src/jalview/gui/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import jalview.analysis.Conservation;
  21 import jalview.datamodel.Annotation;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 class ConservationThread extends Thread
  26 {
  27   /**
  28    *
  29    */
  30   private AlignViewport alignViewport;
  31
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   public ConservationThread(AlignViewport alignViewport, AlignmentPanel ap)
  35   {
  36     this.alignViewport = alignViewport;
  37     this.ap = ap;
  38   }
  39
  40   public void run()
  41   {
  42     try
  43     {
  44       this.alignViewport.updatingConservation = true;
  45
  46       while (AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION)
  47       {
  48         try
  49         {
  50           if (ap != null)
  51           {
  52             ap.paintAlignment(false);
  53           }
  54           Thread.sleep(200);
  55         } catch (Exception ex)
  56         {
  57           ex.printStackTrace();
  58         }
  59       }
  60
  61       AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  62
  63       int alWidth;
  64
  65       if (alignViewport==null || alignViewport.alignment==null || (alWidth=alignViewport.alignment.getWidth())< 0)
  66       {
  67         this.alignViewport.updatingConservation = false;
  68         AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  69         return;
  70       }
  71
  72       Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",
  73               jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,
  74               this.alignViewport.alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1);
  75
  76       cons.calculate();
  77       cons.verdict(false, this.alignViewport.ConsPercGaps);
  78
  79       if (this.alignViewport.quality != null)
  80       {
  81         cons.findQuality();
  82       }
  83       cons.completeAnnotations(alignViewport.conservation,
  84               alignViewport.quality, 0, alWidth);
  85     } catch (OutOfMemoryError error)
  86     {
  87       new OOMWarning("calculating conservation", error);
  88
  89       this.alignViewport.conservation = null;
  90       this.alignViewport.quality = null;
  91
  92     }
  93
  94     AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  95     this.alignViewport.updatingConservation = false;
  96
  97     if (ap != null)
  98     {
  99       ap.paintAlignment(true);
 100     }
 101
 102   }
 103 }