src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Component;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Font;
  28 import java.awt.GridLayout;
  29 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  30 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  31 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  32 import java.awt.dnd.DropTarget;
  33 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  34 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  35 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  36 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.event.ComponentEvent;
  40 import java.awt.event.MouseEvent;
  41 import java.awt.event.MouseListener;
  42 import java.io.File;
  43 import java.util.ArrayList;
  44 import java.util.Collection;
  45 import java.util.List;
  46
  47 import javax.swing.DefaultListModel;
  48 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  49 import javax.swing.JButton;
  50 import javax.swing.JLabel;
  51 import javax.swing.JList;
  52 import javax.swing.JPanel;
  53 import javax.swing.JScrollPane;
  54 import javax.swing.JTextField;
  55 import javax.swing.ListModel;
  56 import javax.swing.ListSelectionModel;
  57 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  58 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  59
  60 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  61 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  62 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  63 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  64 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  65 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  66 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  67 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  68 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  69 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  70 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  71
  72 import jalview.datamodel.SequenceI;
  73 import jalview.structure.AtomSpec;
  74 import jalview.util.MessageManager;
  75
  76 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  77         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  78         MouseListener
  79 {
  80
  81   /**
  82          *
  83          */
  84   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  85
  86   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  87
  88   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  89
  90   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  91
  92   public VARNAPanel vp;
  93
  94   protected JPanel _tools = new JPanel();
  95
  96   private JPanel _input = new JPanel();
  97
  98   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  99
 100   private JPanel _strPanel = new JPanel();
 101
 102   private JLabel _info = new JLabel();
 103
 104   private JTextField _str = new JTextField();
 105
 106   private JTextField _seq = new JTextField();
 107
 108   private JLabel _strLabel = new JLabel(
 109           MessageManager.getString("label.str"));
 110
 111   private JLabel _seqLabel = new JLabel(
 112           MessageManager.getString("label.seq"));
 113
 114   private JButton _createButton = new JButton(
 115           MessageManager.getString("action.create"));
 116
 117   private JButton _updateButton = new JButton(
 118           MessageManager.getString("action.update"));
 119
 120   private JButton _deleteButton = new JButton(
 121           MessageManager.getString("action.delete"));
 122
 123   private JButton _duplicateButton = new JButton(
 124           MessageManager.getString("action.snapshot"));
 125
 126   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 127
 128   private ReorderableJList _sideList = null;
 129
 130   private static String errorOpt = "error";
 131
 132   @SuppressWarnings("unused")
 133   private boolean _error;
 134
 135   private Color _backgroundColor = Color.white;
 136
 137   private static int _nextID = 1;
 138
 139   @SuppressWarnings("unused")
 140   private int _algoCode;
 141
 142   private BackupHolder _rnaList;
 143
 144   /*
 145    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 146    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 147    *
 148    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 149    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 150    */
 151
 152   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 153   {
 154     // super("VARNA in Jalview");
 155     initVarna(seq, struc);
 156
 157   }
 158
 159   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 160   {
 161
 162     // super("VARNA in Jalview");
 163     initVarnaEdit(rnaList);
 164   }
 165
 166   private void initVarna(String seq, String str)
 167   {
 168
 169     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 170
 171     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 172     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 173     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 174
 175     _sideList = new ReorderableJList();
 176     _sideList.setModel(dlm);
 177     _sideList.addMouseListener(this);
 178     _sideList.setSelectionModel(m);
 179     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 180     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 181     {
 182       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 183       {
 184         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 185         {
 186           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 187           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 188                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 189           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 190           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 191           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 192         }
 193       }
 194     });
 195
 196     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 197     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 198
 199     try
 200     {
 201
 202       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 203       _RNA1.setRNA(seq, str);
 204       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 205     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 206     {
 207       vp.errorDialog(e);
 208     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 209     {
 210       e2.printStackTrace();
 211     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 212     {
 213       e3.printStackTrace();
 214     }
 215     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 216     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 217
 218     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 219     vp.setBackground(_backgroundColor);
 220
 221     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 222     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 223
 224     // setVisible(true);
 225     vp.addVARNAListener(this);
 226   }
 227
 228   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 229   {
 230
 231     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 232
 233     int marginTools = 40;
 234
 235     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 236     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 237     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 238
 239     _sideList = new ReorderableJList();
 240     _sideList.setModel(dlm);
 241     _sideList.addMouseListener(this);
 242     _sideList.setSelectionModel(m);
 243     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 244     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 245     {
 246       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 247       {
 248         // System.out.println(arg0);
 249         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 250         {
 251           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 252           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 253                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 254           // vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 255           vp.showRNA(sel.rna, sel.config);
 256           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 257           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 258         }
 259       }
 260     });
 261     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 262
 263     try
 264     {
 265
 266       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 267       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 268       {
 269         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 270
 271       }
 272     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 273     {
 274       vp.errorDialog(e);
 275     }
 276     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 277     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 278     {
 279       if (i < rnaInList.size() - 1)
 280       {
 281         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 282                 .get(i).getName());
 283       }
 284       else
 285       {
 286         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 287                 .get(i).getName(), true);
 288       }
 289     }
 290
 291     /*
 292      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 293      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 294      */
 295
 296     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 297     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 298
 299     vp.setBackground(_backgroundColor);
 300
 301     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 302
 303     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 304     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 305     _seq.setFont(textFieldsFont);
 306     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 307
 308     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 309     {
 310       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 311       {
 312         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 313         sel.rna.setSequence("A");
 314       }
 315     });
 316
 317     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 318     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 319     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 320
 321     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 322     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 323     _str.setFont(textFieldsFont);
 324     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 325     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 326     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 327
 328     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 329     // _input.add(_seqPanel);
 330     _input.add(_strPanel);
 331
 332     JPanel goPanel = new JPanel();
 333     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 334
 335     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 336     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 337     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 338     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 339
 340     /*
 341      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 342      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 343      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 344      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 345      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 346      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 347      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 348      * Date()),true); }});
 349      */
 350     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 351
 352     JPanel ops = new JPanel();
 353     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 354     ops.add(_deleteButton);
 355     ops.add(_duplicateButton);
 356
 357     JLabel j = new JLabel(
 358             MessageManager.getString("label.structures_manager"),
 359             JLabel.CENTER);
 360     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 361
 362     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 363     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 364     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 365
 366     // JSplitPane split = new
 367     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 368     /**
 369      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 370      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 371      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 372      */
 373
 374     // TODO setVisible(true);
 375     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 376
 377     vp.addVARNAListener(this);
 378   }
 379
 380   public JPanel getTools()
 381   {
 382     return _tools;
 383   }
 384
 385   public JPanel getListPanel()
 386   {
 387     return _listPanel;
 388   }
 389
 390   /**
 391    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 392    *
 393    * @return Currently selected RNA
 394    */
 395   public RNA getSelectedRNA()
 396   {
 397     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 398   }
 399
 400   /**
 401    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 402    *
 403    * @param rnaEdit
 404    */
 405   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 406   {
 407     vp.repaint();
 408     vp.showRNA(rnaEdit);
 409   }
 410
 411   /*
 412    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 413    * DefaultListModel();
 414    *
 415    *
 416    * int marginTools = 40;
 417    *
 418    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 419    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 420    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 421    *
 422    *
 423    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 424    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 425    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 426    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 427    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 428    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 429    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 430    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 431    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 432    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 433    * });
 434    *
 435    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 436    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 437    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 438    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 439    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 440    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 441    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 442    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 443    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 444    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 445    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 446    *
 447    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 448    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 449    *
 450    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 451    *
 452    *
 453    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 454    *
 455    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 456    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 457    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 458    *
 459    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 460    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 461    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 462    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 463    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 464    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 465    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 466    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 467    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 468    *
 469    *
 470    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 471    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 472    *
 473    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 474    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 475    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 476    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 477    * BorderLayout.CENTER);
 478    *
 479    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 480    * _input.add(_strPanel);
 481    *
 482    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 483    *
 484    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 485    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 486    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 487    *
 488    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 489    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 490    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 491    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 492    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 493    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 494    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 495    * Date()),true); }});
 496    *
 497    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 498    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 499    *
 500    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 501    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 502    *
 503    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 504    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 505    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 506    *
 507    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 508    *
 509    * JSplitPane split = new
 510    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 511    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 512    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 513    *
 514    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 515    *
 516    * vp.addVARNAListener(this); }
 517    */
 518   public static String generateDefaultName()
 519   {
 520     return "User file #" + _nextID++;
 521   }
 522
 523   public RNA getRNA()
 524   {
 525     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 526   }
 527
 528   public String[][] getParameterInfo()
 529   {
 530     String[][] info =
 531     {
 532         // Parameter Name Kind of Value Description,
 533         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 534         { "structureDBN", "String",
 535             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 536         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 537     return info;
 538   }
 539
 540   public void init()
 541   {
 542     vp.setBackground(_backgroundColor);
 543     _error = true;
 544   }
 545
 546   @SuppressWarnings("unused")
 547   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 548   {
 549     Color result;
 550     try
 551     {
 552       result = Color.decode(col);
 553     } catch (Exception e)
 554     {
 555       try
 556       {
 557         result = Color.getColor(col, def);
 558       } catch (Exception e2)
 559       {
 560         return def;
 561       }
 562     }
 563     return result;
 564   }
 565
 566   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 567   {
 568     return vp;
 569   }
 570
 571   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 572   {
 573     vp = surface;
 574   }
 575
 576   public String get_seq()
 577   {
 578     return _seq.getText();
 579   }
 580
 581   public void set_seq(String _seq)
 582   {
 583     this._seq.setText(_seq);
 584   }
 585
 586   public String get_str()
 587   {
 588     return _str.getText();
 589   }
 590
 591   public void set_str(String _str)
 592   {
 593     this._str.setText(_str);
 594   }
 595
 596   public JLabel get_info()
 597   {
 598     return _info;
 599   }
 600
 601   public void set_info(JLabel _info)
 602   {
 603     this._info = _info;
 604   }
 605
 606   /*
 607    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 608    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 609    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 610    */
 611
 612   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 613   {
 614     // TODO Auto-generated method stub
 615
 616   }
 617
 618   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 619   {
 620     // TODO Auto-generated method stub
 621
 622   }
 623
 624   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 625   {
 626     // TODO Auto-generated method stub
 627
 628   }
 629
 630   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 631   {
 632     try
 633     {
 634       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 635       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 636       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 637       {
 638         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 639         {
 640           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 641           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 642           if (ob instanceof List)
 643           {
 644             List list = (List) ob;
 645             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 646             {
 647               Object o = list.get(j);
 648
 649               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 650               {
 651                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 652                 Component c = dt.getComponent();
 653                 if (c instanceof VARNAPanel)
 654                 {
 655                   String path = o.toString();
 656                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 657                   try
 658                   {
 659                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 660                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 661                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 662                   {
 663                     int mn = 1;
 664                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 665                             .loadSecStr(path);
 666                     for (RNA r : mdls)
 667                     {
 668                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 669                       String name = r.getName();
 670                       if (name.equals(""))
 671                       {
 672                         name = path.substring(path
 673                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 674                       }
 675                       if (mdls.size() > 1)
 676                       {
 677                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 678                       }
 679                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 680                     }
 681                   }
 682                 }
 683               }
 684             }
 685           }
 686           // If we made it this far, everything worked.
 687           dtde.dropComplete(true);
 688           return;
 689         }
 690       }
 691       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 692       dtde.rejectDrop();
 693     } catch (Exception e)
 694     {
 695       e.printStackTrace();
 696       dtde.rejectDrop();
 697     }
 698
 699   }
 700
 701   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 702   {
 703   }
 704
 705   private class BackupHolder
 706   {
 707     private DefaultListModel _rnaList;
 708
 709     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 710
 711     JList _l;
 712
 713     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 714     {
 715       _rnaList = rnaList;
 716       _l = l;
 717     }
 718
 719     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 720     {
 721       add(c, r, r.getName(), false);
 722     }
 723
 724     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 725     {
 726       add(c, r, r.getName(), select);
 727     }
 728
 729     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 730     {
 731       add(c, r, name, false);
 732     }
 733
 734     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 735     {
 736       if (select)
 737       {
 738         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 739       }
 740       if (name.equals(""))
 741       {
 742         name = generateDefaultName();
 743       }
 744       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 745       _rnas.add(0, r);
 746       _rnaList.add(0, bck);
 747       if (select)
 748       {
 749         _l.setSelectedIndex(0);
 750       }
 751     }
 752
 753     public void remove(int i)
 754     {
 755       _rnas.remove(i);
 756       _rnaList.remove(i);
 757
 758     }
 759
 760     public DefaultListModel getModel()
 761     {
 762       return _rnaList;
 763     }
 764
 765     public boolean contains(RNA r)
 766     {
 767       return _rnas.contains(r);
 768     }
 769
 770     /*
 771      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 772      */
 773     public FullBackup getElementAt(int i)
 774     {
 775       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 776     }
 777
 778     public void removeSelected()
 779     {
 780       int i = _l.getSelectedIndex();
 781       if (i != -1)
 782       {
 783         if (_rnaList.getSize() == 1)
 784         {
 785           RNA r = new RNA();
 786           try
 787           {
 788             r.setRNA(" ", ".");
 789           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 790           {
 791           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 792           {
 793           }
 794           vp.showRNA(r);
 795           vp.repaint();
 796         }
 797         else
 798         {
 799           int newi = i + 1;
 800           if (newi == _rnaList.getSize())
 801           {
 802             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 803           }
 804           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 805           _l.setSelectedValue(bck, true);
 806         }
 807         _rnaList.remove(i);
 808       }
 809
 810     }
 811   }
 812
 813   public void onLayoutChanged()
 814   {
 815     // TODO Auto-generated method stub
 816
 817   }
 818
 819   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 820   {
 821     // patch to fix infinite loop
 822     // The problem is that onUINewStructure is called when user clicks
 823     // check with Yann about whether Jalview should do anything with this event.
 824     // e.g. if user has used VARNA's menu to import a structure .. Jalview may
 825     // need to be told which structure is displayed.
 826
 827     // _rnaList.add(v, r, "", true);
 828   }
 829
 830   public void onWarningEmitted(String s)
 831   {
 832   }
 833
 834   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 835   {
 836     if (e.getClickCount() == 2)
 837     {
 838       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 839       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 840       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 841       ;
 842       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 843       /*
 844        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 845        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 846        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 847        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 848        * this._sideList.repaint(); }
 849        */
 850     }
 851   }
 852
 853   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 854   {
 855   }
 856
 857   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 858   {
 859   }
 860
 861   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 862   {
 863   }
 864
 865   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 866   {
 867   }
 868
 869   @Override
 870   public String[] getPdbFile()
 871   {
 872     return null;
 873   }
 874
 875   @Override
 876   public void releaseReferences(Object svl)
 877   {
 878   }
 879
 880   @Override
 881   public void updateColours(Object source)
 882   {
 883   }
 884
 885   @Override
 886   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 887   {
 888   }
 889
 890   @Override
 891   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 892   {
 893   }
 894
 895   @Override
 896   public void componentResized(ComponentEvent e)
 897   {
 898   }
 899
 900   @Override
 901   public void componentShown(ComponentEvent e)
 902   {
 903   }
 904
 905   @Override
 906   public void onStructureRedrawn()
 907   {
 908   }
 909
 910   @Override
 911   public void onZoomLevelChanged()
 912   {
 913   }
 914
 915   @Override
 916   public void onTranslationChanged()
 917   {
 918   }
 919
 920   @Override
 921   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 922   {
 923   }
 924
 925   @Override
 926   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
 927   {
 928     return true;
 929   }
 930 }