src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  *******************************************************************************/
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import javax.swing.JOptionPane;
  21
  22 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  23 import jalview.datamodel.Sequence;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 /**
  27  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  28  * @author JimP
  29  *
  30  */
  31 public class AssociatePdbFileWithSeq
  32 {
  33
  34 /**
  35  * assocate the given PDB file with
  36  * @param choice
  37  * @param sequence
  38  */
  39   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol, SequenceI sequence, boolean prompt)
  40   {
  41     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  42     try
  43     {
  44       MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice,
  45               protocol);
  46
  47       if (pdbfile.id == null)
  48       {
  49         String reply = null;
  50
  51         if (prompt) { reply = JOptionPane
  52                 .showInternalInputDialog(
  53                         Desktop.desktop,
  54                         "Couldn't find a PDB id in the file supplied."
  55                                 + "Please enter an Id to identify this structure.",
  56                         "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);}
  57         if (reply == null)
  58         {
  59           return null;
  60         }
  61
  62         entry.setId(reply);
  63       }
  64       else
  65       {
  66         entry.setId(pdbfile.id);
  67       }
  68     } catch (java.io.IOException ex)
  69     {
  70       ex.printStackTrace();
  71     }
  72
  73     entry.setFile(choice);
  74     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  75     return entry;
  76   }
  77
  78 }