src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.util.MessageManager;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Component;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Font;
  28 import java.awt.GridLayout;
  29 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  30 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  31 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  32 import java.awt.dnd.DropTarget;
  33 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  34 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  35 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  36 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.event.ComponentEvent;
  40 import java.awt.event.MouseEvent;
  41 import java.awt.event.MouseListener;
  42 import java.io.File;
  43 import java.util.ArrayList;
  44 import java.util.Collection;
  45 import java.util.List;
  46
  47 import javax.swing.DefaultListModel;
  48 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  49 import javax.swing.Icon;
  50 import javax.swing.JButton;
  51 import javax.swing.JFrame;
  52 import javax.swing.JLabel;
  53 import javax.swing.JList;
  54 import javax.swing.JOptionPane;
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.JScrollPane;
  57 import javax.swing.JSplitPane;
  58 import javax.swing.JTextField;
  59 import javax.swing.ListModel;
  60 import javax.swing.ListSelectionModel;
  61 import javax.swing.UIManager;
  62 import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
  63 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  64 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  65
  66 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  67 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  68 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  69 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  70 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  71 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  72 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  73 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  74 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  75 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  76 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  77
  78 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  79         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  80         MouseListener
  81 {
  82
  83   /**
  84          *
  85          */
  86   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  87
  88   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  89
  90   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  91
  92   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  93
  94   public VARNAPanel vp;
  95
  96   protected JPanel _tools = new JPanel();
  97
  98   private JPanel _input = new JPanel();
  99
 100   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
 101
 102   private JPanel _strPanel = new JPanel();
 103
 104   private JLabel _info = new JLabel();
 105
 106   private JTextField _str = new JTextField();
 107
 108   private JTextField _seq = new JTextField();
 109
 110   private JLabel _strLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.str"));
 111
 112   private JLabel _seqLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.seq"));
 113
 114   private JButton _createButton = new JButton(MessageManager.getString("action.create"));
 115
 116   private JButton _updateButton = new JButton(MessageManager.getString("action.update"));
 117
 118   private JButton _deleteButton = new JButton(MessageManager.getString("action.delete"));
 119
 120   private JButton _duplicateButton = new JButton(MessageManager.getString("action.snapshot"));
 121
 122   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 123
 124   private ReorderableJList _sideList = null;
 125
 126   private static String errorOpt = "error";
 127
 128   @SuppressWarnings("unused")
 129   private boolean _error;
 130
 131   private Color _backgroundColor = Color.white;
 132
 133   private static int _nextID = 1;
 134
 135   @SuppressWarnings("unused")
 136   private int _algoCode;
 137
 138   private BackupHolder _rnaList;
 139
 140   /*
 141    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 142    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 143    *
 144    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 145    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 146    */
 147
 148   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 149   {
 150     // super("VARNA in Jalview");
 151     initVarna(seq, struc);
 152   }
 153
 154   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 155   {
 156     // super("VARNA in Jalview");
 157     initVarnaEdit(rnaList);
 158   }
 159
 160   private void initVarna(String seq, String str)
 161   {
 162     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 163
 164     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 165     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 166     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 167
 168     _sideList = new ReorderableJList();
 169     _sideList.setModel(dlm);
 170     _sideList.addMouseListener(this);
 171     _sideList.setSelectionModel(m);
 172     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 173     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 174     {
 175       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 176       {
 177         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 178         {
 179           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 180           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 181                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 182           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 183           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 184           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 185         }
 186       }
 187     });
 188
 189     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 190     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 191
 192     try
 193     {
 194       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 195       _RNA1.setRNA(seq, str);
 196       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 197     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 198     {
 199       vp.errorDialog(e);
 200     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 201     {
 202       e2.printStackTrace();
 203     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 204     {
 205       e3.printStackTrace();
 206     }
 207     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 208     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 209
 210     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 211     vp.setBackground(_backgroundColor);
 212
 213     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 214     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 215
 216     // setVisible(true);
 217     vp.addVARNAListener(this);
 218   }
 219
 220   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 221   {
 222     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 223
 224     int marginTools = 40;
 225
 226     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 227     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 228     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 229
 230     _sideList = new ReorderableJList();
 231     _sideList.setModel(dlm);
 232     _sideList.addMouseListener(this);
 233     _sideList.setSelectionModel(m);
 234     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 235     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 236     {
 237       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 238       {
 239         // System.out.println(arg0);
 240         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 241         {
 242           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 243           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 244                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 245           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 246           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 247           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 248         }
 249       }
 250     });
 251     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 252
 253     try
 254     {
 255       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 256       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 257       {
 258         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 259       }
 260     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 261     {
 262       vp.errorDialog(e);
 263     }
 264     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 265     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 266     {
 267       if (i < rnaInList.size() - 1)
 268       {
 269         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 270                 .get(i).getName());
 271       }
 272       else
 273       {
 274         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 275                 .get(i).getName(), true);
 276       }
 277     }
 278
 279     /*
 280      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 281      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 282      */
 283
 284     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 285     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 286
 287     vp.setBackground(_backgroundColor);
 288
 289     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 290
 291     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 292     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 293     _seq.setFont(textFieldsFont);
 294     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 295
 296     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 297     {
 298       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 299       {
 300         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 301         sel.rna.setSequence("A");
 302       }
 303     });
 304
 305     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 306     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 307     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 308
 309     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 310     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 311     _str.setFont(textFieldsFont);
 312     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 313     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 314     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 315
 316     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 317     // _input.add(_seqPanel);
 318     _input.add(_strPanel);
 319
 320     JPanel goPanel = new JPanel();
 321     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 322
 323     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 324     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 325     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 326     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 327
 328     /*
 329      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 330      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 331      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 332      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 333      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 334      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 335      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 336      * Date()),true); }});
 337      */
 338     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 339
 340     JPanel ops = new JPanel();
 341     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 342     ops.add(_deleteButton);
 343     ops.add(_duplicateButton);
 344
 345     JLabel j = new JLabel(MessageManager.getString("label.structures_manager"), JLabel.CENTER);
 346     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 347
 348     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 349     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 350     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 351
 352     // JSplitPane split = new
 353     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 354     /**
 355      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 356      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 357      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 358      */
 359
 360     // TODO setVisible(true);
 361     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 362
 363     vp.addVARNAListener(this);
 364   }
 365
 366   public JPanel getTools()
 367   {
 368     return _tools;
 369   }
 370
 371   public JPanel getListPanel()
 372   {
 373     return _listPanel;
 374   }
 375
 376   /**
 377    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 378    *
 379    * @return Currently selected RNA
 380    */
 381   public RNA getSelectedRNA()
 382   {
 383     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 384   }
 385
 386   /**
 387    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 388    *
 389    * @param rnaEdit
 390    */
 391   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 392   {
 393     vp.repaint();
 394     vp.showRNA(rnaEdit);
 395   }
 396
 397   /*
 398    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 399    * DefaultListModel();
 400    *
 401    *
 402    * int marginTools = 40;
 403    *
 404    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 405    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 406    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 407    *
 408    *
 409    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 410    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 411    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 412    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 413    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 414    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 415    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 416    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 417    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 418    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 419    * });
 420    *
 421    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 422    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 423    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 424    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 425    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 426    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 427    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 428    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 429    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 430    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 431    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 432    *
 433    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 434    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 435    *
 436    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 437    *
 438    *
 439    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 440    *
 441    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 442    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 443    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 444    *
 445    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 446    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 447    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 448    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 449    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 450    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 451    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 452    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 453    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 454    *
 455    *
 456    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 457    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 458    *
 459    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 460    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 461    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 462    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 463    * BorderLayout.CENTER);
 464    *
 465    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 466    * _input.add(_strPanel);
 467    *
 468    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 469    *
 470    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 471    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 472    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 473    *
 474    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 475    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 476    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 477    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 478    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 479    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 480    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 481    * Date()),true); }});
 482    *
 483    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 484    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 485    *
 486    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 487    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 488    *
 489    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 490    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 491    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 492    *
 493    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 494    *
 495    * JSplitPane split = new
 496    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 497    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 498    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 499    *
 500    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 501    *
 502    * vp.addVARNAListener(this); }
 503    */
 504   public static String generateDefaultName()
 505   {
 506     return "User file #" + _nextID++;
 507   }
 508
 509   public RNA getRNA()
 510   {
 511     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 512   }
 513
 514   public String[][] getParameterInfo()
 515   {
 516     String[][] info =
 517     {
 518         // Parameter Name Kind of Value Description,
 519         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 520         { "structureDBN", "String",
 521             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 522         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 523     return info;
 524   }
 525
 526   public void init()
 527   {
 528     vp.setBackground(_backgroundColor);
 529     _error = true;
 530   }
 531
 532   @SuppressWarnings("unused")
 533   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 534   {
 535     Color result;
 536     try
 537     {
 538       result = Color.decode(col);
 539     } catch (Exception e)
 540     {
 541       try
 542       {
 543         result = Color.getColor(col, def);
 544       } catch (Exception e2)
 545       {
 546         return def;
 547       }
 548     }
 549     return result;
 550   }
 551
 552   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 553   {
 554     return vp;
 555   }
 556
 557   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 558   {
 559     vp = surface;
 560   }
 561
 562   public String get_seq()
 563   {
 564     return _seq.getText();
 565   }
 566
 567   public void set_seq(String _seq)
 568   {
 569     this._seq.setText(_seq);
 570   }
 571
 572   public String get_str()
 573   {
 574     return _str.getText();
 575   }
 576
 577   public void set_str(String _str)
 578   {
 579     this._str.setText(_str);
 580   }
 581
 582   public JLabel get_info()
 583   {
 584     return _info;
 585   }
 586
 587   public void set_info(JLabel _info)
 588   {
 589     this._info = _info;
 590   }
 591
 592   /*
 593    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 594    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 595    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 596    */
 597
 598   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 599   {
 600     // TODO Auto-generated method stub
 601
 602   }
 603
 604   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 605   {
 606     // TODO Auto-generated method stub
 607
 608   }
 609
 610   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 611   {
 612     // TODO Auto-generated method stub
 613
 614   }
 615
 616   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 617   {
 618     try
 619     {
 620       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 621       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 622       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 623       {
 624         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 625         {
 626           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 627           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 628           if (ob instanceof List)
 629           {
 630             List list = (List) ob;
 631             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 632             {
 633               Object o = list.get(j);
 634
 635               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 636               {
 637                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 638                 Component c = dt.getComponent();
 639                 if (c instanceof VARNAPanel)
 640                 {
 641                   String path = o.toString();
 642                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 643                   try
 644                   {
 645                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 646                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 647                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 648                   {
 649                     int mn = 1;
 650                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 651                             .loadSecStr(path);
 652                     for (RNA r : mdls)
 653                     {
 654                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 655                       String name = r.getName();
 656                       if (name.equals(""))
 657                       {
 658                         name = path.substring(path
 659                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 660                       }
 661                       if (mdls.size() > 1)
 662                       {
 663                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 664                       }
 665                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 666                     }
 667                   }
 668                 }
 669               }
 670             }
 671           }
 672           // If we made it this far, everything worked.
 673           dtde.dropComplete(true);
 674           return;
 675         }
 676       }
 677       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 678       dtde.rejectDrop();
 679     } catch (Exception e)
 680     {
 681       e.printStackTrace();
 682       dtde.rejectDrop();
 683     }
 684
 685   }
 686
 687   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 688   {
 689   }
 690
 691   private class BackupHolder
 692   {
 693     private DefaultListModel _rnaList;
 694
 695     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 696
 697     JList _l;
 698
 699     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 700     {
 701       _rnaList = rnaList;
 702       _l = l;
 703     }
 704
 705     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 706     {
 707       add(c, r, r.getName(), false);
 708     }
 709
 710     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 711     {
 712       add(c, r, r.getName(), select);
 713     }
 714
 715     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 716     {
 717       add(c, r, name, false);
 718     }
 719
 720     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 721     {
 722       if (select)
 723       {
 724         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 725       }
 726       if (name.equals(""))
 727       {
 728         name = generateDefaultName();
 729       }
 730       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 731       _rnas.add(0, r);
 732       _rnaList.add(0, bck);
 733       if (select)
 734       {
 735         _l.setSelectedIndex(0);
 736       }
 737     }
 738
 739     public void remove(int i)
 740     {
 741       _rnas.remove(i);
 742       _rnaList.remove(i);
 743
 744     }
 745
 746     public DefaultListModel getModel()
 747     {
 748       return _rnaList;
 749     }
 750
 751     public boolean contains(RNA r)
 752     {
 753       return _rnas.contains(r);
 754     }
 755
 756     /*
 757      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 758      */
 759     public FullBackup getElementAt(int i)
 760     {
 761       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 762     }
 763
 764     public void removeSelected()
 765     {
 766       int i = _l.getSelectedIndex();
 767       if (i != -1)
 768       {
 769         if (_rnaList.getSize() == 1)
 770         {
 771           RNA r = new RNA();
 772           try
 773           {
 774             r.setRNA(" ", ".");
 775           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 776           {
 777           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 778           {
 779           }
 780           vp.showRNA(r);
 781           vp.repaint();
 782         }
 783         else
 784         {
 785           int newi = i + 1;
 786           if (newi == _rnaList.getSize())
 787           {
 788             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 789           }
 790           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 791           _l.setSelectedValue(bck, true);
 792         }
 793         _rnaList.remove(i);
 794       }
 795
 796     }
 797   }
 798
 799   public void onLayoutChanged()
 800   {
 801     // TODO Auto-generated method stub
 802
 803   }
 804
 805   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 806   {
 807     _rnaList.add(v, r, "", true);
 808   }
 809
 810   public void onWarningEmitted(String s)
 811   {
 812     // TODO Auto-generated method stub
 813
 814   }
 815
 816   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 817   {
 818     if (e.getClickCount() == 2)
 819     {
 820       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 821       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 822       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 823       ;
 824       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 825       /*
 826        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 827        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 828        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 829        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 830        * this._sideList.repaint(); }
 831        */
 832     }
 833   }
 834
 835   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 836   {
 837     // TODO Auto-generated method stub
 838
 839   }
 840
 841   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 842   {
 843     // TODO Auto-generated method stub
 844
 845   }
 846
 847   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 848   {
 849     // TODO Auto-generated method stub
 850
 851   }
 852
 853   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 854   {
 855     // TODO Auto-generated method stub
 856
 857   }
 858
 859   @Override
 860   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 861           String pdbId)
 862   {
 863     // TODO Auto-generated method stub
 864     return null;
 865   }
 866
 867   @Override
 868   public String[] getPdbFile()
 869   {
 870     // TODO Auto-generated method stub
 871     return null;
 872   }
 873
 874   @Override
 875   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 876           String pdbId)
 877   {
 878     // TODO Auto-generated method stub
 879
 880   }
 881
 882   @Override
 883   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 884   {
 885     // TODO Auto-generated method stub
 886
 887   }
 888
 889   @Override
 890   public void releaseReferences(Object svl)
 891   {
 892     // TODO Auto-generated method stub
 893
 894   }
 895
 896   @Override
 897   public void updateColours(Object source)
 898   {
 899     // TODO Auto-generated method stub
 900
 901   }
 902
 903   @Override
 904   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 905   {
 906     // TODO Auto-generated method stub
 907
 908   }
 909
 910   @Override
 911   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 912   {
 913     // TODO Auto-generated method stub
 914
 915   }
 916
 917   @Override
 918   public void componentResized(ComponentEvent e)
 919   {
 920     // TODO Auto-generated method stub
 921
 922   }
 923
 924   @Override
 925   public void componentShown(ComponentEvent e)
 926   {
 927     // TODO Auto-generated method stub
 928
 929   }
 930
 931   @Override
 932   public void onStructureRedrawn()
 933   {
 934     // TODO Auto-generated method stub
 935
 936   }
 937 }
 938
 939 /*
 940  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 941  * JTextField("ATGC");
 942  *
 943  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 944  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 945  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 946  */