // check with Yann about whether Jalview should do anything with this event.
 812     // e.g. if user has used VARNA's menu to import a structure .. Jalview may need to be told which structure is displayed.
 813
 814     // _rnaList.add(v, r, "", true);
 815   }
 816
 817   public void onWarningEmitted(String s)
 818   {
 819     // TODO Auto-generated method stub
 820
 821   }
 822
 823   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 824   {
 825     if (e.getClickCount() == 2)
 826     {
 827       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 828       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 829       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 830       ;
 831       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 832       /*
 833        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 834        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 835        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 836        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 837        * this._sideList.repaint(); }
 838        */
 839     }
 840   }
 841
 842   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 843   {
 844     // TODO Auto-generated method stub
 845
 846   }
 847
 848   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 849   {
 850     // TODO Auto-generated method stub
 851
 852   }
 853
 854   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 855   {
 856     // TODO Auto-generated method stub
 857
 858   }
 859
 860   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 861   {
 862     // TODO Auto-generated method stub
 863
 864   }
 865
 866   @Override
 867   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 868           String pdbId)
 869   {
 870     // TODO Auto-generated method stub
 871     return null;
 872   }
 873
 874   @Override
 875   public String[] getPdbFile()
 876   {
 877     // TODO Auto-generated method stub
 878     return null;
 879   }
 880
 881   @Override
 882   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 883           String pdbId)
 884   {
 885     // TODO Auto-generated method stub
 886
 887   }
 888
 889   @Override
 890   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 891   {
 892     // TODO Auto-generated method stub
 893
 894   }
 895
 896   @Override
 897   public void releaseReferences(Object svl)
 898   {
 899     // TODO Auto-generated method stub
 900
 901   }
 902
 903   @Override
 904   public void updateColours(Object source)
 905   {
 906     // TODO Auto-generated method stub
 907
 908   }
 909
 910   @Override
 911   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 912   {
 913     // TODO Auto-generated method stub
 914
 915   }
 916
 917   @Override
 918   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 919   {
 920     // TODO Auto-generated method stub
 921
 922   }
 923
 924   @Override
 925   public void componentResized(ComponentEvent e)
 926   {
 927     // TODO Auto-generated method stub
 928
 929   }
 930
 931   @Override
 932   public void componentShown(ComponentEvent e)
 933   {
 934     // TODO Auto-generated method stub
 935
 936   }
 937
 938   @Override
 939   public void onStructureRedrawn()
 940   {
 941     // TODO Auto-generated method stub
 942
 943   }
 944
 945   @Override
 946   public void onZoomLevelChanged()
 947   {
 948     // TODO Auto-generated method stub
 949
 950   }
 951
 952   @Override
 953   public void onTranslationChanged()
 954   {
 955     // TODO Auto-generated method stub
 956
 957   }
 958 }
 959
 960 /*
 961  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 962  * JTextField("ATGC");
 963  *
 964  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 965  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 966  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 967  */