src/jalview/gui/CalculationChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  25 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  26 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  27 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.BorderLayout;
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.Component;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.FlowLayout;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.GridLayout;
  39 import java.awt.Insets;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.FocusEvent;
  43 import java.awt.event.FocusListener;
  44 import java.awt.event.MouseAdapter;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46 import java.beans.PropertyVetoException;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.List;
  49
  50 import javax.swing.BorderFactory;
  51 import javax.swing.ButtonGroup;
  52 import javax.swing.DefaultComboBoxModel;
  53 import javax.swing.JButton;
  54 import javax.swing.JCheckBox;
  55 import javax.swing.JComboBox;
  56 import javax.swing.JInternalFrame;
  57 import javax.swing.JLabel;
  58 import javax.swing.JLayeredPane;
  59 import javax.swing.JPanel;
  60 import javax.swing.JRadioButton;
  61 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  62 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  63
  64 /**
  65  * A dialog where a user can choose and action Tree or PCA calculation options.
  66  *
  67  * Allows also for dialog-free static methods openPCAPanel(...) and
  68  * openTreePanel(...) for scripted use.
  69  *
  70  */
  71 @SuppressWarnings("serial")
  72 public class CalculationChooser extends JPanel
  73 {
  74   /*
  75    * flag for whether gap matches residue in the PID calculation for a Tree
  76    * - true gives Jalview 2.10.1 behaviour
  77    * - set to false (using Groovy) for a more correct tree
  78    * (JAL-374)
  79    */
  80   private static boolean treeMatchGaps = true;
  81
  82   private static Font VERDANA_11PT;
  83
  84   private static final int MIN_TREE_SELECTION = 3;
  85
  86   private static final int MIN_PCA_SELECTION = 4;
  87
  88   AlignFrame af;
  89
  90   JRadioButton pca;
  91
  92   JRadioButton neighbourJoining;
  93
  94   JRadioButton averageDistance;
  95
  96   JComboBox<String> modelNames;
  97
  98   JButton calculate;
  99
 100   private JInternalFrame frame;
 101
 102   private JCheckBox includeGaps;
 103
 104   private JCheckBox matchGaps;
 105
 106   private JCheckBox includeGappedColumns;
 107
 108   private JCheckBox shorterSequence;
 109
 110   private static ComboBoxTooltipRenderer renderer; // BH was not static
 111
 112   List<String> tips = new ArrayList<>();
 113
 114   /*
 115    * the most recently opened PCA results panel
 116    */
 117   private PCAPanel pcaPanel;
 118
 119   /**
 120    * Open a new Tree panel on the desktop statically. Params are standard (not
 121    * set by Groovy). No dialog is opened.
 122    *
 123    * @param af
 124    * @param treeType
 125    * @param modelName
 126    * @return null if successful; the string
 127    *         "label.you_need_at_least_n_sequences" if number of sequences
 128    *         selected is inappropriate
 129    */
 130   public static Object openTreePanel(AlignFrame af, String treeType,
 131           String modelName)
 132   {
 133     return openTreePanel(af, treeType, modelName, null);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * public static method for JalviewJS API to open a PCAPanel without
 138    * necessarily using a dialog.
 139    *
 140    * @param af
 141    * @param modelName
 142    * @return the PCAPanel, or the string "label.you_need_at_least_n_sequences"
 143    *         if number of sequences selected is inappropriate
 144    */
 145   public static Object openPcaPanel(AlignFrame af, String modelName)
 146   {
 147     return openPcaPanel(af, modelName, null);
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Constructor
 152    *
 153    * @param af
 154    */
 155   public CalculationChooser(AlignFrame alignFrame)
 156   {
 157     this.af = alignFrame;
 158     init();
 159     af.alignPanel.setCalculationDialog(this);
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Lays out the panel and adds it to the desktop
 164    */
 165   void init()
 166   {
 167     setLayout(new BorderLayout());
 168     frame = new JInternalFrame();
 169     frame.setContentPane(this);
 170     this.setBackground(Color.white);
 171     frame.addFocusListener(new FocusListener()
 172     {
 173
 174       @Override
 175       public void focusLost(FocusEvent e)
 176       {
 177       }
 178
 179       @Override
 180       public void focusGained(FocusEvent e)
 181       {
 182         validateCalcTypes();
 183       }
 184     });
 185     /*
 186      * Layout consists of 3 or 4 panels:
 187      * - first with choice of PCA or tree method NJ or AV
 188      * - second with choice of score model
 189      * - third with score model parameter options [suppressed]
 190      * - fourth with OK and Cancel
 191      */
 192     pca = new JRadioButton(
 193             MessageManager.getString("label.principal_component_analysis"));
 194     pca.setOpaque(false);
 195
 196     neighbourJoining = new JRadioButton(
 197             MessageManager.getString("label.tree_calc_nj"));
 198     neighbourJoining.setSelected(true);
 199     neighbourJoining.setOpaque(false);
 200
 201     averageDistance = new JRadioButton(
 202             MessageManager.getString("label.tree_calc_av"));
 203     averageDistance.setOpaque(false);
 204
 205     JPanel calcChoicePanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 206     calcChoicePanel.setOpaque(false);
 207
 208     // first create the Tree calculation's border panel
 209     JPanel treePanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 210     treePanel.setOpaque(false);
 211
 212     JvSwingUtils.createTitledBorder(treePanel,
 213             MessageManager.getString("label.tree"), true);
 214
 215     // then copy the inset dimensions for the border-less PCA panel
 216     JPanel pcaBorderless = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 217     Insets b = treePanel.getBorder().getBorderInsets(treePanel);
 218     pcaBorderless.setBorder(
 219             BorderFactory.createEmptyBorder(2, b.left, 2, b.right));
 220     pcaBorderless.setOpaque(false);
 221
 222     pcaBorderless.add(pca, FlowLayout.LEFT);
 223     calcChoicePanel.add(pcaBorderless, FlowLayout.LEFT);
 224
 225     treePanel.add(neighbourJoining);
 226     treePanel.add(averageDistance);
 227
 228     calcChoicePanel.add(treePanel);
 229
 230     ButtonGroup calcTypes = new ButtonGroup();
 231     calcTypes.add(pca);
 232     calcTypes.add(neighbourJoining);
 233     calcTypes.add(averageDistance);
 234
 235     ActionListener calcChanged = new ActionListener()
 236     {
 237       @Override
 238       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 239       {
 240         validateCalcTypes();
 241       }
 242     };
 243     pca.addActionListener(calcChanged);
 244     neighbourJoining.addActionListener(calcChanged);
 245     averageDistance.addActionListener(calcChanged);
 246
 247     /*
 248      * score models drop-down - with added tooltips!
 249      */
 250     modelNames = buildModelOptionsList();
 251
 252     JPanel scoreModelPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.CENTER));
 253     scoreModelPanel.setOpaque(false);
 254     scoreModelPanel.add(modelNames);
 255
 256     /*
 257      * score model parameters
 258      */
 259     JPanel paramsPanel = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
 260     paramsPanel.setOpaque(false);
 261     includeGaps = new JCheckBox("Include gaps");
 262     matchGaps = new JCheckBox("Match gaps");
 263     includeGappedColumns = new JCheckBox("Include gapped columns");
 264     shorterSequence = new JCheckBox("Match on shorter sequence");
 265     paramsPanel.add(new JLabel("Pairwise sequence scoring options"));
 266     paramsPanel.add(includeGaps);
 267     paramsPanel.add(matchGaps);
 268     paramsPanel.add(includeGappedColumns);
 269     paramsPanel.add(shorterSequence);
 270
 271     if (VERDANA_11PT == null)
 272     {
 273       VERDANA_11PT = new Font("Verdana", 0, 11);
 274     }
 275     /*
 276      * OK / Cancel buttons
 277      */
 278     calculate = new JButton(MessageManager.getString("action.calculate"));
 279     calculate.setFont(VERDANA_11PT);
 280     calculate.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 281     {
 282       @Override
 283       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 284       {
 285         calculate_actionPerformed();
 286       }
 287     });
 288     JButton close = new JButton(MessageManager.getString("action.close"));
 289     close.setFont(VERDANA_11PT);
 290     close.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 291     {
 292       @Override
 293       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 294       {
 295         close_actionPerformed();
 296       }
 297     });
 298     JPanel actionPanel = new JPanel();
 299     actionPanel.setOpaque(false);
 300     actionPanel.add(calculate);
 301     actionPanel.add(close);
 302
 303     boolean includeParams = false;
 304     this.add(calcChoicePanel, BorderLayout.CENTER);
 305     calcChoicePanel.add(scoreModelPanel);
 306     if (includeParams)
 307     {
 308       scoreModelPanel.add(paramsPanel);
 309     }
 310     this.add(actionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 311
 312     int width = 350;
 313     int height = includeParams ? 420 : 240;
 314
 315     setMinimumSize(new Dimension(325, height - 10));
 316     String title = MessageManager.getString("label.choose_calculation");
 317     if (af.getViewport().getViewName() != null)
 318     {
 319       title = title + " (" + af.getViewport().getViewName() + ")";
 320     }
 321
 322     Desktop.addInternalFrame(frame, title, width, height, false);
 323     calcChoicePanel.doLayout();
 324     revalidate();
 325     /*
 326      * null the AlignmentPanel's reference to the dialog when it is closed
 327      */
 328     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 329     {
 330       @Override
 331       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 332       {
 333         af.alignPanel.setCalculationDialog(null);
 334       };
 335     });
 336
 337     validateCalcTypes();
 338     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 339   }
 340
 341   /**
 342    * enable calculations applicable for the current alignment or selection.
 343    */
 344   protected void validateCalcTypes()
 345   {
 346     int size = af.getViewport().getAlignment().getHeight();
 347     if (af.getViewport().getSelectionGroup() != null)
 348     {
 349       size = af.getViewport().getSelectionGroup().getSize();
 350     }
 351
 352     /*
 353      * disable calc options for which there is insufficient input data
 354      * return value of true means enabled and selected
 355      */
 356     boolean checkPca = checkEnabled(pca, size, MIN_PCA_SELECTION);
 357     boolean checkNeighbourJoining = checkEnabled(neighbourJoining, size,
 358             MIN_TREE_SELECTION);
 359     boolean checkAverageDistance = checkEnabled(averageDistance, size,
 360             MIN_TREE_SELECTION);
 361
 362     if (checkPca || checkNeighbourJoining || checkAverageDistance)
 363     {
 364       calculate.setToolTipText(null);
 365       calculate.setEnabled(true);
 366     }
 367     else
 368     {
 369       calculate.setEnabled(false);
 370     }
 371     updateScoreModels(modelNames, tips);
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Check the input and disable a calculation's radio button if necessary. A
 376    * tooltip is shown for disabled calculations.
 377    *
 378    * @param calc
 379    *          - radio button for the calculation being validated
 380    * @param size
 381    *          - size of input to calculation
 382    * @param minsize
 383    *          - minimum size for calculation
 384    * @return true if size >= minsize and calc.isSelected
 385    */
 386   private boolean checkEnabled(JRadioButton calc, int size, int minsize)
 387   {
 388     String ttip = MessageManager
 389             .formatMessage("label.you_need_at_least_n_sequences", minsize);
 390
 391     calc.setEnabled(size >= minsize);
 392     if (!calc.isEnabled())
 393     {
 394       calc.setToolTipText(ttip);
 395     }
 396     else
 397     {
 398       calc.setToolTipText(null);
 399     }
 400     if (calc.isSelected())
 401     {
 402       modelNames.setEnabled(calc.isEnabled());
 403       if (calc.isEnabled())
 404       {
 405         return true;
 406       }
 407       else
 408       {
 409         calculate.setToolTipText(ttip);
 410       }
 411     }
 412     return false;
 413   }
 414
 415   /**
 416    * A rather elaborate helper method (blame Swing, not me) that builds a
 417    * drop-down list of score models (by name) with descriptions as tooltips.
 418    * There is also a tooltip shown for the currently selected item when hovering
 419    * over it (without opening the list).
 420    */
 421   protected JComboBox<String> buildModelOptionsList()
 422   {
 423     JComboBox<String> scoreModelsCombo = new JComboBox<>();
 424     if (renderer == null)
 425     {
 426       renderer = new ComboBoxTooltipRenderer();
 427     }
 428     scoreModelsCombo.setRenderer(renderer);
 429
 430     /*
 431      * show tooltip on mouse over the combobox
 432      * note the listener has to be on the components that make up
 433      * the combobox, doesn't work if just on the combobox
 434      */
 435     final MouseAdapter mouseListener = new MouseAdapter()
 436     {
 437       @Override
 438       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 439       {
 440         scoreModelsCombo.setToolTipText(
 441                 tips.get(scoreModelsCombo.getSelectedIndex()));
 442       }
 443
 444       @Override
 445       public void mouseExited(MouseEvent e)
 446       {
 447         scoreModelsCombo.setToolTipText(null);
 448       }
 449     };
 450     for (Component c : scoreModelsCombo.getComponents())
 451     {
 452       c.addMouseListener(mouseListener);
 453     }
 454
 455     updateScoreModels(scoreModelsCombo, tips);
 456
 457     /*
 458      * set the list of tooltips on the combobox's renderer
 459      */
 460     renderer.setTooltips(tips);
 461
 462     return scoreModelsCombo;
 463   }
 464
 465   private void updateScoreModels(JComboBox<String> comboBox,
 466           List<String> toolTips)
 467   {
 468     Object curSel = comboBox.getSelectedItem();
 469     toolTips.clear();
 470     DefaultComboBoxModel<String> model = new DefaultComboBoxModel<>();
 471
 472     /*
 473      * select the score models applicable to the alignment type
 474      */
 475     boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
 476     List<ScoreModelI> models = getApplicableScoreModels(nucleotide,
 477             pca.isSelected());
 478
 479     /*
 480      * now we can actually add entries to the combobox,
 481      * remembering their descriptions for tooltips
 482      */
 483     boolean selectedIsPresent = false;
 484     for (ScoreModelI sm : models)
 485     {
 486       if (curSel != null && sm.getName().equals(curSel))
 487       {
 488         selectedIsPresent = true;
 489         curSel = sm.getName();
 490       }
 491       model.addElement(sm.getName());
 492
 493       /*
 494        * tooltip is description if provided, else text lookup with
 495        * fallback on the model name
 496        */
 497       String tooltip = sm.getDescription();
 498       if (tooltip == null)
 499       {
 500         tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 501                 sm.getName());
 502       }
 503       toolTips.add(tooltip);
 504     }
 505
 506     if (selectedIsPresent)
 507     {
 508       model.setSelectedItem(curSel);
 509     }
 510     // finally, update the model
 511     comboBox.setModel(model);
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Builds a list of score models which are applicable for the alignment and
 516    * calculation type (peptide or generic models for protein, nucleotide or
 517    * generic models for nucleotide).
 518    * <p>
 519    * As a special case, includes BLOSUM62 as an extra option for nucleotide PCA.
 520    * This is for backwards compatibility with Jalview prior to 2.8 when BLOSUM62
 521    * was the only score matrix supported. This is included if property
 522    * BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE is set to true in the Jalview properties file.
 523    *
 524    * @param nucleotide
 525    * @param forPca
 526    * @return
 527    */
 528   protected static List<ScoreModelI> getApplicableScoreModels(
 529           boolean nucleotide, boolean forPca)
 530   {
 531     List<ScoreModelI> filtered = new ArrayList<>();
 532
 533     ScoreModels scoreModels = ScoreModels.getInstance();
 534     for (ScoreModelI sm : scoreModels.getModels())
 535     {
 536       if (!nucleotide && sm.isProtein() || nucleotide && sm.isDNA())
 537       {
 538         filtered.add(sm);
 539       }
 540     }
 541
 542     /*
 543      * special case: add BLOSUM62 as last option for nucleotide PCA,
 544      * for backwards compatibility with Jalview < 2.8 (JAL-2962)
 545      */
 546     if (nucleotide && forPca
 547             && Cache.getDefault(Preferences.BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE,
 548                     false))
 549     {
 550       filtered.add(scoreModels.getBlosum62());
 551     }
 552
 553     return filtered;
 554   }
 555
 556   /**
 557    * Open and calculate the selected tree or PCA on 'OK'
 558    */
 559   protected void calculate_actionPerformed()
 560   {
 561     boolean doPCA = pca.isSelected();
 562     String modelName = modelNames.getSelectedItem().toString();
 563     SimilarityParamsI params = getSimilarityParameters(doPCA);
 564
 565     if (doPCA)
 566     {
 567       openPcaPanel(modelName, params);
 568     }
 569     else
 570     {
 571       openTreePanel(modelName, params);
 572     }
 573
 574     // closeFrame();
 575   }
 576
 577   /**
 578    * Open a new Tree panel on the desktop
 579    *
 580    * @param modelName
 581    * @param params
 582    */
 583   protected void openTreePanel(String modelName, SimilarityParamsI params)
 584   {
 585     Object ret = openTreePanel(af,
 586             neighbourJoining.isSelected() ? TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING
 587                     : TreeBuilder.AVERAGE_DISTANCE,
 588             modelName, params);
 589     if (ret instanceof String)
 590     {
 591       JvOptionPane.showMessageDialog(this, // was opening on Desktop?
 592               MessageManager.formatMessage(
 593                       (String) ret,
 594                       MIN_TREE_SELECTION),
 595               MessageManager.getString("label.not_enough_sequences"),
 596               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 597
 598     }
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Open a new PCA panel on the desktop
 603    *
 604    * @param modelName
 605    * @param params
 606    */
 607   protected void openPcaPanel(String modelName, SimilarityParamsI params)
 608   {
 609     Object ret = openPcaPanel(af, modelName, params);
 610     if (ret instanceof String)
 611     {
 612       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this,
 613               MessageManager.formatMessage(
 614                       (String) ret,
 615                       MIN_PCA_SELECTION),
 616               MessageManager
 617                       .getString("label.sequence_selection_insufficient"),
 618               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 619     }
 620     else
 621     {
 622       // only used for test suite
 623       pcaPanel = (PCAPanel) ret;
 624     }
 625
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Open a new Tree panel on the desktop statically
 630    *
 631    * @param af
 632    * @param treeType
 633    * @param modelName
 634    * @param params
 635    * @return null, or the string "label.you_need_at_least_n_sequences" if number
 636    *         of sequences selected is inappropriate
 637    */
 638   public static Object openTreePanel(AlignFrame af, String treeType,
 639           String modelName, SimilarityParamsI params)
 640   {
 641
 642     /*
 643      * gui validation shouldn't allow insufficient sequences here, but leave
 644      * this check in in case this method gets exposed programmatically in future
 645      */
 646     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 647     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 648     if (sg != null && sg.getSize() < MIN_TREE_SELECTION)
 649     {
 650       return "label.you_need_at_least_n_sequences";
 651     }
 652
 653     if (params == null)
 654     {
 655       params = getSimilarityParameters(false);
 656     }
 657
 658     af.newTreePanel(treeType, modelName, params);
 659     return null;
 660   }
 661
 662   /**
 663    * public static method for JalviewJS API
 664    *
 665    * @param af
 666    * @param modelName
 667    * @param params
 668    * @return the PCAPanel, or null if number of sequences selected is
 669    *         inappropriate
 670    */
 671   public static Object openPcaPanel(AlignFrame af, String modelName,
 672           SimilarityParamsI params)
 673   {
 674
 675     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 676
 677     /*
 678      * gui validation shouldn't allow insufficient sequences here, but leave
 679      * this check in in case this method gets exposed programmatically in future
 680      *
 681      *
 682      */
 683     if (((viewport.getSelectionGroup() != null)
 684             && (viewport.getSelectionGroup().getSize() < MIN_PCA_SELECTION)
 685             && (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))
 686             || (viewport.getAlignment().getHeight() < MIN_PCA_SELECTION))
 687     {
 688       return "label.you_need_at_least_n_sequences";
 689     }
 690
 691     if (params == null)
 692     {
 693       params = getSimilarityParameters(true);
 694     }
 695
 696     /*
 697      * construct the panel and kick off its calculation thread
 698      */
 699     PCAPanel pcap = new PCAPanel(af.alignPanel, modelName, params);
 700     new Thread(pcap).start();
 701     return pcap;
 702   }
 703
 704   /**
 705    *
 706    */
 707   protected void closeFrame()
 708   {
 709     try
 710     {
 711       frame.setClosed(true);
 712     } catch (PropertyVetoException ex)
 713     {
 714     }
 715   }
 716
 717
 718   /**
 719    * Returns a data bean holding parameters for similarity (or distance) model
 720    * calculation
 721    *
 722    * @param doPCA
 723    * @return
 724    */
 725   public static SimilarityParamsI getSimilarityParameters(
 726           boolean doPCA)
 727   {
 728     // commented out: parameter choices read from gui widgets
 729     // SimilarityParamsI params = new SimilarityParams(
 730     // includeGappedColumns.isSelected(), matchGaps.isSelected(),
 731     // includeGaps.isSelected(), shorterSequence.isSelected());
 732
 733     boolean includeGapGap = true;
 734     boolean includeGapResidue = true;
 735     boolean matchOnShortestLength = false;
 736
 737     /*
 738      * 'matchGaps' flag is only used in the PID calculation
 739      * - set to false for PCA so that PCA using PID reproduces SeqSpace PCA
 740      * - set to true for Tree to reproduce Jalview 2.10.1 calculation
 741      * - set to false for Tree for a more correct calculation (JAL-374)
 742      */
 743     boolean matchGap = doPCA ? false : treeMatchGaps;
 744
 745     return new SimilarityParams(includeGapGap, matchGap, includeGapResidue,
 746             matchOnShortestLength);
 747
 748   }
 749
 750   /**
 751    * Closes dialog on Close button press
 752    */
 753   protected void close_actionPerformed()
 754   {
 755     try
 756     {
 757       frame.setClosed(true);
 758     } catch (Exception ex)
 759     {
 760     }
 761   }
 762
 763   public PCAPanel getPcaPanel()
 764   {
 765     // only called for FreeUpMemoryTest
 766     return pcaPanel;
 767   }
 768 }