src/jalview/gui/ChimeraXViewFrame.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.datamodel.StructureViewerModel;
   6 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
   7
   8 /**
   9  * A class for the gui frame through which Jalview interacts with the ChimeraX
  10  * structure viewer. Mostly the same as ChimeraViewFrame with a few overrides
  11  * for the differences.
  12  *
  13  * @author gmcarstairs
  14  *
  15  */
  16 public class ChimeraXViewFrame extends ChimeraViewFrame
  17 {
  18
  19   public ChimeraXViewFrame(PDBEntry pdb, SequenceI[] seqsForPdb,
  20           String[] chains, AlignmentPanel ap)
  21   {
  22     super(pdb, seqsForPdb, chains, ap);
  23   }
  24
  25   public ChimeraXViewFrame(PDBEntry[] pdbsForFile, boolean superposeAdded,
  26           SequenceI[][] theSeqs, AlignmentPanel ap)
  27   {
  28     super(pdbsForFile, superposeAdded, theSeqs, ap);
  29   }
  30
  31   /**
  32    * Constructor given a session file to be loaded
  33    *
  34    * @param viewerData
  35    * @param alignPanel
  36    * @param sessionFile
  37    * @param vid
  38    */
  39   public ChimeraXViewFrame(StructureViewerModel viewerData,
  40           AlignmentPanel alignPanel, String sessionFile, String vid)
  41   {
  42     super(viewerData, alignPanel, sessionFile, vid);
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public ViewerType getViewerType()
  47   {
  48     return ViewerType.CHIMERAX;
  49   }
  50
  51   @Override
  52   protected String getViewerName()
  53   {
  54     return "ChimeraX";
  55   }
  56
  57   @Override
  58   protected JalviewChimeraBindingModel newBindingModel(AlignmentPanel ap,
  59           PDBEntry[] pdbentrys, SequenceI[][] seqs)
  60   {
  61     return new JalviewChimeraXBindingModel(this,
  62             ap.getStructureSelectionManager(), pdbentrys, seqs, null);
  63   }
  64 }