src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import javax.swing.JOptionPane;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 /**
  27  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  28  *
  29  * @author JimP
  30  *
  31  */
  32 public class AssociatePdbFileWithSeq
  33 {
  34
  35   /**
  36    * assocate the given PDB file with
  37    *
  38    * @param choice
  39    * @param sequence
  40    */
  41   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol,
  42           SequenceI sequence, boolean prompt)
  43   {
  44     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  45     try
  46     {
  47       MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice, protocol);
  48
  49       if (pdbfile.id == null)
  50       {
  51         String reply = null;
  52
  53         if (prompt)
  54         {
  55           reply = JOptionPane
  56                   .showInternalInputDialog(
  57                           Desktop.desktop,
  58                           "Couldn't find a PDB id in the file supplied."
  59                                   + "Please enter an Id to identify this structure.",
  60                           "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
  61         }
  62         if (reply == null)
  63         {
  64           return null;
  65         }
  66
  67         entry.setId(reply);
  68       }
  69       else
  70       {
  71         entry.setId(pdbfile.id);
  72       }
  73     } catch (java.io.IOException ex)
  74     {
  75       ex.printStackTrace();
  76     }
  77
  78     entry.setFile(choice);
  79     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  80     return entry;
  81   }
  82
  83 }