src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import javax.swing.JOptionPane;
  21 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  22
  23 import org.xml.sax.SAXException;
  24
  25 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  26 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  27 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  28 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  29
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32
  33 /**
  34  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  35  *
  36  * @author JimP
  37  *
  38  */
  39 public class AssociatePdbFileWithSeq
  40 {
  41
  42   /**
  43    * assocate the given PDB file with
  44    *
  45    * @param choice
  46    * @param sequence
  47    */
  48   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol,
  49           SequenceI sequence, boolean prompt)
  50   {
  51     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  52     try
  53     {
  54       MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice, protocol);
  55
  56       if (pdbfile.id == null)
  57       {
  58         String reply = null;
  59
  60         if (prompt)
  61         {
  62           reply = JOptionPane
  63                   .showInternalInputDialog(
  64                           Desktop.desktop,
  65                           "Couldn't find a PDB id in the file supplied."
  66                                   + "Please enter an Id to identify this structure.",
  67                           "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
  68         }
  69         if (reply == null)
  70         {
  71           return null;
  72         }
  73
  74         entry.setId(reply);
  75       }
  76       else
  77       {
  78         entry.setId(pdbfile.id);
  79       }
  80
  81     } catch (java.io.IOException ex)
  82     {
  83       ex.printStackTrace();
  84     }
  85
  86     entry.setFile(choice);
  87     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  88     return entry;
  89   }
  90 }