src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  32 import jalview.io.JalviewFileView;
  33 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  36 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  37 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  38 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  39 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  40 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  41 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  42 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  43 import jalview.util.MessageManager;
  44 import jalview.util.Platform;
  45 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  46
  47 import java.awt.event.ActionEvent;
  48 import java.awt.event.ActionListener;
  49 import java.awt.event.ItemEvent;
  50 import java.awt.event.ItemListener;
  51 import java.io.BufferedReader;
  52 import java.io.File;
  53 import java.io.FileOutputStream;
  54 import java.io.FileReader;
  55 import java.io.IOException;
  56 import java.io.PrintWriter;
  57 import java.util.ArrayList;
  58 import java.util.List;
  59 import java.util.Vector;
  60
  61 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  62 import javax.swing.JColorChooser;
  63 import javax.swing.JInternalFrame;
  64 import javax.swing.JMenu;
  65 import javax.swing.JMenuItem;
  66 import javax.swing.JOptionPane;
  67 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  68 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  69 import javax.swing.event.MenuEvent;
  70 import javax.swing.event.MenuListener;
  71
  72 /**
  73  * GUI elements for handlnig an external chimera display
  74  *
  75  * @author jprocter
  76  *
  77  */
  78 public class ChimeraViewFrame extends StructureViewerBase
  79 {
  80   private JalviewChimeraBinding jmb;
  81
  82   private boolean allChainsSelected = false;
  83
  84   private boolean alignAddedStructures = false;
  85
  86   /*
  87    * state flag for PDB retrieval thread
  88    */
  89   private boolean _started = false;
  90
  91   private boolean addingStructures = false;
  92
  93   private IProgressIndicator progressBar = null;
  94
  95   /*
  96    * pdb retrieval thread.
  97    */
  98   private Thread worker = null;
  99
 100   /*
 101    * Path to Chimera session file. This is set when an open Jalview/Chimera
 102    * session is saved, or on restore from a Jalview project (if it holds the
 103    * filename of any saved Chimera sessions).
 104    */
 105   private String chimeraSessionFile = null;
 106
 107   /**
 108    * Initialise menu options.
 109    */
 110   private void initMenus()
 111   {
 112     viewerActionMenu.setText(MessageManager.getString("label.chimera"));
 113     viewerColour.setText(MessageManager
 114             .getString("label.colour_with_chimera"));
 115     viewerColour.setToolTipText(MessageManager
 116             .getString("label.let_chimera_manage_structure_colours"));
 117     helpItem.setText(MessageManager.getString("label.chimera_help"));
 118     seqColour.setSelected(jmb.isColourBySequence());
 119     viewerColour.setSelected(!jmb.isColourBySequence());
 120     if (_colourwith == null)
 121     {
 122       _colourwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 123     }
 124     if (_alignwith == null)
 125     {
 126       _alignwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 127     }
 128
 129     // save As not yet implemented
 130     savemenu.setVisible(false);
 131
 132     ViewSelectionMenu seqColourBy = new ViewSelectionMenu(
 133             MessageManager.getString("label.colour_by"), this, _colourwith,
 134             new ItemListener()
 135             {
 136               @Override
 137               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 138               {
 139                 if (!seqColour.isSelected())
 140                 {
 141                   seqColour.doClick();
 142                 }
 143                 else
 144                 {
 145                   // update the Chimera display now.
 146                   seqColour_actionPerformed(null);
 147                 }
 148               }
 149             });
 150     viewMenu.add(seqColourBy);
 151     final ItemListener handler;
 152     JMenu alpanels = new ViewSelectionMenu(
 153             MessageManager.getString("label.superpose_with"), this,
 154             _alignwith, handler = new ItemListener()
 155             {
 156               @Override
 157               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 158               {
 159                 alignStructs.setEnabled(_alignwith.size() > 0);
 160                 alignStructs.setToolTipText(MessageManager
 161                         .formatMessage(
 162                                 "label.align_structures_using_linked_alignment_views",
 163                                 new Object[]
 164                                 { new Integer(_alignwith.size()).toString() }));
 165               }
 166             });
 167     handler.itemStateChanged(null);
 168     viewerActionMenu.add(alpanels);
 169     viewerActionMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 170     {
 171
 172       @Override
 173       public void menuSelected(MenuEvent e)
 174       {
 175         handler.itemStateChanged(null);
 176       }
 177
 178       @Override
 179       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 180       {
 181         // TODO Auto-generated method stub
 182       }
 183
 184       @Override
 185       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 186       {
 187         // TODO Auto-generated method stub
 188       }
 189     });
 190   }
 191
 192   /**
 193    * add a single PDB structure to a new or existing Chimera view
 194    *
 195    * @param pdbentry
 196    * @param seq
 197    * @param chains
 198    * @param ap
 199    */
 200   public ChimeraViewFrame(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 201           String[] chains, final AlignmentPanel ap)
 202   {
 203     super();
 204     progressBar = ap.alignFrame;
 205     // ////////////////////////////////
 206     // Is the pdb file already loaded?
 207     String alreadyMapped = ap.getStructureSelectionManager()
 208             .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
 209
 210     if (alreadyMapped != null)
 211     {
 212       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 213               MessageManager.formatMessage(
 214                       "label.pdb_entry_is_already_displayed", new Object[]
 215                       { pdbentry.getId() }), MessageManager.formatMessage(
 216                       "label.map_sequences_to_visible_window", new Object[]
 217                       { pdbentry.getId() }),
 218               JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 219
 220       if (option == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
 221       {
 222         return;
 223       }
 224       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 225       {
 226         // TODO : Fix multiple seq to one chain issue here.
 227         ap.getStructureSelectionManager().setMapping(seq, chains,
 228                 alreadyMapped, AppletFormatAdapter.FILE);
 229         if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr != null)
 230         {
 231           ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.featuresAdded();
 232           ap.paintAlignment(true);
 233         }
 234
 235         // Now this ChimeraViewFrame is mapped to new sequences. We must add
 236         // them to the existing array
 237         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 238
 239         for (JInternalFrame frame : frames)
 240         {
 241           if (frame instanceof ChimeraViewFrame)
 242           {
 243             final ChimeraViewFrame topView = ((ChimeraViewFrame) frame);
 244             // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui
 245             // routine
 246             for (int pe = 0; pe < topView.jmb.getPdbCount(); pe++)
 247             {
 248               if (topView.jmb.getPdbEntry(pe).getFile()
 249                       .equals(
 250                       alreadyMapped))
 251               {
 252                 topView.jmb.addSequence(pe, seq);
 253                 topView.addAlignmentPanel(ap);
 254                 // add it to the set used for colouring
 255                 topView.useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 256                 topView.buildActionMenu();
 257                 ap.getStructureSelectionManager()
 258                         .sequenceColoursChanged(ap);
 259                 break;
 260               }
 261             }
 262           }
 263         }
 264
 265         return;
 266       }
 267     }
 268     // /////////////////////////////////
 269     // Check if there are other Chimera views involving this alignment
 270     // and prompt user about adding this molecule to one of them
 271     List<ChimeraViewFrame> existingViews = getChimeraWindowsFor(ap);
 272     for (ChimeraViewFrame topView : existingViews)
 273     {
 274       // TODO: highlight topView in view somehow
 275       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 276               MessageManager.formatMessage("label.add_pdbentry_to_view",
 277                       new Object[]
 278                       { pdbentry.getId(), topView.getTitle() }),
 279               MessageManager
 280                       .getString("label.align_to_existing_structure_view"),
 281               JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 282       if (option == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
 283       {
 284         return;
 285       }
 286       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 287       {
 288         topView.useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 289         topView.addStructure(pdbentry, seq, chains, true, ap.alignFrame);
 290         return;
 291       }
 292     }
 293     // /////////////////////////////////
 294     openNewChimera(ap, new PDBEntry[]
 295     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 296     { seq });
 297   }
 298
 299   private void openNewChimera(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 300           SequenceI[][] seqs)
 301   {
 302     progressBar = ap.alignFrame;
 303     jmb = new JalviewChimeraBindingModel(this,
 304             ap.getStructureSelectionManager(), pdbentrys, seqs, null, null);
 305     addAlignmentPanel(ap);
 306     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 307     if (pdbentrys.length > 1)
 308     {
 309       alignAddedStructures = true;
 310       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 311     }
 312     jmb.setColourBySequence(true);
 313     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 314     initMenus();
 315
 316     addingStructures = false;
 317     worker = new Thread(this);
 318     worker.start();
 319
 320     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 321     {
 322       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 323       {
 324         closeViewer();
 325       }
 326     });
 327
 328   }
 329
 330   /**
 331    * create a new viewer containing several structures superimposed using the
 332    * given alignPanel.
 333    *
 334    * @param ap
 335    * @param pe
 336    * @param seqs
 337    */
 338   public ChimeraViewFrame(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pe,
 339           SequenceI[][] seqs)
 340   {
 341     super();
 342     openNewChimera(ap, pe, seqs);
 343   }
 344
 345   /**
 346    * Create a new viewer from saved session state data including Chimera session
 347    * file.
 348    *
 349    * @param chimeraSession
 350    *
 351    * @param alignPanel
 352    * @param pdbArray
 353    * @param seqsArray
 354    * @param colourByChimera
 355    * @param colourBySequence
 356    */
 357   public ChimeraViewFrame(String chimeraSession, AlignmentPanel alignPanel,
 358           PDBEntry[] pdbArray,
 359           SequenceI[][] seqsArray, boolean colourByChimera,
 360           boolean colourBySequence)
 361   {
 362     super();
 363     this.chimeraSessionFile = chimeraSession;
 364     openNewChimera(alignPanel, pdbArray, seqsArray);
 365     if (colourByChimera)
 366     {
 367       jmb.setColourBySequence(false);
 368       seqColour.setSelected(false);
 369       viewerColour.setSelected(true);
 370     }
 371     else if (colourBySequence)
 372     {
 373       jmb.setColourBySequence(true);
 374       seqColour.setSelected(true);
 375       viewerColour.setSelected(false);
 376     }
 377   }
 378
 379   /**
 380    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 381    * retrieving it if necessary first.
 382    *
 383    * @param pdbentry
 384    * @param seq
 385    * @param chains
 386    * @param alignFrame
 387    * @param align
 388    *          if true, new structure(s) will be align using associated alignment
 389    */
 390   private void addStructure(final PDBEntry pdbentry, final SequenceI[] seq,
 391           final String[] chains, final boolean b,
 392           final IProgressIndicator alignFrame)
 393   {
 394     if (pdbentry.getFile() == null)
 395     {
 396       if (worker != null && worker.isAlive())
 397       {
 398         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 399         // queue.
 400         new Thread(new Runnable()
 401         {
 402           public void run()
 403           {
 404             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 405             {
 406               try
 407               {
 408                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 409
 410               } catch (Exception e)
 411               {
 412               }
 413
 414             }
 415             // and call ourselves again.
 416             addStructure(pdbentry, seq, chains, b, alignFrame);
 417           }
 418         }).start();
 419         return;
 420       }
 421     }
 422     // otherwise, start adding the structure.
 423     jmb.addSequenceAndChain(new PDBEntry[]
 424     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 425     { seq }, new String[][]
 426     { chains });
 427     addingStructures = true;
 428     _started = false;
 429     alignAddedStructures = b;
 430     progressBar = alignFrame; // visual indication happens on caller frame.
 431     (worker = new Thread(this)).start();
 432     return;
 433   }
 434
 435   private List<ChimeraViewFrame> getChimeraWindowsFor(AlignmentPanel apanel)
 436   {
 437     List<ChimeraViewFrame> result = new ArrayList<ChimeraViewFrame>();
 438     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 439
 440     for (JInternalFrame frame : frames)
 441     {
 442       if (frame instanceof ChimeraViewFrame)
 443       {
 444         if (((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
 445         {
 446           result.add((ChimeraViewFrame) frame);
 447         }
 448       }
 449     }
 450     return result;
 451   }
 452
 453   /**
 454    * Launch Chimera. If we have a chimera session file name, send Chimera the
 455    * command to open its saved session file.
 456    */
 457   void initChimera()
 458   {
 459     jmb.setFinishedInit(false);
 460     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle("Chimera", true),
 461             getBounds().width, getBounds().height);
 462
 463     /*
 464      * Pass an empty 'command' to launch Chimera
 465      */
 466     jmb.evalStateCommand("", false);
 467
 468     if (this.chimeraSessionFile != null)
 469     {
 470       boolean opened = jmb.openSession(chimeraSessionFile);
 471       if (!opened)
 472       {
 473         System.err
 474                 .println("An error occurred opening Chimera session file "
 475                         + chimeraSessionFile);
 476       }
 477     }
 478     jmb.setFinishedInit(true);
 479   }
 480
 481   void setChainMenuItems(List<String> chainNames)
 482   {
 483     chainMenu.removeAll();
 484     if (chainNames == null)
 485     {
 486       return;
 487     }
 488     JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 489             MessageManager.getString("label.all"));
 490     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 491     {
 492       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 493       {
 494         allChainsSelected = true;
 495         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 496         {
 497           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 498           {
 499             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 500           }
 501         }
 502         centerViewer();
 503         allChainsSelected = false;
 504       }
 505     });
 506
 507     chainMenu.add(menuItem);
 508
 509     for (String chainName : chainNames)
 510     {
 511       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chainName, true);
 512       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 513       {
 514         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 515         {
 516           if (!allChainsSelected)
 517           {
 518             centerViewer();
 519           }
 520         }
 521       });
 522
 523       chainMenu.add(menuItem);
 524     }
 525   }
 526
 527   void centerViewer()
 528   {
 529     List<String> toshow = new ArrayList<String>();
 530     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 531     {
 532       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 533       {
 534         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 535         if (item.isSelected())
 536         {
 537           toshow.add(item.getText());
 538         }
 539       }
 540     }
 541     jmb.centerViewer(toshow);
 542   }
 543
 544   /**
 545    * Close down this instance of Jalview's Chimera viewer, giving the user the
 546    * option to close the associated Chimera window (process). They may wish to
 547    * keep it open until they have had an opportunity to save any work.
 548    */
 549   public void closeViewer()
 550   {
 551     if (jmb.isChimeraRunning())
 552     {
 553       String prompt = MessageManager
 554               .formatMessage("label.confirm_close_chimera", new Object[]
 555               { jmb.getViewerTitle("Chimera", false) });
 556       prompt = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, prompt);
 557       int confirm = JOptionPane.showConfirmDialog(this, prompt,
 558               MessageManager.getString("label.close_viewer"),
 559               JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 560       jmb.closeViewer(confirm == JOptionPane.YES_OPTION);
 561     }
 562     setAlignmentPanel(null);
 563     _aps.clear();
 564     _alignwith.clear();
 565     _colourwith.clear();
 566     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 567     // holds a reference to the window
 568     jmb = null;
 569   }
 570
 571   /**
 572    * Open any newly added PDB structures in Chimera, having first fetched data
 573    * from PDB (if not already saved).
 574    */
 575   public void run()
 576   {
 577     _started = true;
 578     // todo - record which pdbids were successfully imported.
 579     StringBuilder errormsgs = new StringBuilder(128);
 580     StringBuilder files = new StringBuilder(128);
 581     List<PDBEntry> filePDB = new ArrayList<PDBEntry>();
 582     List<Integer> filePDBpos = new ArrayList<Integer>();
 583     PDBEntry thePdbEntry = null;
 584     try
 585     {
 586       String[] curfiles = jmb.getPdbFile(); // files currently in viewer
 587       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 588       // as a DBRef?)
 589       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 590       {
 591         String file = null;
 592         thePdbEntry = jmb.getPdbEntry(pi);
 593         if (thePdbEntry.getFile() == null)
 594         {
 595           /*
 596            * Retrieve PDB data, save to file, attach to PDBEntry
 597            */
 598           file = fetchPdbFile(thePdbEntry);
 599           if (file == null)
 600           {
 601             errormsgs.append("'" + thePdbEntry.getId() + "' ");
 602           }
 603         }
 604         else
 605         {
 606           /*
 607            * Got file already - ignore if already loaded in Chimera.
 608            */
 609           file = new File(thePdbEntry.getFile()).getAbsoluteFile()
 610                   .getPath();
 611           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 612           {
 613             addingStructures = true; // already files loaded.
 614             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 615             {
 616               if (curfiles[c].equals(file))
 617               {
 618                 file = null;
 619                 break;
 620               }
 621             }
 622           }
 623         }
 624         if (file != null)
 625         {
 626           filePDB.add(thePdbEntry);
 627           filePDBpos.add(Integer.valueOf(pi));
 628           files.append(" \"" + Platform.escapeString(file) + "\"");
 629         }
 630       }
 631     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 632     {
 633       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + thePdbEntry.getId(),
 634               oomerror);
 635     } catch (Exception ex)
 636     {
 637       ex.printStackTrace();
 638       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles for '"
 639               + thePdbEntry.getId() + "'");
 640     }
 641     if (errormsgs.length() > 0)
 642     {
 643
 644       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 645               .formatMessage("label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved",
 646                       new Object[]
 647                       { errormsgs.toString() }), MessageManager
 648               .getString("label.couldnt_load_file"),
 649               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 650     }
 651
 652     if (files.length() > 0)
 653     {
 654       if (!addingStructures)
 655       {
 656         try
 657         {
 658           initChimera();
 659         } catch (Exception ex)
 660         {
 661           Cache.log.error("Couldn't open Chimera viewer!", ex);
 662         }
 663       }
 664       int num = -1;
 665       for (PDBEntry pe : filePDB)
 666       {
 667         num++;
 668         if (pe.getFile() != null)
 669         {
 670           try
 671           {
 672             int pos = filePDBpos.get(num).intValue();
 673             jmb.openFile(pe);
 674             jmb.addSequence(pos, jmb.getSequence()[pos]);
 675             File fl = new File(pe.getFile());
 676             String protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 677             try
 678             {
 679               if (fl.exists())
 680               {
 681                 protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 682               }
 683             } catch (Throwable e)
 684             {
 685             }
 686             // Explicitly map to the filename used by Chimera ;
 687             // TODO: use pe.getId() instead of pe.getFile() ?
 688             jmb.getSsm().setMapping(jmb.getSequence()[pos], null,
 689                     pe.getFile(),
 690                     protocol);
 691           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 692           {
 693             new OOMWarning(
 694                     "When trying to open and map structures from Chimera!",
 695                     oomerror);
 696           } catch (Exception ex)
 697           {
 698             Cache.log.error("Couldn't open " + pe.getFile()
 699                     + " in Chimera viewer!", ex);
 700           } finally
 701           {
 702             Cache.log.debug("File locations are " + files);
 703           }
 704         }
 705       }
 706       jmb.setFinishedInit(true);
 707       jmb.setLoadingFromArchive(false);
 708
 709       // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 710       for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 711       {
 712         jmb.updateColours(ap);
 713       }
 714       // do superposition if asked to
 715       if (alignAddedStructures)
 716       {
 717         new Thread(new Runnable()
 718         {
 719           public void run()
 720           {
 721             alignStructs_withAllAlignPanels();
 722           }
 723         }).start();
 724         alignAddedStructures = false;
 725       }
 726       addingStructures = false;
 727     }
 728     _started = false;
 729     worker = null;
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Fetch PDB data and save to a local file. Returns the full path to the file,
 734    * or null if fetch fails.
 735    *
 736    * @param processingEntry
 737    * @return
 738    * @throws Exception
 739    */
 740   private String fetchPdbFile(PDBEntry processingEntry) throws Exception
 741   {
 742     String filePath = null;
 743     Pdb pdbclient = new Pdb();
 744     AlignmentI pdbseq = null;
 745     String pdbid = processingEntry.getId();
 746     long hdl = pdbid.hashCode() - System.currentTimeMillis();
 747     if (progressBar != null)
 748     {
 749       progressBar.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 750               "status.fetching_pdb", new Object[]
 751               { pdbid }), hdl);
 752     }
 753     try
 754     {
 755       pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 756     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 757     {
 758       new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 759     } finally
 760     {
 761       if (progressBar != null)
 762       {
 763         progressBar
 764                 .setProgressBar(
 765                         pdbid
 766                                 + " "
 767                                 + MessageManager
 768                                         .getString("label.state_completed"),
 769                         hdl);
 770       }
 771     }
 772     /*
 773      * If PDB data were saved and are not invalid (empty alignment), return the
 774      * file path.
 775      */
 776     if (pdbseq != null && pdbseq.getHeight() > 0)
 777     {
 778       // just use the file name from the first sequence's first PDBEntry
 779       filePath = new File(((PDBEntry) pdbseq.getSequenceAt(0).getPDBId()
 780               .elementAt(0)).getFile()).getAbsolutePath();
 781       processingEntry.setFile(filePath);
 782     }
 783     return filePath;
 784   }
 785
 786   @Override
 787   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 788   {
 789     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 790             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 791
 792     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 793     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_pdb_file"));
 794     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 795
 796     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 797
 798     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 799     {
 800       BufferedReader in = null;
 801       try
 802       {
 803         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 804         in = new BufferedReader(new FileReader(jmb.getPdbFile()[0]));
 805         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 806
 807         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 808         String data;
 809         while ((data = in.readLine()) != null)
 810         {
 811           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 812           {
 813             out.println(data);
 814           }
 815         }
 816         out.close();
 817       } catch (Exception ex)
 818       {
 819         ex.printStackTrace();
 820       } finally
 821       {
 822         if (in != null)
 823         {
 824           try
 825           {
 826             in.close();
 827           } catch (IOException e)
 828           {
 829             e.printStackTrace();
 830           }
 831         }
 832       }
 833     }
 834   }
 835
 836   @Override
 837   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 838   {
 839     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 840     try
 841     {
 842       for (int pdbe = 0; pdbe < jmb.getPdbCount(); pdbe++)
 843       {
 844         cap.appendText(jmb.printMapping(jmb.getPdbEntry(pdbe).getFile()));
 845         cap.appendText("\n");
 846       }
 847     } catch (OutOfMemoryError e)
 848     {
 849       new OOMWarning(
 850               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 851               e);
 852       cap.dispose();
 853       return;
 854     }
 855     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap,
 856             MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
 857             600);
 858   }
 859
 860   @Override
 861   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 862   {
 863     throw new Error(
 864             MessageManager
 865                     .getString("error.eps_generation_not_implemented"));
 866   }
 867
 868   @Override
 869   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 870   {
 871     throw new Error(
 872             MessageManager
 873                     .getString("error.png_generation_not_implemented"));
 874   }
 875
 876   @Override
 877   public void viewerColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 878   {
 879     if (viewerColour.isSelected())
 880     {
 881       // disable automatic sequence colouring.
 882       jmb.setColourBySequence(false);
 883     }
 884   }
 885
 886   @Override
 887   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 888   {
 889     jmb.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 890     if (_colourwith == null)
 891     {
 892       _colourwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 893     }
 894     if (jmb.isColourBySequence())
 895     {
 896       if (!jmb.isLoadingFromArchive())
 897       {
 898         if (_colourwith.size() == 0 && getAlignmentPanel() != null)
 899         {
 900           // Make the currently displayed alignment panel the associated view
 901           _colourwith.add(getAlignmentPanel().alignFrame.alignPanel);
 902         }
 903       }
 904       // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 905       for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 906       {
 907         jmb.colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
 908       }
 909     }
 910   }
 911
 912   @Override
 913   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 914   {
 915     chainColour.setSelected(true);
 916     jmb.colourByChain();
 917   }
 918
 919   @Override
 920   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 921   {
 922     chargeColour.setSelected(true);
 923     jmb.colourByCharge();
 924   }
 925
 926   @Override
 927   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 928   {
 929     zappoColour.setSelected(true);
 930     jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 931   }
 932
 933   @Override
 934   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 935   {
 936     taylorColour.setSelected(true);
 937     jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 938   }
 939
 940   @Override
 941   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 942   {
 943     hydroColour.setSelected(true);
 944     jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 945   }
 946
 947   @Override
 948   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 949   {
 950     helixColour.setSelected(true);
 951     jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 952   }
 953
 954   @Override
 955   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 956   {
 957     strandColour.setSelected(true);
 958     jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 959   }
 960
 961   @Override
 962   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 963   {
 964     turnColour.setSelected(true);
 965     jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 966   }
 967
 968   @Override
 969   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 970   {
 971     buriedColour.setSelected(true);
 972     jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 973   }
 974
 975   @Override
 976   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 977   {
 978     setJalviewColourScheme(new PurinePyrimidineColourScheme());
 979   }
 980
 981   @Override
 982   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 983   {
 984     userColour.setSelected(true);
 985     new UserDefinedColours(this, null);
 986   }
 987
 988   @Override
 989   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 990   {
 991     java.awt.Color col = JColorChooser
 992             .showDialog(this, MessageManager
 993                     .getString("label.select_backgroud_colour"), null);
 994     if (col != null)
 995     {
 996       jmb.setBackgroundColour(col);
 997     }
 998   }
 999
1000   @Override
1001   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1002   {
1003     try
1004     {
1005       jalview.util.BrowserLauncher
1006               .openURL("https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide");
1007     } catch (Exception ex)
1008     {
1009     }
1010   }
1011
1012   public void updateTitleAndMenus()
1013   {
1014     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
1015     {
1016       repaint();
1017       return;
1018     }
1019     setChainMenuItems(jmb.getChainNames());
1020
1021     this.setTitle(jmb.getViewerTitle("Chimera", true));
1022     if (jmb.getPdbFile().length > 1 && jmb.getSequence().length > 1)
1023     {
1024       viewerActionMenu.setVisible(true);
1025     }
1026     if (!jmb.isLoadingFromArchive())
1027     {
1028       seqColour_actionPerformed(null);
1029     }
1030   }
1031
1032   /*
1033    * (non-Javadoc)
1034    *
1035    * @see
1036    * jalview.jbgui.GStructureViewer#alignStructs_actionPerformed(java.awt.event
1037    * .ActionEvent)
1038    */
1039   @Override
1040   protected void alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1041   {
1042     alignStructs_withAllAlignPanels();
1043   }
1044
1045   private void alignStructs_withAllAlignPanels()
1046   {
1047     if (getAlignmentPanel() == null)
1048     {
1049       return;
1050     }
1051     ;
1052     if (_alignwith.size() == 0)
1053     {
1054       _alignwith.add(getAlignmentPanel());
1055     }
1056     ;
1057     try
1058     {
1059       AlignmentI[] als = new Alignment[_alignwith.size()];
1060       ColumnSelection[] alc = new ColumnSelection[_alignwith.size()];
1061       int[] alm = new int[_alignwith.size()];
1062       int a = 0;
1063
1064       for (AlignmentPanel ap : _alignwith)
1065       {
1066         als[a] = ap.av.getAlignment();
1067         alm[a] = -1;
1068         alc[a++] = ap.av.getColumnSelection();
1069       }
1070       jmb.superposeStructures(als, alm, alc);
1071     } catch (Exception e)
1072     {
1073       StringBuffer sp = new StringBuffer();
1074       for (AlignmentPanel ap : _alignwith)
1075       {
1076         sp.append("'" + ap.alignFrame.getTitle() + "' ");
1077       }
1078       Cache.log.info("Couldn't align structures with the " + sp.toString()
1079               + "associated alignment panels.", e);
1080
1081     }
1082
1083   }
1084
1085   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI ucs)
1086   {
1087     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
1088
1089   }
1090
1091   /**
1092    *
1093    * @param alignment
1094    * @return first alignment panel displaying given alignment, or the default
1095    *         alignment panel
1096    */
1097   public AlignmentPanel getAlignmentPanelFor(AlignmentI alignment)
1098   {
1099     for (AlignmentPanel ap : getAllAlignmentPanels())
1100     {
1101       if (ap.av.getAlignment() == alignment)
1102       {
1103         return ap;
1104       }
1105     }
1106     return getAlignmentPanel();
1107   }
1108
1109   @Override
1110   public AAStructureBindingModel getBinding()
1111   {
1112     return jmb;
1113   }
1114
1115   /**
1116    * Ask Chimera to save its session to the designated file path. Returns true
1117    * if successful, else false.
1118    *
1119    * @param filepath
1120    * @see getStateInfo
1121    */
1122   public boolean saveSession(String filepath)
1123   {
1124     boolean result = jmb.saveSession(filepath);
1125     if (result)
1126     {
1127       this.chimeraSessionFile = filepath;
1128     }
1129     return result;
1130   }
1131
1132   /**
1133    * Returns the file path of the Chimera session file the last time it was
1134    * saved. If it was never saved, returns an empty string. There is no
1135    * guarantee that the Chimera session has not changed since it was saved.
1136    */
1137   @Override
1138   public String getStateInfo()
1139   {
1140     return this.chimeraSessionFile;
1141   }
1142 }