src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  30 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  31 import jalview.io.DataSourceType;
  32 import jalview.io.StructureFile;
  33 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  34 import jalview.util.BrowserLauncher;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.util.Platform;
  37 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  38
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.event.MouseAdapter;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.io.File;
  44 import java.io.FileInputStream;
  45 import java.io.IOException;
  46 import java.io.InputStream;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.Collections;
  49 import java.util.List;
  50
  51 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  52 import javax.swing.JInternalFrame;
  53 import javax.swing.JMenu;
  54 import javax.swing.JMenuItem;
  55 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  57
  58 /**
  59  * GUI elements for handling an external chimera display
  60  *
  61  * @author jprocter
  62  *
  63  */
  64 public class ChimeraViewFrame extends StructureViewerBase
  65 {
  66   private JalviewChimeraBinding jmb;
  67
  68   /*
  69    * Path to Chimera session file. This is set when an open Jalview/Chimera
  70    * session is saved, or on restore from a Jalview project (if it holds the
  71    * filename of any saved Chimera sessions).
  72    */
  73   private String chimeraSessionFile = null;
  74
  75   private int myWidth = 500;
  76
  77   private int myHeight = 150;
  78
  79   /**
  80    * Initialise menu options.
  81    */
  82   @Override
  83   protected void initMenus()
  84   {
  85     super.initMenus();
  86
  87     viewerActionMenu.setText(MessageManager.getString("label.chimera"));
  88
  89     viewerColour
  90             .setText(MessageManager.getString("label.colour_with_chimera"));
  91     viewerColour.setToolTipText(MessageManager
  92             .getString("label.let_chimera_manage_structure_colours"));
  93
  94     helpItem.setText(MessageManager.getString("label.chimera_help"));
  95     savemenu.setVisible(false); // not yet implemented
  96     viewMenu.add(fitToWindow);
  97
  98     JMenuItem writeFeatures = new JMenuItem(
  99             MessageManager.getString("label.create_chimera_attributes"));
 100     writeFeatures.setToolTipText(MessageManager
 101             .getString("label.create_chimera_attributes_tip"));
 102     writeFeatures.addActionListener(new ActionListener()
 103     {
 104       @Override
 105       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 106       {
 107         sendFeaturesToChimera();
 108       }
 109     });
 110     viewerActionMenu.add(writeFeatures);
 111
 112     final JMenu fetchAttributes = new JMenu(
 113             MessageManager.getString("label.fetch_chimera_attributes"));
 114     fetchAttributes.setToolTipText(
 115             MessageManager.getString("label.fetch_chimera_attributes_tip"));
 116     fetchAttributes.addMouseListener(new MouseAdapter()
 117     {
 118
 119       @Override
 120       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 121       {
 122         buildAttributesMenu(fetchAttributes);
 123       }
 124     });
 125     viewerActionMenu.add(fetchAttributes);
 126   }
 127
 128   /**
 129    * Query Chimera for its residue attribute names and add them as items off the
 130    * attributes menu
 131    *
 132    * @param attributesMenu
 133    */
 134   protected void buildAttributesMenu(JMenu attributesMenu)
 135   {
 136     List<String> atts = jmb.getChimeraAttributes();
 137     attributesMenu.removeAll();
 138     Collections.sort(atts);
 139     for (String attName : atts)
 140     {
 141       JMenuItem menuItem = new JMenuItem(attName);
 142       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 143       {
 144         @Override
 145         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 146         {
 147           getChimeraAttributes(attName);
 148         }
 149       });
 150       attributesMenu.add(menuItem);
 151     }
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Read residues in Chimera with the given attribute name, and set as features
 156    * on the corresponding sequence positions (if any)
 157    *
 158    * @param attName
 159    */
 160   protected void getChimeraAttributes(String attName)
 161   {
 162     jmb.copyStructureAttributesToFeatures(attName, getAlignmentPanel());
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Send a command to Chimera to create residue attributes for Jalview features
 167    * <p>
 168    * The syntax is: setattr r <attName> <attValue> <atomSpec>
 169    * <p>
 170    * For example: setattr r jv:chain "Ferredoxin-1, Chloroplastic" #0:94.A
 171    */
 172   protected void sendFeaturesToChimera()
 173   {
 174     int count = jmb.sendFeaturesToViewer(getAlignmentPanel());
 175     statusBar.setText(
 176             MessageManager.formatMessage("label.attributes_set", count));
 177   }
 178
 179   /**
 180    * open a single PDB structure in a new Chimera view
 181    *
 182    * @param pdbentry
 183    * @param seq
 184    * @param chains
 185    * @param ap
 186    */
 187   public ChimeraViewFrame(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 188           String[] chains, final AlignmentPanel ap)
 189   {
 190     this();
 191
 192     openNewChimera(ap, new PDBEntry[] { pdbentry },
 193             new SequenceI[][]
 194             { seq });
 195   }
 196
 197   /**
 198    * Create a helper to manage progress bar display
 199    */
 200   protected void createProgressBar()
 201   {
 202     if (getProgressIndicator() == null)
 203     {
 204       setProgressIndicator(new ProgressBar(statusPanel, statusBar));
 205     }
 206   }
 207
 208   private void openNewChimera(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 209           SequenceI[][] seqs)
 210   {
 211     createProgressBar();
 212     jmb = new JalviewChimeraBindingModel(this,
 213             ap.getStructureSelectionManager(), pdbentrys, seqs, null);
 214     addAlignmentPanel(ap);
 215     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 216
 217     if (pdbentrys.length > 1)
 218     {
 219       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 220     }
 221     jmb.setColourBySequence(true);
 222     setSize(myWidth, myHeight);
 223     initMenus();
 224
 225     addingStructures = false;
 226     worker = new Thread(this);
 227     worker.start();
 228
 229     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 230     {
 231       @Override
 232       public void internalFrameClosing(
 233               InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 234       {
 235         closeViewer(false);
 236       }
 237     });
 238
 239   }
 240
 241   /**
 242    * Create a new viewer from saved session state data including Chimera session
 243    * file
 244    *
 245    * @param chimeraSessionFile
 246    * @param alignPanel
 247    * @param pdbArray
 248    * @param seqsArray
 249    * @param colourByChimera
 250    * @param colourBySequence
 251    * @param newViewId
 252    */
 253   public ChimeraViewFrame(String chimeraSessionFile,
 254           AlignmentPanel alignPanel, PDBEntry[] pdbArray,
 255           SequenceI[][] seqsArray, boolean colourByChimera,
 256           boolean colourBySequence, String newViewId)
 257   {
 258     this();
 259     setViewId(newViewId);
 260     this.chimeraSessionFile = chimeraSessionFile;
 261     openNewChimera(alignPanel, pdbArray, seqsArray);
 262     if (colourByChimera)
 263     {
 264       jmb.setColourBySequence(false);
 265       seqColour.setSelected(false);
 266       viewerColour.setSelected(true);
 267     }
 268     else if (colourBySequence)
 269     {
 270       jmb.setColourBySequence(true);
 271       seqColour.setSelected(true);
 272       viewerColour.setSelected(false);
 273     }
 274   }
 275
 276   /**
 277    * create a new viewer containing several structures, optionally superimposed
 278    * using the given alignPanel.
 279    *
 280    * @param pe
 281    * @param seqs
 282    * @param ap
 283    */
 284   public ChimeraViewFrame(PDBEntry[] pe, boolean alignAdded,
 285           SequenceI[][] seqs,
 286           AlignmentPanel ap)
 287   {
 288     this();
 289     setAlignAddedStructures(alignAdded);
 290     openNewChimera(ap, pe, seqs);
 291   }
 292
 293   /**
 294    * Default constructor
 295    */
 296   public ChimeraViewFrame()
 297   {
 298     super();
 299
 300     /*
 301      * closeViewer will decide whether or not to close this frame
 302      * depending on whether user chooses to Cancel or not
 303      */
 304     setDefaultCloseOperation(JInternalFrame.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Launch Chimera. If we have a chimera session file name, send Chimera the
 309    * command to open its saved session file.
 310    */
 311   void initChimera()
 312   {
 313     jmb.setFinishedInit(false);
 314     Desktop.addInternalFrame(this,
 315             jmb.getViewerTitle(getViewerName(), true), getBounds().width,
 316             getBounds().height);
 317
 318     if (!jmb.launchChimera())
 319     {
 320       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 321               MessageManager.getString("label.chimera_failed"),
 322               MessageManager.getString("label.error_loading_file"),
 323               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 324       this.dispose();
 325       return;
 326     }
 327
 328     if (this.chimeraSessionFile != null)
 329     {
 330       boolean opened = jmb.openSession(chimeraSessionFile);
 331       if (!opened)
 332       {
 333         System.err.println("An error occurred opening Chimera session file "
 334                 + chimeraSessionFile);
 335       }
 336     }
 337
 338     jmb.startChimeraListener();
 339   }
 340
 341   /**
 342    * Show only the selected chain(s) in the viewer
 343    */
 344   @Override
 345   void showSelectedChains()
 346   {
 347     List<String> toshow = new ArrayList<>();
 348     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 349     {
 350       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 351       {
 352         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 353         if (item.isSelected())
 354         {
 355           toshow.add(item.getText());
 356         }
 357       }
 358     }
 359     jmb.showChains(toshow);
 360   }
 361
 362   /**
 363    * Close down this instance of Jalview's Chimera viewer, giving the user the
 364    * option to close the associated Chimera window (process). They may wish to
 365    * keep it open until they have had an opportunity to save any work.
 366    *
 367    * @param closeChimera
 368    *          if true, close any linked Chimera process; if false, prompt first
 369    */
 370   @Override
 371   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 372   {
 373     if (jmb != null && jmb.isChimeraRunning())
 374     {
 375       if (!closeChimera)
 376       {
 377         String prompt = MessageManager
 378                 .formatMessage("label.confirm_close_chimera", new Object[]
 379                 { jmb.getViewerTitle(getViewerName(), false) });
 380         prompt = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, prompt);
 381         int confirm = JvOptionPane.showConfirmDialog(this, prompt,
 382                 MessageManager.getString("label.close_viewer"),
 383                 JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 384         /*
 385          * abort closure if user hits escape or Cancel
 386          */
 387         if (confirm == JvOptionPane.CANCEL_OPTION
 388                 || confirm == JvOptionPane.CLOSED_OPTION)
 389         {
 390           return;
 391         }
 392         closeChimera = confirm == JvOptionPane.YES_OPTION;
 393       }
 394       jmb.closeViewer(closeChimera);
 395     }
 396     setAlignmentPanel(null);
 397     _aps.clear();
 398     _alignwith.clear();
 399     _colourwith.clear();
 400     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 401     // holds a reference to the window
 402     jmb = null;
 403     dispose();
 404   }
 405
 406   /**
 407    * Open any newly added PDB structures in Chimera, having first fetched data
 408    * from PDB (if not already saved).
 409    */
 410   @Override
 411   public void run()
 412   {
 413     _started = true;
 414     // todo - record which pdbids were successfully imported.
 415     StringBuilder errormsgs = new StringBuilder(128);
 416     StringBuilder files = new StringBuilder(128);
 417     List<PDBEntry> filePDB = new ArrayList<>();
 418     List<Integer> filePDBpos = new ArrayList<>();
 419     PDBEntry thePdbEntry = null;
 420     StructureFile pdb = null;
 421     try
 422     {
 423       String[] curfiles = jmb.getStructureFiles(); // files currently in viewer
 424       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 425       // as a DBRef?)
 426       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 427       {
 428         String file = null;
 429         thePdbEntry = jmb.getPdbEntry(pi);
 430         if (thePdbEntry.getFile() == null)
 431         {
 432           /*
 433            * Retrieve PDB data, save to file, attach to PDBEntry
 434            */
 435           file = fetchPdbFile(thePdbEntry);
 436           if (file == null)
 437           {
 438             errormsgs.append("'" + thePdbEntry.getId() + "' ");
 439           }
 440         }
 441         else
 442         {
 443           /*
 444            * Got file already - ignore if already loaded in Chimera.
 445            */
 446           file = new File(thePdbEntry.getFile()).getAbsoluteFile()
 447                   .getPath();
 448           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 449           {
 450             addingStructures = true; // already files loaded.
 451             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 452             {
 453               if (curfiles[c].equals(file))
 454               {
 455                 file = null;
 456                 break;
 457               }
 458             }
 459           }
 460         }
 461         if (file != null)
 462         {
 463           filePDB.add(thePdbEntry);
 464           filePDBpos.add(Integer.valueOf(pi));
 465           files.append(" \"" + Platform.escapeBackslashes(file) + "\"");
 466         }
 467       }
 468     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 469     {
 470       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + thePdbEntry.getId(),
 471               oomerror);
 472     } catch (Exception ex)
 473     {
 474       ex.printStackTrace();
 475       errormsgs.append(
 476               "When retrieving pdbfiles for '" + thePdbEntry.getId() + "'");
 477     }
 478     if (errormsgs.length() > 0)
 479     {
 480
 481       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 482               MessageManager.formatMessage(
 483                       "label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved", new Object[]
 484                       { errormsgs.toString() }),
 485               MessageManager.getString("label.couldnt_load_file"),
 486               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 487     }
 488
 489     if (files.length() > 0)
 490     {
 491       jmb.setFinishedInit(false);
 492       if (!addingStructures)
 493       {
 494         try
 495         {
 496           initChimera();
 497         } catch (Exception ex)
 498         {
 499           Cache.log.error("Couldn't open Chimera viewer!", ex);
 500         }
 501       }
 502       int num = -1;
 503       for (PDBEntry pe : filePDB)
 504       {
 505         num++;
 506         if (pe.getFile() != null)
 507         {
 508           try
 509           {
 510             int pos = filePDBpos.get(num).intValue();
 511             long startTime = startProgressBar(getViewerName() + " "
 512                     + MessageManager.getString("status.opening_file_for")
 513                     + " " + pe.getId());
 514             jmb.openFile(pe);
 515             jmb.addSequence(pos, jmb.getSequence()[pos]);
 516             File fl = new File(pe.getFile());
 517             DataSourceType protocol = DataSourceType.URL;
 518             try
 519             {
 520               if (fl.exists())
 521               {
 522                 protocol = DataSourceType.FILE;
 523               }
 524             } catch (Throwable e)
 525             {
 526             } finally
 527             {
 528               stopProgressBar("", startTime);
 529             }
 530             // Explicitly map to the filename used by Chimera ;
 531
 532             pdb = jmb.getSsm().setMapping(jmb.getSequence()[pos],
 533                     jmb.getChains()[pos], pe.getFile(), protocol,
 534                     getProgressIndicator());
 535             stashFoundChains(pdb, pe.getFile());
 536
 537           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 538           {
 539             new OOMWarning(
 540                     "When trying to open and map structures from Chimera!",
 541                     oomerror);
 542           } catch (Exception ex)
 543           {
 544             Cache.log.error(
 545                     "Couldn't open " + pe.getFile() + " in Chimera viewer!",
 546                     ex);
 547           } finally
 548           {
 549             Cache.log.debug("File locations are " + files);
 550           }
 551         }
 552       }
 553
 554       jmb.refreshGUI();
 555       jmb.setFinishedInit(true);
 556       jmb.setLoadingFromArchive(false);
 557
 558       /*
 559        * ensure that any newly discovered features (e.g. RESNUM)
 560        * are added to any open feature settings dialog
 561        */
 562       FeatureRenderer fr = getBinding().getFeatureRenderer(null);
 563       if (fr != null)
 564       {
 565         fr.featuresAdded();
 566       }
 567
 568       // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 569       for (AlignmentViewPanel ap : _colourwith)
 570       {
 571         jmb.updateColours(ap);
 572       }
 573       // do superposition if asked to
 574       if (alignAddedStructures)
 575       {
 576         new Thread(new Runnable()
 577         {
 578           @Override
 579           public void run()
 580           {
 581             alignStructs_withAllAlignPanels();
 582           }
 583         }).start();
 584       }
 585       addingStructures = false;
 586     }
 587     _started = false;
 588     worker = null;
 589   }
 590
 591   /**
 592    * Fetch PDB data and save to a local file. Returns the full path to the file,
 593    * or null if fetch fails. TODO: refactor to common with Jmol ? duplication
 594    *
 595    * @param processingEntry
 596    * @return
 597    * @throws Exception
 598    */
 599
 600   private void stashFoundChains(StructureFile pdb, String file)
 601   {
 602     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 603     {
 604       String chid = new String(
 605               pdb.getId() + ":" + pdb.getChains().elementAt(i).id);
 606       jmb.getChainNames().add(chid);
 607       jmb.getChainFile().put(chid, file);
 608     }
 609   }
 610
 611   private String fetchPdbFile(PDBEntry processingEntry) throws Exception
 612   {
 613     String filePath = null;
 614     Pdb pdbclient = new Pdb();
 615     AlignmentI pdbseq = null;
 616     String pdbid = processingEntry.getId();
 617     long handle = System.currentTimeMillis()
 618             + Thread.currentThread().hashCode();
 619
 620     /*
 621      * Write 'fetching PDB' progress on AlignFrame as we are not yet visible
 622      */
 623     String msg = MessageManager.formatMessage("status.fetching_pdb",
 624             new Object[]
 625             { pdbid });
 626     getAlignmentPanel().alignFrame.setProgressBar(msg, handle);
 627     // long hdl = startProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 628     // "status.fetching_pdb", new Object[]
 629     // { pdbid }));
 630     try
 631     {
 632       pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 633     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 634     {
 635       new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 636     } finally
 637     {
 638       msg = pdbid + " " + MessageManager.getString("label.state_completed");
 639       getAlignmentPanel().alignFrame.setProgressBar(msg, handle);
 640       // stopProgressBar(msg, hdl);
 641     }
 642     /*
 643      * If PDB data were saved and are not invalid (empty alignment), return the
 644      * file path.
 645      */
 646     if (pdbseq != null && pdbseq.getHeight() > 0)
 647     {
 648       // just use the file name from the first sequence's first PDBEntry
 649       filePath = new File(pdbseq.getSequenceAt(0).getAllPDBEntries()
 650               .elementAt(0).getFile()).getAbsolutePath();
 651       processingEntry.setFile(filePath);
 652     }
 653     return filePath;
 654   }
 655
 656   @Override
 657   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 658   {
 659     throw new Error(MessageManager
 660             .getString("error.eps_generation_not_implemented"));
 661   }
 662
 663   @Override
 664   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 665   {
 666     throw new Error(MessageManager
 667             .getString("error.png_generation_not_implemented"));
 668   }
 669
 670   @Override
 671   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 672   {
 673     try
 674     {
 675       String url = jmb.isChimeraX()
 676               ? "http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/index.html"
 677               : "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 678       BrowserLauncher.openURL(url);
 679     } catch (IOException ex)
 680     {
 681       System.err
 682               .println("Show Chimera help failed with: " + ex.getMessage());
 683     }
 684   }
 685
 686   @Override
 687   public AAStructureBindingModel getBinding()
 688   {
 689     return jmb;
 690   }
 691
 692   /**
 693    * Ask Chimera to save its session to the designated file path, or to a
 694    * temporary file if the path is null. Returns the file path if successful,
 695    * else null.
 696    *
 697    * @param filepath
 698    * @see getStateInfo
 699    */
 700   protected String saveSession(String filepath)
 701   {
 702     String pathUsed = filepath;
 703     try
 704     {
 705       if (pathUsed == null)
 706       {
 707         String suffix = jmb.isChimeraX() ? ".cxs" : ".py";
 708         File tempFile = File.createTempFile("chimera", suffix);
 709         tempFile.deleteOnExit();
 710         pathUsed = tempFile.getPath();
 711       }
 712       boolean result = jmb.saveSession(pathUsed);
 713       if (result)
 714       {
 715         this.chimeraSessionFile = pathUsed;
 716         return pathUsed;
 717       }
 718     } catch (IOException e)
 719     {
 720     }
 721     return null;
 722   }
 723
 724   /**
 725    * Returns a string representing the state of the Chimera session. This is
 726    * done by requesting Chimera to save its session to a temporary file, then
 727    * reading the file contents. Returns an empty string on any error.
 728    */
 729   @Override
 730   public String getStateInfo()
 731   {
 732     String sessionFile = saveSession(null);
 733     if (sessionFile == null)
 734     {
 735       return "";
 736     }
 737     InputStream is = null;
 738     try
 739     {
 740       File f = new File(sessionFile);
 741       byte[] bytes = new byte[(int) f.length()];
 742       is = new FileInputStream(sessionFile);
 743       is.read(bytes);
 744       return new String(bytes);
 745     } catch (IOException e)
 746     {
 747       return "";
 748     } finally
 749     {
 750       if (is != null)
 751       {
 752         try
 753         {
 754           is.close();
 755         } catch (IOException e)
 756         {
 757           // ignore
 758         }
 759       }
 760     }
 761   }
 762
 763   @Override
 764   protected void fitToWindow_actionPerformed()
 765   {
 766     jmb.focusView();
 767   }
 768
 769   @Override
 770   public ViewerType getViewerType()
 771   {
 772     return ViewerType.CHIMERA;
 773   }
 774
 775   @Override
 776   protected String getViewerName()
 777   {
 778     return "Chimera";
 779   }
 780
 781   /**
 782    * Sends commands to align structures according to associated alignment(s).
 783    *
 784    * @return
 785    */
 786   @Override
 787   protected String alignStructs_withAllAlignPanels()
 788   {
 789     String reply = super.alignStructs_withAllAlignPanels();
 790     if (reply != null)
 791     {
 792       statusBar.setText("Superposition failed: " + reply);
 793     }
 794     return reply;
 795   }
 796 }